SAXSdb — 7pgz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NPH1-1

Avena sativa

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 AAA； UniProt 404–546	突变：Q513L	MG MAGNESIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 13 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6-5.0, 6-8% (w/v) PEG 4000, 30% (v/v) glycerol	分辨率 0.90 Å R-free 0.139

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7PGZ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2V0U n- and c-terminal helices of oat lov2 (404-546) are involved in light-induced signal transduction (cryo dark structure of lov2 (404-546)) 提交 2007-05-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 404–546（143 aa）片段：LIGHT, OXYGEN, VOLTAGE DOMAIN, RESIDUES 404-546	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.40 Å R-free 0.197
2V0W N- and C-terminal helices of oat LOV2 (404-546) are involved in light- induced signal transduction (cryo-trapped light structure of LOV2 (404-546)) 提交 2007-05-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 404–546（143 aa）片段：LIGHT, OXYGEN, VOLTAGE DOMAIN, RESIDUES 404-546	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；Reservoir: 0.07 M sodium acetate, pH 4.6, 5.6% PEG 4000, 30% glycerol	分辨率 1.70 Å R-free 0.215
2V1A N- and C-terminal helices of oat LOV2 (404-546) are involved in light-induced signal transduction (room temperature (293K) dark structure of LOV2 (404-546)) 提交 2007-05-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 404–546（143 aa）片段：LIGHT, OXYGEN, VOLTAGE DOMAIN, RESIDUES 404-546	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.65 Å R-free 0.195
2V1B N- and C-terminal helices of oat LOV2 (404-546) are involved in light-induced signal transduction (room temperature (293K) light structure of LOV2 (404-546)) 提交 2007-05-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 404–546（143 aa）片段：LIGHT, OXYGEN, VOLTAGE DOMAIN, RESIDUES 404-546	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.55 Å R-free 0.212
2WKP Structure of a photoactivatable Rac1 containing Lov2 Wildtype 提交 2009-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 404–546（143 aa）片段：NPH1-1, RESIDUES 404-546 AND P21-RAC1, RESIDUES 4-180	突变：YES	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 100 MM CA ACETATE, 100 MM SODIUM CACODYLATE PH 5.5, 12 % (W/V) PEG 8000	分辨率 1.90 Å R-free 0.195
2WKQ Structure of a photoactivatable Rac1 containing the Lov2 C450A Mutant 提交 2009-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 404–546（143 aa）片段：NPH1-1 RESIDUES 404-546 AND P21-RAC1, RESIDUES 4-180	突变：YES	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 100 MM POTASSIUM CHLORIDE, 5% (W/V) PEG 4000	分辨率 1.60 Å R-free 0.186
2WKR Structure of a photoactivatable Rac1 containing the Lov2 C450M Mutant 提交 2009-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 404–546（143 aa）片段：NPH1-1, RESIDUES 404-546 AND P21-RAC1, RESIDUES 4-180	突变：YES	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 18 % (V/V) PEG 600	分辨率 2.20 Å R-free 0.226
4WF0 Crystal Structure of iLID - an Improved Light-Inducible Dimer 提交 2014-09-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 404–543（140 aa）片段：UNP residues 405-543	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；Grown in dark for 3 days. Conditions: 100mM TRIS:HCl pH 8.5, 800mM Lithium Chloride, 32% PEG 4000	分辨率 1.95 Å R-free 0.244
4WF0 Crystal Structure of iLID - an Improved Light-Inducible Dimer 提交 2014-09-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 404–543（140 aa）片段：UNP residues 405-543	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；Grown in dark for 3 days. Conditions: 100mM TRIS:HCl pH 8.5, 800mM Lithium Chloride, 32% PEG 4000	分辨率 1.95 Å R-free 0.244
5EFW Crystal structure of LOV2-Zdk1 - the complex of oat LOV2 and the affibody protein Zdark1 提交 2015-10-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 404–546（143 aa）片段：UNP residues 404-546	突变：C450A	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.5；293.15 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate pH 3.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.257
5HZH Crystal structure of photoinhibitable Rac1 containing C450A mutant LOV2 domain 提交 2016-02-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 404–546（143 aa）	突变：Q61L,Q61L,Q61L,Q61L,Q61L,Q61L,Q61L,Q61L,Q61L	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M calcium acetate, 26% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.60 Å R-free 0.255
5HZI Crystal structure of photoinhibitable Intersectin1 containing C450M mutant LOV2 domain 提交 2016-02-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 404–546（143 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 9% (w/v) PEG 8000, 9% (v/v) ethylene glycol	分辨率 2.60 Å R-free 0.285
5HZI Crystal structure of photoinhibitable Intersectin1 containing C450M mutant LOV2 domain 提交 2016-02-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 404–546（143 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 9% (w/v) PEG 8000, 9% (v/v) ethylene glycol	分辨率 2.60 Å R-free 0.285
5HZJ Crystal structure of photoinhibitable Intersectin1 containing wildtype LOV2 domain 提交 2016-02-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 404–546（143 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 9% (w/v) PEG 8000, 9% (v/v) ethylene glycol	分辨率 2.60 Å R-free 0.281
5HZJ Crystal structure of photoinhibitable Intersectin1 containing wildtype LOV2 domain 提交 2016-02-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 404–546（143 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 9% (w/v) PEG 8000, 9% (v/v) ethylene glycol	分辨率 2.60 Å R-free 0.281
5HZK Crystal structure of photoinhibitable Intersectin1 containing wildtype LOV2 domain in complex with Cdc42 提交 2016-02-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 404–546（143 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；0.1 M MES, 20% (w/v) PEG 6000	分辨率 3.30 Å R-free 0.257
5HZK Crystal structure of photoinhibitable Intersectin1 containing wildtype LOV2 domain in complex with Cdc42 提交 2016-02-02	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 404–546（143 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；0.1 M MES, 20% (w/v) PEG 6000	分辨率 3.30 Å R-free 0.257
6NTP PTP1B Domain of PTP1B-LOV2 Chimera 提交 2019-01-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 407–546（140 aa）片段：residues 2-282	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；100 mM HEPES, 200 mM magnesium acetate, and 14% polyethylene glycol 8000, pH 7.5	分辨率 1.89 Å R-free 0.212
6NTP PTP1B Domain of PTP1B-LOV2 Chimera 提交 2019-01-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 407–546（140 aa）片段：residues 2-282	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；100 mM HEPES, 200 mM magnesium acetate, and 14% polyethylene glycol 8000, pH 7.5	分辨率 1.89 Å R-free 0.212
7PGX Structure of dark-adapted AsLOV2 wild type 提交 2021-08-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 404–546（143 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 10 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ACT ACETATE ION × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；295 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6-5.0, 6-8% (w/v) PEG 4000, 30% (v/v) glycerol	分辨率 1.00 Å R-free 0.147
7PGY Structure of light-adapted AsLOV2 wild type 提交 2021-08-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 404–546（143 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 7 ACT ACETATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.8；298 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6-5.0, 6-8% (w/v) PEG 4000, 30% (v/v) glycerol	分辨率 1.09 Å R-free 0.161
7PH0 Structure of light-adapted AsLOV2 Q513L 提交 2021-08-16	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 404–546（143 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；298 K；0.1 M sodium acetate pH 4.6-5.0, 6-8% (w/v) PEG 4000, 30% (v/v) glycerol	分辨率 0.98 Å R-free 0.136

共 17 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O49003_AVESA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 AAA； PDB构建体 4–146； UniProt 404–546

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7pgz
沉积日期 deposition_date	2021-08-16
结构标题 title	Structure of dark-adapted AsLOV2 Q513L
关键词 keywords	flavin, light-oxygen-voltage, optogenetics, photoreceptor, phototropin, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.94 Å
零角强度 I(0) i0	6682290.00
分子量 molecular_weight	18453.0 kDa
排除体积 excluded_volume	23013 Å³
包络体积 envelope_volume	25924 Å³
水化壳体积 shell_volume	14397 Å³
包络直径 envelope_diameter	52.9 Å
壳层 Rg shell_rg	21.10 Å
包络 Rg envelope_rg	15.44 Å
形状 Rg shape_rg	14.89 Å
总 Rg total_rg	16.22 Å
总原子数 total_atoms	1292
残基数 n_residues	146
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	53.1 Å
Rg (实空间) rg_real	16.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.6820e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.1010e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6682000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8774
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.109
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.363
角度范围 angular_range	— – 0.4850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1645000.0000
实空间数据点数 n_real_points	79
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.809; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.983

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NPH1-1
分子量 formula_weight	16838.0 kDa
突变 mutation	Q513L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AAA
原子数 atom_count	2184

GEFLATTLERIEKNFVITDPRLPDNPIIFASDSFLQLTEYSREEILGRNCRFLQGPETDRATVRKIRDAIDNQTEVTVQLINYTKSGKKFWNLFHLQPMRDQKGDVQYFIGVLLDGTEHVRDAAEREGVMLIKKTAENIDEAAKEL

来源 Source

来源生物 organism	Avena sativa
通用名 common_name	Oat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4498
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	215

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	35.610 Å
晶胞边长 b length_b	54.550 Å
晶胞边长 c length_c	66.460 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	0.900 Å
最低分辨率 resolution_low	42.165 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1150
R_free r_free	0.1393

fit	/app/data/saxs_computation/pg/7pgz/7pgz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pg/7pgz/7pgz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pg/7pgz/7pgz.dat

Structure of dark-adapted AsLOV2 Q513L

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NPH1-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction