6y6o

Structure of mature activin A with small molecule 42

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 68.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Inhibin beta A chain

Homo sapiens

UniProt P08476

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 311–426 链 B; UniProt 311–426 未记录 SO4 SULFATE ION × 10 OCK (3~{R})-4-ethyl-3-methyl-3-propyl-1~{H}-1,4-benzodiazepine-2,5-dione × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.4;291 K;1.65 M (NH4)2SO4, 4 % PEG 300, 100 mM Hepes pH 7.4, 2 % DMSO 分辨率 2.04 Å R-free 0.254

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 14 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 INHBA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–116; UniProt 311–426 作者链 B; PDB构建体 1–116; UniProt 311–426

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6y6o

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6y6o
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6y6o
沉积日期 deposition_date2020-02-26
结构标题 titleStructure of mature activin A with small molecule 42
关键词 keywordsactivin A, TGF-beta, growth factor, FBDD, inhibitor, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.41
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.93
零角强度 I(0) i013862600.00
分子量 molecular_weight26216.0 kDa
排除体积 excluded_volume32087 ų
包络体积 envelope_volume40129 ų
水化壳体积 shell_volume17585 ų
包络直径 envelope_diameter71.9
壳层 Rg shell_rg25.42
包络 Rg envelope_rg20.11
形状 Rg shape_rg20.01
总 Rg total_rg20.51
总原子数 total_atoms1819
残基数 n_residues226
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax68.6
Rg (实空间) rg_real20.42
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.52
I(0) (实空间) i0_real1.3860e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9810e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.42
I(0) (倒空间) i0_reciprocal13860000.0000
解质量估计 total_estimate0.8045
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.5
偏度 Skewness skewness0.389
峰度 Kurtosis kurtosis-0.204
角度范围 angular_range— – 0.3900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2037000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.824; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6y6oa_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamilyg.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family familyg.17.1.2 — Transforming growth factor (TGF)-beta
结构域编号 domain_idd6y6ob_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamilyg.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family familyg.17.1.2 — Transforming growth factor (TGF)-beta

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)