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7md2

The F1 region of ammocidin-bound Saccharomyces cerevisiae ATP synthase

Method: ELECTRON MICROSCOPY
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP synthase subunit alpha

物种未注明

UniProt A0A6A5Q4L9

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 8 ATP synthase subunit beta × 3 （A0A6A5PX46） ATP synthase subunit gamma × 1 （A0A6A5Q493） ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial × 1 （P21306） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MAGNESIUM ION × 3 PHOSPHATE ION × 1 ;(3~{E},5~{Z},7~{E},9~{R},10~{S},11~{E},13~{E},15~{E},17~{R},18~{S},20~{S})-20-[(1~{R})-1-[(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-5-[(2~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-5-[(2~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-4,6-dimethyl-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-6-methyl-4-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-3-methoxy-6-(3-methoxypropyl)-5-methyl-2,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]ethyl]-5,18-dimethoxy-3,7,9,11,13,15-hexamethyl-10-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-6-methyl-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-17-oxidanyl-1-oxacycloicosa-3,5,7,11,13,15-hexaen-2-one ; × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
7md2 7md3 7tjs 8f2k 8fkj 8fl8

共 6 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5Q4L9_YEASX
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–510； UniProt 36–545 作者链 B； PDB构建体 1–510； UniProt 36–545 作者链 C； PDB构建体 1–510； UniProt 36–545

ATP synthase subunit beta

物种未注明

UniProt A0A6A5PX46

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 8 ATP synthase subunit alpha × 3 （A0A6A5Q4L9） ATP synthase subunit gamma × 1 （A0A6A5Q493） ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial × 1 （P21306） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MAGNESIUM ION × 3 PHOSPHATE ION × 1 ;(3~{E},5~{Z},7~{E},9~{R},10~{S},11~{E},13~{E},15~{E},17~{R},18~{S},20~{S})-20-[(1~{R})-1-[(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-5-[(2~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-5-[(2~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-4,6-dimethyl-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-6-methyl-4-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-3-methoxy-6-(3-methoxypropyl)-5-methyl-2,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]ethyl]-5,18-dimethoxy-3,7,9,11,13,15-hexamethyl-10-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-6-methyl-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-17-oxidanyl-1-oxacycloicosa-3,5,7,11,13,15-hexaen-2-one ; × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
7md2 7md3 7tjs 8f2k 8fkj 8fl8

共 6 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5PX46_YEASX
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D； PDB构建体 1–478； UniProt 34–511 作者链 E； PDB构建体 1–478； UniProt 34–511 作者链 F； PDB构建体 1–478； UniProt 34–511

ATP synthase subunit gamma

物种未注明

UniProt A0A6A5Q493

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 8 ATP synthase subunit alpha × 3 （A0A6A5Q4L9） ATP synthase subunit beta × 3 （A0A6A5PX46） ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial × 1 （P21306） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MAGNESIUM ION × 3 PHOSPHATE ION × 1 ;(3~{E},5~{Z},7~{E},9~{R},10~{S},11~{E},13~{E},15~{E},17~{R},18~{S},20~{S})-20-[(1~{R})-1-[(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-5-[(2~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-5-[(2~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-4,6-dimethyl-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-6-methyl-4-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-3-methoxy-6-(3-methoxypropyl)-5-methyl-2,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]ethyl]-5,18-dimethoxy-3,7,9,11,13,15-hexamethyl-10-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-6-methyl-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-17-oxidanyl-1-oxacycloicosa-3,5,7,11,13,15-hexaen-2-one ; × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
7md2 7md3 7tjs 8f2k 8fkj

共 5 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5Q493_YEASX
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 G； PDB构建体 1–278； UniProt 34–311

ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial

物种未注明

UniProt P21306

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 8 ATP synthase subunit alpha × 3 （A0A6A5Q4L9） ATP synthase subunit beta × 3 （A0A6A5PX46） ATP synthase subunit gamma × 1 （A0A6A5Q493） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MAGNESIUM ION × 3 PHOSPHATE ION × 1 ;(3~{E},5~{Z},7~{E},9~{R},10~{S},11~{E},13~{E},15~{E},17~{R},18~{S},20~{S})-20-[(1~{R})-1-[(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-5-[(2~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-5-[(2~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-4,6-dimethyl-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-6-methyl-4-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-3-methoxy-6-(3-methoxypropyl)-5-methyl-2,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]ethyl]-5,18-dimethoxy-3,7,9,11,13,15-hexamethyl-10-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-6-methyl-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-17-oxidanyl-1-oxacycloicosa-3,5,7,11,13,15-hexaen-2-one ; × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
2hld 2hld 2hld 2wpd 3fks 3fks 3fks 3oe7 3oe7 3oe7 3oee 3oee

共 60 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATP5E_YEAST
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 H； PDB构建体 1–61； UniProt 2–62

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7md2
沉积日期 deposition_date2021-04-03
结构标题 titleThe F1 region of ammocidin-bound Saccharomyces cerevisiae ATP synthase
关键词 keywordsF1-ATPase, inhibitor, anti-cancer, HYDROLASE, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7md2__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7md2__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7md2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）43.23 Å
Rg（电子密度）42.39 Å
总 Rg42.77 Å
原子数47249
残基数3115
排除体积420310 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 7md2__assembly_1__model_1 octameric （8） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

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7. 引用文献 (1)