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7cyu

Crystal structure of human BAF57 HMG domain

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 52.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily E member 1

Homo sapiens

UniProt Q969G3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 31–99 未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；290 K；2.0M Ammonium sulfate, 0.1M Sodium acetate 分辨率 2.55 Å R-free 0.275

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7CYU Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6LTH Structure of human BAF Base module 提交 2020-01-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 Q 1–411（411 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
6LTJ Structure of nucleosome-bound human BAF complex 提交 2020-01-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric
链 Q 1–411（411 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
7VDV The overall structure of human chromatin remodeling PBAF-nucleosome complex 提交 2021-09-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric
链 Z 1–411（411 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7Y8R The nucleosome-bound human PBAF complex 提交 2022-06-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：27-meric
链 Q 1–411（411 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
9RL4 Structure of BAF in complex with OCT4-SOX2-bound nucleosome - SHL-6 提交 2025-06-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric
链 Q 1–411（411 aa）
未记录 PTD PENTANEDIAL × 16 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
9RMC Structure of BAF in complex with OCT4-SOX2-bound nucleosome - SHL+6 class 1 提交 2025-06-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric
链 Q 1–411（411 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
9RN1 Structure of BAF-nucleosome complex with OCT4-SOX2 at SHL+6 in ADP-bound state, BAF47 bound to ATPase lobe 2 提交 2025-06-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric
链 Q 1–411（411 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.90 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SMCE1_HUMAN
Isoform Q969G3-4
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–71； UniProt 31–99

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7cyu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7cyu
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7cyu
沉积日期 deposition_date2020-09-04
结构标题 titleCrystal structure of human BAF57 HMG domain
关键词 keywordsChromatin remodeling, SWI/SNF, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron13.93 Å
零角强度 I(0) i01380630.00
分子量 molecular_weight7729.0 kDa
排除体积 excluded_volume9567 ų
包络体积 envelope_volume11534 ų
水化壳体积 shell_volume7915 ų
包络直径 envelope_diameter52.4 Å
壳层 Rg shell_rg18.00 Å
包络 Rg envelope_rg14.32 Å
形状 Rg shape_rg13.90 Å
总 Rg total_rg14.97 Å
总原子数 total_atoms541
残基数 n_residues62
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax52.3 Å
Rg (实空间) rg_real15.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real1.3810e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5270e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.10 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1381000.0000
解质量估计 total_estimate0.8730
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary15.2 Å
偏度 Skewness skewness0.348
峰度 Kurtosis kurtosis-0.403
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha154800.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.857; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.787; Smooth: 0.986
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id7cyuA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology30 — DNA Binding (I), subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — High mobility group box domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)