7mub

KcsA Open gate E71V mutant in Potassium

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 111.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

pH-gated potassium channel KcsA

Streptomyces lividans

UniProt P0A334

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 26–121 突变:A28C, E71V, L90C, R117Q, E118C, E120Q, R121Q Fab heavy chain × 4 Fab light chain × 4 K POTASSIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;50 mM Sodium acetate/Ammonium acetate, 50 mM Magnesium acetate, 25% PEG 400 分辨率 3.00 Å R-free 0.260

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 86 个其他 PDB 条目、96 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KCSA_STRLI
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–96; UniProt 26–121

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7mub

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7mub
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7mub
沉积日期 deposition_date2021-05-14
结构标题 titleKcsA Open gate E71V mutant in Potassium
关键词 keywordsion channel, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.05
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.26
零角强度 I(0) i044630700.00
分子量 molecular_weight52958.0 kDa
排除体积 excluded_volume66586 ų
包络体积 envelope_volume85594 ų
水化壳体积 shell_volume27201 ų
包络直径 envelope_diameter116.5
壳层 Rg shell_rg32.97
包络 Rg envelope_rg28.71
形状 Rg shape_rg28.19
总 Rg total_rg28.95
总原子数 total_atoms3730
残基数 n_residues493
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax111.1
Rg (实空间) rg_real28.42
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.55
I(0) (实空间) i0_real4.4630e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.3730e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.30
I(0) (倒空间) i0_reciprocal44630000.0000
解质量估计 total_estimate0.7664
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary31.2
偏度 Skewness skewness0.722
峰度 Kurtosis kurtosis0.493
角度范围 angular_range— – 0.2850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7343000.0000
实空间数据点数 n_real_points58
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.487; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.554; Smooth: 0.944

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id7mubA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id7mubA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id7mubB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id7mubB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)