SAXSdb — 6xdj

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltodextrin-binding protein,Transcriptional regulatory protein SIN3

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	信息不足	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	信息不足	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	信息不足	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A4P1LXE0_SERSF
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–359； UniProt 3–360 作者链 B； PDB构建体 2–359； UniProt 3–360 作者链 C； PDB构建体 2–359； UniProt 3–360 作者链 D； PDB构建体 2–359； UniProt 3–360

Maltodextrin-binding protein,Transcriptional regulatory protein SIN3

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P22579

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	信息不足	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	信息不足	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	信息不足	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SIN3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 372–443； UniProt 402–473 作者链 B； PDB构建体 372–443； UniProt 402–473 作者链 C； PDB构建体 372–443； UniProt 402–473 作者链 D； PDB构建体 372–443； UniProt 402–473

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6xdj
沉积日期 deposition_date	2020-06-10
结构标题 title	Crystal Structure Analysis of MBP-SIN3
关键词 keywords	RPD3 histone deacetylase complexes, epigenetic repression, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6xdj__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6xdj__assembly_4__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6xdj__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.69 Å
Rg（电子密度）	20.55 Å
总 Rg	21.57 Å
原子数	2868
残基数	371
排除体积	51328 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6xdj__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6xdj__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`6xdj__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`6xdj__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Maltodextrin-binding protein,Transcriptional regulatory protein SIN3
分子量 formula_weight	48900.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	13335

MKIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPAAAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYAAGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSAVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAAKNVDVEFSQAISYVNKIKTRFADQPDIYKHFLEILQTYQREQKPINEVYAQVTHLFQNAPDLLEDFKKFLPD

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	504.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	702

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d6xdjd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamily	c.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family family	c.94.1.1 — Phosphate binding protein-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6xdjA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1160 — Paired amphipathic helix 2 (pah2 repeat)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11 — Paired amphipathic helix

结构域编号 domain_id	6xdjB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1160 — Paired amphipathic helix 2 (pah2 repeat)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11 — Paired amphipathic helix

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晶胞边长 a length_a	79.730 Å
晶胞边长 b length_b	144.860 Å
晶胞边长 c length_c	97.090 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	107.97 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	75.841 Å
R 因子 r_factor	0.2074
R_work r_work	0.2057
R_free r_free	0.2399

Crystal Structure Analysis of MBP-SIN3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltodextrin-binding protein,Transcriptional regulatory protein SIN3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Maltodextrin-binding protein,Transcriptional regulatory protein SIN3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6xdj__assembly_4__model_1

6xdj__assembly_4__model_1 | I(q)

6xdj__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure Analysis of MBP-SIN3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltodextrin-binding protein,Transcriptional regulatory protein SIN3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Maltodextrin-binding protein,Transcriptional regulatory protein SIN3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6xdj__assembly_4__model_1

6xdj__assembly_4__model_1 | I(q)

6xdj__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)