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6ypc

Crystal structure of the kinetochore subunits H/I/K/T/W penta-complex from S. cerevisiae at 2.9 angstroms

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 83.0 Å Quality: EXCELLENT
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Inner kinetochore subunit MCM22

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P47167

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白拷贝数一致 链 K； UniProt 131–239 未记录 Inner kinetochore subunit MCM16 × 1 （Q12262） Inner kinetochore subunit CNN1 × 1 （P43618） Inner kinetochore subunit WIP1 × 1 （Q2V2P8） Inner kinetochore subunit CTF3 × 1 （Q12748） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1 M NaH2PO4 and 0.38M K2HPO4 with protein at 5.5 mg/ml 分辨率 2.90 Å R-free 0.283

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6YPC Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6OUA Cryo-EM structure of the yeast Ctf3 complex 提交 2019-05-04 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 K 1–239（239 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.18 Å
6QLD Structure of inner kinetochore CCAN-Cenp-A complex 提交 2019-01-31 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric
链 K 7–128（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.15 Å
6QLE Structure of inner kinetochore CCAN complex 提交 2019-01-31 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric
链 K 1–133（133 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.55 Å
6WUC The yeast Ctf3 complex with Cnn1-Wip1 提交 2020-05-04 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 K 1–239（239 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.23 Å
7L7Q Ctf3c with Ulp2-KIM 提交 2020-12-30 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 K 1–239（239 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8OVW Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to centromeric DNA 提交 2023-04-26 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric
链 K 1–239（239 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8OW0 Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to a centromeric CENP-A nucleosome 提交 2023-04-26 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：25-meric
链 K 1–239（239 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8OW1 Cryo-EM structure of the yeast Inner kinetochore bound to a CENP-A nucleosome. 提交 2023-04-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：42-meric
链 K 1–239（239 aa）
链 KK 1–239（239 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CENPK_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 K； PDB构建体 2–110； UniProt 131–239

Inner kinetochore subunit MCM16

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt Q12262

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白拷贝数一致 链 H； UniProt 137–181 未记录 Inner kinetochore subunit MCM22 × 1 （P47167） Inner kinetochore subunit CNN1 × 1 （P43618） Inner kinetochore subunit WIP1 × 1 （Q2V2P8） Inner kinetochore subunit CTF3 × 1 （Q12748） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1 M NaH2PO4 and 0.38M K2HPO4 with protein at 5.5 mg/ml 分辨率 2.90 Å R-free 0.283

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6YPC Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6OUA Cryo-EM structure of the yeast Ctf3 complex 提交 2019-05-04 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 1–181（181 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.18 Å
6QLD Structure of inner kinetochore CCAN-Cenp-A complex 提交 2019-01-31 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric
链 H 4–136（133 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.15 Å
6WUC The yeast Ctf3 complex with Cnn1-Wip1 提交 2020-05-04 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 H 1–181（181 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.23 Å
7L7Q Ctf3c with Ulp2-KIM 提交 2020-12-30 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 1–181（181 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8OVW Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to centromeric DNA 提交 2023-04-26 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric
链 H 1–181（181 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8OW0 Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to a centromeric CENP-A nucleosome 提交 2023-04-26 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：25-meric
链 H 1–181（181 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8OW1 Cryo-EM structure of the yeast Inner kinetochore bound to a CENP-A nucleosome. 提交 2023-04-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：42-meric
链 H 1–181（181 aa）
链 HH 1–181（181 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CENPH_YEAST
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 H； PDB构建体 2–46； UniProt 137–181

Inner kinetochore subunit CNN1

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P43618

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白拷贝数一致 链 T； UniProt 1–361 未记录 Inner kinetochore subunit MCM22 × 1 （P47167） Inner kinetochore subunit MCM16 × 1 （Q12262） Inner kinetochore subunit WIP1 × 1 （Q2V2P8） Inner kinetochore subunit CTF3 × 1 （Q12748） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1 M NaH2PO4 and 0.38M K2HPO4 with protein at 5.5 mg/ml 分辨率 2.90 Å R-free 0.283

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6YPC Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4GEQ Crystal structure of the Spc24-Spc25/Cnn1 binding interface 提交 2012-08-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 60–84（25 aa） 片段：Cnn1p N-terminal motif, residues 60-84
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293.15 K；15% PEG6000, 5% glycerol; Drop volume: 0.2ul; Protein proportion: 50%; Protein concentration: 6 mg/ml, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.01 Å R-free 0.258
4GEQ Crystal structure of the Spc24-Spc25/Cnn1 binding interface 提交 2012-08-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 60–84（25 aa） 片段：Cnn1p N-terminal motif, residues 60-84
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；293.15 K；15% PEG6000, 5% glycerol; Drop volume: 0.2ul; Protein proportion: 50%; Protein concentration: 6 mg/ml, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.01 Å R-free 0.258
6WUC The yeast Ctf3 complex with Cnn1-Wip1 提交 2020-05-04 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 T 1–361（361 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.23 Å
8OVW Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to centromeric DNA 提交 2023-04-26 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric
链 T 1–361（361 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8OW0 Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to a centromeric CENP-A nucleosome 提交 2023-04-26 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：25-meric
链 T 1–361（361 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8OW1 Cryo-EM structure of the yeast Inner kinetochore bound to a CENP-A nucleosome. 提交 2023-04-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：42-meric
链 T 1–361（361 aa）
链 TT 1–361（361 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CENPT_YEAST
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 T； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361

Inner kinetochore subunit WIP1

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt Q2V2P8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白拷贝数一致 链 W； UniProt 1–89 未记录 Inner kinetochore subunit MCM22 × 1 （P47167） Inner kinetochore subunit MCM16 × 1 （Q12262） Inner kinetochore subunit CNN1 × 1 （P43618） Inner kinetochore subunit CTF3 × 1 （Q12748） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1 M NaH2PO4 and 0.38M K2HPO4 with protein at 5.5 mg/ml 分辨率 2.90 Å R-free 0.283

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6YPC Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6WUC The yeast Ctf3 complex with Cnn1-Wip1 提交 2020-05-04 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 W 1–89（89 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.23 Å
8OVW Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to centromeric DNA 提交 2023-04-26 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric
链 W 1–89（89 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8OW0 Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to a centromeric CENP-A nucleosome 提交 2023-04-26 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：25-meric
链 W 1–89（89 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8OW1 Cryo-EM structure of the yeast Inner kinetochore bound to a CENP-A nucleosome. 提交 2023-04-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：42-meric
链 W 1–89（89 aa）
链 WW 1–89（89 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CENPW_YEAST
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 W； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89

Inner kinetochore subunit CTF3

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt Q12748

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白拷贝数一致 链 I； UniProt 1–245 未记录 Inner kinetochore subunit MCM22 × 1 （P47167） Inner kinetochore subunit MCM16 × 1 （Q12262） Inner kinetochore subunit CNN1 × 1 （P43618） Inner kinetochore subunit WIP1 × 1 （Q2V2P8） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1 M NaH2PO4 and 0.38M K2HPO4 with protein at 5.5 mg/ml 分辨率 2.90 Å R-free 0.283

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6YPC Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6NUW Yeast Ctf19 complex 提交 2019-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 H 1–733（733 aa）
链 Y 1–733（733 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.25 Å
6OUA Cryo-EM structure of the yeast Ctf3 complex 提交 2019-05-04 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 1–733（733 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.18 Å
6QLD Structure of inner kinetochore CCAN-Cenp-A complex 提交 2019-01-31 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric
链 I 321–728（408 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.15 Å
6QLE Structure of inner kinetochore CCAN complex 提交 2019-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric
链 I 335–656（322 aa）
链 I 690–733（44 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.55 Å
6WUC The yeast Ctf3 complex with Cnn1-Wip1 提交 2020-05-04 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 I 1–733（733 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.23 Å
7L7Q Ctf3c with Ulp2-KIM 提交 2020-12-30 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 1–733（733 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8OVW Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to centromeric DNA 提交 2023-04-26 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric
链 I 1–733（733 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8OW0 Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to a centromeric CENP-A nucleosome 提交 2023-04-26 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：25-meric
链 I 1–733（733 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8OW1 Cryo-EM structure of the yeast Inner kinetochore bound to a CENP-A nucleosome. 提交 2023-04-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：42-meric
链 I 1–733（733 aa）
链 II 1–733（733 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CENPI_YEAST
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 I； PDB构建体 1–245； UniProt 1–245

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6ypc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6ypc
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6ypc
沉积日期 deposition_date2020-04-15
结构标题 titleCrystal structure of the kinetochore subunits H/I/K/T/W penta-complex from S. cerevisiae at 2.9 angstroms
关键词 keywordskinetochore, cenp complex, centromeres, chromosome segregation, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.47 Å
零角强度 I(0) i057385500.00
分子量 molecular_weight61536.0 kDa
排除体积 excluded_volume78295 ų
包络体积 envelope_volume95272 ų
水化壳体积 shell_volume31040 ų
包络直径 envelope_diameter86.2 Å
壳层 Rg shell_rg32.90 Å
包络 Rg envelope_rg25.64 Å
形状 Rg shape_rg25.45 Å
总 Rg total_rg26.39 Å
总原子数 total_atoms4334
残基数 n_residues535
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax83.0 Å
Rg (实空间) rg_real26.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.59 Å
I(0) (实空间) i0_real5.7390e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.9620e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal57390000.0000
解质量估计 total_estimate0.9067
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary31.8 Å
偏度 Skewness skewness0.230
峰度 Kurtosis kurtosis-0.430
角度范围 angular_range— – 0.3000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11820000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.931; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.993
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)