7nvm

Human TRiC complex in closed state with nanobody Nb18, actin and PhLP2A bound

Method: ELECTRON MICROSCOPY
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-complex protein 1 subunit alpha

物种未注明

UniProt P17987

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 20 T-complex protein 1 subunit beta × 2 (P78371) T-complex protein 1 subunit delta × 2 (P50991) T-complex protein 1 subunit epsilon × 2 (P48643) T-complex protein 1 subunit gamma × 2 (P49368) T-complex protein 1 subunit eta × 2 (Q99832) Nanobody Nb18 × 2 T-complex protein 1 subunit theta × 2 (P50990) T-complex protein 1 subunit zeta × 2 (P40227) Actin, cytoplasmic 2 × 1 (P63261) Phosducin-like protein 3 × 1 (Q9H2J4) ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 16 MAGNESIUM ION × 16 ALUMINUM FLUORIDE × 16 water × 16 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 TCPA_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–556; UniProt 1–556 作者链 a; PDB构建体 1–556; UniProt 1–556

T-complex protein 1 subunit beta

物种未注明

UniProt P78371

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 20 T-complex protein 1 subunit alpha × 2 (P17987) T-complex protein 1 subunit delta × 2 (P50991) T-complex protein 1 subunit epsilon × 2 (P48643) T-complex protein 1 subunit gamma × 2 (P49368) T-complex protein 1 subunit eta × 2 (Q99832) Nanobody Nb18 × 2 T-complex protein 1 subunit theta × 2 (P50990) T-complex protein 1 subunit zeta × 2 (P40227) Actin, cytoplasmic 2 × 1 (P63261) Phosducin-like protein 3 × 1 (Q9H2J4) ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 16 MAGNESIUM ION × 16 ALUMINUM FLUORIDE × 16 water × 16 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 TCPB_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–535; UniProt 1–535 作者链 b; PDB构建体 1–535; UniProt 1–535

T-complex protein 1 subunit delta

物种未注明

UniProt P50991

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 20 T-complex protein 1 subunit alpha × 2 (P17987) T-complex protein 1 subunit beta × 2 (P78371) T-complex protein 1 subunit epsilon × 2 (P48643) T-complex protein 1 subunit gamma × 2 (P49368) T-complex protein 1 subunit eta × 2 (Q99832) Nanobody Nb18 × 2 T-complex protein 1 subunit theta × 2 (P50990) T-complex protein 1 subunit zeta × 2 (P40227) Actin, cytoplasmic 2 × 1 (P63261) Phosducin-like protein 3 × 1 (Q9H2J4) ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 16 MAGNESIUM ION × 16 ALUMINUM FLUORIDE × 16 water × 16 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 TCPD_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–539; UniProt 1–539 作者链 d; PDB构建体 1–539; UniProt 1–539

T-complex protein 1 subunit epsilon

Homo sapiens

UniProt P48643

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 20 T-complex protein 1 subunit alpha × 2 (P17987) T-complex protein 1 subunit beta × 2 (P78371) T-complex protein 1 subunit delta × 2 (P50991) T-complex protein 1 subunit gamma × 2 (P49368) T-complex protein 1 subunit eta × 2 (Q99832) Nanobody Nb18 × 2 T-complex protein 1 subunit theta × 2 (P50990) T-complex protein 1 subunit zeta × 2 (P40227) Actin, cytoplasmic 2 × 1 (P63261) Phosducin-like protein 3 × 1 (Q9H2J4) ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 16 MAGNESIUM ION × 16 ALUMINUM FLUORIDE × 16 water × 16 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 TCPE_HUMAN
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–541; UniProt 1–541 作者链 e; PDB构建体 1–541; UniProt 1–541

T-complex protein 1 subunit gamma

Homo sapiens

UniProt P49368

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 20 T-complex protein 1 subunit alpha × 2 (P17987) T-complex protein 1 subunit beta × 2 (P78371) T-complex protein 1 subunit delta × 2 (P50991) T-complex protein 1 subunit epsilon × 2 (P48643) T-complex protein 1 subunit eta × 2 (Q99832) Nanobody Nb18 × 2 T-complex protein 1 subunit theta × 2 (P50990) T-complex protein 1 subunit zeta × 2 (P40227) Actin, cytoplasmic 2 × 1 (P63261) Phosducin-like protein 3 × 1 (Q9H2J4) ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 16 MAGNESIUM ION × 16 ALUMINUM FLUORIDE × 16 water × 16 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 TCPG_HUMAN
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–545; UniProt 1–545 作者链 g; PDB构建体 1–545; UniProt 1–545

T-complex protein 1 subunit eta

物种未注明

UniProt Q99832

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 20 T-complex protein 1 subunit alpha × 2 (P17987) T-complex protein 1 subunit beta × 2 (P78371) T-complex protein 1 subunit delta × 2 (P50991) T-complex protein 1 subunit epsilon × 2 (P48643) T-complex protein 1 subunit gamma × 2 (P49368) Nanobody Nb18 × 2 T-complex protein 1 subunit theta × 2 (P50990) T-complex protein 1 subunit zeta × 2 (P40227) Actin, cytoplasmic 2 × 1 (P63261) Phosducin-like protein 3 × 1 (Q9H2J4) ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 16 MAGNESIUM ION × 16 ALUMINUM FLUORIDE × 16 water × 16 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 TCPH_HUMAN
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–543; UniProt 1–543 作者链 h; PDB构建体 1–543; UniProt 1–543

T-complex protein 1 subunit theta

物种未注明

UniProt P50990

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 20 T-complex protein 1 subunit alpha × 2 (P17987) T-complex protein 1 subunit beta × 2 (P78371) T-complex protein 1 subunit delta × 2 (P50991) T-complex protein 1 subunit epsilon × 2 (P48643) T-complex protein 1 subunit gamma × 2 (P49368) T-complex protein 1 subunit eta × 2 (Q99832) Nanobody Nb18 × 2 T-complex protein 1 subunit zeta × 2 (P40227) Actin, cytoplasmic 2 × 1 (P63261) Phosducin-like protein 3 × 1 (Q9H2J4) ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 16 MAGNESIUM ION × 16 ALUMINUM FLUORIDE × 16 water × 16 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 TCPQ_HUMAN
Isoform —
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 Q; PDB构建体 1–548; UniProt 1–548 作者链 q; PDB构建体 1–548; UniProt 1–548

T-complex protein 1 subunit zeta

物种未注明

UniProt P40227

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 20 T-complex protein 1 subunit alpha × 2 (P17987) T-complex protein 1 subunit beta × 2 (P78371) T-complex protein 1 subunit delta × 2 (P50991) T-complex protein 1 subunit epsilon × 2 (P48643) T-complex protein 1 subunit gamma × 2 (P49368) T-complex protein 1 subunit eta × 2 (Q99832) Nanobody Nb18 × 2 T-complex protein 1 subunit theta × 2 (P50990) Actin, cytoplasmic 2 × 1 (P63261) Phosducin-like protein 3 × 1 (Q9H2J4) ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 16 MAGNESIUM ION × 16 ALUMINUM FLUORIDE × 16 water × 16 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 TCPZ_HUMAN
Isoform —
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 Z; PDB构建体 1–531; UniProt 1–531 作者链 z; PDB构建体 1–531; UniProt 1–531

Actin, cytoplasmic 2

物种未注明

UniProt P63261

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 20 T-complex protein 1 subunit alpha × 2 (P17987) T-complex protein 1 subunit beta × 2 (P78371) T-complex protein 1 subunit delta × 2 (P50991) T-complex protein 1 subunit epsilon × 2 (P48643) T-complex protein 1 subunit gamma × 2 (P49368) T-complex protein 1 subunit eta × 2 (Q99832) Nanobody Nb18 × 2 T-complex protein 1 subunit theta × 2 (P50990) T-complex protein 1 subunit zeta × 2 (P40227) Phosducin-like protein 3 × 1 (Q9H2J4) ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 16 MAGNESIUM ION × 16 ALUMINUM FLUORIDE × 16 water × 16 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 ACTG_HUMAN
Isoform —
PDB实体 10
链与序列区间 作者链 K; PDB构建体 1–375; UniProt 1–375

Phosducin-like protein 3

物种未注明

UniProt Q9H2J4

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 20 T-complex protein 1 subunit alpha × 2 (P17987) T-complex protein 1 subunit beta × 2 (P78371) T-complex protein 1 subunit delta × 2 (P50991) T-complex protein 1 subunit epsilon × 2 (P48643) T-complex protein 1 subunit gamma × 2 (P49368) T-complex protein 1 subunit eta × 2 (Q99832) Nanobody Nb18 × 2 T-complex protein 1 subunit theta × 2 (P50990) T-complex protein 1 subunit zeta × 2 (P40227) Actin, cytoplasmic 2 × 1 (P63261) ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 16 MAGNESIUM ION × 16 ALUMINUM FLUORIDE × 16 water × 16 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 PDCL3_HUMAN
Isoform —
PDB实体 11
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 1–239; UniProt 1–239

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7nvm
沉积日期 deposition_date2021-03-15
结构标题 titleHuman TRiC complex in closed state with nanobody Nb18, actin and PhLP2A bound
关键词 keywords;TRiC, CCT, ATP hydrolysis, type II chaperonin, protein folding, actin, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, CHAPERONE ;; CHAPERONE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7nvm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7nvm__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 1010 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

7nvm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)65.44 Å
Rg(电子密度)64.38 Å
总 Rg64.49 Å
原子数70956
残基数9218
排除体积1270400 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 7nvm__assembly_1__model_1 eicosameric (20) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (15)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

CATH v4.4 (14 domains)

结构域编号 domain_id7nvmA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology7 — GroEL
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GroEL
结构域编号 domain_id7nvmB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology7 — GroEL
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GroEL
结构域编号 domain_id7nvmE01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology7 — GroEL
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GroEL
结构域编号 domain_id7nvmH01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology7 — GroEL
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GroEL
结构域编号 domain_id7nvmN01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id7nvmP01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glutaredoxin
结构域编号 domain_id7nvmQ01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology7 — GroEL
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GroEL
结构域编号 domain_id7nvma01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology7 — GroEL
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GroEL
结构域编号 domain_id7nvmb01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology7 — GroEL
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GroEL
结构域编号 domain_id7nvme01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology7 — GroEL
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GroEL
结构域编号 domain_id7nvmg01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology7 — GroEL
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GroEL
结构域编号 domain_id7nvmh01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology7 — GroEL
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GroEL
结构域编号 domain_id7nvmn01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id7nvmq01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology7 — GroEL
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GroEL
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7. 引用文献 (1)