7ewf

Selenomethionine-substituted structure of S. cerevisiae Csn12 in complex with Thp3 and Sem1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 110.0 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein THP3

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt Q12049

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 186–470	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Cop9 signalosome complex subunit 12 × 1 （P47130） 26S proteasome complex subunit SEM1 × 1 （O94742）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；12% PEG3350, 100 mM Sodium malonate buffer (pH 5.0) and 3% Methanol	分辨率 2.85 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7EWF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7EWM Native crystal structure of S. cerevisiae Csn12 in complex with Thp3 and Sem1 提交 2021-05-25	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 186–470（285 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；12% PEG3350, 100 mM Sodium malonate buffer (pH 5.0) and 3% Methanol	分辨率 2.90 Å R-free 0.251

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	THP3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–289； UniProt 186–470

Cop9 signalosome complex subunit 12

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P47130

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–423	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Protein THP3 × 1 （Q12049） 26S proteasome complex subunit SEM1 × 1 （O94742）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；12% PEG3350, 100 mM Sodium malonate buffer (pH 5.0) and 3% Methanol	分辨率 2.85 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7EWF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7EWM Native crystal structure of S. cerevisiae Csn12 in complex with Thp3 and Sem1 提交 2021-05-25	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–423（423 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；12% PEG3350, 100 mM Sodium malonate buffer (pH 5.0) and 3% Methanol	分辨率 2.90 Å R-free 0.251

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	CSN12_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–423； UniProt 1–423

26S proteasome complex subunit SEM1

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt O94742

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–89	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Protein THP3 × 1 （Q12049） Cop9 signalosome complex subunit 12 × 1 （P47130）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；12% PEG3350, 100 mM Sodium malonate buffer (pH 5.0) and 3% Methanol	分辨率 2.85 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7EWF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3JCK Structure of the yeast 26S proteasome lid sub-complex 提交 2015-12-20	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 I 1–89（89 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP；pH 7.5；50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件 4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds, and plunged into liquid ethane.；85 K；冷冻剂 ETHANE；4 uL sample was applied to the grid, blotted for 2 seconds at 4 degrees C, and plunged into liquid ethane using a manual plunger.	分辨率 3.50 Å
3JCO Structure of yeast 26S proteasome in M1 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06	突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
3JCP Structure of yeast 26S proteasome in M2 state derived from Titan dataset 提交 2016-01-06	突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP；pH 7.5；50mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl, 5mM MgCl2, 2mM ATP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
3T5V Sac3:Thp1:Sem1 complex 提交 2011-07-28	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；292 K；see publication, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.90 Å R-free 0.231
3T5V Sac3:Thp1:Sem1 complex 提交 2011-07-28	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；292 K；see publication, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.90 Å R-free 0.231
4CR2 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 Y 1–89（89 aa）片段：SEM1	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 7.70 Å
4CR3 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 Y 1–89（89 aa）片段：SEM1	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 9.30 Å
4CR4 Deep classification of a large cryo-EM dataset defines the conformational landscape of the 26S proteasome 提交 2014-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric	链 Y 1–89（89 aa）片段：SEM1	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 8.80 Å
4TRQ Crystal structure of Sac3/Thp1/Sem1 提交 2014-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：Hexameric	链 C 30–89（60 aa）链 F 30–89（60 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.5M Li2SO4, 10% PEG-8.000	分辨率 3.10 Å R-free 0.238
5A5B Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex 提交 2015-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 Y 1–89（89 aa）片段：SEM1	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,	分辨率 9.50 Å
5G5P Structure of the Saccharomyces cerevisiae TREX-2 complex 提交 2016-05-26	突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20 MM HEPES, 300 MM NACL, 5 MM DTT；pH 8；20 mM HEPES, 300 mM NaCl, 5 mM DTT cryo-EM玻璃化条件 85 K；冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE	分辨率 5.30 Å
5L3T Structure of the Saccharomyces cerevisiae TREX-2 complex 提交 2016-05-24	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Precipitant: 20% PEG 3350, 0.2 M Mg formate; protein 16.5 mg/ml in 0.3 M NaCl, 50 mM HEPES, pH 8, 5 mM DTT.	分辨率 4.93 Å R-free 0.370
5MPB 26S proteasome in presence of AMP-PNP (s3) 提交 2016-12-16	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.80 Å
5MPC 26S proteasome in presence of BeFx (s4) 提交 2016-12-16	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.70 Å
5MPD 26S proteasome in presence of ATP (s1) 提交 2016-12-16	突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.10 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16	突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
5MPE 26S proteasome in presence of ATP (s2) 提交 2016-12-16	突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
5UBP TREX2 M-region 提交 2016-12-21	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；20 % PEG3350, 0.17 M MgFormate	分辨率 2.30 Å R-free 0.217
5WVI The resting state of yeast proteasome 提交 2016-12-25	突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.30 Å
5WVK Yeast proteasome-ADP-AlFx 提交 2016-12-25	突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6FVT 26S proteasome, s1 state 提交 2018-03-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.10 Å
6FVU 26S proteasome, s2 state 提交 2018-03-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
6FVV 26S proteasome, s3 state 提交 2018-03-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 5.40 Å
6FVW 26S proteasome, s4 state 提交 2018-03-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
6FVX 26S proteasome, s5 state 提交 2018-03-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.90 Å
6FVY 26S proteasome, s6 state 提交 2018-03-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 6.10 Å
6J2C Yeast proteasome in translocation competent state (C3-a) 提交 2019-01-01	突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.00 Å
6J2N yeast proteasome in substrate-processing state (C3-b) 提交 2019-01-02	突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.50 Å
6J2Q Yeast proteasome in Ub-accepted state (C1-b) 提交 2019-01-02	突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6J2X Yeast proteasome in resting state (C1-a) 提交 2019-01-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）片段：SEM1	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6J30 yeast proteasome in Ub-engaged state (C2) 提交 2019-01-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）片段：SEM1	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
7EWM Native crystal structure of S. cerevisiae Csn12 in complex with Thp3 and Sem1 提交 2021-05-25	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；12% PEG3350, 100 mM Sodium malonate buffer (pH 5.0) and 3% Methanol	分辨率 2.90 Å R-free 0.251
7QO3 Structure of the 26S proteasome-Ubp6 complex in the si state (Core Particle and Lid) 提交 2021-12-23	突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：41-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.10 Å
7QO5 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the si state 提交 2021-12-23	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.00 Å
7QO6 26S proteasome Rpt1-RK -Ubp6-UbVS complex in the s2 state 提交 2021-12-23	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.30 Å
8U8C Crystal structure of the TREX-2 complex in complex with the N-terminal motif of Sub2 提交 2023-09-17	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M MES, pH 6.5, and 20% PEG3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.231
9IWR 26S proteasome trimer 提交 2024-07-25	突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 Y 1–89（89 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8；YPD buffer cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 9.10 Å

共 35 个其他 PDB 条目、37 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SEM1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7ewf
沉积日期 deposition_date	2021-05-25
结构标题 title	Selenomethionine-substituted structure of S. cerevisiae Csn12 in complex with Thp3 and Sem1
关键词 keywords	Complex, Nucleic acid binding, Transcription, mRNA splicing; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.82 Å
零角强度 I(0) i0	121829000.00
分子量 molecular_weight	87752.0 kDa
排除体积 excluded_volume	109710 Å³
包络体积 envelope_volume	146330 Å³
水化壳体积 shell_volume	38543 Å³
包络直径 envelope_diameter	118.4 Å
壳层 Rg shell_rg	38.31 Å
包络 Rg envelope_rg	31.98 Å
形状 Rg shape_rg	31.81 Å
总 Rg total_rg	32.44 Å
总原子数 total_atoms	6115
残基数 n_residues	723
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	110.0 Å
Rg (实空间) rg_real	32.56 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.82 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2180e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8200e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	121800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8818
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	40.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.246
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.464
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	25910000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.881; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.834

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein THP3
分子量 formula_weight	34475.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6123

GSHMKIHVVGRCQTLEKSYLRLTSEPNPDLIRPPNILQKMYCLLMDKYQSKTATYTYLCDQFKSMRQDLRVQMIENSFTIKVYQTHARIALENGDLGEFNQCQNRIMALFENPTIPKKSYSEFICYSVLYSMLTEDYPSISHLKLKLIDDGSSEILEDEHVKMIFELSDMKLVGNYHYFMKNYLKLHKFEKCLINSFLNLEKLIFLTIICKSYNQVNLDFVKSEFNFNSIEETTNFLNEQNLTEFILNKQITDSNGKSSNIKILNTKGCRVQLIQNYMKSKKIDIKGQK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cop9 signalosome complex subunit 12
分子量 formula_weight	49980.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MDVDIGCYFEEKRYDDKLLDFIRYDVKTPKKTKYILQRPTATDEESVRLQRFYQLGVDLKLKYSKRRSLKKQGRIKNATEELLRLANEQLKLFNRIVERETNWIIYPLWVMAKQLIRLANESSELNKDSIEECGRTIHRSFTICLNDRNPRLNENKKIGCYMFANLEFSIYHRLSNKDMIKNLVKVLESRVNARDIPPLNKSLAMEHKSQVVLYNYYLGQYYGCLENDHERGFFHLNEALLQCPMLYVESTGKFVLQGQMEKIMILLVPLALLTKRLYPHWDHPVIAGVITRSKRLSQVYPTLVRSVISGNLSLYEATAASHERFFLSQGLHVVITLLREVVFTRLVQRCWQWGNDRKSIMPLKILLATKQHDSSANEDEEEQLDALECRLASAIASGLLRAYLSHSNRCIVFSKKEPFPHSK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	26S proteasome complex subunit SEM1
分子量 formula_weight	10444.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSTDVAAAQAQSKIDLTKKKNEEINKKSLEEDDEFEDFPIDTWANGETIKSNAVTQTNIWEENWDDVEVDDDFTNELKAELDRYKRENQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	7ewfA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	990 —

结构域编号 domain_id	7ewfB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	116.319 Å
晶胞边长 b length_b	116.319 Å
晶胞边长 c length_c	127.347 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.850 Å
最低分辨率 resolution_low	33.580 Å
R 因子 r_factor	0.2142
R_work r_work	0.2120
R_free r_free	0.2567

fit	/app/data/saxs_computation/ew/7ewf/7ewf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ew/7ewf/7ewf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ew/7ewf/7ewf.dat

Selenomethionine-substituted structure of S. cerevisiae Csn12 in complex with Thp3 and Sem1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein THP3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cop9 signalosome complex subunit 12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

26S proteasome complex subunit SEM1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)