SAXSdb — 7agx

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Surface presentation of antigens protein SpaP

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 33	Surface presentation of antigens protein SpaR × 1 （P40701） Surface presentation of antigens protein SpaQ × 4 （P0A1L7） Protein PrgJ × 6 （P41785） Protein PrgI × 17 （P41784）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPAP_SALTY
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 1A； PDB构建体 1–224； UniProt 1–224 作者链 1B； PDB构建体 1–224； UniProt 1–224 作者链 1C； PDB构建体 1–224； UniProt 1–224 作者链 1D； PDB构建体 1–224； UniProt 1–224 作者链 1E； PDB构建体 1–224； UniProt 1–224

Surface presentation of antigens protein SpaR

物种未注明

UniProt P40701

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 33	Surface presentation of antigens protein SpaP × 5 （P40700） Surface presentation of antigens protein SpaQ × 4 （P0A1L7） Protein PrgJ × 6 （P41785） Protein PrgI × 17 （P41784）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPAR_SALTY
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 1F； PDB构建体 1–263； UniProt 1–263

Surface presentation of antigens protein SpaQ

物种未注明

UniProt P0A1L7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 33	Surface presentation of antigens protein SpaP × 5 （P40700） Surface presentation of antigens protein SpaR × 1 （P40701） Protein PrgJ × 6 （P41785） Protein PrgI × 17 （P41784）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPAQ_SALTY
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 1G； PDB构建体 1–86； UniProt 1–86 作者链 1H； PDB构建体 1–86； UniProt 1–86 作者链 1I； PDB构建体 1–86； UniProt 1–86 作者链 1J； PDB构建体 1–86； UniProt 1–86

Protein PrgJ

物种未注明

UniProt P41785

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 33	Surface presentation of antigens protein SpaP × 5 （P40700） Surface presentation of antigens protein SpaR × 1 （P40701） Surface presentation of antigens protein SpaQ × 4 （P0A1L7） Protein PrgI × 17 （P41784）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRGJ_SALTY
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 1K； PDB构建体 1–101； UniProt 1–101 作者链 1L； PDB构建体 1–101； UniProt 1–101 作者链 1M； PDB构建体 1–101； UniProt 1–101 作者链 1N； PDB构建体 1–101； UniProt 1–101 作者链 1O； PDB构建体 1–101； UniProt 1–101 作者链 1P； PDB构建体 1–101； UniProt 1–101

Protein PrgI

物种未注明

UniProt P41784

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 33	Surface presentation of antigens protein SpaP × 5 （P40700） Surface presentation of antigens protein SpaR × 1 （P40701） Surface presentation of antigens protein SpaQ × 4 （P0A1L7） Protein PrgJ × 6 （P41785）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRGI_SALTY
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 2A； PDB构建体 1–80； UniProt 1–80 作者链 2B； PDB构建体 1–80； UniProt 1–80 作者链 2C； PDB构建体 1–80； UniProt 1–80 作者链 2D； PDB构建体 1–80； UniProt 1–80 作者链 2E； PDB构建体 1–80； UniProt 1–80 作者链 2F； PDB构建体 1–80； UniProt 1–80 作者链 2G； PDB构建体 1–80； UniProt 1–80 作者链 2H； PDB构建体 1–80； UniProt 1–80 作者链 2I； PDB构建体 1–80； UniProt 1–80 作者链 2J； PDB构建体 1–80； UniProt 1–80 作者链 2K； PDB构建体 1–80； UniProt 1–80 作者链 2L； PDB构建体 1–80； UniProt 1–80 作者链 2M； PDB构建体 1–80； UniProt 1–80 作者链 2N； PDB构建体 1–80； UniProt 1–80 作者链 2O； PDB构建体 1–80； UniProt 1–80 作者链 2P； PDB构建体 1–80； UniProt 1–80 作者链 2Q； PDB构建体 1–80； UniProt 1–80

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7agx
沉积日期 deposition_date	2020-09-23
结构标题 title	Apo-state type 3 secretion system export apparatus complex from Salmonella enterica typhimurium
关键词 keywords	T3SS, Export Apparatus, Injectisome, Needle Complex, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7agx__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7agx__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7agx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	52.60 Å
Rg（电子密度）	53.22 Å
总 Rg	53.23 Å
原子数	47749
残基数	3031
排除体积	429160 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7agx__assembly_1__model_1`	33-meric （33）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Surface presentation of antigens protein SpaP
分子量 formula_weight	25249.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1A,1B,1C,1D,1E
原子数 atom_count	47749

MGNDISLIALLAFSTLLPFIIASGTCFVKFSIVFVMVRNALGLQQIPSNMTLNGVALLLSMFVMWPIMHDAYVYFEDEDVTFNDISSLSKHVDEGLDGYRDYLIKYSDRELVQFFENAQLKRQYGEETETVKRDKDEIEKPSIFALLPAYALSEIKSAFKIGFYLYLPFVVVDLVVSSVLLALGMMMMSPVTISTPIKLVLFVALDGWTLLSKGLILQYMDIAT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Surface presentation of antigens protein SpaR
分子量 formula_weight	28499.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1F

MFYALYFEIHHLVASAALGFARVAPIFFFLPFLNSGVLSGAPRNAIIILVALGVWPHALNEAPPFLSVAMIPLVLQEAAVGVMLGCLLSWPFWVMHALGCIIDNQRGATLSSSIDPANGIDTSEMANFLNMFAAVVYLQNGGLVTMVDVLNKSYQLCDPMNECTPSLPPLLTFINQVAQNALVLASPVVLVLLLSEVFLGLLSRFAPQMNAFAISLTVKSGIAVLIMLLYFSPVLPDNVLRLSFQATGLSSWFYERGATHVLE

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Surface presentation of antigens protein SpaQ
分子量 formula_weight	9363.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1G,1H,1I,1J

MDDLVFAGNKALYLVLILSGWPTIVATIIGLLVGLFQTVTQLQEQTLPFGIKLLGVCLCLFLLSGWYGEVLLSYGRQVIFLALAKG

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Protein PrgJ
分子量 formula_weight	10934.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1K,1L,1M,1N,1O,1P

MSIATIVPENAVIGQAVNIRSMETDIVSLDDRLLQAFSGSAIATAVDKQTITNRIEDPNLVTDPKELAISQEMISDYNLYVSMVSTLTRKGVGAVETLLRS

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Protein PrgI
分子量 formula_weight	8864.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	17

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2A,2B,2C,2D,2E,2F,2G,2H,2I,2J,2K,2L,2M,2N,2O,2P,2Q

MATPWSGYLDDVSAKFDTGVDNLQTQVTEALDKLAAKPSDPALLAAYQSKLSEYNLYRNAQSNTVKVFKDIDAAIIQNFR

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	54491

Apo-state type 3 secretion system export apparatus complex from Salmonella enterica typhimurium

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Surface presentation of antigens protein SpaP

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Surface presentation of antigens protein SpaR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Surface presentation of antigens protein SpaQ

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein PrgJ

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein PrgI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7agx__assembly_1__model_1

7agx__assembly_1__model_1 | I(q)

7agx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)

Apo-state type 3 secretion system export apparatus complex from Salmonella enterica typhimurium

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Surface presentation of antigens protein SpaP

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Surface presentation of antigens protein SpaR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Surface presentation of antigens protein SpaQ

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein PrgJ

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein PrgI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7agx__assembly_1__model_1

7agx__assembly_1__model_1 | I(q)

7agx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)