SAXSdb — 6wx8

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Importin subunit alpha-3

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 64–521	未记录	Transcription factor SOX-2 × 1 （P48431） SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；1.2M (NH4)2SO4, 0.1M HEPES pH 6.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.245
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 64–521	未记录	Transcription factor SOX-2 × 1 （P48431） SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；1.2M (NH4)2SO4, 0.1M HEPES pH 6.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.245

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6WX8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4UAE Importin alpha 3 delta IBB in complex with Influenza PB2 Nuclear Localization Domain 提交 2014-08-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 68–487（420 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M Na cacodylate, pH 6.5 0.1 M NaCl 1.1 M ammonium sulfate	分辨率 2.70 Å R-free 0.239
5TBK Crystal structure of human importin a3 bound to RCC1 提交 2016-09-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–521（521 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M sodium cacodylate buffer (pH 6.5), 0.2M Calcium acetate, 8% PEG 8000 and galactose 3%	分辨率 3.45 Å R-free 0.296
5TBK Crystal structure of human importin a3 bound to RCC1 提交 2016-09-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–521（521 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M sodium cacodylate buffer (pH 6.5), 0.2M Calcium acetate, 8% PEG 8000 and galactose 3%	分辨率 3.45 Å R-free 0.296
5TBK Crystal structure of human importin a3 bound to RCC1 提交 2016-09-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–521（521 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M sodium cacodylate buffer (pH 6.5), 0.2M Calcium acetate, 8% PEG 8000 and galactose 3%	分辨率 3.45 Å R-free 0.296
5TBK Crystal structure of human importin a3 bound to RCC1 提交 2016-09-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–521（521 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M sodium cacodylate buffer (pH 6.5), 0.2M Calcium acetate, 8% PEG 8000 and galactose 3%	分辨率 3.45 Å R-free 0.296
5TBK Crystal structure of human importin a3 bound to RCC1 提交 2016-09-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–521（521 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M sodium cacodylate buffer (pH 6.5), 0.2M Calcium acetate, 8% PEG 8000 and galactose 3%	分辨率 3.45 Å R-free 0.296
5TBK Crystal structure of human importin a3 bound to RCC1 提交 2016-09-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–521（521 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M sodium cacodylate buffer (pH 6.5), 0.2M Calcium acetate, 8% PEG 8000 and galactose 3%	分辨率 3.45 Å R-free 0.296
5TBK Crystal structure of human importin a3 bound to RCC1 提交 2016-09-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–521（521 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M sodium cacodylate buffer (pH 6.5), 0.2M Calcium acetate, 8% PEG 8000 and galactose 3%	分辨率 3.45 Å R-free 0.296
5TBK Crystal structure of human importin a3 bound to RCC1 提交 2016-09-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–521（521 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M sodium cacodylate buffer (pH 6.5), 0.2M Calcium acetate, 8% PEG 8000 and galactose 3%	分辨率 3.45 Å R-free 0.296
5XZX Crystal structure of importin-alpha3 bound to the nuclear localization signal of Ran-binding protein 3 提交 2017-07-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 70–485（416 aa）片段：UNP residues 70-485	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；PEG 8000	分辨率 3.00 Å R-free 0.281
6BVV Nipah virus W protein C-terminus in complex with Importin alpha 3 提交 2017-12-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 64–521（458 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M lithium nitrate, 20% w/v PEG3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.222
6BVZ Importin alpha 3 in cargo free state 提交 2017-12-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 64–521（458 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M sodium nitrate, 0.1 M bis-tris propane pH 6.5, 25% w/v PEG3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.269
6BW9 Hendra virus W protein C-terminus in complex with Importin alpha 3 crystal form 1 提交 2017-12-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 64–521（458 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1 M sodium citrate pH 5.0, 20% w/v PEG 2000	分辨率 1.60 Å R-free 0.196
6BWA Hendra virus W protein C-terminus in complex with Importin alpha 3 crystal form 2 提交 2017-12-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 64–521（458 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2M sodium chloride, 0.1M MES pH6.5, 10% w/v PEG 4000	分辨率 2.20 Å R-free 0.215
6BWB Hendra virus W protein C-terminus in complex with Importin alpha 3 crystal form 3 提交 2017-12-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 64–521（458 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2M sodium chloride, 0.1M MES pH6.5, 10% w/v PEG 4000	分辨率 2.30 Å R-free 0.218
7JJL Crystal structure of Importin Alpha 3 in complex with human LSD1 NLS 提交 2020-07-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 64–521（458 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.7 M sodium citrate, 0.01M DTT, 0.1M sodium HEPES pH 7	分辨率 2.60 Å R-free 0.266
7LF4 Structure of importin a3 bound to the p50- and p65-NLSs 提交 2021-01-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–521（521 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% PEG 3350	分辨率 2.85 Å R-free 0.238
7LF4 Structure of importin a3 bound to the p50- and p65-NLSs 提交 2021-01-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–521（521 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% PEG 3350	分辨率 2.85 Å R-free 0.238
7LFC Structure of importin a3 bound to p50 NLS 提交 2021-01-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–521（521 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.2M potassium thiocyanate, 20% PEG3350, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.220
7RFY Importin alpha3 in complex with MERS ORF4B 提交 2021-07-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 64–521（458 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris pH 8.0, 20% w/v PEG 6000	分辨率 2.50 Å R-free 0.267
7RG5 Importin alpha3 in complex with p50 NLS 提交 2021-07-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 64–521（458 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296 K；0.2M potassium thiocyanate and 20% PEG3350	分辨率 2.15 Å R-free 0.262
8FUB Crystal structure of human Importin alpha 3 in complex with Hendra virus matrix protein NLS1 提交 2023-01-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 64–521（458 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1M sodium HEPES,0.72M sodium citrate, 1% dithiothreitol	分辨率 2.75 Å R-free 0.281
8FZM Human importin alpha 3 in complex with Bimax2 peptide 提交 2023-01-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 64–521（458 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1M sodium HEPES, 0.78M sodium citrate, 1% Dithiothreitol	分辨率 3.00 Å R-free 0.260
8FZM Human importin alpha 3 in complex with Bimax2 peptide 提交 2023-01-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 64–521（458 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1M sodium HEPES, 0.78M sodium citrate, 1% Dithiothreitol	分辨率 3.00 Å R-free 0.260
8HKW Crystal structure of importin-alpha3 bound to the 53BP1 nuclear localization signal 提交 2022-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 70–485（416 aa）片段：UNP residues 70-485 链 B 70–485（416 aa）片段：UNP residues 70-485	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Mother liquor contained PEG3350 and lithium nitrate. Crystal was grown in the presence of a synthetic peptide (amino acid sequence: GTSFSGRKIKTAVRRRK) that corresponds to human Nup153 residues 1459-1475).	分辨率 1.90 Å R-free 0.221

共 16 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IMA3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–459； UniProt 64–521 作者链 C； PDB构建体 2–459； UniProt 64–521

Transcription factor SOX-2

Homo sapiens

UniProt P48431

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 39–127	未记录	Importin subunit alpha-3 × 1 （O00629） SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；1.2M (NH4)2SO4, 0.1M HEPES pH 6.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.245
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 39–127	未记录	Importin subunit alpha-3 × 1 （O00629） SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；1.2M (NH4)2SO4, 0.1M HEPES pH 6.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.245

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6WX8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1O4X TERNARY COMPLEX OF THE DNA BINDING DOMAINS OF THE OCT1 AND SOX2 TRANSCRIPTION FACTORS WITH A 19MER OLIGONUCLEOTIDE FROM THE HOXB1 REGULATORY ELEMENT 提交 2003-07-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 39–121（83 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM SODIUM PHOSPHATE	分辨率未提供
2LE4 Solution structure of the HMG box DNA-binding domain of human stem cell transcription factor Sox2 提交 2011-06-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 39–118（80 aa）片段：HMG box DNA binding residues 39-118	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM；压力 AMBIENT NMR样品组成 0.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Sox2, 7 % DTT, 95% H2O, 5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
6T7B Structure of human Sox2 transcription factor in complex with a nucleosome 提交 2019-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 K 36–121（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；The sample was applied onto glow-discharged Quantifoil holey carbon grids. The grids were blotted from both sides for 5-10 seconds at 16*C in a chamber at 100% humidity and plunge-frozen into liquid ethane using a manual plunger.	分辨率 5.10 Å
6T90 OCT4-SOX2-bound nucleosome - SHL-6 提交 2019-10-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 L 37–118（82 aa）	未记录	PTD PENTANEDIAL × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.05 Å
6WX7 SOX2 bound to Importin-alpha 2 提交 2020-05-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 39–127（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；750mM sodium citrate (pH7), 10 mM DTT	分辨率 2.70 Å R-free 0.227
6WX9 SOX2 bound to Importin-alpha 5 提交 2020-05-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 39–127（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2M sodium/potassium phosphate, 20% (w/v) PEG3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.251
6YOV OCT4-SOX2-bound nucleosome - SHL+6 提交 2020-04-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 L 37–118（82 aa）	未记录	PTD PENTANEDIAL × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.42 Å
9QPF Solution structure of Sox2 DBD 提交 2025-03-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 33–127（95 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.3；293 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 AMBIENT NMR样品组成 0.25 mM [U-13C; U-15N] Sox2-DBD, 135 mM potassium chloride, 20 mM TRIS, 15 mM sodium chloride, 0.01 % v/v sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.25 mM [U-13C; U-15N] Sox2-DBD, 135 mM potassium chloride, 20 mM TRIS, 15 mM sodium chloride, 0.01 % v/v sodium azide, 5 % v/v pentaethylene glycol monodecyl/n-Hexanol, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
9RL4 Structure of BAF in complex with OCT4-SOX2-bound nucleosome - SHL-6 提交 2025-06-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric	链 W 37–118（82 aa）	未记录	PTD PENTANEDIAL × 16 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9RMC Structure of BAF in complex with OCT4-SOX2-bound nucleosome - SHL+6 class 1 提交 2025-06-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric	链 W 37–118（82 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
9RN1 Structure of BAF-nucleosome complex with OCT4-SOX2 at SHL+6 in ADP-bound state, BAF47 bound to ATPase lobe 2 提交 2025-06-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric	链 W 37–118（82 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.90 Å
9RN2 Structure of BAF in complex with OCT4-SOX2-bound nucleosome - SHL+6 class 2 提交 2025-06-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric	链 W 37–118（82 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SOX2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–90； UniProt 39–127 作者链 D； PDB构建体 2–90； UniProt 39–127

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6wx8
沉积日期 deposition_date	2020-05-10
结构标题 title	SOX2 bound to Importin-alpha 3
关键词 keywords	NUCLEAR PROTEIN; NUCLEAR PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.55 Å
零角强度 I(0) i0	193998000.00
分子量 molecular_weight	112300.0 kDa
排除体积 excluded_volume	140830 Å³
包络体积 envelope_volume	181880 Å³
水化壳体积 shell_volume	43476 Å³
包络直径 envelope_diameter	121.9 Å
壳层 Rg shell_rg	40.62 Å
包络 Rg envelope_rg	35.70 Å
形状 Rg shape_rg	35.56 Å
总 Rg total_rg	35.87 Å
总原子数 total_atoms	7886
残基数 n_residues	999
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	115.1 Å
Rg (实空间) rg_real	36.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.94 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9400e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2300e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	194000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8915
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	49.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.252
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.497
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	66220000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.940; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.781

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Importin subunit alpha-3
分子量 formula_weight	50325.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	8113

SGDYRVQNTSLEAIVQNASSDNQGIQLSAVQAARKLLSSDRNPPIDDLIKSGILPILVHCLERDDNPSLQFEAAWALTNIASGTSEQTQAVVQSNAVPLFLRLLHSPHQNVCEQAVWALGNIIGDGPQCRDYVISLGVVKPLLSFISPSIPITFLRNVTWVMVNLCRHKDPPPPMETIQEILPALCVLIHHTDVNILVDTVWALSYLTDAGNEQIQMVIDSGIVPHLVPLLSHQEVKVQTAALRAVGNIVTGTDEQTQVVLNCDALSHFPALLTHPKEKINKEAVWFLSNITAGNQQQVQAVIDANLVPMIIHLLDKGDFGTQKEAAWAISNLTISGRKDQVAYLIQQNVIPPFCNLLTVKDAQVVQVVLDGLSNILKMAEDEAETIGNLIEECGGLEKIEQLQNHENEDIYKLAYEIIDQFFSSDDIDEDPSLVPEAIQGGTFGFNSSANVPTEGFQF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Transcription factor SOX-2
分子量 formula_weight	11045.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

SDRVKRPMNAFMVWSRGQRRKMAQENPKMHNSEISKRLGAEWKLLSETEKRPFIDEAKRLRALHMKEHPDYKYRPRRKTKTLMKKDKYTL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	227

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d6wx8a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6wx8b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.21 — HMG-box
超家族 Superfamily superfamily	a.21.1 — HMG-box
家族 Family family	a.21.1.1 — HMG-box

结构域编号 domain_id	d6wx8c_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.1 — ARM repeat
家族 Family family	a.118.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6wx8d_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.21 — HMG-box
超家族 Superfamily superfamily	a.21.1 — HMG-box
家族 Family family	a.21.1.1 — HMG-box

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	148.580 Å
晶胞边长 b length_b	118.990 Å
晶胞边长 c length_c	94.870 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	128.77 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	29.100 Å
R 因子 r_factor	0.2215
R_work r_work	0.2202
R_free r_free	0.2450

fit	/app/data/saxs_computation/wx/6wx8/6wx8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wx/6wx8/6wx8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wx/6wx8/6wx8.dat

SOX2 bound to Importin-alpha 3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Importin subunit alpha-3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Transcription factor SOX-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)