7s4n

Crystal structure of the tick evasin EVA-P974 complexed to human chemokine CCL17

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 71.6 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Evasin P974

Amblyomma cajennense

UniProt A0A023FDY8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 30–114 未记录 C-C motif chemokine 17 × 1 (Q92583) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 3.5;291 K;0.1 M Na3 Cit 3.5 pH (Buffer) 3 M NaCl (Precipitant) 分辨率 1.65 Å R-free 0.237
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 30–114 未记录 C-C motif chemokine 17 × 1 (Q92583) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 3.5;291 K;0.1 M Na3 Cit 3.5 pH (Buffer) 3 M NaCl (Precipitant) 分辨率 1.65 Å R-free 0.237

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EV974_AMBCJ
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–85; UniProt 30–114 作者链 C; PDB构建体 1–85; UniProt 30–114

C-C motif chemokine 17

Homo sapiens

UniProt Q92583

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 24–94 未记录 Evasin P974 × 1 (A0A023FDY8) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 3.5;291 K;0.1 M Na3 Cit 3.5 pH (Buffer) 3 M NaCl (Precipitant) 分辨率 1.65 Å R-free 0.237
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 24–94 未记录 Evasin P974 × 1 (A0A023FDY8) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 3.5;291 K;0.1 M Na3 Cit 3.5 pH (Buffer) 3 M NaCl (Precipitant) 分辨率 1.65 Å R-free 0.237

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CCL17_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–71; UniProt 24–94 作者链 D; PDB构建体 1–71; UniProt 24–94

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7s4n

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7s4n
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7s4n
沉积日期 deposition_date2021-09-09
结构标题 titleCrystal structure of the tick evasin EVA-P974 complexed to human chemokine CCL17
关键词 keywordsInflammation, Evasin, Chemokine, Evasion-chemokine complex, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.10
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.51
零角强度 I(0) i018887800.00
分子量 molecular_weight31316.0 kDa
排除体积 excluded_volume38451 ų
包络体积 envelope_volume50317 ų
水化壳体积 shell_volume19606 ų
包络直径 envelope_diameter71.6
壳层 Rg shell_rg27.96
包络 Rg envelope_rg22.08
形状 Rg shape_rg22.51
总 Rg total_rg23.22
总原子数 total_atoms2187
残基数 n_residues296
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax71.6
Rg (实空间) rg_real23.09
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.47
I(0) (实空间) i0_real1.8890e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.4420e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.09
I(0) (倒空间) i0_reciprocal18890000.0000
解质量估计 total_estimate0.9145
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.1
偏度 Skewness skewness0.236
峰度 Kurtosis kurtosis-0.607
角度范围 angular_range— – 0.3450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2422000.0000
实空间数据点数 n_real_points66
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.972; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.985

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)