7a0f

The Crystal Structure of Bovine Thrombin in complex with Hirudin (C22U/C39U) at 2.7 Angstroms Resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 68.0 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Prothrombin

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 HHH； UniProt 367–625 链 LLL； UniProt 318–366	未记录	Hirudin variant-1 × 1 （P01050） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；297 K；38% PEG 4000, 0.1 M sodium phosphate (pH= 4.7), 0.3 M NaCl	分辨率 2.70 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7A0F	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A0H THE X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF PPACK-MEIZOTHROMBIN DESF1: KRINGLE/THROMBIN AND CARBOHYDRATE/KRINGLE/THROMBIN INTERACTIONS AND LOCATION OF THE LINKER CHAIN 提交 1997-11-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 208–366（159 aa）片段：F2/THROMBIN DOMAIN 链 B 367–625（259 aa）片段：F2/THROMBIN DOMAIN 链 D 208–366（159 aa）片段：F2/THROMBIN DOMAIN 链 E 367–625（259 aa）片段：F2/THROMBIN DOMAIN	未记录	0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；17 MG/ML PROTEIN, 2% PEG4000, .25 M AMMONIUM PHOSPHATE, PH 8.0, 33% SATURATED AMMONIUM SULFATE	分辨率 3.20 Å R-free 0.242
1AVG THROMBIN INHIBITOR FROM TRIATOMA PALLIDIPENNIS 提交 1997-09-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 367–625（259 aa）链 L 326–366（41 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；50 MM NA ACETATE, PH 4.6, 100 MM (NH4)2SO4, 16 % PEG 4,000	分辨率 2.60 Å R-free 0.275
1BBR THE STRUCTURE OF RESIDUES 7-16 OF THE A ALPHA CHAIN OF HUMAN FIBRINOGEN BOUND TO BOVINE THROMBIN AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-04-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 517–625（109 aa）链 H 367–516（150 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1BBR THE STRUCTURE OF RESIDUES 7-16 OF THE A ALPHA CHAIN OF HUMAN FIBRINOGEN BOUND TO BOVINE THROMBIN AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-04-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 318–366（49 aa）链 K 367–625（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1BBR THE STRUCTURE OF RESIDUES 7-16 OF THE A ALPHA CHAIN OF HUMAN FIBRINOGEN BOUND TO BOVINE THROMBIN AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-04-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 M 318–366（49 aa）链 N 367–625（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1BBR THE STRUCTURE OF RESIDUES 7-16 OF THE A ALPHA CHAIN OF HUMAN FIBRINOGEN BOUND TO BOVINE THROMBIN AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-04-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 J 318–366（49 aa）链 K 367–625（259 aa）链 M 318–366（49 aa）链 N 367–625（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1ETR REFINED 2.3 ANGSTROMS X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE THROMBIN COMPLEXES FORMED WITH THE BENZAMIDINE AND ARGININE-BASED THROMBIN INHIBITORS NAPAP, 4-TAPAP AND MQPA: A STARTING POINT FOR IMPROVING ANTITHROMBOTICS 提交 1992-07-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 367–625（259 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	MIT amino{[(4S)-5-[(2R,4R)-2-carboxy-4-methylpiperidin-1-yl]-4-({[(3R)-3-methyl-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-8-yl]sulfonyl}amino)-5-oxopentyl]amino}methaniminium × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1ETS REFINED 2.3 ANGSTROMS X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE THROMBIN COMPLEXES FORMED WITH THE BENZAMIDINE AND ARGININE-BASED THROMBIN INHIBITORS NAPAP, 4-TAPAP AND MQPA: A STARTING POINT FOR IMPROVING ANTITHROMBOTICS 提交 1992-07-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 367–625（259 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	MID 1-[N-(naphthalen-2-ylsulfonyl)glycyl-4-carbamimidoyl-D-phenylalanyl]piperidine × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1ETT REFINED 2.3 ANGSTROMS X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE THROMBIN COMPLEXES FORMED WITH THE BENZAMIDINE AND ARGININE-BASED THROMBIN INHIBITORS NAPAP, 4-TAPAP AND MQPA: A STARTING POINT FOR IMPROVING ANTITHROMBOTICS 提交 1992-07-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 367–625（259 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	4QQ 4-[(2S)-2-{[(4-methylphenyl)sulfonyl]amino}-3-oxo-3-(piperidin-1-yl)propyl]benzene-1-carboximidamide × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1HRT THE STRUCTURE OF A COMPLEX OF BOVINE ALPHA-THROMBIN AND RECOMBINANT HIRUDIN AT 2.8 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1993-02-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 367–625（259 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
1ID5 CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE THROMBIN COMPLEX WITH PROTEASE INHIBITOR ECOTIN 提交 2001-04-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 H 367–622（256 aa）片段：THROMBIN HEAVY CHAIN 链 L 318–366（49 aa）片段：THROMBIN LIGHT CHAIN	未记录	CA CALCIUM ION × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；PEG6K, Citric Acid, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.264
1MKW THE CO-CRYSTAL STRUCTURE OF UNLIGANDED BOVINE ALPHA-THROMBIN AND PRETHROMBIN-2: MOVEMENT OF THE YPPW SEGMENT AND ACTIVE SITE RESIDUES UPON LIGAND BINDING 提交 1997-03-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 367–625（259 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；24% POLYETHYLENE GLYCOL 2000, 0.1M SODIUM ACETATE, PH 4.6, 0.2M AMMONIUM SULFATE	分辨率 2.30 Å R-free 0.282
1MKW THE CO-CRYSTAL STRUCTURE OF UNLIGANDED BOVINE ALPHA-THROMBIN AND PRETHROMBIN-2: MOVEMENT OF THE YPPW SEGMENT AND ACTIVE SITE RESIDUES UPON LIGAND BINDING 提交 1997-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 K 318–625（308 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；24% POLYETHYLENE GLYCOL 2000, 0.1M SODIUM ACETATE, PH 4.6, 0.2M AMMONIUM SULFATE	分辨率 2.30 Å R-free 0.282
1MKX THE CO-CRYSTAL STRUCTURE OF UNLIGANDED BOVINE ALPHA-THROMBIN AND PRETHROMBIN-2: MOVEMENT OF THE YPPW SEGMENT AND ACTIVE SITE RESIDUES UPON LIGAND BINDING 提交 1997-03-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 367–625（259 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；38% AMMONIUM SULFATE, 0.25M AMMONIUM PHOSPHATE, PH 5.8, 1% POLYETHYLENE GLYCOL 4000 (DROP ONLY).	分辨率 2.20 Å R-free 0.255
1MKX THE CO-CRYSTAL STRUCTURE OF UNLIGANDED BOVINE ALPHA-THROMBIN AND PRETHROMBIN-2: MOVEMENT OF THE YPPW SEGMENT AND ACTIVE SITE RESIDUES UPON LIGAND BINDING 提交 1997-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 K 318–625（308 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；38% AMMONIUM SULFATE, 0.25M AMMONIUM PHOSPHATE, PH 5.8, 1% POLYETHYLENE GLYCOL 4000 (DROP ONLY).	分辨率 2.20 Å R-free 0.255
1MKX THE CO-CRYSTAL STRUCTURE OF UNLIGANDED BOVINE ALPHA-THROMBIN AND PRETHROMBIN-2: MOVEMENT OF THE YPPW SEGMENT AND ACTIVE SITE RESIDUES UPON LIGAND BINDING 提交 1997-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 H 367–625（259 aa）链 K 318–625（308 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；38% AMMONIUM SULFATE, 0.25M AMMONIUM PHOSPHATE, PH 5.8, 1% POLYETHYLENE GLYCOL 4000 (DROP ONLY).	分辨率 2.20 Å R-free 0.255
1MKX THE CO-CRYSTAL STRUCTURE OF UNLIGANDED BOVINE ALPHA-THROMBIN AND PRETHROMBIN-2: MOVEMENT OF THE YPPW SEGMENT AND ACTIVE SITE RESIDUES UPON LIGAND BINDING 提交 1997-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 318–625（308 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；38% AMMONIUM SULFATE, 0.25M AMMONIUM PHOSPHATE, PH 5.8, 1% POLYETHYLENE GLYCOL 4000 (DROP ONLY).	分辨率 2.20 Å R-free 0.255
1MKX THE CO-CRYSTAL STRUCTURE OF UNLIGANDED BOVINE ALPHA-THROMBIN AND PRETHROMBIN-2: MOVEMENT OF THE YPPW SEGMENT AND ACTIVE SITE RESIDUES UPON LIGAND BINDING 提交 1997-03-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 367–625（259 aa）链 K 318–625（308 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；38% AMMONIUM SULFATE, 0.25M AMMONIUM PHOSPHATE, PH 5.8, 1% POLYETHYLENE GLYCOL 4000 (DROP ONLY).	分辨率 2.20 Å R-free 0.255
1MKX THE CO-CRYSTAL STRUCTURE OF UNLIGANDED BOVINE ALPHA-THROMBIN AND PRETHROMBIN-2: MOVEMENT OF THE YPPW SEGMENT AND ACTIVE SITE RESIDUES UPON LIGAND BINDING 提交 1997-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 L 318–366（49 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；38% AMMONIUM SULFATE, 0.25M AMMONIUM PHOSPHATE, PH 5.8, 1% POLYETHYLENE GLYCOL 4000 (DROP ONLY).	分辨率 2.20 Å R-free 0.255
1NL1 BOVINE PROTHROMBIN FRAGMENT 1 IN COMPLEX WITH CALCIUM ION 提交 2003-01-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 44–190（147 aa）片段：fragment 1 (residues 1-156)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.6；pH 7.6	分辨率 1.90 Å R-free 0.253
1NL2 BOVINE PROTHROMBIN FRAGMENT 1 IN COMPLEX WITH CALCIUM AND LYSOPHOSPHOTIDYLSERINE 提交 2003-01-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 44–189（146 aa）片段：FRAGMENT 1 (residues 1-156)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 7 CL CHLORIDE ION × 3 LPS O-{HYDROXY[((2R)-2-HYDROXY-3-{[(1S)-1-HYDROXYPENTADECYL]OXY}PROPYL)OXY]PHOSPHORYL}-L-SERINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.6；pH 7.6	分辨率 2.30 Å R-free 0.274
1TBQ CRYSTAL STRUCTURE OF INSECT DERIVED DOUBLE DOMAIN KAZAL INHIBITOR RHODNIIN IN COMPLEX WITH THROMBIN 提交 1995-03-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 367–625（259 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.10 Å
1TBQ CRYSTAL STRUCTURE OF INSECT DERIVED DOUBLE DOMAIN KAZAL INHIBITOR RHODNIIN IN COMPLEX WITH THROMBIN 提交 1995-03-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 318–366（49 aa）链 K 367–625（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.10 Å
1TBR CRYSTAL STRUCTURE OF INSECT DERIVED DOUBLE DOMAIN KAZAL INHIBITOR RHODNIIN IN COMPLEX WITH THROMBIN 提交 1995-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 H 367–625（259 aa）链 J 318–366（49 aa）链 K 367–625（259 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å R-free 0.263
1TBR CRYSTAL STRUCTURE OF INSECT DERIVED DOUBLE DOMAIN KAZAL INHIBITOR RHODNIIN IN COMPLEX WITH THROMBIN 提交 1995-03-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 367–625（259 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å R-free 0.263
1TBR CRYSTAL STRUCTURE OF INSECT DERIVED DOUBLE DOMAIN KAZAL INHIBITOR RHODNIIN IN COMPLEX WITH THROMBIN 提交 1995-03-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 318–366（49 aa）链 K 367–625（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å R-free 0.263
1TOC STRUCTURE OF SERINE PROTEINASE 提交 1996-07-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 318–366（49 aa）链 B 367–625（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.10 Å
1TOC STRUCTURE OF SERINE PROTEINASE 提交 1996-07-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 318–366（49 aa）链 D 367–625（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.10 Å
1TOC STRUCTURE OF SERINE PROTEINASE 提交 1996-07-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 318–366（49 aa）链 H 367–625（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.10 Å
1TOC STRUCTURE OF SERINE PROTEINASE 提交 1996-07-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 318–366（49 aa）链 F 367–625（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.10 Å
1UCY THROMBIN COMPLEXED WITH FIBRINOPEPTIDE A ALPHA (RESIDUES 7-19). THREE COMPLEXES, ONE WITH EPSILON-THROMBIN AND TWO WITH ALPHA-THROMBIN 提交 1996-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 517–625（109 aa）链 H 367–516（150 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1UCY THROMBIN COMPLEXED WITH FIBRINOPEPTIDE A ALPHA (RESIDUES 7-19). THREE COMPLEXES, ONE WITH EPSILON-THROMBIN AND TWO WITH ALPHA-THROMBIN 提交 1996-08-30	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 318–366（49 aa）链 K 367–625（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1UCY THROMBIN COMPLEXED WITH FIBRINOPEPTIDE A ALPHA (RESIDUES 7-19). THREE COMPLEXES, ONE WITH EPSILON-THROMBIN AND TWO WITH ALPHA-THROMBIN 提交 1996-08-30	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 M 318–366（49 aa）链 N 367–625（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1UVT BOVINE THROMBIN--BM14.1248 COMPLEX 提交 1996-10-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 367–625（259 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	I48 N-{3-METHYL-5-[2-(PYRIDIN-4-YLAMINO)-ETHOXY]-PHENYL}-BENZENESULFONAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1UVU BOVINE THROMBIN--BM12.1700 COMPLEX 提交 1996-10-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 367–625（259 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	DCH 3-(7-DIAMINOMETHYL-NAPHTHALEN-2-YL)-PROPIONIC ACID ETHYL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
1VIT THROMBIN:HIRUDIN 51-65 COMPLEX 提交 1996-01-31	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 367–625（259 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；HANGING DROP, RESERVOIRS CONTAINING 39% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 0.25 M AMMONIUM PHOSPHATE PH 8.0 AND 1% PEG4000. DROPS CONSISTED OF EQUAL VOLUMES OF RESERVOIR AND PROTEIN SOLUTION CONTAINING 23.5 MG/ML PROTEIN., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 3.20 Å
1VIT THROMBIN:HIRUDIN 51-65 COMPLEX 提交 1996-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 367–516（150 aa）链 G 517–625（109 aa）链 M 318–366（49 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；HANGING DROP, RESERVOIRS CONTAINING 39% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 0.25 M AMMONIUM PHOSPHATE PH 8.0 AND 1% PEG4000. DROPS CONSISTED OF EQUAL VOLUMES OF RESERVOIR AND PROTEIN SOLUTION CONTAINING 23.5 MG/ML PROTEIN., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 3.20 Å
1YCP THE CRYSTAL STRUCTURE OF FIBRINOGEN-AA PEPTIDE 1-23 (F8Y) BOUND TO BOVINE THROMBIN EXPLAINS WHY THE MUTATION OF PHE-8 TO TYROSINE STRONGLY INHIBITS NORMAL CLEAVAGE AT ARGININE-16 提交 1997-05-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 367–625（259 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；2.0M AMMONIUM SULFATE 0.1M HEPES, PH 7.5 2.0% POLYETHYLENE GLYCOL 400	分辨率 2.50 Å R-free 0.245
1YCP THE CRYSTAL STRUCTURE OF FIBRINOGEN-AA PEPTIDE 1-23 (F8Y) BOUND TO BOVINE THROMBIN EXPLAINS WHY THE MUTATION OF PHE-8 TO TYROSINE STRONGLY INHIBITS NORMAL CLEAVAGE AT ARGININE-16 提交 1997-05-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 J 318–366（49 aa）链 K 367–516（150 aa）链 M 517–625（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；2.0M AMMONIUM SULFATE 0.1M HEPES, PH 7.5 2.0% POLYETHYLENE GLYCOL 400	分辨率 2.50 Å R-free 0.245
2A1D Staphylocoagulase bound to bovine thrombin 提交 2005-06-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 326–366（41 aa）片段：Thrombin light chain 链 B 367–625（259 aa）片段：Thrombin heavy chain	未记录	0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1M IMIDAZOLE, 0.2M AMMONIUM FORMATE, 12% POLYETHYLENE GLYCOL 4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.306
2A1D Staphylocoagulase bound to bovine thrombin 提交 2005-06-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 326–366（41 aa）片段：Thrombin light chain 链 F 367–625（259 aa）片段：Thrombin heavy chain	未记录	0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1M IMIDAZOLE, 0.2M AMMONIUM FORMATE, 12% POLYETHYLENE GLYCOL 4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.306
2HPP Structures of the noncovalent complexes of human and bovine prothrombin fragment 2 with human ppack-thrombin 提交 1993-04-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 214–292（79 aa）片段：UNP residues 214-292	未记录	0G7 D-phenylalanyl-N-[(3S)-6-carbamimidamido-1-chloro-2-oxohexan-3-yl]-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.30 Å
2ODY Thrombin-bound boophilin displays a functional and accessible reactive-site loop 提交 2006-12-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 318–366（49 aa）片段：Thrombin light chain, residues 318-366 链 B 367–625（259 aa）片段：Thrombin heavy chain, residues 367-625	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；279 K；18% PEG 8000, 0.05M Potassium phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 279K	分辨率 2.35 Å R-free 0.230
2ODY Thrombin-bound boophilin displays a functional and accessible reactive-site loop 提交 2006-12-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 318–366（49 aa）片段：Thrombin light chain, residues 318-366 链 D 367–625（259 aa）片段：Thrombin heavy chain, residues 367-625	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；279 K；18% PEG 8000, 0.05M Potassium phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 279K	分辨率 2.35 Å R-free 0.230
2PF1 STRUCTURE OF BOVINE PROTHROMBIN FRAGMENT 1 REFINED AT 2.25 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 44–199（156 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
2PF2 THE CA+2 ION AND MEMBRANE BINDING STRUCTURE OF THE GLA DOMAIN OF CA-PROTHROMBIN FRAGMENT 1 提交 1991-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 44–199（156 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 7	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
2SPT DIFFERENCES IN THE METAL ION STRUCTURE BETWEEN SR-AND CA-PROTHROMBIN FRAGMENT 1 提交 1994-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 44–188（145 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SR STRONTIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
3PMA 2.2 Angstrom crystal structure of the complex between Bovine Thrombin and Sucrose Octasulfate 提交 2010-11-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 336–364（29 aa）片段：Bovine Thrombin Light Chain residues 336-364 链 B 367–625（259 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；3 microliters Bovine thrombin, 7 mg/ml in 0.01M Tris-HCl, ph 8.0, 0.05M NaCl, 0.1M sodium citrate, 20% w/v, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.20 Å R-free 0.245
3PMA 2.2 Angstrom crystal structure of the complex between Bovine Thrombin and Sucrose Octasulfate 提交 2010-11-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 336–364（29 aa）片段：Bovine Thrombin Light Chain residues 336-364 链 D 367–625（259 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；3 microliters Bovine thrombin, 7 mg/ml in 0.01M Tris-HCl, ph 8.0, 0.05M NaCl, 0.1M sodium citrate, 20% w/v, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.20 Å R-free 0.245
3PMA 2.2 Angstrom crystal structure of the complex between Bovine Thrombin and Sucrose Octasulfate 提交 2010-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 336–364（29 aa）片段：Bovine Thrombin Light Chain residues 336-364 链 B 367–625（259 aa）链 C 336–364（29 aa）片段：Bovine Thrombin Light Chain residues 336-364 链 D 367–625（259 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 4 CIT CITRIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；3 microliters Bovine thrombin, 7 mg/ml in 0.01M Tris-HCl, ph 8.0, 0.05M NaCl, 0.1M sodium citrate, 20% w/v, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.20 Å R-free 0.245
3PMA 2.2 Angstrom crystal structure of the complex between Bovine Thrombin and Sucrose Octasulfate 提交 2010-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 336–364（29 aa）片段：Bovine Thrombin Light Chain residues 336-364 链 B 367–625（259 aa）链 C 336–364（29 aa）片段：Bovine Thrombin Light Chain residues 336-364 链 D 367–625（259 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 CIT CITRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；3 microliters Bovine thrombin, 7 mg/ml in 0.01M Tris-HCl, ph 8.0, 0.05M NaCl, 0.1M sodium citrate, 20% w/v, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.20 Å R-free 0.245
3PMB 2.9 Angstrom crystal structure of bovine thrombin in tetragonal spacegroup 提交 2010-11-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 336–364（29 aa）片段：Bovine Thrombin Light Chain residues 336-364 链 B 367–625（259 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；3 microliters Bovine thrombin, 7 mg/ml in 0.01M Tris-HCl, ph 8.0, 0.05M NaCl, 0.1M sodium citrate, 20% w/v PEG3350, 15% v/v 2-propanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.301
3PMB 2.9 Angstrom crystal structure of bovine thrombin in tetragonal spacegroup 提交 2010-11-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 336–364（29 aa）片段：Bovine Thrombin Light Chain residues 336-364 链 D 367–625（259 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；3 microliters Bovine thrombin, 7 mg/ml in 0.01M Tris-HCl, ph 8.0, 0.05M NaCl, 0.1M sodium citrate, 20% w/v PEG3350, 15% v/v 2-propanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.301
7A0D The Crystal Structure of Bovine Thrombin in complex with Hirudin (C16U/C28U) at 1.6 Angstroms Resolution 提交 2020-08-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 HHH 367–625（259 aa）链 LLL 318–366（49 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；297 K；38% PEG 4000, 0.1 M sodium phosphate (pH= 4.7), 0.2 M NaCl	分辨率 1.60 Å R-free 0.215
7A0E The Crystal Structure of Bovine Thrombin in complex with Hirudin (C6U/C14U) at 1.9 Angstroms Resolution 提交 2020-08-07	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 HHH 367–625（259 aa）链 LLL 318–366（49 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；297 K；38% PEG 4000, 0.1 M sodium phosphate (pH= 4.7), and 0.2 M NaCl	分辨率 1.90 Å R-free 0.263

共 30 个其他 PDB 条目、55 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	THRB_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1, 3
链与序列区间	作者链 HHH； PDB构建体 1–259； UniProt 367–625 作者链 LLL； PDB构建体 1–49； UniProt 318–366

Hirudin variant-1

物种未注明

UniProt P01050

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 III； UniProt 1–65	突变：C22U/C39U	Prothrombin × 1 （P00735） Prothrombin × 1 （P00735） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；297 K；38% PEG 4000, 0.1 M sodium phosphate (pH= 4.7), 0.3 M NaCl	分辨率 2.70 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7A0F	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AD8 COMPLEX OF THROMBIN WITH AND INHIBITOR CONTAINING A NOVEL P1 MOIETY 提交 1997-02-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 55–64（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 1 MDL [DEHYDROXY-N-METHYL-TYROSYL-PROLINYL]-[4,4,5,5,5-PENTAFLUORO-3-OXY-1-[3-INDOLYL]-PENT-2-YL]AMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；A DROP WITH 1.62 MG/ML PROTEIN, 0.375 M NACL, 0.09 M PHOSPHATE BUFFER (PH 7.3), 0.5 MM AZIDE, 4.9 MM INHIBITOR AND 15% (W/V) PEG8000 WAS EQUILIBRATED AGAINST 30% (W/V)PEG8000 IN 0.08 M PHOSPHATE BUFFER (PH 7.3), USING A HANGING DROP SETUP., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.00 Å
1AY6 THROMBIN INHIBITOR FROM THEONALLA, CYCLOTHEANAMIDE-BASED MACROCYCLIC TRIPEPTIDE MOTIF 提交 1997-11-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 55–64（10 aa）片段：residues 55-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	1ZV amino({3-[(3R,5R,14S,16S,21aR)-5,14-dihydroxy-1,4,17-trioxo-16-(2-phenylethyl)icosahydro-1H-pyrrolo[1,2-d][1,4,7,11]tetraazacyclononadecin-3-yl]propyl}amino)methaniminium × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；CRYSTALLIZED FROM 25% PEG 8K, 0.1M SOD. PHOSPHATE BUFFER PH 7.5. MACROSEEDED TO MAKE LARGER CRYSTALS	分辨率 1.80 Å
1BCU ALPHA-THROMBIN COMPLEXED WITH HIRUGEN AND PROFLAVIN 提交 1998-05-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–65（12 aa）片段：RESIDUES 54-65 OF HIRUDIN	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PRL PROFLAVIN × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7	分辨率 2.00 Å R-free 0.212
1H8D X-ray structure of the human alpha-thrombin complex with a tripeptide phosphonate inhibitor. 提交 2001-02-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 55–64（10 aa）片段：RESIDUES 55 TO 64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PHW N-[(benzyloxy)carbonyl]-beta-phenyl-D-phenylalanyl-N-{(1S,3E)-1-[dihydroxy(diphenoxy)-lambda~5~-phosphanyl]-4-methoxybut-3-en-1-yl}-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；20% PEG 8K, 0.05MM NAHPO4, 0.1M NACL, PH 7.20	分辨率 1.40 Å R-free 0.220
1H8I X-ray crystal structure of human alpha-thrombin with a tripeptide phosphonate inhibitor. 提交 2001-02-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 55–64（10 aa）片段：RESIDUES 55 TO 64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PHV N-[(benzyloxy)carbonyl]-beta-phenyl-D-phenylalanyl-N-[(1S)-4-methoxy-1-phosphonobutyl]-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；PH 7.20	分辨率 1.75 Å R-free 0.235
1HIC THE NMR SOLUTION STRUCTURE OF HIRUDIN(1-51) AND COMPARISON WITH CORRESPONDING THREE-DIMENSIONAL STRUCTURES DETERMINED USING THE COMPLETE 65-RESIDUE HIRUDIN POLYPEPTIDE CHAIN 提交 1992-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–51（51 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1HRT THE STRUCTURE OF A COMPLEX OF BOVINE ALPHA-THROMBIN AND RECOMBINANT HIRUDIN AT 2.8 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1993-02-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 1–65（65 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
1HXE SERINE PROTEASE 提交 1995-12-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 55–64（10 aa）	未记录	RB RUBIDIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1HXF HUMAN THROMBIN COMPLEX WITH HIRUDIN VARIANT 提交 1996-09-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 55–64（10 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
2HIR SOLUTION STRUCTURE OF RECOMBINANT HIRUDIN AND THE LYS-47 (RIGHT ARROW) GLU MUTANT. A NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE AND HYBRID DISTANCE GEOMETRY-DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING STUDY 提交 1988-12-19	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–65（65 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
2JOO The NMR Solution Structure of Recombinant RGD-hirudin 提交 2007-03-14	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–65（65 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；压力 ambient NMR样品组成 5 mM RGD-hirudin, 0.02mol/L Na2HPO4/NaH2PO4 buffer, pH 7.0, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2PW8 Crystal structure of sulfo-hirudin complexed to thrombin 提交 2007-05-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 3–65（63 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NI NICKEL (II) ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；0.1M Tris, 20% PEG2K, 0.01M Nickel Chloride. , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.84 Å R-free 0.233
2V3O Thrombin with 3-cycle with F 提交 2007-06-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 56–65（10 aa）片段：C-TERMINUS, RESIDUES 56-65	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	I26 (2R)-[(4-CARBAMIMIDOYLPHENYL)AMINO]{3-[3-(DIMETHYLAMINO)-2,2-DIMETHYLPROPOXY]-5-ETHYL-2-FLUOROPHENYL}ETHANOIC ACID × 1 NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.79 Å R-free 0.212
2ZC9 Thrombin in complex with Inhibitor 提交 2007-11-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–64（11 aa）片段：UNP Residues 54-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 2 22U D-phenylalanyl-N-(3-chlorobenzyl)-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.58 Å R-free 0.233
2ZDA Exploring Thrombin S1 pocket 提交 2007-11-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–64（11 aa）片段：UNP Residues 54-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 32U D-phenylalanyl-N-{4-[amino(iminio)methyl]benzyl}-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.73 Å R-free 0.228
2ZDV Exploring Thrombin S1 pocket 提交 2007-11-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–64（11 aa）片段：UNP Residues 54-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 37U D-phenylalanyl-N-(3-fluorobenzyl)-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.72 Å R-free 0.243
2ZF0 Exploring Thrombin S1 Pocket 提交 2007-12-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–64（11 aa）片段：UNP Residues 54-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 2 51U D-phenylalanyl-N-(3-methylbenzyl)-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.267
2ZFF Exploring Thrombin S1-pocket 提交 2008-01-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–64（11 aa）片段：UNP Residues 54-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 2 53U D-phenylalanyl-N-benzyl-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.47 Å R-free 0.203
2ZFP Thrombin Inibition 提交 2008-01-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–64（11 aa）片段：UNP Residues 54-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 2 19U 1-[(2R)-2-aminobutanoyl]-N-(3-chlorobenzyl)-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.25 Å R-free 0.298
2ZGB Thrombin Inhibition 提交 2008-01-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–64（11 aa）片段：UNP Residues 54-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 2 21U D-leucyl-N-(3-chlorobenzyl)-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.231
2ZGX Thrombin Inhibition 提交 2008-01-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–64（11 aa）片段：UNP Residues 54-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 2 29U 1-[(2R)-2-aminobutanoyl]-N-(4-carbamimidoylbenzyl)-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.229
2ZHQ Thrombin Inhibition 提交 2008-02-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–64（11 aa）片段：UNP Residues 54-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 2 27U N-(4-carbamimidoylbenzyl)-1-(3-phenylpropanoyl)-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.96 Å R-free 0.272
2ZI2 Thrombin Inhibition 提交 2008-02-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–64（11 aa）片段：UNP Residues 54-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 2 24U 1-butanoyl-N-(4-carbamimidoylbenzyl)-L-prolinamide × 1 BEN BENZAMIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.65 Å R-free 0.225
2ZIQ Thrombin Inhibition 提交 2008-02-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–64（11 aa）片段：Residues 54-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	26U N-(4-carbamimidoylbenzyl)-1-(4-methylpentanoyl)-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 2 BEN BENZAMIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.65 Å R-free 0.225
2ZNK Thrombin Inhibition 提交 2008-04-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–64（11 aa）片段：Residues 54-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	31U D-leucyl-N-(4-carbamimidoylbenzyl)-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.229
2ZO3 Bisphenylic Thrombin Inhibitors 提交 2008-05-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–64（11 aa）片段：Residues 54-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	33U beta-phenyl-D-phenylalanyl-N-(4-carbamimidoylbenzyl)-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.70 Å R-free 0.250
3D49 Thrombin Inhibition 提交 2008-05-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–64（11 aa）片段：UNP Residues 54-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 2 BEN BENZAMIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000 , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.50 Å R-free 0.237
3DHK Bisphenylic Thrombin Inhibitors 提交 2008-06-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–64（11 aa）片段：Residues 54-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	23U beta-phenyl-D-phenylalanyl-N-(3-chlorobenzyl)-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.73 Å R-free 0.249
3DT0 Understanding Thrombin Inhibition 提交 2008-07-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–64（11 aa）片段：Residues 54-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	16U N-(3-chlorobenzyl)-1-(4-methylpentanoyl)-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.286
3DUX Understanding Thrombin Inhibition 提交 2008-07-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–64（11 aa）片段：Residues 54-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	64U 3-cyclohexyl-D-alanyl-N-(3-chlorobenzyl)-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.247
3EGK KNOBLE Inhibitor 提交 2008-09-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–64（11 aa）片段：Residues 54-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	M18 {(2S)-1-[N-(tert-butoxycarbonyl)glycyl]pyrrolidin-2-yl}methyl (3-chlorophenyl)acetate × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.312
3EQ0 Thrombin Inhibitor 提交 2008-09-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–64（11 aa）片段：Residues 54-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	2TS (2S)-N-[[2-(aminomethyl)-5-chloro-phenyl]methyl]-1-[(2R)-5-carbamimidamido-2-(phenylmethylsulfonylamino)pentanoyl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.53 Å R-free 0.249
3LDX Discovery and Clinical Evaluation of RWJ-671818, a Thrombin Inhibitor with an Oxyguanidine P1 Motif 提交 2010-01-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 55–65（11 aa）片段：residues 55-65	未记录	NLI N-[2-(carbamimidamidooxy)ethyl]-2-{3-[(2,2-difluoro-2-phenylethyl)amino]-6-methyl-2-oxopyrazin-1(2H)-yl}acetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.25 Å R-free 0.224
3UTU High affinity inhibitor of human thrombin 提交 2011-11-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–64（11 aa）片段：UNP RESIDUES 54-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	1TS (2S)-N-[(4-carbamimidoylphenyl)methyl]-1-[(2S)-2-[(3-chloro-4-methoxybenzene)sulfonamido]-3-{[(4-cyanophenyl)methyl]carbamoyl}propanoyl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PHOSPHATE BUFFER, SODIUM CHLORIDE, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.55 Å R-free 0.271
4AX9 Human thrombin complexed with Napsagatran, RO0466240 提交 2012-06-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 55–65（11 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 55-65	未记录	NA SODIUM ION × 2 N5N 2-[[(2S)-4-[[(3S)-1-carbamimidoylpiperidin-3-yl]methylamino]-2-(naphthalen-2-ylsulfonylamino)-4-oxidanylidene-butanoyl] -cyclopropyl-amino]ethanoic acid × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å R-free 0.196
4BAH Thrombin in complex with inhibitor 提交 2012-09-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 53–64（12 aa）片段：RESIDUES 62-71	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MEL [((1R)-2-{(2S)-2-[({4-[AMINO(IMINO)METHYL]BENZYL}AMINO)CARBONYL]AZETIDINYL}-1-CYCLOHEXYL-2-OXOETHYL)AMINO]ACETIC ACID × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.94 Å R-free 0.194
4BAK Thrombin in complex with inhibitor 提交 2012-09-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 53–64（12 aa）片段：RESIDUES 62-71	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 M67 (2S)-N-(4-CARBAMIMIDOYLBENZYL)-1-[(2R)-2-CYCLOHEXYL-2-{[2-OXO-2-(PROPYLAMINO)ETHYL]AMINO}ACETYL]AZETIDINE-2-CARBOXAMIDE × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.94 Å R-free 0.203
4BAM Thrombin in complex with inhibitor 提交 2012-09-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 53–64（12 aa）片段：RESIDUES 53-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MM9 (2S)-N-[(4-carbamimidoylphenyl)methyl]-1-[(2R)-2-cyclohexyl-2-[[2-(dimethylamino)-2-oxidanylidene-ethyl]amino]ethanoyl]azetidine-2-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.88 Å R-free 0.195
4BAN Thrombin in complex with inhibitor 提交 2012-09-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 53–64（12 aa）片段：RESIDUES 53-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 M6S (2S)-N-[(4-carbamimidoylphenyl)methyl]-1-[(2R)-2-cyclohexyl-2-[[2-(methylamino)-2-oxidanylidene-ethyl]amino]ethanoyl]azetidine-2-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.87 Å R-free 0.203
4BAQ Thrombin in complex with inhibitor 提交 2012-09-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 53–64（12 aa）片段：RESIDUES 53-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 M4Z (2S)-N-[(4-carbamimidoylphenyl)methyl]-1-[(2R)-2-cyclohexyl-2-[[2-(ethylamino)-2-oxidanylidene-ethyl]amino]ethanoyl]azetidine-2-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.89 Å R-free 0.221
4HIR SOLUTION STRUCTURE OF RECOMBINANT HIRUDIN AND THE LYS-47 (RIGHT ARROW) GLU MUTANT. A NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE AND HYBRID DISTANCE GEOMETRY-DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING STUDY 提交 1988-12-19	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–65（65 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
4LXB Crystal Structure Analysis of thrombin in complex with compound D58 提交 2013-07-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 53–65（13 aa）片段：unp residues 53-65	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 2 7R9 5-Chloro-thiophene-2-carboxylic acid [(S)-2-[2-difluoromethoxy-3-(2-oxo-piperidin-1-yl)-benzenesulfonylamino]-3-((S)-3-dimethylamino-pyrrolidin-1-yl)-3-oxo-propyl]-amide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；277 K；0.1 M SODIUM PHASPHATE PH=7.3, 20% PEG8000, 5MG/ML THROMBIN, 0.2 M NACL, 1 mM INHIBNITOR, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.61 Å R-free 0.228
4MLF Crystal structure for the complex of thrombin mutant D102N and hirudin 提交 2013-09-06	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–65（65 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ACT ACETATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；293 K；20% PEG 3350, 0.2M Ca acetate, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.234
4YES Thrombin in complex with (S)-(4-chloro-2-((1-(5-methyl-1H-pyrrole-2-carbonyl)pyrrolidine-2-carboxamido)methyl)phenyl)methanaminium 提交 2015-02-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 54–65（12 aa）片段：UNP residues 54-65	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 45S N-[2-(aminomethyl)-5-chlorobenzyl]-1-[(5-methyl-1H-pyrrol-2-yl)carbonyl]-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；28 % PEG 2000 MMe, 100mM BisTris	分辨率 1.50 Å R-free 0.234
5HIR SOLUTION STRUCTURE OF RECOMBINANT HIRUDIN AND THE LYS-47 (RIGHT ARROW) GLU MUTANT. A NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE AND HYBRID DISTANCE GEOMETRY-DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING STUDY 提交 1990-01-09	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–65（65 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
6HIR SOLUTION STRUCTURE OF RECOMBINANT HIRUDIN AND THE LYS-47 (RIGHT ARROW) GLU MUTANT. A NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE AND HYBRID DISTANCE GEOMETRY-DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING STUDY 提交 1990-01-09	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–65（65 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
7A0D The Crystal Structure of Bovine Thrombin in complex with Hirudin (C16U/C28U) at 1.6 Angstroms Resolution 提交 2020-08-07	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 III 1–65（65 aa）	突变：C16U/C28U	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；297 K；38% PEG 4000, 0.1 M sodium phosphate (pH= 4.7), 0.2 M NaCl	分辨率 1.60 Å R-free 0.215
7A0E The Crystal Structure of Bovine Thrombin in complex with Hirudin (C6U/C14U) at 1.9 Angstroms Resolution 提交 2020-08-07	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 III 1–65（65 aa）	突变：C6U/C14U	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；297 K；38% PEG 4000, 0.1 M sodium phosphate (pH= 4.7), and 0.2 M NaCl	分辨率 1.90 Å R-free 0.263

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	HIRV1_HIRME
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 III； PDB构建体 1–65； UniProt 1–65

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7a0f
沉积日期 deposition_date	2020-08-07
结构标题 title	The Crystal Structure of Bovine Thrombin in complex with Hirudin (C22U/C39U) at 2.7 Angstroms Resolution
关键词 keywords	Hydrolase, Inhibitor, Hirudin, Thrombin, Selenocysteine, Derivative; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.72 Å
零角强度 I(0) i0	29264100.00
分子量 molecular_weight	40852.0 kDa
排除体积 excluded_volume	50779 Å³
包络体积 envelope_volume	58941 Å³
水化壳体积 shell_volume	24115 Å³
包络直径 envelope_diameter	69.6 Å
壳层 Rg shell_rg	27.19 Å
包络 Rg envelope_rg	20.18 Å
形状 Rg shape_rg	19.69 Å
总 Rg total_rg	20.76 Å
总原子数 total_atoms	2863
残基数 n_residues	359
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.0 Å
Rg (实空间) rg_real	20.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9260e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.8980e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	29260000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8842
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.202
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.319
角度范围 angular_range	— – 0.3800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7010000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.833; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.997

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Prothrombin
分子量 formula_weight	29772.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	HHH
原子数 atom_count	2936

IVEGQDAEVGLSPWQVMLFRKSPQELLCGASLISDRWVLTAAHCLLYPPWDKNFTVDDLLVRIGKHSRTRYERKVEKISMLDKIYIHPRYNWKENLDRDIALLKLKRPIELSDYIHPVCLPDKQTAAKLLHAGFKGRVTGWGNRRETWTTSVAEVQPSVLQVVNLPLVERPVCKASTRIRITDNMFCAGYKPGEGKRGDACEGDSGGPFVMKSPYNNRWYQMGIVSWGEGCDRDGKYGFYTHVFRLKKWIQKVIDRLGS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Hirudin variant-1
分子量 formula_weight	7067.3 kDa
突变 mutation	C22U/C39U
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	III

VVYTDCTESGQNLCLCEGSNVUGQGNKCILGSDGEKNQUVTGEGTPKPQSHNDGDFEEIPEEYLQ

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Prothrombin
分子量 formula_weight	5735.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	LLL

TSEDHFQPFFNEKTFGAGEADCGLRPLFEKKQVQDQTEKELFESYIEGR

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	73

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	58.069 Å
晶胞边长 b length_b	101.498 Å
晶胞边长 c length_c	142.075 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	47.790 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1936
R_free r_free	0.2532

fit	/app/data/saxs_computation/a0/7a0f/7a0f.fit
pddf	/app/data/pr_computation/a0/7a0f/7a0f.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/a0/7a0f/7a0f.dat

The Crystal Structure of Bovine Thrombin in complex with Hirudin (C22U/C39U) at 2.7 Angstroms Resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Prothrombin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Hirudin variant-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)