SAXSdb — 7enh

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR-associated endonuclease Cas9

Staphylococcus aureus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 481–646	片段：HNH domain	AcrIIA14 protein × 1 NI NICKEL (II) ION × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；PEG 3350, sodium iodide	分辨率 2.10 Å R-free 0.208

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7ENH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5AXW Crystal structure of Staphylococcus aureus Cas9 in complex with sgRNA and target DNA (TTGGGT PAM) 提交 2015-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1053（1053 aa）	突变：N580A/C946A	NA SODIUM ION × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG4000, NaCl, Na2HPO4, NaN3	分辨率 2.70 Å R-free 0.230
5CZZ Crystal structure of Staphylococcus aureus Cas9 in complex with sgRNA and target DNA (TTGAAT PAM) 提交 2015-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1053（1053 aa）	突变：N580A/C946A	NA SODIUM ION × 5 PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG4000, NaCl, Na2HPO4, NaN3	分辨率 2.60 Å R-free 0.241
7EL1 Structure of a protein from bacteria 提交 2021-04-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1053（1053 aa）	突变：N580A, C946A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.0M sodium citrate dihydrate, 0.3M imidazol-Hcl (pH 10.0), 0.02M sodium malonate (pH 7.0)	分辨率 2.22 Å R-free 0.242
7ENI Crystal structure of cas and anti-cas protein complex 提交 2021-04-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1053（1053 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；Tris, Ammonium phosphate dibasic	分辨率 2.63 Å R-free 0.237
7ENR Crystal structure of cas and anti-cas protein complex 提交 2021-04-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1053（1053 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；PEG 3350, EG, Bicine	分辨率 4.21 Å R-free 0.307
7VW3 Cryo-EM structure of SaCas9-sgRNA-DNA ternary complex 提交 2021-11-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–1053（1052 aa）	突变：D10A N580A	MG MAGNESIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM Tris-Cl (pH 7.5), 100mM KCl, 5mM MgCl2, 1mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
8JFT Cryo-EM structure of SaCas9-AcrIIA15 CTD-sgRNA complex 提交 2023-05-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1053（1053 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.31 Å
8JG9 Cryo-EM structure of the SaCas9-sgRNA-AcrIIA15-promoter DNA dimer 提交 2023-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric	链 A 1–1053（1053 aa）链 D 1–1053（1053 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.82 Å
8Y0D Crystal structure of SauCas9 in complex with sgRNA and 20nt ssDNA target 提交 2024-01-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1053（1053 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M Sodium HEPES, pH 7.0, 11% PEG 8000	分辨率 3.92 Å R-free 0.318
8ZCY Cryo-EM structure of eSaCas9_NNG-guide RNA-target DNA complex in an interrogation state 提交 2024-04-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1053（1053 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.17 Å
8ZCZ Cryo-EM structure of eSaCas9_NNG-guide RNA-target DNA complex in an intermediate state 提交 2024-04-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1053（1053 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8ZD0 Cryo-EM structure of eSaCas9_NNG-guide RNA-target DNA complex in a translocation state 提交 2024-04-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1053（1053 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.76 Å
8ZDA Cryo-EM structure of eSaCas9_NNG-guide RNA-target DNA complex in a catalytically active state 提交 2024-05-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1053（1053 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.14 Å
9MB6 Cryo-EM structure of wild-type SaCas9-guide RNA-mismatched target DNA complex 提交 2025-03-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1053（1053 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.01 Å
9MB7 Cryo-EM structure of eSaCas9-NNG-guide RNA-mismatched target DNA complex 提交 2025-03-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1053（1053 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.88 Å

共 15 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAS9_STAAU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–166； UniProt 481–646

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7enh
沉积日期 deposition_date	2021-04-17
结构标题 title	Crystal structure of cas and anti-cas protein complex
关键词 keywords	Inhibitor, Complex, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.11 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.23 Å
零角强度 I(0) i0	14648800.00
分子量 molecular_weight	28289.0 kDa
排除体积 excluded_volume	35153 Å³
包络体积 envelope_volume	40538 Å³
水化壳体积 shell_volume	18108 Å³
包络直径 envelope_diameter	68.2 Å
壳层 Rg shell_rg	25.26 Å
包络 Rg envelope_rg	19.62 Å
形状 Rg shape_rg	19.17 Å
总 Rg total_rg	20.27 Å
总原子数 total_atoms	1964
残基数 n_residues	242
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	72.9 Å
Rg (实空间) rg_real	20.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.60 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4650e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9780e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	14650000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6284
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.394
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.172
角度范围 angular_range	— – 0.3950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3911000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.670; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.406; Positv: 1.000; Valcen: 0.937; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CRISPR-associated endonuclease Cas9
分子量 formula_weight	19665.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2179

EKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDHIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEENSKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNL

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	AcrIIA14 protein
分子量 formula_weight	11937.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MKSVKYISNMSKQEKGYRVYVNVVNEDTDKGFLFPSVPKEVIENDKIDELFNFEHHKPYVQKAKSRYDKNGIGYKIVQLDEGFQKFIELNKEKMKENLDY

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus simulans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1286
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	209

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	68.564 Å
晶胞边长 b length_b	68.564 Å
晶胞边长 c length_c	118.697 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.097 Å
最低分辨率 resolution_low	48.482 Å
R 因子 r_factor	0.1835
R_work r_work	0.1807
R_free r_free	0.2082

fit	/app/data/saxs_computation/en/7enh/7enh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/en/7enh/7enh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/en/7enh/7enh.dat

Crystal structure of cas and anti-cas protein complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR-associated endonuclease Cas9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)