7r0e

Early transcription elongation state of influenza A/H7N9 polymerase backtracked due to double incoproation of nucleotide analogue T1106 and with singly incoporated T1106 at the +1 position

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 125.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polymerase acidic protein

Influenza A virus (A/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9))

UniProt M9TI86

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 3 RNA 3 PDB 声明:hexameric(6) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 1–716 未记录 RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit × 1 (M9TLW3) Polymerase basic protein 2 × 1 (X5F427) mRNA × 1 ;3' vRNA ; × 1 ;5' vRNA ; × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GTA P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.51 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 21 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 M9TI86_9INFA
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–717; UniProt 1–716

RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

Influenza A virus (A/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9))

UniProt M9TLW3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 3 RNA 3 PDB 声明:hexameric(6) 与全部聚合物数一致 链 B; UniProt 1–757 未记录 Polymerase acidic protein × 1 (M9TI86) Polymerase basic protein 2 × 1 (X5F427) mRNA × 1 ;3' vRNA ; × 1 ;5' vRNA ; × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GTA P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.51 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 M9TLW3_9INFA
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–757; UniProt 1–757

Polymerase basic protein 2

Influenza A virus (A/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9))

UniProt X5F427

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 3 RNA 3 PDB 声明:hexameric(6) 与全部聚合物数一致 链 C; UniProt 1–759 未记录 Polymerase acidic protein × 1 (M9TI86) RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit × 1 (M9TLW3) mRNA × 1 ;3' vRNA ; × 1 ;5' vRNA ; × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GTA P1-7-METHYLGUANOSINE-P3-ADENOSINE-5',5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.51 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 19 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 X5F427_9INFA
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–759; UniProt 1–759

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7r0e

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7r0e
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7r0e
沉积日期 deposition_date2022-02-01
结构标题 titleEarly transcription elongation state of influenza A/H7N9 polymerase backtracked due to double incoproation of nucleotide analogue T1106 and with singly incoporated T1106 at the +1 position
关键词 keywords;Influenza, viral RNA-dependent RNA polymerase; antiviral drug; nucleoside analogue; T705 (favipiravir); T1106; cap-dependent transcription; backtracking;, VIRAL PROTEIN ;; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.79
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.52
零角强度 I(0) i01141890000.00
分子量 molecular_weight263940.0 kDa
排除体积 excluded_volume324590 ų
包络体积 envelope_volume415780 ų
水化壳体积 shell_volume82640 ų
包络直径 envelope_diameter134.8
壳层 Rg shell_rg48.36
包络 Rg envelope_rg39.54
形状 Rg shape_rg39.53
总 Rg total_rg39.88
总原子数 total_atoms18429
残基数 n_residues2211
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax125.3
Rg (实空间) rg_real39.55
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.61
I(0) (实空间) i0_real1.1420e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7750e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.70
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1142000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8885
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary50.1
偏度 Skewness skewness0.206
峰度 Kurtosis kurtosis-0.405
角度范围 angular_range— – 0.2000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha266400000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.893; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.887

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id7r0eA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology91 — Restriction Endonuclease
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)