7rsp

Structure of the VPS34 kinase domain with compound 14

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 108.0 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 282–879	未记录	GOL GLYCEROL × 1 7IK (7R,8R)-2-[(3R)-3-methylmorpholin-4-yl]-7-(propan-2-yl)-6,7-dihydropyrazolo[1,5-a]pyrazin-4(5H)-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.2M Potassium/Sodium tartrate, 0.1M Bis-Tris propane pH7.5, 20% PEG3350 0.7% v/v 1-butanol	分辨率 1.67 Å R-free 0.225
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 282–879	未记录	GOL GLYCEROL × 2 7IK (7R,8R)-2-[(3R)-3-methylmorpholin-4-yl]-7-(propan-2-yl)-6,7-dihydropyrazolo[1,5-a]pyrazin-4(5H)-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.2M Potassium/Sodium tartrate, 0.1M Bis-Tris propane pH7.5, 20% PEG3350 0.7% v/v 1-butanol	分辨率 1.67 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7RSP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
11MM The structure of human Vacuolar Protein Sorting 34 catalytic domain bound to RD-II-81 提交 2026-03-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 290–871（582 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 A1C9V (8S)-3-[6-(propan-2-yl)-1,3-benzothiazol-2-yl]pyrazolo[1,5-a]pyrimidine × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；BIS-TRIS pH 6.5, 20% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 5,000	分辨率 2.69 Å R-free 0.265
11YC The structure of human Vacuolar Protein Sorting 34 catalytic domain bound to RD-II-123 提交 2026-03-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 290–871（582 aa）	未记录	A1DAY (8S)-3-(6-butyl-1,3-benzothiazol-2-yl)pyrazolo[1,5-a]pyrimidine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；Ammonium Acetate, HEPES, Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.41 Å R-free 0.220
13BV Cryo-EM structure of human PI3KC3-C1 complex 提交 2026-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–887（887 aa）	未记录	MYR MYRISTIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.77 Å
3IHY Human PIK3C3 crystal structure 提交 2009-07-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 282–879（598 aa）片段：UNP residues 282-879	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.2M ammonium acetate 25% PEG3350 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.255
3IHY Human PIK3C3 crystal structure 提交 2009-07-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 282–879（598 aa）片段：UNP residues 282-879	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.2M ammonium acetate 25% PEG3350 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.255
3IHY Human PIK3C3 crystal structure 提交 2009-07-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 282–879（598 aa）片段：UNP residues 282-879	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.2M ammonium acetate 25% PEG3350 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.255
3IHY Human PIK3C3 crystal structure 提交 2009-07-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 282–879（598 aa）片段：UNP residues 282-879	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.2M ammonium acetate 25% PEG3350 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.255
3IHY Human PIK3C3 crystal structure 提交 2009-07-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 282–879（598 aa）片段：UNP residues 282-879	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.2M ammonium acetate 25% PEG3350 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.255
3LS8 Crystal structure of human PIK3C3 in complex with 3-[4-(4-Morpholinyl)thieno[3,2-d]pyrimidin-2-yl]-phenol 提交 2010-02-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 268–879（612 aa）片段：UNP Residues 268-879	未记录	AJZ 3-(4-morpholin-4-ylthieno[3,2-d]pyrimidin-2-yl)phenol × 1 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25% PEG3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.25 Å R-free 0.251
3LS8 Crystal structure of human PIK3C3 in complex with 3-[4-(4-Morpholinyl)thieno[3,2-d]pyrimidin-2-yl]-phenol 提交 2010-02-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 268–879（612 aa）片段：UNP Residues 268-879	未记录	AJZ 3-(4-morpholin-4-ylthieno[3,2-d]pyrimidin-2-yl)phenol × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25% PEG3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.25 Å R-free 0.251
4OYS CRYSTAL STRUCTURE OF VPS34 IN COMPLEX WITH SAR405. 提交 2014-02-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 282–879（598 aa）片段：UNP residues 282-879	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 1TT (8S)-9-[(5-chloranylpyridin-3-yl)methyl]-2-[(3R)-3-methylmorpholin-4-yl]-8-(trifluoromethyl)-6,7,8,9a-tetrahydro-3H-pyrimido[1,2-a]pyrimidin-4-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；1.9 M ammonium sulfate, 100 mM Tris pH 8.5	分辨率 2.90 Å R-free 0.248
4PH4 The crystal structure of Human VPS34 in complex with PIK-III 提交 2014-05-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 293–887（595 aa）片段：UNP residues 293-887	未记录	GOL GLYCEROL × 1 2UG 4'-(cyclopropylmethyl)-N~2~-(pyridin-4-yl)-4,5'-bipyrimidine-2,2'-diamine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；303.15 K；VPS34 protein and PIK-III were mixed and incubated on ice for 1 hr (final PIK-III concentration was 1 mM). Prior to crystallization, the mixture was passed through a 0.2 um filter. The protein:ligand complex was crystallized using the hanging drop vapor diffusion method in Nextal plates: 6 uL of protein solution was mixed with 4 uL of precipitant, which consisted of 20% (w/v) PEG 3350, 100 mM bis-tris propane, and 200 mM Na-K-phosphate. The resulting drop was suspended over a reservoir of 0.3 mL of precipitant and sealed with a screw cap. The crystals grew at 30 degC in approximately 12-24 hr.	分辨率 2.80 Å R-free 0.223
4UWF Discovery of (2S)-8-((3R)-3-Methylmorpholin-4-yl)-1-(3-methyl-2-oxo- butyl)-2-(trifluoromethyl)-3,4-dihydro-2H-pyrimido(1,2-a)pyrimidin-6- one: a Novel Potent and Selective Inhibitor of Vps34 for the Treatment of Solid Tumors 提交 2014-08-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 282–879（598 aa）片段：VPS34 HELICAL AND KINASE DOMAINS, RESIDUES 282-879	未记录	EUT (8S)-9-[3,5-bis(fluoranyl)phenyl]-2-morpholin-4-yl-8-(trifluoromethyl)-7,8-dihydro-6H-pyrimido[1,2-a]pyrimidin-4-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；292 K；NA-MALONATE 1.4M, TRIS 100MM PH 8 AT 19C	分辨率 2.99 Å R-free 0.246
4UWG Discovery of (2S)-8-((3R)-3-Methylmorpholin-4-yl)-1-(3-methyl-2-oxo- butyl)-2-(trifluoromethyl)-3,4-dihydro-2H-pyrimido(1,2-a)pyrimidin-6- one: a Novel Potent and Selective Inhibitor of Vps34 for the Treatment of Solid Tumors 提交 2014-08-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 282–879（598 aa）片段：VPS34 HELICAL AND KINASE DOMAINS, RESIDUES 282-879	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 RBQ (8S)-2-(morpholin-4-yl)-9-[2-(propan-2-yloxy)ethyl]-8-(trifluoromethyl)-6,7,8,9-tetrahydro-4H-pyrimido[1,2-a]pyrimidin-4-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；AMMONIUM SULFATE 2M - TRIS 100MM PH 8.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.221
4UWH Discovery of (2S)-8-((3R)-3-Methylmorpholin-4-yl)-1-(3-methyl-2-oxo- butyl)-2-(trifluoromethyl)-3,4-dihydro-2H-pyrimido(1,2-a)pyrimidin-6- one: a Novel Potent and Selective Inhibitor of Vps34 for the Treatment of Solid Tumors 提交 2014-08-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 282–879（598 aa）片段：VPS34 HELICAL AND KINASE DOMAINS, RESIDUES 282-879	未记录	NA SODIUM ION × 2 JXM (8S)-9-[(2R)-2-hydroxy-2-phenylethyl]-2-(morpholin-4-yl)-8-(trifluoromethyl)-6,7,8,9-tetrahydro-4H-pyrimido[1,2-a]pyrimidin-4-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；NA CITRATE 1M PH8.0, pH 7.5	分辨率 1.93 Å R-free 0.208
4UWK Discovery of (2S)-8-((3R)-3-Methylmorpholin-4-yl)-1-(3-methyl-2-oxo- butyl)-2-(trifluoromethyl)-3,4-dihydro-2H-pyrimido(1,2-a)pyrimidin-6- one: a Novel Potent and Selective Inhibitor of Vps34 for the Treatment of Solid Tumors 提交 2014-08-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 282–879（598 aa）片段：VPS34 HELICAL AND KINASE DOMAINS, UNP RESIDUES 282-879	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 UJB (2S)-1-[(5-chloro-2-thienyl)methyl]-8-[(3R,5R)-3,5-dimethylmorpholin-4-yl]-2-(trifluoromethyl)-3,4-dihydro-2H-pyrimido[1,2-a]pyrimidin-6-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；AMMONIUM SULFATE 1.8M - TRIS 100MM PH 8.5	分辨率 2.83 Å R-free 0.225
4UWL Discovery of (2S)-8-((3R)-3-Methylmorpholin-4-yl)-1-(3-methyl-2-oxo- butyl)-2-(trifluoromethyl)-3,4-dihydro-2H-pyrimido(1,2-a)pyrimidin-6- one: a Novel Potent and Selective Inhibitor of Vps34 for the Treatment of Solid Tumors 提交 2014-08-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 282–879（598 aa）片段：VPS34 HELICAL AND KINASE DOMAINS, RESIDUES 282-879	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 7A5 (8S)-2-[(3R)-3-methylmorpholin-4-yl]-9-(3-methyl-2-oxobutyl)-8-(trifluoromethyl)-6,7,8,9-tetrahydro-4H-pyrimido[1,2-a]pyrimidin-4-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；1.8M AMMONIUM SULFATE, 100MM TRIS PH 8	分辨率 2.80 Å R-free 0.255
5ANL Crystal structure of VPS34 in complex with (2S)-8-((3R)-3- Methylmorpholin-4-yl)-1-(3-methyl-2-oxo- butyl)-2-(trifluoromethyl)-3, 4-dihydro-2H-pyrimido(1,2-a)pyrimidin-6- one, processed with the CrystalDirect automated mounting and cryo-cooling technology 提交 2015-09-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 282–879（598 aa）片段：VPS34 HELICAL AND KINASE DOMAINS, UNP RESIDUES 282-879	未记录	RBQ (8S)-2-(morpholin-4-yl)-9-[2-(propan-2-yloxy)ethyl]-8-(trifluoromethyl)-6,7,8,9-tetrahydro-4H-pyrimido[1,2-a]pyrimidin-4-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M TRIS, PH=7.5, 1.8 M AMMONIUM SULFATE	分辨率 2.70 Å R-free 0.267
5ENN The crystal structure of Human VPS34 in complex with a selective and potent inhibitor 提交 2015-11-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 293–887（595 aa）片段：UNP residues 293-887	未记录	5QS 1-[[4-(cyclopropylmethyl)-5-[2-(pyridin-4-ylamino)pyrimidin-4-yl]pyrimidin-2-yl]amino]-2-methyl-propan-2-ol × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291.15 K；200nL:200nL well to protein 0.2M Sodium Acetate 0.1M HEPES 7.5 20% PEG 3000	分辨率 2.70 Å R-free 0.201
5ENN The crystal structure of Human VPS34 in complex with a selective and potent inhibitor 提交 2015-11-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 293–887（595 aa）片段：UNP residues 293-887	未记录	5QS 1-[[4-(cyclopropylmethyl)-5-[2-(pyridin-4-ylamino)pyrimidin-4-yl]pyrimidin-2-yl]amino]-2-methyl-propan-2-ol × 1 NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291.15 K；200nL:200nL well to protein 0.2M Sodium Acetate 0.1M HEPES 7.5 20% PEG 3000	分辨率 2.70 Å R-free 0.201
6HOG Structure of VPS34 LIR motif bound to GABARAP 提交 2018-09-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 244–258（15 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；50 mM HEPES pH 7.1, 40% PEG 600	分辨率 1.26 Å R-free 0.181
6HOH Structure of VPS34 LIR motif (S249E) bound to GABARAP 提交 2018-09-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 244–258（15 aa）	未记录	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 3350, 200 mM magnesium formate	分辨率 2.25 Å R-free 0.250
6HOH Structure of VPS34 LIR motif (S249E) bound to GABARAP 提交 2018-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 244–258（15 aa）链 C 244–258（15 aa）链 D 244–258（15 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 3350, 200 mM magnesium formate	分辨率 2.25 Å R-free 0.250
6I3U Optimization of potent and selective ATM inhibitors suitable for a proof-of-concept study in Huntington's disease models 提交 2018-11-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 268–879（612 aa）	突变：F612A, L616N, I634L, M682L, F684W, Q686_S687insG	H2E 2-morpholin-4-yl-6-[7-[(2~{R})-1-morpholin-4-ylpropan-2-yl]oxy-9~{H}-thioxanthen-4-yl]pyran-4-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.4 M Sodium Malonate pH 7.0, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.0	分辨率 2.09 Å R-free 0.236
6YKG Structure-based exploration of selectivity for ATM inhibitors in Huntingtons disease 提交 2020-04-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 268–879（612 aa）	未记录	OZ8 4-morpholin-4-yl-6-[(2~{R})-2-(phenylmethyl)pyrrolidin-1-yl]-1~{H}-pyridin-2-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.4 M sodium malonate pH 7.0, 0.1 M BIS-TRIS	分辨率 3.12 Å R-free 0.261
7BL1 human complex II-BATS bound to membrane-attached Rab5a-GTP 提交 2021-01-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 BBB 1–887（887 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force 20, blot time 6 s	分辨率 9.80 Å
7RSJ Structure of the VPS34 kinase domain with compound 14 提交 2021-08-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 282–879（598 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 3 7IH N-{4-[(7R,8R)-4-oxo-7-(propan-2-yl)-4,5,6,7-tetrahydropyrazolo[1,5-a]pyrazin-2-yl]pyridin-2-yl}cyclopropanecarboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.2M Potassium/Sodium tartrate 0.1M Bis-Tris propane pH7.5, 20% PEG3350 0.7% v/v 1-butanol	分辨率 1.88 Å R-free 0.203
7RSV Structure of the VPS34 kinase domain with compound 5 提交 2021-08-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 282–879（598 aa）	未记录	7IQ (5aS,8aR,9S)-2-[(3R)-3-methylmorpholin-4-yl]-5,5a,6,7,8,8a-hexahydro-4H-cyclopenta[e]pyrazolo[1,5-a]pyrazin-4-one × 1 GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.2M Potassium/Sodium tartrate 0.1M Bis-Tris propane pH7.5, 20% PEG3350 0.7% v/v 1-butanol	分辨率 1.78 Å R-free 0.214
7RSV Structure of the VPS34 kinase domain with compound 5 提交 2021-08-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 282–879（598 aa）	未记录	7IQ (5aS,8aR,9S)-2-[(3R)-3-methylmorpholin-4-yl]-5,5a,6,7,8,8a-hexahydro-4H-cyclopenta[e]pyrazolo[1,5-a]pyrazin-4-one × 1 GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.2M Potassium/Sodium tartrate 0.1M Bis-Tris propane pH7.5, 20% PEG3350 0.7% v/v 1-butanol	分辨率 1.78 Å R-free 0.214
8RXR Crystal structure of VPS34 in complex with inhibitor SB02024 提交 2024-02-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 282–879（598 aa）	未记录	A1H4E 4-[(3R)-3-methylmorpholin-4-yl]-2-[(2R)-2-(trifluoromethyl)piperidin-1-yl]-3H-pyridin-6-one × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 IMD IMIDAZOLE × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；22.5 % PEG3350, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 8.0	分辨率 2.06 Å R-free 0.225
8RXR Crystal structure of VPS34 in complex with inhibitor SB02024 提交 2024-02-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 282–879（598 aa）	未记录	A1H4E 4-[(3R)-3-methylmorpholin-4-yl]-2-[(2R)-2-(trifluoromethyl)piperidin-1-yl]-3H-pyridin-6-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；22.5 % PEG3350, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M HEPES pH 8.0	分辨率 2.06 Å R-free 0.225
9C82 Structure of human ULK1C:PI3KC3-C1 supercomplex 提交 2024-06-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–887（887 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；added 0.05% (w/v) octylglucopyranoside as surfactant	分辨率 6.84 Å
9DKP The structure of human vacuolar protein sorting 34 catalytic domain bound to RD-I-53 提交 2024-09-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 290–871（582 aa）	未记录	A1A6F (8R)-3-(1,3-benzothiazol-2-yl)pyrazolo[1,5-a]pyrimidine × 1 ETX 2-ETHOXYETHANOL × 1 ETZ diethyl ether × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 K POTASSIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 13	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；20% PEG, 0.2M MES pH 6.0	分辨率 2.16 Å R-free 0.235
9E4V The structure of human vacuolar protein sorting 34 catalytic domain bound to MES 提交 2024-10-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 290–871（582 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 4 K POTASSIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；100mM MES, pH 6.0, 18% PEG3350	分辨率 2.36 Å R-free 0.231
9MHF Cryo-EM reconstruction of PI3KC3-C1 in complex with Human RAB1A(Q70L) 提交 2024-12-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–887（887 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 MYR MYRISTIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.73 Å
9MHG Cryo EM reconstruction of PI3KC3-C1 in complex with Human RAB1A(Q70L), VPS34 kinase domain in the inactive conformation 提交 2024-12-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–887（887 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 MYR MYRISTIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；OG supplemented at time of grid preparation 0.05% cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；100% humidity, 3 s wait time, blot force -15	分辨率 3.20 Å
9MHH PI3KC3-C1 in complex with RAB1A. VPS34 kinase domain active conformation 提交 2024-12-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–887（887 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；OG supplemented at time of grid preparation 0.05% cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
9NIN The structure of human Vacuolar Protein Sorting 34 catalytic domain bound to RD-I-86 提交 2025-02-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 290–871（582 aa）	未记录	A1BYW 2-[(8R)-pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-3-yl]-1,3-benzothiazol-6-ol × 1 ACT ACETATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 CL CHLORIDE ION × 14 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；0.1 M Ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 17% w/v Polyethylene glycol 10,000	分辨率 2.01 Å R-free 0.212
9ORM The structure of human Vacuolar Protein Sorting 34 catalytic domain bound to RD-I-137 提交 2025-05-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 290–871（582 aa）	未记录	A1CD6 ethyl 2-[(8S)-pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-3-yl]-1,3-benzothiazole-6-carboxylate × 1 GOL GLYCEROL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 CL CHLORIDE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；0.1 M Ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 17% w/v Polyethylene glycol 10,000	分辨率 2.06 Å R-free 0.227
9RX5 VPS34-CII (VPS34 199-REIE-202 to 199-AAAA-202 mutant) bound to RAB5A (Q79L) 提交 2025-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–887（887 aa）	突变：199-REIE-202 to 199-AAAA-202	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.15 Å
9RX6 VPS34-CII (VPS34 199-REIE-202 to 199-ERIR-202 mutant) bound to RAB5A (Q79L) on the VPS15 subunit 提交 2025-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–887（887 aa）	突变：199-REIE-202 to 199-ERIR-202	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.52 Å
9RX8 Apo VPS34-CII (VPS34/VPS15/BECLIN1/UVRAG) 提交 2025-07-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–887（887 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.87 Å
9RX9 VPS34-CII bound to RAB5A-GTP 1-212 (C19S, C63S, Q79L) on the VPS34 subunit 提交 2025-07-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–887（887 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.99 Å
9RXA VPS34-CII bound to RAB5A-GTP 1-212 (C19S, C63S, Q79L) on the VPS15 subunit 提交 2025-07-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–887（887 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 4.00 Å
9RXB VPS34-CII (VPS34/VPS15/BECLIN1/UVRAG) bound to RAB5A (Q79L) on the VPS34 and VPS15 subunits 提交 2025-07-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–887（887 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 4.03 Å
9S47 Human complex II-BATS bound to membrane-attached Rab5a-GTP 提交 2025-07-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–887（887 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 9.88 Å
9ZF4 The structure of human Vacuolar Protein Sorting 34 catalytic domain bound to RD-II-83 提交 2025-12-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 290–871（582 aa）	未记录	A1C15 methyl 2-[(8R)-pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-3-yl]-1,3-benzothiazole-6-carboxylate × 1 GOL GLYCEROL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；297 K；0.2 M Sodium Chloride, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.09 Å R-free 0.224
9ZPC Cryo-EM structure of human PI3KC3-C2 提交 2025-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–887（887 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.83 Å
9ZPD Cryo-EM structure of human PI3KC3-C2 in complex with Rubicon Middle Region of C terminus 提交 2025-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–887（887 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.38 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	PK3C3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 15–612； UniProt 282–879 作者链 B； PDB构建体 15–612； UniProt 282–879

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7rsp
沉积日期 deposition_date	2021-08-11
结构标题 title	Structure of the VPS34 kinase domain with compound 14
关键词 keywords	VPS34 inhibitor, endosomal trafficking, authophagy, ONCOPROTEIN, TRANSFERASE-TRANSFERASE inhibitor complex; TRANSFERASE/TRANSFERASE inhibitor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.95 Å
零角强度 I(0) i0	220542000.00
分子量 molecular_weight	122070.0 kDa
排除体积 excluded_volume	154020 Å³
包络体积 envelope_volume	194210 Å³
水化壳体积 shell_volume	46960 Å³
包络直径 envelope_diameter	110.6 Å
壳层 Rg shell_rg	41.02 Å
包络 Rg envelope_rg	33.59 Å
形状 Rg shape_rg	33.95 Å
总 Rg total_rg	34.45 Å
总原子数 total_atoms	8613
残基数 n_residues	1062
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	108.0 Å
Rg (实空间) rg_real	34.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.70 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2050e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1790e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	220600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9116
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	43.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.152
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.618
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	28920000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.963; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.960

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit type 3
分子量 formula_weight	70075.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.137
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	9455

HHHHHHGENLYFQGSDHDLKPNAATRDQLNIIVSYPPTKQLTYEEQDLVWKFRYYLTNQEKALTKFLKCVNWDLPQEAKQALELLGKWKPMDVEDSLELLSSHYTNPTVRRYAVARLRQADDEDLLMYLLQLVQALKYENFDDIKNGLEPTKKDSQSSVSENVSNSGINSAEIDSSQIITSPLPSVSSPPPASKTKEVPDGENLEQDLCTFLISRACKNSTLANYLYWYVIVECEDQDTQQRDPKTHEMYLNVMRRFSQALLKGDKSVRVMRSLLAAQQTFVDRLVHLMKAVQRESGNRKKKNERLQALLGDNEKMNLSDVELIPLPLEPQVKIRGIIPETATLFKSALMPAQLFFKTEDGGKYPVIFKHGDDLRQDQLILQIISLMDKLLRKENLDLKLTPYKVLATSTKHGFMQFIQSVPVAEVLDTEGSIQNFFRKYAPSENGPNGISAEVMDTYVKSCAGYCVITYILGVGDRHLDNLLLTKTGKLFHIDFGYILGRDPKPLPPPMKLNKEMVEGMGGTQSEQYQEFRKQCYTAFLHLRRYSNLILNLFSLMVDANIPDIALEPDKTVKKVQDKFRLDLSDEEAVHYMQSLIDESVHALFAAVVEQIH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(7R,8R)-2-[(3R)-3-methylmorpholin-4-yl]-7-(propan-2-yl)-6,7-dihydropyrazolo[1,5-a]pyrazin-4(5H)-one
分子量 formula_weight	278.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	673

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	64.320 Å
晶胞边长 b length_b	117.910 Å
晶胞边长 c length_c	90.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	109.54 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.670 Å
最低分辨率 resolution_low	43.054 Å
R 因子 r_factor	0.2080
R_work r_work	0.2078
R_free r_free	0.2246

fit	/app/data/saxs_computation/rs/7rsp/7rsp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rs/7rsp/7rsp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rs/7rsp/7rsp.dat