7rpx

Archaeal DNA ligase and heterotrimeric PCNA in complex with end-joined DNA

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase sliding clamp 1

Saccharolobus solfataricus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA polymerase sliding clamp 2 × 1 （Q97Z84） DNA polymerase sliding clamp 3 × 1 （P57765） End-joined DNA × 1 Template strand DNA × 1 DNA ligase × 1 （Q980T8） MANGANESE (II) ION × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PCNA1_SACS2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–250； UniProt 2–249

DNA polymerase sliding clamp 2

Saccharolobus solfataricus

UniProt Q97Z84

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA polymerase sliding clamp 1 × 1 （P57766） DNA polymerase sliding clamp 3 × 1 （P57765） End-joined DNA × 1 Template strand DNA × 1 DNA ligase × 1 （Q980T8） MANGANESE (II) ION × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PCNA2_SACS2
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–245； UniProt 1–245

DNA polymerase sliding clamp 3

Saccharolobus solfataricus

UniProt P57765

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA polymerase sliding clamp 1 × 1 （P57766） DNA polymerase sliding clamp 2 × 1 （Q97Z84） End-joined DNA × 1 Template strand DNA × 1 DNA ligase × 1 （Q980T8） MANGANESE (II) ION × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PCNA3_SACS2
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–244； UniProt 1–244

DNA ligase

Saccharolobus solfataricus

UniProt Q980T8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	DNA polymerase sliding clamp 1 × 1 （P57766） DNA polymerase sliding clamp 2 × 1 （Q97Z84） DNA polymerase sliding clamp 3 × 1 （P57765） End-joined DNA × 1 Template strand DNA × 1 MANGANESE (II) ION × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DNLI_SACS2
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 21–621； UniProt 1–601

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7rpx
沉积日期 deposition_date	2021-08-04
结构标题 title	Archaeal DNA ligase and heterotrimeric PCNA in complex with end-joined DNA
关键词 keywords	DNA ligase, PCNA, cryo-EM, LIGASE-DNA complex; LIGASE/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7rpx__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7rpx__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7rpx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.76 Å
Rg（电子密度）	36.20 Å
总 Rg	36.71 Å
原子数	11754
残基数	1389
排除体积	207220 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7rpx__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase sliding clamp 1
分子量 formula_weight	28712.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	11754

MAFKIVYPNAKDFFSFINSITNVTDSIILNFTEDGIFSRHLTEDKVLMAIMRIPKDVLSEYSIDSPTSVKLDVSSVKKILSKASSKKATIELTETDSGLKIIIRDEKSGAKSTIYIKAEKGQVEQLTEPKVNLAVNFTTDESVLNVIAADVTLVGEEMRISTEEDKIKIEAGEEGKRYVAFLMKDKPLKELSIDTSASSSYSAEMFKDAVKGLRGFSAPTMVSFGENLPMKIDVEAVSGGHMIFWIAPRLLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Saccharolobus solfataricus
通用名 common_name	Sulfolobus solfataricus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA polymerase sliding clamp 2
分子量 formula_weight	27461.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MKAKVIDAVSFSYILRTVGDFLSEANFIVTKEGIRVSGIDPSRVVFLDIFLPSSYFEGFEVSQEKEIIGFKLEDVNDILKRVLKDDTLILSSNESKLTLTFDGEFTRSFELPLIQVESTQPPSVNLEFPFKAQLLTITFADIIDELSDLGEVLNIHSKENKLYFEVIGDLSTAKVELSTDNGTLLEASGADVSSSYGMEYVANTTKMRRASDSMELYFGSQIPLKLRFKLPQEGYGDFYIAPRAD

来源 Source

来源生物 organism	Saccharolobus solfataricus
通用名 common_name	Sulfolobus solfataricus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA polymerase sliding clamp 3
分子量 formula_weight	28560.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MKVVYDDVRVLKDIIQALARLVDEAVLKFKQDSVELVALDRAHISLISVNLPREMFKEYDVNDEFKFGFNTQYLMKILKVAKRKEAIEIASESPDSVIINIIGSTNREFNVRNLEVSEQEIPEINLQFDISATISSDGFKSAISEVSTVTDNVVVEGHEDRILIKAEGESEVEVEFSKDTGGLQDLEFSKESKNSYSAEYLDDVLSLTKLSDYVKISFGNQKPLQLFFNMEGGGKVTYLLAPKVLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Saccharolobus solfataricus
通用名 common_name	Sulfolobus solfataricus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	End-joined DNA
分子量 formula_weight	14549.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	X

GTATCCTCGTAGTGCAGATGCGTCGTCGGACTGATTCGGTAGATCTG

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Template strand DNA
分子量 formula_weight	14403.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Z

CAGATCTACCGAATCAGTCCGACGACGCATCTGCACTACGAGGATAC

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA ligase
分子量 formula_weight	69998.4 kDa
EC 编号 ec_number	6.5.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMEFKVIAEYFDKLEKISSRLQLTALLADLLSKSDKTIIDKVVYIIQGKLWPDFLGYPELGIGEKFLIKAISIATNTDENSVENLYKTIGDLGEVARRLKSKQQSTGILGFLGTTSKESLTVDEVYSTLSKVALTTGEGSRDLKIRLLAGLLKKADPLEAKFLVRFVEGRLRVGIGDATVLDAMAIAFGGGQSASEIIERAYNLRADLGNIAKIIVEKGIEALKTLKPQVGIPIRPMLAERLSNPEEILKKMGGNAIVDYKYDGERAQIHKKEDKIFIFSRRLENITSQYPDVVDYVSKYIEGKEFIIEGEIVAIDPESGEMRPFQELMHRKRKSDIYEAIKEYPVNVFLFDLMYYEDVDYTTKPLEARRKLLESIVKPNDYVKIAHHIQANNVEDLKSFFYRAISEGGEGVMVKAIGKDAIYQAGARGWLWIKLKRDYQSEMADTVDLVVVGGFYGKGKRGGKISSLLMAAYNPKTDSFESVCKVASGFSDEQLDELQKKLMEIKRDVKHPRVNSKMEPDIWVEPVYVAEIIGSEITISPLHTCCQDVVEKDAGLSIRFPRFIRWRDDKSPEDATTTDEILEMYNKQPKKKIESPAVDESV

来源 Source

来源生物 organism	Saccharolobus solfataricus
通用名 common_name	Sulfolobus solfataricus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	4.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	192490

Archaeal DNA ligase and heterotrimeric PCNA in complex with end-joined DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase sliding clamp 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA polymerase sliding clamp 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA polymerase sliding clamp 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA ligase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7rpx__assembly_1__model_1

7rpx__assembly_1__model_1 | I(q)

7rpx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)