7czt

S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-2G9

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike glycoprotein

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 7 其他聚合物 21	Immunoglobulin heavy variable 3-33,chainH of P5A-2G9,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain × 2 （P01772,P0DOX5） IG c689_light_IGLV5-37_IGLJ3,IGL@ protein × 2 （A0A5C2GMM2,Q8N5F4） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPIKE_SARS2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1273； UniProt 1–1273 作者链 B； PDB构建体 1–1273； UniProt 1–1273 作者链 C； PDB构建体 1–1273； UniProt 1–1273

Immunoglobulin heavy variable 3-33,chainH of P5A-2G9,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain

Homo sapiens

UniProt P01772

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 7 其他聚合物 21	Spike glycoprotein × 3 （P0DTC2） IG c689_light_IGLV5-37_IGLJ3,IGL@ protein × 2 （A0A5C2GMM2,Q8N5F4） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HV333_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–97； UniProt 20–116 作者链 I； PDB构建体 1–97； UniProt 20–116

Immunoglobulin heavy variable 3-33,chainH of P5A-2G9,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain

Homo sapiens

UniProt P0DOX5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 7 其他聚合物 21	Spike glycoprotein × 3 （P0DTC2） IG c689_light_IGLV5-37_IGLJ3,IGL@ protein × 2 （A0A5C2GMM2,Q8N5F4） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	IGG1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 109–449； UniProt 109–449 作者链 I； PDB构建体 109–449； UniProt 109–449

IG c689_light_IGLV5-37_IGLJ3,IGL@ protein

Homo sapiens

UniProt A0A5C2GMM2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 7 其他聚合物 21	Spike glycoprotein × 3 （P0DTC2） Immunoglobulin heavy variable 3-33,chainH of P5A-2G9,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain × 2 （P01772,P0DOX5） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0A5C2GMM2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–113； UniProt 1–112 作者链 M； PDB构建体 1–113； UniProt 1–112

IG c689_light_IGLV5-37_IGLJ3,IGL@ protein

Homo sapiens

UniProt Q8N5F4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 7 其他聚合物 21	Spike glycoprotein × 3 （P0DTC2） Immunoglobulin heavy variable 3-33,chainH of P5A-2G9,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain × 2 （P01772,P0DOX5） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8N5F4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 114–222； UniProt 125–233 作者链 M； PDB构建体 114–222； UniProt 125–233

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7czt
沉积日期 deposition_date	2020-09-09
结构标题 title	S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-2G9
关键词 keywords	SARS-CoV-2, antibody, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7czt__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7czt__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7czt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	65.94 Å
Rg（电子密度）	66.55 Å
总 Rg	66.42 Å
原子数	31060
残基数	3872
排除体积	552780 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7czt__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Spike glycoprotein
分子量 formula_weight	142502.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	31060

MFVFLVLLPLVSSQCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFDNPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVYSSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQTLLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFLPFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGSNVFQTRAGCLIGAEHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSPRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTISVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGFNFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAGTITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGAISSVLNDILSRLDPPEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIKWPWYIWLGFIAGLIAIVMVTIMLCCMTSCCSCLKGCCSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYTLEDYKDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
通用名 common_name	2019-nCoV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Immunoglobulin heavy variable 3-33,chainH of P5A-2G9,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
分子量 formula_weight	49457.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,I

QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFTFSSYGMHWVRQAPGKGLEWVAVIWYDGSNKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARWFHTGGYFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	IG c689_light_IGLV5-37_IGLJ3,IGL@ protein
分子量 formula_weight	23854.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,M

QPVLTQPPSSSASPGESARLTCTLPSDINVSSYNIYWYQQKPGSPPRYLLYYYSDSDKGQGSGVPSRFSGSKDASANTGILLISGLQSEDEADYYCMIWPSNALYVFGTGTKVTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	21

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	28

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d7cztl1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7cztl2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d7cztm1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7cztm2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (11 domains)

结构域编号 domain_id	7cztA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Spike glycoprotein, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	7cztB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Spike glycoprotein, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	7cztC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Spike glycoprotein, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	7cztH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7cztH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7cztI01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7cztI02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7cztL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7cztL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7cztM01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7cztM02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	497874

S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-2G9

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike glycoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Immunoglobulin heavy variable 3-33,chainH of P5A-2G9,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Immunoglobulin heavy variable 3-33,chainH of P5A-2G9,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

IG c689_light_IGLV5-37_IGLJ3,IGL@ protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

IG c689_light_IGLV5-37_IGLJ3,IGL@ protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7czt__assembly_1__model_1

7czt__assembly_1__model_1 | I(q)

7czt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (11 domains)

7. 引用文献 (1)