SAXSdb — 7s8p

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5	Gs-mini-Gq chimera × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 （P59768） scFv16 × 1 Soluble cytochrome b562,Mas-related G-protein coupled receptor member X4 chimera × 1 （P0ABE7,Q96LA9） N-[(1r,3R,5S,7R)-3,5-dimethyltricyclo[3.3.1.1~3,7~]decane-1-carbonyl]-D-phenylalanine × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GBB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 20–358； UniProt 2–340

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

Homo sapiens

UniProt P59768

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5	Gs-mini-Gq chimera × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 （P62873） scFv16 × 1 Soluble cytochrome b562,Mas-related G-protein coupled receptor member X4 chimera × 1 （P0ABE7,Q96LA9） N-[(1r,3R,5S,7R)-3,5-dimethyltricyclo[3.3.1.1~3,7~]decane-1-carbonyl]-D-phenylalanine × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GBG2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–71； UniProt 1–71

Soluble cytochrome b562,Mas-related G-protein coupled receptor member X4 chimera

Homo sapiens

UniProt P0ABE7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5	Gs-mini-Gq chimera × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 （P62873） Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 （P59768） scFv16 × 1 N-[(1r,3R,5S,7R)-3,5-dimethyltricyclo[3.3.1.1~3,7~]decane-1-carbonyl]-D-phenylalanine × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C562_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 35–140； UniProt 23–128

Soluble cytochrome b562,Mas-related G-protein coupled receptor member X4 chimera

Homo sapiens

UniProt Q96LA9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5	Gs-mini-Gq chimera × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 （P62873） Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 （P59768） scFv16 × 1 N-[(1r,3R,5S,7R)-3,5-dimethyltricyclo[3.3.1.1~3,7~]decane-1-carbonyl]-D-phenylalanine × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MRGX4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 152–472； UniProt 2–322

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7s8p
沉积日期 deposition_date	2021-09-18
结构标题 title	CryoEM structure of Gq-coupled MRGPRX4 with small molecule agonist MS47134
关键词 keywords	GPCR, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7s8p__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7s8p__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7s8p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.60 Å
Rg（电子密度）	37.48 Å
总 Rg	37.75 Å
原子数	8093
残基数	1089
排除体积	144200 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7s8p__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Gs-mini-Gq chimera
分子量 formula_weight	28084.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	8093

MGSTVSAEDKAAAERSKMIDKNLREDGEKARRTLRLLLLGADNSGKSTIVKQMRILHGGSGGSGGTSGIFETKFQVDKVNFHMFDVGGQRDERRKWIQCFNDVTAIIFVVDSSDYNRLQEALNDFKSIWNNRWLRTISVILFLNKQDLLAEKVLAGKSKIEDYFPEFARYTTPEDATPEPGEDPRVTRAKYFIRKEFVDISTASGDGRHICYPHFTCAVDTENARRIFNDCKDIILQMNLREYNLV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子量 formula_weight	39418.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MHHHHHHLEVLFQGPGSSGSELDQLRQEAEQLKNQIRDARKACADATLSQITNNIDPVGRIQMRTRRTLRGHLAKIYAMHWGTDSRLLVSASQDGKLIIWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACGGLDNICSIYNLKTREGNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDNQIVTSSGDTTCALWDIETGQQTTTFTGHTGDVMSLSLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFFPNGNAFATGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDALKADRAGVLAGHDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLKIWN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子量 formula_weight	7861.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MASNNTASIAQARKLVEQLKMEANIDRIKVSKAAADLMAYCEAHAKEDPLLTPVPASENPFREKKFFCAIL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	scFv16
分子量 formula_weight	28668.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

DVQLVESGGGLVQPGGSRKLSCSASGFAFSSFGMHWVRQAPEKGLEWVAYISSGSGTIYYADTVKGRFTISRDDPKNTLFLQMTSLRSEDTAMYYCVRSIYYYGSSPFDFWGQGTTLTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIVMTQATSSVPVTPGESVSISCRSSKSLLHSNGNTYLYWFLQRPGQSPQLLIYRMSNLASGVPDRFSGSGSGTAFTLTISRLEAEDVGVYYCMQHLEYPLTFGAGTKLELKAAALEVLFQGPHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Soluble cytochrome b562,Mas-related G-protein coupled receptor member X4 chimera
分子量 formula_weight	53422.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

DYKDDDDAKLQTMHHHHHHHHHHENLYFQGGTTMADLEDNWETLNDNLKVIEKADNAAQVKDALTKMRAAALDAQKATPPKLEDKSPDSPEMKDFRHGFDILVGQIDDALKLANEGKVKEAQAAAEQLKTTRNAYIQKYLGSTLEVLFQGPDPTVPVFGTKLTPINGREETPCYNQTLSFTVLTCIISLVGLTGNAVVLWLLGYRMRRNAVSIYILNLAAADFLFLSFQIIRLPLRLINISHLIRKILVSVMTFPYFTGLSMLSAISTERCLSVLWPIWYRCRRPTHLSAVVCVLLWGLSLLFSMLEWRFCDFLFSGADSSWCETSDFIPVAWLIFLCVVLCVSSLVLLVRILCGSRKMPLTRLYVTILLTVLVFLLCGLPFGILGALIYRMHLNLEVLYCHVYLVCMSLSSLNSSANPIIYFFVGSFRQRQNRQNLKLVLQRALQDKPEVDKGEGQLPEESLELSGSRLGP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	N-[(1r,3R,5S,7R)-3,5-dimethyltricyclo[3.3.1.1~3,7~]decane-1-carbonyl]-D-phenylalanine
分子量 formula_weight	355.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	7s8pB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	7s8pC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	7s8pE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7s8pE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	599186

CryoEM structure of Gq-coupled MRGPRX4 with small molecule agonist MS47134

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Soluble cytochrome b562,Mas-related G-protein coupled receptor member X4 chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Soluble cytochrome b562,Mas-related G-protein coupled receptor member X4 chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7s8p__assembly_1__model_1

7s8p__assembly_1__model_1 | I(q)

7s8p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)