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6zg5

COPII on membranes, outer coat right-handed rod, class1

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 209.6 Å Quality: SUSPICIOUS
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein transport protein SEC31

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P38968

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–1273 链 C； UniProt 1–1273 未记录 Protein transport protein SEC13 × 1 （Q04491） Protein transport protein SEC13 × 1 （Q04491） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 40.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6ZG5 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2PM6 Crystal Structure of yeast Sec13/31 edge element of the COPII vesicular coat, native version 提交 2007-04-20 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 370–763（394 aa） 片段：residues 370-763
链 C 370–763（394 aa） 片段：residues 370-763
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；15% PEG 4000, 10% DMSO, 6% dioxanie, 0.1M Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.45 Å R-free 0.301
2PM7 Crystal structure of yeast Sec13/31 edge element of the COPII vesicular coat, selenomethionine version 提交 2007-04-20 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 370–763（394 aa） 片段：residues 370-763
链 C 370–763（394 aa） 片段：residues 370-763
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；15% PEG 4000, 10% DMSO, 6% dioxane, 0.1M Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.35 Å R-free 0.298
2PM9 Crystal structure of yeast Sec13/31 vertex element of the COPII vesicular coat 提交 2007-04-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–411（411 aa） 片段：residues 1-411
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；295 K；8% PEG 3350, 0.1M tri-sodium citrate, 10mM manganese chloride, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.30 Å R-free 0.305
2QTV Structure of Sec23-Sar1 complexed with the active fragment of Sec31 提交 2007-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 899–947（49 aa） 片段：residues 899-947
未记录 ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；295 K；150 mM NaCl, 20 mM HEPES, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.50 Å R-free 0.262
3MZL Sec13/Sec31 edge element, loop deletion mutant 提交 2010-05-12 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 370–473（104 aa） 片段：UNP residues 370-746, deletion of residues 474-507
链 B 508–746（239 aa） 片段：UNP residues 370-746, deletion of residues 474-507
链 D 370–473（104 aa） 片段：UNP residues 370-746, deletion of residues 474-507
链 D 508–746（239 aa） 片段：UNP residues 370-746, deletion of residues 474-507
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；289 K；0.1mM bis-Tris propane, 0.2M sodium citrate, 16% polyethylene glycol 3350, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.80 Å R-free 0.300
3MZL Sec13/Sec31 edge element, loop deletion mutant 提交 2010-05-12 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 F 370–473（104 aa） 片段：UNP residues 370-746, deletion of residues 474-507
链 F 508–746（239 aa） 片段：UNP residues 370-746, deletion of residues 474-507
链 H 370–473（104 aa） 片段：UNP residues 370-746, deletion of residues 474-507
链 H 508–746（239 aa） 片段：UNP residues 370-746, deletion of residues 474-507
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；289 K；0.1mM bis-Tris propane, 0.2M sodium citrate, 16% polyethylene glycol 3350, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.80 Å R-free 0.300
4BZJ The structure of the COPII coat assembled on membranes 提交 2013-07-26 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1273（1273 aa）
链 C 1–1273（1273 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 HEPES, 50 MM KOAC, 1.2 MM MGCL2；pH 6.8；HEPES, 50 MM KOAC, 1.2 MM MGCL2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；ETHANE; HOMEMADE PLUNGER
分辨率 40.00 Å
4BZK The structure of the COPII coat assembled on membranes 提交 2013-07-26 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1273（1273 aa）
链 C 1–1273（1273 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 HEPES, 50 MM KOAC, 1.2 MM MGCL2；pH 6.8；HEPES, 50 MM KOAC, 1.2 MM MGCL2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；ETHANE; HOMEMADE PLUNGER
分辨率 40.00 Å
6ZG6 COPII on membranes, outer coat vertex 提交 2020-06-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–1273（1273 aa）
链 C 1–1273（1273 aa）
链 E 1–1273（1273 aa）
链 G 1–1273（1273 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 12.00 Å
6ZL0 COPII on membranes, outer coat left-handed rod 提交 2020-06-30 当前字段一致 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1273（1273 aa）
链 C 1–1273（1273 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 40.00 Å

共 9 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SEC31_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–1273； UniProt 1–1273 作者链 C； PDB构建体 1–1273； UniProt 1–1273

Protein transport protein SEC13

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt Q04491

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–297 链 F； UniProt 1–297 未记录 Protein transport protein SEC31 × 2 （P38968） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 40.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6ZG5 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2PM6 Crystal Structure of yeast Sec13/31 edge element of the COPII vesicular coat, native version 提交 2007-04-20 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–297（297 aa）
链 D 1–297（297 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；15% PEG 4000, 10% DMSO, 6% dioxanie, 0.1M Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.45 Å R-free 0.301
2PM7 Crystal structure of yeast Sec13/31 edge element of the COPII vesicular coat, selenomethionine version 提交 2007-04-20 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–297（297 aa）
链 D 1–297（297 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；15% PEG 4000, 10% DMSO, 6% dioxane, 0.1M Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.35 Å R-free 0.298
2PM9 Crystal structure of yeast Sec13/31 vertex element of the COPII vesicular coat 提交 2007-04-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–297（297 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；295 K；8% PEG 3350, 0.1M tri-sodium citrate, 10mM manganese chloride, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.30 Å R-free 0.305
3IKO Crystal structure of the heterotrimeric Sec13-Nup145C-Nup84 nucleoporin complex 提交 2009-08-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–297（297 aa） 片段：UNP residues 1-297
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 20000, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.20 Å R-free 0.273
3IKO Crystal structure of the heterotrimeric Sec13-Nup145C-Nup84 nucleoporin complex 提交 2009-08-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–297（297 aa） 片段：UNP residues 1-297
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 20000, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.20 Å R-free 0.273
3IKO Crystal structure of the heterotrimeric Sec13-Nup145C-Nup84 nucleoporin complex 提交 2009-08-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–297（297 aa） 片段：UNP residues 1-297
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 20000, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.20 Å R-free 0.273
3JRO NUP84-NUP145C-SEC13 edge element of the NPC lattice 提交 2009-09-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–297（297 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；295 K；1.15M sodium malonate, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 4.00 Å R-free 0.329
3JRP SEC13 with NUP145C (AA109-179) insertion blade 提交 2009-09-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–297（297 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；289 K；0.1M Tris, 22% PEG 4000, 0.25 M LiCl, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.60 Å R-free 0.254
3MZK Sec13/Sec16 complex, S.cerevisiae 提交 2010-05-12 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–297（297 aa）
链 D 1–297（297 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.1mM bis-Tris propane, 0.2M NaBr, 12% polyethylene glycol 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.69 Å R-free 0.243
3MZL Sec13/Sec31 edge element, loop deletion mutant 提交 2010-05-12 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–297（297 aa）
链 C 1–297（297 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；289 K；0.1mM bis-Tris propane, 0.2M sodium citrate, 16% polyethylene glycol 3350, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.80 Å R-free 0.300
3MZL Sec13/Sec31 edge element, loop deletion mutant 提交 2010-05-12 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 1–297（297 aa）
链 G 1–297（297 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；289 K；0.1mM bis-Tris propane, 0.2M sodium citrate, 16% polyethylene glycol 3350, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.80 Å R-free 0.300
4BZJ The structure of the COPII coat assembled on membranes 提交 2013-07-26 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 2–292（291 aa）
链 F 2–292（291 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 HEPES, 50 MM KOAC, 1.2 MM MGCL2；pH 6.8；HEPES, 50 MM KOAC, 1.2 MM MGCL2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；ETHANE; HOMEMADE PLUNGER
分辨率 40.00 Å
4BZK The structure of the COPII coat assembled on membranes 提交 2013-07-26 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–297（297 aa）
链 F 1–297（297 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 HEPES, 50 MM KOAC, 1.2 MM MGCL2；pH 6.8；HEPES, 50 MM KOAC, 1.2 MM MGCL2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；ETHANE; HOMEMADE PLUNGER
分辨率 40.00 Å
4XMM Structure of the yeast coat nucleoporin complex, space group C2 提交 2015-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–297（297 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；PEG 20000, ethanol, MES
分辨率 7.38 Å R-free 0.353
4XMN Structure of the yeast coat nucleoporin complex, space group P212121 提交 2015-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 2–297（296 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；PEG 20000, ethanol, MES
分辨率 7.60 Å R-free 0.347
6ZG6 COPII on membranes, outer coat vertex 提交 2020-06-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 1–297（297 aa）
链 D 1–297（297 aa）
链 F 1–297（297 aa）
链 H 1–297（297 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 12.00 Å
6ZL0 COPII on membranes, outer coat left-handed rod 提交 2020-06-30 当前字段一致 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–297（297 aa）
链 D 1–297（297 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 40.00 Å
7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 136 PDB 声明：136-meric
链 d 1–297（297 aa）
链 o 1–297（297 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 11.60 Å
7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric
链 d 1–297（297 aa）
链 o 1–297（297 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 11.60 Å
7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric
链 d 1–297（297 aa）
链 o 1–297（297 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 11.60 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 448 PDB 声明：448-meric
链 d 1–297（297 aa）
链 k 1–297（297 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric
链 d 1–297（297 aa）
链 k 1–297（297 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric
链 d 1–297（297 aa）
链 k 1–297（297 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
分辨率 37.00 Å
8ADL Cryo-EM structure of the SEA complex 提交 2022-07-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：22-meric
链 H 1–297（297 aa）
链 P 1–297（297 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 28 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.95 Å
8TIE Double nuclear outer ring of Nup84-complexes from the yeast NPC 提交 2023-07-19 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 d 1–297（297 aa）
链 o 1–297（297 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM HEPES,50mM Potassium acetate,20mM NaCl,2mM MgCl2,1mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.10 Å
9H5K Cryo-EM structure of the SEAC-EGOC supercomplex 提交 2024-10-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric
链 H 1–297（297 aa）
链 P 1–297（297 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 28 MG MAGNESIUM ION × 2 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å

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查看构建体与数据证据
UniProt名称 SEC13_YEAST
Isoform —
PDB实体 2, 3
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–297； UniProt 1–297 作者链 F； PDB构建体 1–297； UniProt 1–297

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6zg5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6zg5
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6zg5
沉积日期 deposition_date2020-06-18
结构标题 titleCOPII on membranes, outer coat right-handed rod, class1
关键词 keywordsPROTEIN TRANSPORT, SECRETION, TRAFFICKING; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier71.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron72.51 Å
零角强度 I(0) i0272088000.00
分子量 molecular_weight138610.0 kDa
排除体积 excluded_volume173850 ų
包络体积 envelope_volume280900 ų
水化壳体积 shell_volume39291 ų
包络直径 envelope_diameter222.9 Å
壳层 Rg shell_rg49.04 Å
包络 Rg envelope_rg70.66 Å
形状 Rg shape_rg72.55 Å
总 Rg total_rg71.72 Å
总原子数 total_atoms9786
残基数 n_residues1241
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax209.6 Å
Rg (实空间) rg_real72.07 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.79 Å
I(0) (实空间) i0_real2.7210e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.8210e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal67.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal269600000.0000
解质量估计 total_estimate0.3453
解质量评级 solution_quality SUSPICIOUS a SUSPICIOUS solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary28.6 Å
偏度 Skewness skewness0.455
峰度 Kurtosis kurtosis-0.995
角度范围 angular_range— – 0.1100 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0018
最高正则化参数 α highest_alpha4486000.0000
实空间数据点数 n_real_points23
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.132; Stabil: 0.998; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.096; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)