6wvz

Crystal structure of anti-MET Fab arm of amivantamab in complex with human MET

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 141.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hepatocyte growth factor receptor

Homo sapiens

UniProt P08581

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 4 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 M; UniProt 39–564 未记录 Heavy Chain of anti-MET Fab of amivantamab × 1 Light Chain of anti-MET Fab of amivantamab × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 FMT FORMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293.15 K;2.5M sodium formate, 5% PEG 400, 0.1M Tris pH 8.5 分辨率 3.10 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 128 个其他 PDB 条目、166 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MET_HUMAN
Isoform P08581-3
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 M; PDB构建体 1–526; UniProt 39–564

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6wvz

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6wvz
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6wvz
沉积日期 deposition_date2020-05-07
结构标题 titleCrystal structure of anti-MET Fab arm of amivantamab in complex with human MET
关键词 keywords;ANTIGEN-FAB COMPLEX, SEMAPHORIN DOMAIN, PLEXIN SEMAPHORIN INTEGRIN CYSTEINE-RICH DOMAIN, ANTITUMOR PROTEIN, Transferase-Immune System complex ;; Transferase/Immune System
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier38.96
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.26
零角强度 I(0) i0164615000.00
分子量 molecular_weight102280.0 kDa
排除体积 excluded_volume127160 ų
包络体积 envelope_volume175120 ų
水化壳体积 shell_volume40243 ų
包络直径 envelope_diameter151.5
壳层 Rg shell_rg40.75
包络 Rg envelope_rg39.65
形状 Rg shape_rg39.23
总 Rg total_rg39.47
总原子数 total_atoms7203
残基数 n_residues946
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax141.8
Rg (实空间) rg_real39.57
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.71
I(0) (实空间) i0_real1.6460e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.7640e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.20
I(0) (倒空间) i0_reciprocal164600000.0000
解质量估计 total_estimate0.7886
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.6
偏度 Skewness skewness0.612
峰度 Kurtosis kurtosis-0.253
角度范围 angular_range— – 0.2050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha20750000.0000
实空间数据点数 n_real_points42
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.587; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.618; Smooth: 0.870

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd6wvzh_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6wvzl1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6wvzl2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd6wvzm1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.69.12 — Sema domain
家族 Family familyb.69.12.1 — Sema domain
结构域编号 domain_idd6wvzm2
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.16 — Trefoil/Plexin domain-like
超家族 Superfamily superfamilyg.16.2 — Plexin repeat
家族 Family familyg.16.2.1 — Plexin repeat
结构域编号 domain_idd6wvzm3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id6wvzH01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6wvzH02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6wvzL01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6wvzL02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)