SAXSdb — 6wxi

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer membrane protein TolC

Escherichia coli (strain K12)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–493 链 B； UniProt 1–493 链 C； UniProt 1–493	未记录	无其他共同聚合物	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.84 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6WXI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1EK9 2.1A X-RAY STRUCTURE OF TOLC: AN INTEGRAL OUTER MEMBRANE PROTEIN AND EFFLUX PUMP COMPONENT FROM ESCHERICHIA COLI 提交 2000-03-07	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–452（428 aa）链 B 25–452（428 aa）链 C 25–452（428 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；298 K；PEG 2000 MME, PEG 400, Sodium Chloride, Magnesium Chloride, dodecyl glucopyrsanoside, hexyl glucopyranoside, heptyl gluocopyranoside, octyl glucopyranoside, 1,2,3-heptanetriol, Tris, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.257
1TQQ Structure of TolC in complex with hexamminecobalt 提交 2004-06-18	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–495（471 aa）链 B 25–495（471 aa）链 C 25–495（471 aa）	未记录	NCO COBALT HEXAMMINE(III) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；291 K；0.6% detergent mixture of n-dodecyl-beta-D glucopyranoside, n-hexyl-beta-D glucopyranoside, n-heptyl-beta-D glucopyranoside and n-octyl-beta-D glucopyranoside, 1.5% 1,2,3-heptanetriol, 7% polyethylene glycol 2000 monomethyl ether, 10% polyethylene glycol 400, 10mM NaCl, 20mM MgCl2, 20mM Tris, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.75 Å R-free 0.305
2VDD Crystal Structure of the Open State of TolC Outer Membrane Component of Mutlidrug Efflux Pumps 提交 2007-10-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–450（450 aa）片段：RESIDUES 1-450 链 B 1–450（450 aa）片段：RESIDUES 1-450 链 C 1–450（450 aa）片段：RESIDUES 1-450	突变：YES 突变：YES 突变：YES	CL CHLORIDE ION × 3 K POTASSIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLISED FROM 0.1M HEPES 7.5, 5% ISOPROPANOL, 10% PEG4000	分辨率 3.30 Å R-free 0.295
2VDE Crystal Structure of the Open State of TolC Outer Membrane Component of Mutlidrug Efflux Pumps 提交 2007-10-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–450（450 aa）片段：RESIDUES 1-450 链 B 1–450（450 aa）片段：RESIDUES 1-450 链 C 1–450（450 aa）片段：RESIDUES 1-450	突变：YES 突变：YES 突变：YES	CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 10.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.1M CAPS PH10.5, 30% PEG400	分辨率 3.20 Å R-free 0.315
2WMZ Structure of a mutated TolC 提交 2009-07-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–450（428 aa）片段：MATURE PROTEIN WITH 43 C-TERMINAL RESIDUES REMOVED, RESIDUES 23-450 链 B 23–450（428 aa）片段：MATURE PROTEIN WITH 43 C-TERMINAL RESIDUES REMOVED, RESIDUES 23-450 链 C 23–450（428 aa）片段：MATURE PROTEIN WITH 43 C-TERMINAL RESIDUES REMOVED, RESIDUES 23-450	突变：YES 突变：YES 突变：YES	CL CHLORIDE ION × 3 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 5 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；50 MM TRIS PH 8.2, 50 MM NACL, 14% PEG2000, 0.075% N-DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE, 0.3% N-OCTYL BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE	分辨率 2.90 Å R-free 0.301
2XMN High resolution snapshots of defined TolC open states present an iris- like movement of periplasmic entrance helices 提交 2010-07-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–450（428 aa）片段：RESIDUES 23-450 链 B 23–450（428 aa）片段：RESIDUES 23-450 链 C 23–450（428 aa）片段：RESIDUES 23-450	突变：YES 突变：YES 突变：YES	CL CHLORIDE ION × 3 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；PH 7.4	分辨率 2.85 Å R-free 0.309
5NG5 multi-drug efflux; membrane transport; RND superfamily; Drug resistance 提交 2017-03-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 C 1–493（493 aa）链 F 1–493（493 aa）链 I 1–493（493 aa）	未记录	5QF 6-[2-(3,4-dimethoxyphenyl)ethylsulfanyl]-8-[4-(2-methoxyethyl)piperazin-1-yl]-3,3-dimethyl-1,4-dihydropyrano[3,4-c]pyridine-5-carbonitrile × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；a 3ul aliquot at a concentration of 2 mg per ml was applied onto glow-discharged holey carbon grid (Quantifoil Au R1.21.3, 300 mesh)	分辨率 6.50 Å
5NIK Structure of the MacAB-TolC ABC-type tripartite multidrug efflux pump 提交 2017-03-24	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 A 23–493（471 aa）链 B 23–493（471 aa）链 C 23–493（471 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
5NIL Structure of the MacAB-TolC ABC-type tripartite multidrug efflux pump-MacB section 提交 2017-03-24	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 A 23–493（471 aa）链 B 23–493（471 aa）链 C 23–493（471 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.30 Å
5O66 Asymmetric AcrABZ-TolC 提交 2017-06-05	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 A 1–493（493 aa）链 B 1–493（493 aa）链 C 1–493（493 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.90 Å
5V5S multi-drug efflux; membrane transport; RND superfamily; Drug resistance 提交 2017-03-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 23–464（442 aa）链 B 23–464（442 aa）链 C 23–464（442 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；a 3ul aliquot at a concentration of 2 mg per ml was applied onto glow-discharged holey carbon grid (Quantifoil Au R1.21.3, 300 mesh)	分辨率 6.50 Å
6WXH Colicin E1 fragment in nanodisc-embedded TolC 提交 2020-05-10	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–493（493 aa）链 B 1–493（493 aa）链 C 1–493（493 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å
8ZAL EmrAB-TolC MFS-type tripartite multidrug efflux pump EA 提交 2024-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 G 23–450（428 aa）链 H 23–450（428 aa）链 I 23–450（428 aa）	突变：V169L 突变：V169L 突变：V169L	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.11 Å
8ZAR EmrAB-TolC MFS-type tripartite multidrug efflux pump FA 提交 2024-04-25	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 G 1–493（493 aa）链 H 1–493（493 aa）链 I 1–493（493 aa）	突变：V191L 突变：V191L 突变：V191L	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.59 Å
9QGY Structure of the YbjP lipoprotein bound to the MacAB-TolC tripartite efflux pump 提交 2025-03-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric	链 A 23–493（471 aa）链 B 23–493（471 aa）链 C 23–493（471 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 3 Z41 (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.48 Å
9TG4 Structure of the YbjP lipoprotein bound to the AcrABZ-TolC efflux pump 提交 2025-11-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric	链 A 23–493（471 aa）链 B 23–493（471 aa）链 C 23–493（471 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.17 Å
9V52 Structure of TolC and YbjP closed state complex 提交 2025-05-25	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C1 1–493（493 aa）链 C2 1–493（493 aa）链 C3 1–493（493 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.56 Å
9V53 Structure of TolC, YbjP, and AcrABZ complex 提交 2025-05-25	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 C1 1–493（493 aa）链 C2 1–493（493 aa）链 C3 1–493（493 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.39 Å
9V55 Structure of TolC, YbjP, and AcrA complex 提交 2025-05-25	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 C1 1–493（493 aa）链 C2 1–493（493 aa）链 C3 1–493（493 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.26 Å

共 19 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TOLC_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–493； UniProt 1–493 作者链 B； PDB构建体 1–493； UniProt 1–493 作者链 C； PDB构建体 1–493； UniProt 1–493

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6wxi
沉积日期 deposition_date	2020-05-10
结构标题 title	Colicin E1 fragment in nanodisc-embedded TolC
关键词 keywords	antibiotic efflux, bacteriocin, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.10 Å
零角强度 I(0) i0	328988000.00
分子量 molecular_weight	140790.0 kDa
排除体积 excluded_volume	174080 Å³
包络体积 envelope_volume	264260 Å³
水化壳体积 shell_volume	58230 Å³
包络直径 envelope_diameter	148.8 Å
壳层 Rg shell_rg	43.09 Å
包络 Rg envelope_rg	40.08 Å
形状 Rg shape_rg	41.11 Å
总 Rg total_rg	41.22 Å
总原子数 total_atoms	9912
残基数 n_residues	1284
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	139.2 Å
Rg (实空间) rg_real	41.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2900e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.3330e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	328900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7898
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	44.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.676
峰度 Kurtosis kurtosis	0.101
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	35280000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.623; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.398

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d6wxia_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.5 — Outer membrane efflux proteins (OEP)
超家族 Superfamily superfamily	f.5.1 — Outer membrane efflux proteins (OEP)
家族 Family family	f.5.1.1 — Outer membrane efflux proteins (OEP)

结构域编号 domain_id	d6wxib_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.5 — Outer membrane efflux proteins (OEP)
超家族 Superfamily superfamily	f.5.1 — Outer membrane efflux proteins (OEP)
家族 Family family	f.5.1.1 — Outer membrane efflux proteins (OEP)

结构域编号 domain_id	d6wxic_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.5 — Outer membrane efflux proteins (OEP)
超家族 Superfamily superfamily	f.5.1 — Outer membrane efflux proteins (OEP)
家族 Family family	f.5.1.1 — Outer membrane efflux proteins (OEP)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.84 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	196158

描述 description	Outer membrane protein TolC
分子量 formula_weight	53783.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	9912

Colicin E1 fragment in nanodisc-embedded TolC

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer membrane protein TolC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

fit	/app/data/saxs_computation/wx/6wxi/6wxi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wx/6wxi/6wxi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wx/6wxi/6wxi.dat