SAXSdb — 6z3m

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Growth/differentiation factor 5

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	RGM domain family member B × 6 （Q6NW40） Neogenin × 2 （P97798） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	RGM domain family member B × 6 （Q6NW40） Neogenin × 2 （P97798） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	RGM domain family member B × 6 （Q6NW40） Neogenin × 2 （P97798） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GDF5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–117； UniProt 387–501 作者链 B； PDB构建体 3–117； UniProt 387–501 作者链 G； PDB构建体 3–117； UniProt 387–501 作者链 H； PDB构建体 3–117； UniProt 387–501 作者链 M； PDB构建体 3–117； UniProt 387–501 作者链 N； PDB构建体 3–117； UniProt 387–501

RGM domain family member B

Homo sapiens

UniProt Q6NW40

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	Growth/differentiation factor 5 × 2 （P43026） Neogenin × 2 （P97798） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	Growth/differentiation factor 5 × 2 （P43026） Neogenin × 2 （P97798） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	Growth/differentiation factor 5 × 2 （P43026） Neogenin × 2 （P97798） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RGMB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 4–363； UniProt 53–412 作者链 D； PDB构建体 4–363； UniProt 53–412 作者链 I； PDB构建体 4–363； UniProt 53–412 作者链 J； PDB构建体 4–363； UniProt 53–412 作者链 O； PDB构建体 4–363； UniProt 53–412 作者链 P； PDB构建体 4–363； UniProt 53–412 作者链 S； PDB构建体 4–363； UniProt 53–412 作者链 T； PDB构建体 4–363； UniProt 53–412 作者链 U； PDB构建体 4–363； UniProt 53–412 作者链 V； PDB构建体 4–363； UniProt 53–412 作者链 W； PDB构建体 4–363； UniProt 53–412 作者链 X； PDB构建体 4–363； UniProt 53–412 作者链 c； PDB构建体 4–363； UniProt 53–412 作者链 d； PDB构建体 4–363； UniProt 53–412 作者链 i； PDB构建体 4–363； UniProt 53–412 作者链 j； PDB构建体 4–363； UniProt 53–412 作者链 o； PDB构建体 4–363； UniProt 53–412 作者链 p； PDB构建体 4–363； UniProt 53–412

Neogenin

Mus musculus

UniProt P97798

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	Growth/differentiation factor 5 × 2 （P43026） RGM domain family member B × 6 （Q6NW40） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	Growth/differentiation factor 5 × 2 （P43026） RGM domain family member B × 6 （Q6NW40） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	Growth/differentiation factor 5 × 2 （P43026） RGM domain family member B × 6 （Q6NW40） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NEO1_MOUSE
Isoform	P97798-4
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 4–244； UniProt 883–1123 作者链 F； PDB构建体 4–244； UniProt 883–1123 作者链 K； PDB构建体 4–244； UniProt 883–1123 作者链 L； PDB构建体 4–244； UniProt 883–1123 作者链 Q； PDB构建体 4–244； UniProt 883–1123 作者链 R； PDB构建体 4–244； UniProt 883–1123

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6z3m
沉积日期 deposition_date	2020-05-21
结构标题 title	Repulsive Guidance Molecule B (RGMB) in complex with Growth Differentiation Factor 5 (GDF5) and Neogenin 1 (NEO1).
关键词 keywords	;Repulsive Guidance Molecule, RGM, Bone Morphogenetic Protein, BMP, Growth Differentiation Factor 5, GDF5, Neogenin, axon guidance, TGFbeta signalling, brain development, iron metabolism, signaling protein ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6z3m__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6z3m__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6z3m__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	46.42 Å
Rg（电子密度）	47.60 Å
总 Rg	47.45 Å
原子数	8235
残基数	1071
排除体积	146080 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6z3m__assembly_1__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6z3m__assembly_2__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`6z3m__assembly_3__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Growth/differentiation factor 5
分子量 formula_weight	13405.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,G,H,M,N
原子数 atom_count	25210

MKRQGKRPSKNLKARCSRKALHVNFKDMGWDDWIIAPLEYEAFHCEGLCEFPLRSHLEPTNHAVIQTLMNSMDPESTPPTCCVPTRLSPISILFIDSANNVVYKQYEDMVVESCGCR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RGM domain family member B
分子量 formula_weight	41036.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	18

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,I,J,O,P,c,d,i,j,o,p,S,T,U,V,W,X

ETGQCRIQKCTTDFVSLTSHLNSAVDGFDSEFCKALRAYAGCTQRTSKACRGNLVYHSAVLGISDLMSQRNCSKDGPTSSTNPEVTHDPCNYHSHAGAREHRRGDQNPPSYLFCGLFGDPHLRTFKDNFQTCKVEGAWPLIDNNYLSVQVTNVPVVPGSSATATNKITIIFKAHHGCTDQKVYQAVTDDLPAAFVDGTTSGGDSDAKSLRIVERESGHYVEMHARYIGTTVFVRQVGRYLTLAIRMPEDLAMSYEESQDLQLCVNGCPLSERIDDGQGQVSAILGHSLPRTSLVQAWPGYTLETANTQCHEKMPVKDIYFQSCVFDLLTTGDANFTAAAHSALEDVEALHPRKERWHIFPSSGTKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Neogenin
分子量 formula_weight	28031.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,K,L,Q,R

ETGTPMMPPVGVQASILSHDTIRITWADNSLPKHQKITDSRYYTVRWKTNIPANTKYKNANATTLSYLVTGLKPNTLYEFSVMVTKGRRSSTWSMTAHGATFELVPTSPPKDVTVVSKEGKPRTIIVNWQPPSEANGKITGYIIYYSTDVNAEIHDWVIEPVVGNRLTHQIQELTLDTPYYFKIQARNSKGMGPMSEAVQFRTPKALGSAGKGSRLPDLGSDYKPPMSGSNSPHGSPTSPLDSNGTKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	House mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

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晶胞边长 a length_a	279.480 Å
晶胞边长 b length_b	279.480 Å
晶胞边长 c length_c	142.370 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	108

空间群 space_group	P 62
空间群编号 int_tables_number	171
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	5.501 Å
最低分辨率 resolution_low	69.870 Å
R 因子 r_factor	0.3310
R_work r_work	0.3257
R_free r_free	0.4282

Repulsive Guidance Molecule B (RGMB) in complex with Growth Differentiation Factor 5 (GDF5) and Neogenin 1 (NEO1).

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Growth/differentiation factor 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RGM domain family member B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Neogenin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6z3m__assembly_2__model_1

6z3m__assembly_2__model_1 | I(q)

6z3m__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Repulsive Guidance Molecule B (RGMB) in complex with Growth Differentiation Factor 5 (GDF5) and Neogenin 1 (NEO1).

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Growth/differentiation factor 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RGM domain family member B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Neogenin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6z3m__assembly_2__model_1

6z3m__assembly_2__model_1 | I(q)

6z3m__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)