7r6q

State E2 nucleolar 60S ribosome biogenesis intermediate - Foot region model

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-dependent RNA helicase HAS1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 16 RNA 3	ITS-2 × 1 60S ribosomal protein L8-A × 1 （P17076） Proteasome-interacting protein CIC1 × 1 （P38779） Pescadillo homolog × 1 （P53261） Ribosome biogenesis protein 15 × 1 （P53927） Ribosome biogenesis protein RLP7 × 1 （P40693） 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 （Q04660） 25S rRNA × 1 Nucleolar protein 16 × 1 （P40007） 5.8S rRNA × 1 60S ribosomal protein L15-A × 1 （P05748） 60S ribosomal protein L35 × 1 60S ribosomal protein L27 × 1 60S ribosomal protein L34-A × 1 60S ribosome biogenesis factor Spb1 × 1 60S ribosomal protein L36-A × 1 （P05745） 60S ribosomal protein L13-A × 1 （Q12690）	与全部聚合物一致

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UniProt名称	HAS1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–505； UniProt 1–505

60S ribosomal protein L8-A

物种未注明

UniProt P17076

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 16 RNA 3	ITS-2 × 1 ATP-dependent RNA helicase HAS1 × 1 （Q03532） Proteasome-interacting protein CIC1 × 1 （P38779） Pescadillo homolog × 1 （P53261） Ribosome biogenesis protein 15 × 1 （P53927） Ribosome biogenesis protein RLP7 × 1 （P40693） 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 （Q04660） 25S rRNA × 1 Nucleolar protein 16 × 1 （P40007） 5.8S rRNA × 1 60S ribosomal protein L15-A × 1 （P05748） 60S ribosomal protein L35 × 1 60S ribosomal protein L27 × 1 60S ribosomal protein L34-A × 1 60S ribosome biogenesis factor Spb1 × 1 60S ribosomal protein L36-A × 1 （P05745） 60S ribosomal protein L13-A × 1 （Q12690）	与全部聚合物一致

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UniProt名称	RL8A_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–256； UniProt 1–256

Proteasome-interacting protein CIC1

物种未注明

UniProt P38779

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 16 RNA 3	ITS-2 × 1 ATP-dependent RNA helicase HAS1 × 1 （Q03532） 60S ribosomal protein L8-A × 1 （P17076） Pescadillo homolog × 1 （P53261） Ribosome biogenesis protein 15 × 1 （P53927） Ribosome biogenesis protein RLP7 × 1 （P40693） 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 （Q04660） 25S rRNA × 1 Nucleolar protein 16 × 1 （P40007） 5.8S rRNA × 1 60S ribosomal protein L15-A × 1 （P05748） 60S ribosomal protein L35 × 1 60S ribosomal protein L27 × 1 60S ribosomal protein L34-A × 1 60S ribosome biogenesis factor Spb1 × 1 60S ribosomal protein L36-A × 1 （P05745） 60S ribosomal protein L13-A × 1 （Q12690）	与全部聚合物一致

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UniProt名称	CIC1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–376； UniProt 1–376

Pescadillo homolog

物种未注明

UniProt P53261

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 16 RNA 3	ITS-2 × 1 ATP-dependent RNA helicase HAS1 × 1 （Q03532） 60S ribosomal protein L8-A × 1 （P17076） Proteasome-interacting protein CIC1 × 1 （P38779） Ribosome biogenesis protein 15 × 1 （P53927） Ribosome biogenesis protein RLP7 × 1 （P40693） 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 （Q04660） 25S rRNA × 1 Nucleolar protein 16 × 1 （P40007） 5.8S rRNA × 1 60S ribosomal protein L15-A × 1 （P05748） 60S ribosomal protein L35 × 1 60S ribosomal protein L27 × 1 60S ribosomal protein L34-A × 1 60S ribosome biogenesis factor Spb1 × 1 60S ribosomal protein L36-A × 1 （P05745） 60S ribosomal protein L13-A × 1 （Q12690）	与全部聚合物一致

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UniProt名称	PESC_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 n； PDB构建体 1–605； UniProt 1–605

Ribosome biogenesis protein 15

物种未注明

UniProt P53927

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 16 RNA 3	ITS-2 × 1 ATP-dependent RNA helicase HAS1 × 1 （Q03532） 60S ribosomal protein L8-A × 1 （P17076） Proteasome-interacting protein CIC1 × 1 （P38779） Pescadillo homolog × 1 （P53261） Ribosome biogenesis protein RLP7 × 1 （P40693） 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 （Q04660） 25S rRNA × 1 Nucleolar protein 16 × 1 （P40007） 5.8S rRNA × 1 60S ribosomal protein L15-A × 1 （P05748） 60S ribosomal protein L35 × 1 60S ribosomal protein L27 × 1 60S ribosomal protein L34-A × 1 60S ribosome biogenesis factor Spb1 × 1 60S ribosomal protein L36-A × 1 （P05745） 60S ribosomal protein L13-A × 1 （Q12690）	与全部聚合物一致

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UniProt名称	NOP15_YEAST
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 o； PDB构建体 1–220； UniProt 1–220

Ribosome biogenesis protein RLP7

物种未注明

UniProt P40693

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 16 RNA 3	ITS-2 × 1 ATP-dependent RNA helicase HAS1 × 1 （Q03532） 60S ribosomal protein L8-A × 1 （P17076） Proteasome-interacting protein CIC1 × 1 （P38779） Pescadillo homolog × 1 （P53261） Ribosome biogenesis protein 15 × 1 （P53927） 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 （Q04660） 25S rRNA × 1 Nucleolar protein 16 × 1 （P40007） 5.8S rRNA × 1 60S ribosomal protein L15-A × 1 （P05748） 60S ribosomal protein L35 × 1 60S ribosomal protein L27 × 1 60S ribosomal protein L34-A × 1 60S ribosome biogenesis factor Spb1 × 1 60S ribosomal protein L36-A × 1 （P05745） 60S ribosomal protein L13-A × 1 （Q12690）	与全部聚合物一致

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UniProt名称	RLP7_YEAST
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 t； PDB构建体 1–322； UniProt 1–322

60S ribosomal protein L25

物种未注明

UniProt P04456

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 16 RNA 3	ITS-2 × 1 ATP-dependent RNA helicase HAS1 × 1 （Q03532） 60S ribosomal protein L8-A × 1 （P17076） Proteasome-interacting protein CIC1 × 1 （P38779） Pescadillo homolog × 1 （P53261） Ribosome biogenesis protein 15 × 1 （P53927） Ribosome biogenesis protein RLP7 × 1 （P40693） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 （Q04660） 25S rRNA × 1 Nucleolar protein 16 × 1 （P40007） 5.8S rRNA × 1 60S ribosomal protein L15-A × 1 （P05748） 60S ribosomal protein L35 × 1 60S ribosomal protein L27 × 1 60S ribosomal protein L34-A × 1 60S ribosome biogenesis factor Spb1 × 1 60S ribosomal protein L36-A × 1 （P05745） 60S ribosomal protein L13-A × 1 （Q12690）	与全部聚合物一致

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UniProt名称	RL25_YEAST
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142

Ribosome biogenesis protein ERB1

物种未注明

UniProt Q04660

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 16 RNA 3	ITS-2 × 1 ATP-dependent RNA helicase HAS1 × 1 （Q03532） 60S ribosomal protein L8-A × 1 （P17076） Proteasome-interacting protein CIC1 × 1 （P38779） Pescadillo homolog × 1 （P53261） Ribosome biogenesis protein 15 × 1 （P53927） Ribosome biogenesis protein RLP7 × 1 （P40693） 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） 25S rRNA × 1 Nucleolar protein 16 × 1 （P40007） 5.8S rRNA × 1 60S ribosomal protein L15-A × 1 （P05748） 60S ribosomal protein L35 × 1 60S ribosomal protein L27 × 1 60S ribosomal protein L34-A × 1 60S ribosome biogenesis factor Spb1 × 1 60S ribosomal protein L36-A × 1 （P05745） 60S ribosomal protein L13-A × 1 （Q12690）	与全部聚合物一致

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UniProt名称	ERB1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 m； PDB构建体 1–807； UniProt 1–807

Nucleolar protein 16

物种未注明

UniProt P40007

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 16 RNA 3	ITS-2 × 1 ATP-dependent RNA helicase HAS1 × 1 （Q03532） 60S ribosomal protein L8-A × 1 （P17076） Proteasome-interacting protein CIC1 × 1 （P38779） Pescadillo homolog × 1 （P53261） Ribosome biogenesis protein 15 × 1 （P53927） Ribosome biogenesis protein RLP7 × 1 （P40693） 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 （Q04660） 25S rRNA × 1 5.8S rRNA × 1 60S ribosomal protein L15-A × 1 （P05748） 60S ribosomal protein L35 × 1 60S ribosomal protein L27 × 1 60S ribosomal protein L34-A × 1 60S ribosome biogenesis factor Spb1 × 1 60S ribosomal protein L36-A × 1 （P05745） 60S ribosomal protein L13-A × 1 （Q12690）	与全部聚合物一致

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UniProt名称	NOP16_YEAST
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 v； PDB构建体 1–231； UniProt 1–231

60S ribosomal protein L15-A

物种未注明

UniProt P05748

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 16 RNA 3	ITS-2 × 1 ATP-dependent RNA helicase HAS1 × 1 （Q03532） 60S ribosomal protein L8-A × 1 （P17076） Proteasome-interacting protein CIC1 × 1 （P38779） Pescadillo homolog × 1 （P53261） Ribosome biogenesis protein 15 × 1 （P53927） Ribosome biogenesis protein RLP7 × 1 （P40693） 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 （Q04660） 25S rRNA × 1 Nucleolar protein 16 × 1 （P40007） 5.8S rRNA × 1 60S ribosomal protein L35 × 1 60S ribosomal protein L27 × 1 60S ribosomal protein L34-A × 1 60S ribosome biogenesis factor Spb1 × 1 60S ribosomal protein L36-A × 1 （P05745） 60S ribosomal protein L13-A × 1 （Q12690）	与全部聚合物一致

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UniProt名称	RL15A_YEAST
Isoform	—
PDB实体	13
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–204； UniProt 1–204

60S ribosomal protein L36-A

物种未注明

UniProt P05745

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 16 RNA 3	ITS-2 × 1 ATP-dependent RNA helicase HAS1 × 1 （Q03532） 60S ribosomal protein L8-A × 1 （P17076） Proteasome-interacting protein CIC1 × 1 （P38779） Pescadillo homolog × 1 （P53261） Ribosome biogenesis protein 15 × 1 （P53927） Ribosome biogenesis protein RLP7 × 1 （P40693） 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 （Q04660） 25S rRNA × 1 Nucleolar protein 16 × 1 （P40007） 5.8S rRNA × 1 60S ribosomal protein L15-A × 1 （P05748） 60S ribosomal protein L35 × 1 60S ribosomal protein L27 × 1 60S ribosomal protein L34-A × 1 60S ribosome biogenesis factor Spb1 × 1 60S ribosomal protein L13-A × 1 （Q12690）	与全部聚合物一致

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UniProt名称	RL36A_YEAST
Isoform	—
PDB实体	18
链与序列区间	作者链 i； PDB构建体 1–100； UniProt 1–100

60S ribosomal protein L13-A

物种未注明

UniProt Q12690

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 16 RNA 3	ITS-2 × 1 ATP-dependent RNA helicase HAS1 × 1 （Q03532） 60S ribosomal protein L8-A × 1 （P17076） Proteasome-interacting protein CIC1 × 1 （P38779） Pescadillo homolog × 1 （P53261） Ribosome biogenesis protein 15 × 1 （P53927） Ribosome biogenesis protein RLP7 × 1 （P40693） 60S ribosomal protein L25 × 1 （P04456） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 （Q04660） 25S rRNA × 1 Nucleolar protein 16 × 1 （P40007） 5.8S rRNA × 1 60S ribosomal protein L15-A × 1 （P05748） 60S ribosomal protein L35 × 1 60S ribosomal protein L27 × 1 60S ribosomal protein L34-A × 1 60S ribosome biogenesis factor Spb1 × 1 60S ribosomal protein L36-A × 1 （P05745）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RL13A_YEAST
Isoform	—
PDB实体	19
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–199； UniProt 1–199

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7r6q
沉积日期 deposition_date	2021-06-23
结构标题 title	State E2 nucleolar 60S ribosome biogenesis intermediate - Foot region model
关键词 keywords	ribosome biogenesis, DEAD-box ATPase, methyltransferase, nucleolus, RIBOSOME; RIBOSOME
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7r6q__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7r6q__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7r6q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	52.71 Å
Rg（电子密度）	52.71 Å
总 Rg	52.88 Å
原子数	29033
残基数	2862
排除体积	486790 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7r6q__assembly_1__model_1`	nonadecameric （19）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (19)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ITS-2
分子量 formula_weight	27786.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	6
原子数 atom_count	29033

CCUUCUCAAACAUUCUGUUUGGUAGUGAGUGAUACUCUUUGGAGUUAACUUGAAAUUGCUGGCCUUUAGGCGAACAAUGUUCUUAAA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ATP-dependent RNA helicase HAS1
分子量 formula_weight	56798.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.13
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MATPSNKRSRDSESTEEPVVDEKSTSKQNNAAPEGEQTTCVEKFEELKLSQPTLKAIEKMGFTTMTSVQARTIPPLLAGRDVLGAAKTGSGKTLAFLIPAIELLHSLKFKPRNGTGIIVITPTRELALQIFGVARELMEFHSQTFGIVIGGANRRQEAEKLMKGVNMLIATPGRLLDHLQNTKGFVFKNLKALIIDEADRILEIGFEDEMRQIIKILPNEDRQSMLFSATQTTKVEDLARISLRPGPLFINVVPETDNSTADGLEQGYVVCDSDKRFLLLFSFLKRNQKKKIIVFLSSCNSVKYYAELLNYIDLPVLELHGKQKQQKRTNTFFEFCNAERGILICTDVAARGLDIPAVDWIIQFDPPDDPRDYIHRVGRTARGTKGKGKSLMFLTPNELGFLRYLKASKVPLNEYEFPENKIANVQSQLEKLIKSNYYLHQTAKDGYRSYLQAYASHSLKTVYQIDKLDLAKVAKSYGFPVPPKVNITIGASGKTPNTKRRKTHK

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L8-A
分子量 formula_weight	28175.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MAPGKKVAPAPFGAKSTKSNKTRNPLTHSTPKNFGIGQAVQPKRNLSRYVKWPEYVRVQRQKKILSIRLKVPPTIAQFQYTLDRNTAAETFKLFNKYRPETAAEKKERLTKEAAAVAEGKSKQDASPKPYAVKYGLNHVVALIENKKAKLVLIANDVDPIELVVFLPALCKKMGVPYAIVKGKARLGTLVNQKTSAVAALTEVRAEDEAALAKLVSTIDANFADKYDEVKKHWGGGILGNKAQAKMDKRAKNSDSA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Proteasome-interacting protein CIC1
分子量 formula_weight	42596.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MAKKSNSKKSTPVSTPSKEKKKVIEKKSSTAIPRERVIKAVNELIKFTSKPQDENNEEGNNGKKNLLEDDEEELKKDLQLIVVNNKSFTGTSKSFKLKLLNVKHSFYKPWKEASATAVKDFKVLLILKDSDIKKVSEDDLFDQLDSEGIKVDEIICGKDLKTVYKAYEARNAFISQFSLILADDSIVTSLPKLMGGKAYNKVETTPISIRTHANKEFSLTTLTNNIKKVYMNQLPVKLPRGTTLNVHLGNLEWLRPEEFVDNVELISEQLIKAYQIRSIFIKTNRSPVLPLYYNQDVLDELEAKKDKIEETHEDDMVTIDGVQVHLSTFNKGLMEIANPSELGSIFSKQINNAKKRSSSELEKESSESEAVKKAKS

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Pescadillo homolog
分子量 formula_weight	69984.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	n

MRIKKKNTRGNARNFITRSQAVRKLQVSLADFRRLCIFKGIYPREPRNKKKANKGSTAPTTFYYAKDIQYLMHEPVLAKFREHKTFARKLTRALGRGEVSSAKRLEENRDSYTLDHIIKERYPSFPDAIRDIDDALNMLFLFSNLPSTNQVSSKIINDAQKICNQWLAYVAKERLVRKVFVSIKGVYYQANIKGEEVRWLVPFKFPENIPSDVDFRIMLTFLEFYSTLLHFVLYKLYTDSGLIYPPKLDLKKDKIISGLSSYILESRQEDSLLKLDPTEIEEDVKVESLDASTLKSALNADEANTDETEKEEEQEKKQEKEQEKEQNEETELDTFEDNNKNKGDILIQPSKYDSPVASLFSAFVFYVSREVPIDILEFLILSCGGNVISEAAMDQIENKKDIDMSKVTHQIVDRPVLKNKVAGRTYIQPQWIFDCINKGELVPANKYLPGEALPPHLSPWGDAIGYDPTAPVEEGEEEESESESESEDQVEEEDQEVVAGEEDDDDDEELQAQKELELEAQGIKYSETSEADKDVNKSKNKKRKVDEEEEEKKLKMIMMSNKQKKLYKKMKYSNAKKEEQAENLKKKKKQIAKQKAKLNKLDSKK

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Ribosome biogenesis protein 15
分子量 formula_weight	25499.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	o

MVKSTSKTSTKETVTKQPTEEKPIQEKEELALETSSSSSDEEDEKDEDEIEGLAASDDEQSGTHKIKRLNPKKQANEKKSKDKKTLEEYSGIIYVSRLPHGFHEKELSKYFAQFGDLKEVRLARNKKTGNSRHYGFLEFVNKEDAMIAQESMNNYLLMGHLLQVRVLPKGAKIEKLYKYKKRVLVEKGITKPVKQLKDNMKQKHEERIKKLAKSGIEFKW

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Ribosome biogenesis protein RLP7
分子量 formula_weight	36621.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	t

MSSTQDSKAQTLNSNPEILLRKRRNADRTRIERQELAKKKREEQIKKKRSNKNKFVRAESIVAKTLATSREKERIKRVSILEDKKAKNETQHIASGKDFILKITEKANGAEENSVDLEETEEEEDDGLIREKTTYDGKPALLFIVRVRGPLAVNIPNKAFKILSLLRLVETNTGVFVKLTKNVYPLLKVIAPYVVIGKPSLSSIRSLIQKRGRIIYKGENEAEPHEIVLNDNNIVEEQLGDHGIICVEDIIHEIATMGESFSVCNFFLQPFKLNREVSGFGSLNRLRKIKQREAESRTRQFSNAATAPVIEVDIDSLLAKLN

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L25
分子量 formula_weight	15787.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

MAPSAKATAAKKAVVKGTNGKKALKVRTSATFRLPKTLKLARAPKYASKAVPHYNRLDSYKVIEQPITSETAMKKVEDGNILVFQVSMKANKYQIKKAVKELYEVDVLKVNTLVRPNGTKKAYVRLTADYDALDIANRIGYI

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Ribosome biogenesis protein ERB1
分子量 formula_weight	91830.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	m

MMAKNNKTTEAKMSKKRAASEESDVEEDEDKLLSVDGLIDAEASESDEDDDEYESAVEEKESSSDKEAQDDSDDDSDAELNKLLAEEEGDGEEDYDSSEFSDDTTSLTDRLSGVKLQTIVDPNIYSKYADGSDRIIKPEINPVYDSDDSDAETQNTIGNIPLSAYDEMPHIGYDINGKRIMRPAKGSALDQLLDSIELPEGWTGLLDKNSGSSLNLTKEELELISKIQRNEQTDDSINPYEPLIDWFTRHEEVMPLTAVPEPKRRFVPSKNEAKRVMKIVRAIREGRIIPPKKLKEMKEKEKIENYQYDLWGDSTETNDHVMHLRAPKLPPPTNEESYNPPEEYLLSPEEKEAWENTEYSERERNFIPQKYSALRKVPGYGESIRERFERSLDLYLAPRVRKNKLNIDPNSLIPELPSPKDLRPFPIRCSTIYAGHKGKVRTLSIDPSGLWLATGSDDGTVRVWEILTGREVYRTTLIDDEENPDYHIECIEWNPDANNGILAVAVGENIHLIVPPIFGYDIENNGKTKIEDGFGYDTFGTVKKSNLEVNENGDGDEDGENESAKNAVKKQVAQWNKPSQKQLEKDICITISCKKTVKKLSWHRKGDYFVTVQPDSGNTSVLIHQVSKHLTQSPFKKSKGIIMDAKFHPFKPQLFVCSQRYVRIYDLSQQILVKKLLPGARWLSKIDIHPRGDNLIASSFDKRVLWHDLDLASTPYKTLRYHEKAVRSVNFHKKLPLFSSAADDGTIHVFHATVYDDMMKNPMIVPLKKLTGHKVINSLGVLDAIWHPREAWLFSAGADNTARLWTT

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	25S rRNA
分子量 formula_weight	95192.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	1

GUUUGACCUCAAAUCAGGUAGGAAAGCUCAAAUUUGAAAUCUGGUACCUUCGGUGCCCGAGUUGUAAUUUGGAGAGGGCAACUUUGGGUUUGUAAAGUGCCUUCGAAGAGUCGCUAAGUGGGUGGUCCAUCUAAAGCUAAUAGUCGAUCCUAAGAGAUGGGGAAGCUCCGUUUCAAAGGCCUGAUUUUAUGCAGGCCACCAUCGAAAGGGAAUCCUUCCGGAACCUGGAUAUGGAUUCUUCACACUGAAUGUGGAGAAAAUCCACAGGAAGGAAUAGUUUUCAUGCCAGGUCGUA

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	Nucleolar protein 16
分子量 formula_weight	26954.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	v

MTSVRKRKMNRSSVGKATRRNKDKQRKINIQSNPIIAANWDYSLTMAQNYKKLGLRAKLQTPAGGKEADLSKVVKRIPLTKPVLDEDEDEDEGEDEQNDYNAATVELDENEIPEGGARIQRDKNGDVVRVVYGKKKNFDADEDVNEIKARDTTEETEVVKKLEELASRPVIRKERSQSEREEEWLEKLYKKHGDDYKKMFFDKKLNIYQQSEGDLKRRLLRWKKRNGIASK

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	5.8S rRNA
分子量 formula_weight	18223.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	2

UGAACGCACAUUGCGCCCCUUGGUAUUCCAGGGGGCAUGCCUGUUUGAGCGUCAUUU

实体 13 Entity 13 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L15-A
分子量 formula_weight	24482.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MGAYKYLEELQRKKQSDVLRFLQRVRVWEYRQKNVIHRAARPTRPDKARRLGYKAKQGFVIYRVRVRRGNRKRPVPKGATYGKPTNQGVNELKYQRSLRATAEERVGRRAANLRVLNSYWVNQDSTYKYFEVILVDPQHKAIRRDARYNWICDPVHKHREARGLTATGKKSRGINKGHKFNNTKAGRRKTWKRQNTLSLWRYRK

实体 14 Entity 14 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L35
分子量 formula_weight	2165.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	h

GKKYQPKVTEKQRKKQIA

实体 15 Entity 15 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L27
分子量 formula_weight	1801.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z

LKVTKKHGAKKVAKRT

实体 16 Entity 16 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L34-A
分子量 formula_weight	4511.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	g

FRRRNHVKKLATISTLRPRQYATVSKTHKTALQAYGGSR

实体 17 Entity 17 polymer

描述 description	60S ribosome biogenesis factor Spb1
分子量 formula_weight	8182.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	w

MIKDKDSAADADDLESELNAMYSDYKTRRSERDAKFRVDEGFNRYTFRDTENLPDWFLEDEKEHSKIN

实体 18 Entity 18 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L36-A
分子量 formula_weight	11151.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	i

MTVKTGIAIGLNKGKKVTSMTPAPKISYKKGAASNRTKFVRSLVREIAGLSPYERRLIDLIRNSGEKRARKVAKKRLGSFTRAKAKVEEMNNIIAASRRH

实体 19 Entity 19 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L13-A
分子量 formula_weight	22604.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MAISKNLPILKNHFRKHWQERVKVHFDQAGKKVSRRNARATRAAKIAPRPLDLLRPVVRAPTVKYNRKVRAGRGFTLAEVKAAGLTAAYARTIGIAVDHRRQNRNQEIFDANVQRLKEYQSKIIVFPRNGKAPEAEQVLSAAATFPIAQPATDVEARAVQDNGESAFRTLRLARSEKKFRGIREKRAREKAEAEAEKKK

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	7r6qN01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1120 — Ribosomal protein L15e
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribosomal protein L15

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.98 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	198000

State E2 nucleolar 60S ribosome biogenesis intermediate - Foot region model

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-dependent RNA helicase HAS1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

60S ribosomal protein L8-A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Proteasome-interacting protein CIC1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Pescadillo homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ribosome biogenesis protein 15

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ribosome biogenesis protein RLP7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

60S ribosomal protein L25

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ribosome biogenesis protein ERB1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Nucleolar protein 16

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

60S ribosomal protein L15-A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体