7r7c

State E2 nucleolar 60S ribosomal biogenesis intermediate - L1 stalk local model

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

60S ribosome subunit biogenesis protein NIP7

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 10 RNA 1	25S rRNA × 1 Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 （A0A6V8S2P3） 25S rRNA (cytosine(2870)-C(5))-methyltransferase × 1 （P40991） Ribosome biogenesis protein NSA2 homolog × 1 （A0A6A5PXG0） ;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ; × 1 （P25582） 60S ribosomal subunit assembly/export protein LOC1 × 1 （P43586） Ribosome biogenesis protein BRX1 × 1 （Q08235） rRNA-processing protein EBP2 × 1 （A0A7I9FH46） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 60S ribosomal protein L1-A × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	NIP7_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 l； PDB构建体 1–181； UniProt 1–181

Ribosome biogenesis protein ERB1

物种未注明

UniProt A0A6V8S2P3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 10 RNA 1	25S rRNA × 1 60S ribosome subunit biogenesis protein NIP7 × 1 （Q08962） 25S rRNA (cytosine(2870)-C(5))-methyltransferase × 1 （P40991） Ribosome biogenesis protein NSA2 homolog × 1 （A0A6A5PXG0） ;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ; × 1 （P25582） 60S ribosomal subunit assembly/export protein LOC1 × 1 （P43586） Ribosome biogenesis protein BRX1 × 1 （Q08235） rRNA-processing protein EBP2 × 1 （A0A7I9FH46） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 60S ribosomal protein L1-A × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0A6V8S2P3_YEASX
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 m； PDB构建体 1–63； UniProt 141–203

25S rRNA (cytosine(2870)-C(5))-methyltransferase

物种未注明

UniProt P40991

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 10 RNA 1	25S rRNA × 1 60S ribosome subunit biogenesis protein NIP7 × 1 （Q08962） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 （A0A6V8S2P3） Ribosome biogenesis protein NSA2 homolog × 1 （A0A6A5PXG0） ;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ; × 1 （P25582） 60S ribosomal subunit assembly/export protein LOC1 × 1 （P43586） Ribosome biogenesis protein BRX1 × 1 （Q08235） rRNA-processing protein EBP2 × 1 （A0A7I9FH46） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 60S ribosomal protein L1-A × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	NOP2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 q； PDB构建体 1–618； UniProt 1–618

Ribosome biogenesis protein NSA2 homolog

物种未注明

UniProt A0A6A5PXG0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 10 RNA 1	25S rRNA × 1 60S ribosome subunit biogenesis protein NIP7 × 1 （Q08962） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 （A0A6V8S2P3） 25S rRNA (cytosine(2870)-C(5))-methyltransferase × 1 （P40991） ;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ; × 1 （P25582） 60S ribosomal subunit assembly/export protein LOC1 × 1 （P43586） Ribosome biogenesis protein BRX1 × 1 （Q08235） rRNA-processing protein EBP2 × 1 （A0A7I9FH46） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 60S ribosomal protein L1-A × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0A6A5PXG0_YEASX
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 r； PDB构建体 1–103； UniProt 149–260

;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ;

物种未注明

UniProt P25582

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 10 RNA 1	25S rRNA × 1 60S ribosome subunit biogenesis protein NIP7 × 1 （Q08962） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 （A0A6V8S2P3） 25S rRNA (cytosine(2870)-C(5))-methyltransferase × 1 （P40991） Ribosome biogenesis protein NSA2 homolog × 1 （A0A6A5PXG0） 60S ribosomal subunit assembly/export protein LOC1 × 1 （P43586） Ribosome biogenesis protein BRX1 × 1 （Q08235） rRNA-processing protein EBP2 × 1 （A0A7I9FH46） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 60S ribosomal protein L1-A × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	SPB1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 w； PDB构建体 1–12； UniProt 827–838

60S ribosomal subunit assembly/export protein LOC1

物种未注明

UniProt P43586

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 10 RNA 1	25S rRNA × 1 60S ribosome subunit biogenesis protein NIP7 × 1 （Q08962） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 （A0A6V8S2P3） 25S rRNA (cytosine(2870)-C(5))-methyltransferase × 1 （P40991） Ribosome biogenesis protein NSA2 homolog × 1 （A0A6A5PXG0） ;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ; × 1 （P25582） Ribosome biogenesis protein BRX1 × 1 （Q08235） rRNA-processing protein EBP2 × 1 （A0A7I9FH46） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 60S ribosomal protein L1-A × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	LOC1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 7； PDB构建体 1–204； UniProt 1–204

Ribosome biogenesis protein BRX1

物种未注明

UniProt Q08235

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 10 RNA 1	25S rRNA × 1 60S ribosome subunit biogenesis protein NIP7 × 1 （Q08962） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 （A0A6V8S2P3） 25S rRNA (cytosine(2870)-C(5))-methyltransferase × 1 （P40991） Ribosome biogenesis protein NSA2 homolog × 1 （A0A6A5PXG0） ;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ; × 1 （P25582） 60S ribosomal subunit assembly/export protein LOC1 × 1 （P43586） rRNA-processing protein EBP2 × 1 （A0A7I9FH46） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 60S ribosomal protein L1-A × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	BRX1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–291； UniProt 1–291

rRNA-processing protein EBP2

物种未注明

UniProt A0A7I9FH46

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 10 RNA 1	25S rRNA × 1 60S ribosome subunit biogenesis protein NIP7 × 1 （Q08962） Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 （A0A6V8S2P3） 25S rRNA (cytosine(2870)-C(5))-methyltransferase × 1 （P40991） Ribosome biogenesis protein NSA2 homolog × 1 （A0A6A5PXG0） ;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ; × 1 （P25582） 60S ribosomal subunit assembly/export protein LOC1 × 1 （P43586） Ribosome biogenesis protein BRX1 × 1 （Q08235） Nucleolar GTP-binding protein 1 × 1 60S ribosomal protein L1-A × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0A7I9FH46_YEASX
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–96； UniProt 247–342

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7r7c
沉积日期 deposition_date	2021-06-24
结构标题 title	State E2 nucleolar 60S ribosomal biogenesis intermediate - L1 stalk local model
关键词 keywords	ribosome biogenesis, DEAD-box ATPases, methyltransferase, nucleolus, RIBOSOME; RIBOSOME
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7r7c__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7r7c__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7r7c__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	48.25 Å
Rg（电子密度）	47.61 Å
总 Rg	47.82 Å
原子数	14950
残基数	1499
排除体积	250330 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7r7c__assembly_1__model_1`	undecameric （11）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	25S rRNA
分子量 formula_weight	72858.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	14950

GCGGUCGAUCGUUUCCCUCAGGAUAUUUUUGGUAAGCAGAACUACCCUGUUGAGCUUGACUCUAGUUUGACAUUGUGAAGAGACAUAGAGGGUGUAGAAUAAGUGGGAGCUUCGGCGCCAGUGAAAUACCACUACCUUUAUAGUUUCUUUACUAUUGUCAGGUGGGGAGUAAAGUUACCACAGGGAUAAUUGUGGCAGUCUUGCUGACCGUCGUGAGACAGGUUAG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	60S ribosome subunit biogenesis protein NIP7
分子量 formula_weight	20411.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	l

MRQLTEEETKVVFEKLAGYIGRNISFLVDNKELPHVFRLQKDRVYYVPDHVAKLATSVARPNLMSLGICLGKFTKTGKFRLHITSLTVLAKHAKYKIWIKPNGEMPFLYGNHVLKAHVGKMSDDIPEHAGVIVFAMNDVPLGFGVSAKSTSESRNMQPTGIVAFRQADIGEYLRDEDTLFT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Ribosome biogenesis protein ERB1
分子量 formula_weight	6833.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	m

TQNTIGNIPLSAYDEMPHIGYDINGKRIMRPAKGSALDQLLDSIELPEGWTGLLDKNSGSSLN

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	25S rRNA (cytosine(2870)-C(5))-methyltransferase
分子量 formula_weight	69912.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.310
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	q

MGSRRHKNKQAAPPTLEEFQARKEKKANRKLEKGKRPSTTQGDEVSDRKKKKSKPFKKSRKEEEEVVEEDKDLPEVDLEELSKARKSLFDDEEDDDEAGLVDEELKDEFDLEQEYDYDEDEDNDAHPIFSDDDDEADLEELNAQNMEALSKKLDEEEAEEAEEAEMELVEAENMQPRADILPTEEQEEMMAQETPNLTSTRTRMIEIVKVLENFKTLGAEGRSRGEYVDRLLKDICEYFGYTPFLAEKLFNLFSPAEAMEFFEANEIARPITIRTNTLKTRRRDLAQTLVNRGVNLQPIGSWTKVGLQIFDSQVPIGATPEYLAGHYILQAASSFLPVIALDPHENERILDMAAAPGGKTTYISAMMKNTGCVFANDANKSRTKSLIANIHRLGCTNTIVCNYDAREFPKVIGGFDRILLDAPCSGTGVIGKDQSVKVSRTEKDFIQIPHLQKQLLLSAIDSVDCNSKHGGVIVYSTCSVAVEEDEAVIDYALRKRPNVKLVDTGLAIGKEAFTSYRGKKFHPSVKLARRYYPHTYNVDGFFVAKFQKIGPSSFDDNQASAKEKETAARKEALEEGIIHSDFATFEDEEDDKYIEKSVKNNLLKKGVNPKAKRPSNEK

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Ribosome biogenesis protein NSA2 homolog
分子量 formula_weight	11673.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	r

RMITKHTFVGEGFTRRPVKMERIIRPSALRQKKANVTHPELGVTVFLPILAVKKNPQSPMYTQLGVLTKGTIIEVNVSELVWGKYAQVTNEPDRDGCVNAVLLD

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ;
分子量 formula_weight	1520.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.167
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	w

QRALRRIAKKHH

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	60S ribosomal subunit assembly/export protein LOC1
分子量 formula_weight	23652.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	7

MAPKKPSKRQNLRREVAPEVFQDSQARNQLANVPHLTEKSAQRKPSKTKVKKEQSLARLYGAKKDKKGKYSEKDLNIPTLNRAIVPGVKIRRGKKGKKFIADNDTLTLNRLITTIGDKYDDIAESKLEKARRLEEIRELKRKEIERKEALKQDKLEEKKDEIKKKSSVARTIRRKNKRDMLKSEAKASESKTEGRKVKKVSFAQ

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Ribosome biogenesis protein BRX1
分子量 formula_weight	33585.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MSSIYKALAGKSKDNKSEKKQGNVKQFMNKQRTLLISSRGVNYRHRHLIQDLSGLLPHSRKEPKLDTKKDLQQLNEIAELYNCNNVLFFEARKHQDLYLWLSKPPNGPTIKFYIQNLHTMDELNFTGNCLKGSRPVLSFDQRFESSPHYQLIKELLVHNFGVPPNARKSKPFIDHVMSFSIVDDKIWVRTYEISHSTKNKEEYEDGEEDISLVEIGPRFVMTVILILEGSFGGPKIYENKQYVSPNVVRAQIKQQAAEEAKSRAEAAVERKIKRRENVLAADPLSNDALFK

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	rRNA-processing protein EBP2
分子量 formula_weight	11444.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

AFYKQSLDAVLVARDELKRLKVPFKRPLDYFAEMVKSDEHMDKIKGKLIEEASDKKAREEARRQRQLKKFGKQVQNATLQKRQLEKRETLEKIKSL

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	Nucleolar GTP-binding protein 1
分子量 formula_weight	6401.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b

KITRIRAFYMRKVKSLVEQVARDYVRLLKFGQSLFQCKQLKRAALGRMATIVKK

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L1-A
分子量 formula_weight	24538.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a

MSKITSSQVREHVKELLKYSNETKKRNFLETVELQVGLKNYDPQRDKRFSGSLKLPNCPRPNMSICIFGDAFDVDRAKSCGVDAMSVDDLKKLNKNKKLIKKLSKKYNAFIASEVLIKQVPRLLGPQLSKAGKFPTPVSHNDDLYGKVTDVRSTIKFQLKKVLCLAVAVGNVEMEEDVLVQQILMSVNFFVSLLKKNWQNVGSLVVKSSMGPAFRLY

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	7r7ca01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	790 — Ribosomal protein L1/L10, domain II

结构域编号 domain_id	7r7cr01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	310 —

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.71 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	198000

State E2 nucleolar 60S ribosomal biogenesis intermediate - L1 stalk local model

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

60S ribosome subunit biogenesis protein NIP7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ribosome biogenesis protein ERB1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

25S rRNA (cytosine(2870)-C(5))-methyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ribosome biogenesis protein NSA2 homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;27S pre-rRNA (guanosine(2922)-2'-O)-methyltransferase ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

60S ribosomal subunit assembly/export protein LOC1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ribosome biogenesis protein BRX1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

rRNA-processing protein EBP2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7r7c__assembly_1__model_1

7r7c__assembly_1__model_1 | I(q)

7r7c__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer