7bg6

HRV14 native particle solved by cryoEM

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 96.5 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Genome polyprotein

物种未注明

UniProt P03303

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 × 240 RNA 60 PDB 声明:300-meric(300) 与全部聚合物数一致 链 1; UniProt 584–856 链 2; UniProt 70–331 链 3; UniProt 332–567 链 4; UniProt 2–69 未记录 ;RNA-octamer (5'-R(P*UP*GP*UP*UP*UP*UP*UP*A)-3') ; × 60 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4;PBS with ph = 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 58 个其他 PDB 条目、240 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLG_HRV14
Isoform
PDB实体 2, 3, 4, 5
链与序列区间 作者链 1; PDB构建体 1–273; UniProt 584–856 作者链 2; PDB构建体 1–262; UniProt 70–331 作者链 3; PDB构建体 1–236; UniProt 332–567 作者链 4; PDB构建体 1–68; UniProt 2–69

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7bg6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7bg6
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7bg6
沉积日期 deposition_date2021-01-06
结构标题 titleHRV14 native particle solved by cryoEM
关键词 keywordsenterovirus, rhinovirus 14, HRV14, RV14, native particle, VIRUS; VIRUS
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.91
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.65
零角强度 I(0) i0137842000.00
分子量 molecular_weight91608.0 kDa
排除体积 excluded_volume113980 ų
包络体积 envelope_volume141250 ų
水化壳体积 shell_volume40170 ų
包络直径 envelope_diameter101.0
壳层 Rg shell_rg36.54
包络 Rg envelope_rg29.45
形状 Rg shape_rg28.64
总 Rg total_rg29.37
总原子数 total_atoms6439
残基数 n_residues813
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax96.5
Rg (实空间) rg_real29.87
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.61
I(0) (实空间) i0_real1.3780e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8840e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.89
I(0) (倒空间) i0_reciprocal137800000.0000
解质量估计 total_estimate0.6919
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.6
偏度 Skewness skewness0.340
峰度 Kurtosis kurtosis-0.295
角度范围 angular_range— – 0.2650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha25690000.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.884; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.135; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.934

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd7bg61_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family familyb.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)
结构域编号 domain_idd7bg63_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family familyb.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id7bg6201
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)