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7sse

Crystal structure of the WDR domain of human DCAF1 in complex with CYCA-117-70

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 87.8 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DDB1- and CUL4-associated factor 1

Homo sapiens

UniProt Q9Y4B6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1077–1390 链 B； UniProt 1077–1390 突变：F1077A, R1079A B1I N-[(3R)-1-(3-fluorophenyl)piperidin-3-yl]-6-(morpholin-4-yl)pyrimidin-4-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；30% PEG3350 ,0.1M Ammonium Sulphate, 0.1M Bis-Tris pH5.5 分辨率 1.62 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

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其他 PDB 相对当前条目 7SSE Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3WA0 Crystal structure of merlin complexed with DCAF1/VprBP 提交 2013-04-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 1417–1506（90 aa） 片段：UNP residues 1417-1506
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；277 K；0.2M ammonium fluoride, 23% PEG 3350, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.31 Å R-free 0.264
3WA0 Crystal structure of merlin complexed with DCAF1/VprBP 提交 2013-04-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 1417–1506（90 aa） 片段：UNP residues 1417-1506
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；277 K；0.2M ammonium fluoride, 23% PEG 3350, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.31 Å R-free 0.264
4CC9 Crystal structure of human SAMHD1 (amino acid residues 582-626) bound to Vpx isolated from sooty mangabey and human DCAF1 (amino acid residues 1058-1396) 提交 2013-10-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1058–1396（339 aa） 片段：RESIDUES 1058-1396
未记录 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.2 M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1 M HEPES PH 7.5, 15% PEG 400
分辨率 2.47 Å R-free 0.216
4P7I Crystal structure of the Merlin FERM/DCAF1 complex 提交 2014-03-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 998–1058（61 aa） 片段：UNP residues 998-1058
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；20% Isopropanol and 5% PEG8000
分辨率 2.60 Å R-free 0.256
4P7I Crystal structure of the Merlin FERM/DCAF1 complex 提交 2014-03-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 998–1058（61 aa） 片段：UNP residues 998-1058
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；20% Isopropanol and 5% PEG8000
分辨率 2.60 Å R-free 0.256
4PXW Crystal structure of human DCAF1 WD40 repeats (Q1250L) 提交 2014-03-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1039–1401（363 aa）
突变：Q1250L UNX UNKNOWN LIGAND × 22 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；0.1 M sodium hepes, 0.2 M lithium sulfate, 25% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
分辨率 1.72 Å R-free 0.219
4PXW Crystal structure of human DCAF1 WD40 repeats (Q1250L) 提交 2014-03-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1039–1401（363 aa）
突变：Q1250L UNX UNKNOWN LIGAND × 23 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；0.1 M sodium hepes, 0.2 M lithium sulfate, 25% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
分辨率 1.72 Å R-free 0.219
4Z8L Crystal structure of DCAF1/SIV-MND VPX/MND SAMHD1 NTD ternary complex 提交 2015-04-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1057–1396（340 aa） 片段：UNP residues 1057-1396
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；1.6 M NaH2PO4, 0.4 M K2HPO4, 0.1 M Sodium Phosphate/Citrate buffer, pH 4.2
分辨率 2.60 Å R-free 0.228
4Z8L Crystal structure of DCAF1/SIV-MND VPX/MND SAMHD1 NTD ternary complex 提交 2015-04-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1057–1396（340 aa） 片段：UNP residues 1057-1396
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；1.6 M NaH2PO4, 0.4 M K2HPO4, 0.1 M Sodium Phosphate/Citrate buffer, pH 4.2
分辨率 2.60 Å R-free 0.228
5AJA Crystal structure of mandrill SAMHD1 (amino acid residues 1-114) bound to Vpx isolated from mandrill and human DCAF1 (amino acid residues 1058-1396) 提交 2015-02-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1058–1396（339 aa） 片段：WD40-REPEAT DOMAIN, RESIDUES 1058-1396
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.16 M TRISODIUM CITRATE-HCL PH 5.2, 4% PEG 6000
分辨率 2.65 Å R-free 0.227
5JK7 The X-ray structure of the DDB1-DCAF1-Vpr-UNG2 complex 提交 2016-04-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1045–1396（352 aa） 片段：UNP residues 1045-1396
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；289.15 K；100 mM Na Ctrate, pH 5.6, 11% PEG 20000
分辨率 3.49 Å R-free 0.206
5JK7 The X-ray structure of the DDB1-DCAF1-Vpr-UNG2 complex 提交 2016-04-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 1045–1396（352 aa） 片段：UNP residues 1045-1396
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；289.15 K；100 mM Na Ctrate, pH 5.6, 11% PEG 20000
分辨率 3.49 Å R-free 0.206
6N45 Crystal structure of the cryptic polo box domain of human activated Plk4 variant 1 提交 2018-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1475–1507（33 aa）
链 B 1475–1507（33 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；4.3M Ammonium Acetate 0.1M BisTris propane pH 8.0
分辨率 2.64 Å R-free 0.314
6ZUE Crystal structure of human DDB1 bound to human DCAF1 (amino acid residues 1046-1396) 提交 2020-07-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1046–1396（351 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；100 mM Tri-Na citrate pH 5.5 18% PEG 1000
分辨率 3.09 Å R-free 0.279
6ZX9 Crystal structure of SIV Vpr,fused to T4 lysozyme, isolated from moustached monkey, bound to human DDB1 and human DCAF1 (amino acid residues 1046-1396) 提交 2020-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1046–1396（351 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 8 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；8-10% PEG 4000 (w/v), 200 mM MgCl2, 100 mM HEPES-NaOH, pH 7.0-8.2.
分辨率 2.52 Å R-free 0.260
7OKQ Cryo-EM Structure of the DDB1-DCAF1-CUL4A-RBX1 Complex 提交 2021-05-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：Hexadecameric
链 B 2–1507（1506 aa）
链 F 2–1507（1506 aa）
链 J 2–1507（1506 aa）
链 N 2–1507（1506 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.40 Å
7UFV Crystal structure of the WDR domain of human DCAF1 in complex with OICR-6766 提交 2022-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1077–1390（314 aa）
突变：F1077A, R1079A N6O (3P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chlorophenyl)-3-oxopropyl]-3-(2-fluorophenyl)-1H-pyrazole-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；291 K；20% PEG3350, 0.2M Potassium Fluoride
分辨率 1.90 Å R-free 0.254
7UFV Crystal structure of the WDR domain of human DCAF1 in complex with OICR-6766 提交 2022-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1077–1390（314 aa）
突变：F1077A, R1079A N6O (3P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chlorophenyl)-3-oxopropyl]-3-(2-fluorophenyl)-1H-pyrazole-4-carboxamide × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；291 K；20% PEG3350, 0.2M Potassium Fluoride
分辨率 1.90 Å R-free 0.254
7V7B CryoEM structure of DDB1-VprBP complex in ARM-up conformation 提交 2021-08-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1507（1507 aa）
链 C 1–1507（1507 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
7V7C CryoEM structure of DDB1-VprBP-Vpr-UNG2(94-313) complex 提交 2021-08-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–1507（1507 aa）
链 E 1–1507（1507 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8F8E Crystal structure of the WDR domain of human DCAF1 in complex with OICR-8268 compound 提交 2022-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1077–1390（314 aa）
突变：F1077A, R1079A XJI (3P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-3-(4-chloro-2-fluorophenyl)-1H-pyrazole-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.2M di-Ammonium Citrate
分辨率 1.55 Å R-free 0.209
8F8E Crystal structure of the WDR domain of human DCAF1 in complex with OICR-8268 compound 提交 2022-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1077–1390（314 aa）
突变：F1077A, R1079A XJI (3P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-3-(4-chloro-2-fluorophenyl)-1H-pyrazole-4-carboxamide × 1 CIT CITRIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.2M di-Ammonium Citrate
分辨率 1.55 Å R-free 0.209
8OG5 Crystal structure of human DCAF1 WD40 repeats (Q1250L) in complex with compound 1 提交 2023-03-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1039–1401（363 aa）
突变：Q1250L EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACT ACETATE ION × 1 LQH 5-(2-fluorophenyl)-2,3-dihydroimidazo[2,1-a]isoquinoline × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES pH6.5, 2.13M Lithium acetate
分辨率 2.20 Å R-free 0.235
8OG6 Crystal structure of human DCAF1 WD40 repeats (Q1250L) in complex with compound 1 提交 2023-03-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1039–1401（363 aa）
突变：Q1250L LQH 5-(2-fluorophenyl)-2,3-dihydroimidazo[2,1-a]isoquinoline × 2 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1M Tris pH 7.0, 2.13M Lithium acetate
分辨率 2.25 Å R-free 0.231
8OG7 Crystal structure of human DCAF1 WD40 repeats (Q1250L) in complex with compound 2 提交 2023-03-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1039–1401（363 aa）
突变：Q1250L ACT ACETATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 VMR (4~{R})-4-[3-(4-chloranylphenoxy)phenyl]pyrrolidin-2-imine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES pH6.5, 2.13M Lithium acetate
分辨率 2.64 Å R-free 0.206
8OG8 Crystal structure of human DCAF1 WD40 repeats (Q1250L) in complex with compound 3 提交 2023-03-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1039–1401（363 aa）
突变：Q1250L VM8 5-(2-methyl-1-phenyl-propan-2-yl)imidazo[2,1-a]isoquinoline × 2 ACT ACETATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES pH6.5, 2.13M Lithium acetate
分辨率 2.11 Å R-free 0.212
8OG9 Crystal structure of human DCAF1 WD40 repeats (Q1250L) in complex with compound 4 提交 2023-03-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1039–1401（363 aa）
突变：Q1250L VM3 5-[1-(4-chlorophenyl)cyclopropyl]imidazo[2,1-a]isoquinoline × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES pH6.5, 2.13M Lithium acetate
分辨率 2.94 Å R-free 0.240
8OGA Crystal structure of human DCAF1 WD40 repeats (Q1250L) in complex with compound 6 提交 2023-03-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 P 1079–1393（315 aa）
突变：Q1250L EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 VLW 5-[1-(4-methoxyphenyl)cyclopropyl]-8-(4-methylpiperazin-1-yl)-2,3-dihydroimidazo[2,1-a]isoquinoline × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M Tris pH 7.5, 1.66M Lithium acetate
分辨率 2.20 Å R-free 0.209
8OGB Crystal structure of human DCAF1 WD40 repeats (Q1250L) in complex with compound 8 提交 2023-03-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1039–1401（363 aa）
突变：Q1250L EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 VN5 ~{N}'-[2-[1-(4-methoxyphenyl)cyclopropyl]-7-(4-methylpiperazin-1-yl)quinazolin-4-yl]ethane-1,2-diamine × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M Tris pH 7.5, 2.13M Lithium acetate
分辨率 2.27 Å R-free 0.212
8OGC Crystal structure of human DCAF1 WD40 repeats (Q1250L) in complex with compound 11 提交 2023-03-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1039–1401（363 aa）
突变：Q1250L DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 VMZ 1-[4-[4-(2-azanylethylamino)-2-[1-(4-chlorophenyl)cyclopentyl]quinazolin-7-yl]piperazin-1-yl]ethanone × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M Tris pH 7.5, 2.18M Lithium acetate
分辨率 2.09 Å R-free 0.202
8OO5 Crystal structure of human DCAF1 WD40 repeats (Q1250L) in complex with compound 13 提交 2023-04-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 P 1079–1393（315 aa）
突变：Q1250L VUF 1-[4-[4-(2-azanylethylamino)-2-[1-(4-chlorophenyl)cyclohexyl]quinazolin-7-yl]piperazin-1-yl]ethanone × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.91M LiSO4, 0.1M Tris pH 7.5
分辨率 2.25 Å R-free 0.220
8OOD Crystal structure of human DCAF1 WD40 repeats (Q1250L) in complex with compound 15 提交 2023-04-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1039–1401（363 aa）
突变：Q1250L MG MAGNESIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 VY3 ~{N}-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[3-[4-[4-(2-azanylethylamino)-2-[1-(4-chlorophenyl)cyclopentyl]quinazolin-7-yl]piperazin-1-yl]-3-oxidanylidene-propoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethyl]ethanamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；2.13M LiSO4, 0.1M Tris pH 7.5
分辨率 1.50 Å R-free 0.186
9B9H Crystal structure of the ternary complex of DCAF1 and WDR5 with PROTAC, OICR-40333 提交 2024-04-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1080–1390（311 aa） 片段：residues 1080-1390
未记录 A1AM2 N-{(1P)-5'-({(17E)-18-[(3P)-4-{[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]carbamoyl}-3-(4-chloro-2-fluorophenyl)-1H-pyrrol-2-yl]-16-oxo-3,6,9,12-tetraoxa-15-azaoctadec-17-en-1-yl}carbamoyl)-2'-fluoro-4-[(3R,5S)-3,4,5-trimethylpiperazin-1-yl][1,1'-biphenyl]-3-yl}-6-oxo-4-(trifluoromethyl)-1,6-dihydropyridine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；5% w/v 1-ethyl-3-methylimidazolium ethyl sulfate, 15% w/v polyethylene glycol 20,000, pH 7.9
分辨率 2.06 Å R-free 0.229
9B9T Crystal structure of the ternary complex of DCAF1 and WDR5 with PROTAC, OICR-40407 提交 2024-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1080–1390（311 aa） 片段：residues 1080-1390
未记录 A1ANM N-{(1P)-5'-[(17-{(4P)-4-[(2P)-4-{[(1R)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]carbamoyl}-3-(4-chloro-2-fluorophenyl)-1H-pyrrol-2-yl]-1H-pyrazol-1-yl}-16-oxo-3,6,9,12-tetraoxa-15-azaheptadecan-1-yl)carbamoyl]-2'-fluoro-4-[(3R,5S)-3,4,5-trimethylpiperazin-1-yl][1,1'-biphenyl]-3-yl}-6-oxo-4-(trifluoromethyl)-1,6-dihydropyridine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M sodium acetate trihydrate, pH 4.6, 2.0 M sodium formate
分辨率 2.05 Å R-free 0.196
9B9W Crystal structure of the ternary complex of DCAF1 and WDR5 with PROTAC, OICR-40792 提交 2024-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1080–1390（311 aa） 片段：residues 1080-1390
未记录 A1ANN (4P)-N-[(1R)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-5-[(25E)-1-{(1P)-6-fluoro-3'-[4-fluoro-2-(trifluoromethyl)benzamido]-4'-[(3R,5S)-3,4,5-trimethylpiperazin-1-yl][1,1'-biphenyl]-3-yl}-1,24-dioxo-5,8,11,14,17,20-hexaoxa-2,23-diazahexacos-25-en-26-yl]-1H-pyrrole-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；35% v/v tacsimate, pH 7.0
分辨率 1.92 Å R-free 0.183
9BA2 Crystal structure of the binary complex of DCAF1 and WDR5 提交 2024-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1080–1390（311 aa） 片段：residues 1080-1390
未记录 IMD IMIDAZOLE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.2 M imidazole, pH 7.4, 20% w/v polyethylene glycol 4,000
分辨率 2.97 Å R-free 0.266
9BHR Crystal structure of the WDR domain of human DCAF1 in complex with OICR-40155 compound 提交 2024-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1077–1390（314 aa）
未记录 A1API (4P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-5-{(1E)-3-[(2-methoxyethyl)amino]-3-oxoprop-1-en-1-yl}-1H-pyrrole-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2 M Magnesium formate
分辨率 1.62 Å R-free 0.187
9BHR Crystal structure of the WDR domain of human DCAF1 in complex with OICR-40155 compound 提交 2024-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1077–1390（314 aa）
未记录 A1API (4P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-5-{(1E)-3-[(2-methoxyethyl)amino]-3-oxoprop-1-en-1-yl}-1H-pyrrole-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2 M Magnesium formate
分辨率 1.62 Å R-free 0.187
9BHS Crystal structure of the WDR domain of human DCAF1 in complex with OICR-9939 compound 提交 2024-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1077–1390（314 aa）
未记录 A1APJ (4P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-5-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)-1H-pyrrole-3-carboxamide × 1 UNL UNKNOWN LIGAND × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；30% PEG2000 Monoethyl Ether, 0.2 M Potassium Bromide
分辨率 1.43 Å R-free 0.170
9BHS Crystal structure of the WDR domain of human DCAF1 in complex with OICR-9939 compound 提交 2024-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1077–1390（314 aa）
未记录 A1APJ (4P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-5-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)-1H-pyrrole-3-carboxamide × 1 UNL UNKNOWN LIGAND × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；30% PEG2000 Monoethyl Ether, 0.2 M Potassium Bromide
分辨率 1.43 Å R-free 0.170
9C1Q Crystal structure of the WDR domain of human DCAF1 in complex with OICR-39512 compound 提交 2024-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1077–1390（314 aa）
未记录 A1ATT (4P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-5-(3-methoxyprop-1-yn-1-yl)-1H-pyrrole-3-carboxamide × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 4 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2 M Magnesium formate
分辨率 1.80 Å R-free 0.191
9D4E Crystal structure of the human DCAF1 WDR domain in complex with OICR-41103 提交 2024-08-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1077–1390（314 aa）
未记录 A1A1Q (4P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-5-[(1E)-3-oxo-3-(piperidin-1-yl)prop-1-en-1-yl]-1H-pyrrole-3-carboxamide × 1 CIT CITRIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% w/v PEG 3350, 0.2 M di-Ammonium Citrate
分辨率 1.70 Å R-free 0.206
9D4E Crystal structure of the human DCAF1 WDR domain in complex with OICR-41103 提交 2024-08-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1077–1390（314 aa）
未记录 A1A1Q (4P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-5-[(1E)-3-oxo-3-(piperidin-1-yl)prop-1-en-1-yl]-1H-pyrrole-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% w/v PEG 3350, 0.2 M di-Ammonium Citrate
分辨率 1.70 Å R-free 0.206
9DLW Crystal structure of the ternary complex of DCAF1 and WDR5 with PROTAC, OICR-41114 提交 2024-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1080–1390（311 aa） 片段：residues 1080-1390
未记录 A1BAF N-{(1P)-5'-({(32E)-33-[(3P)-4-{[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]carbamoyl}-3-(4-chloro-2-fluorophenyl)-1H-pyrrol-2-yl]-31-oxo-3,6,9,12,15,18,21,24,27-nonaoxa-30-azatritriacont-32-en-1-yl}carbamoyl)-2'-fluoro-4-[(3R,5S)-3,4,5-trimethylpiperazin-1-yl][1,1'-biphenyl]-3-yl}-6-oxo-4-(trifluoromethyl)-1,6-dihydropyridine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.9；294 K；1.8 M Sodium phosphate monobasic monohydrate, potassium phosphate dibasic / pH 6.9
分辨率 2.07 Å R-free 0.242
9NSN Crystal structure of the ternary complex of DCAF1 and WDR5 with PROTAC, OICR-41059 提交 2025-03-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1080–1390（311 aa） 片段：residues 1080-1390
未记录 A1B0X N-{(1P)-5'-({(26E)-27-[(3P)-4-{[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]carbamoyl}-3-(4-chloro-2-fluorophenyl)-1H-pyrrol-2-yl]-25-oxo-3,6,9,12,15,18,21-heptaoxa-24-azaheptacos-26-en-1-yl}carbamoyl)-2'-fluoro-4-[(3R,5S)-3,4,5-trimethylpiperazin-1-yl][1,1'-biphenyl]-3-yl}-6-oxo-4-(trifluoromethyl)-5,6-dihydropyridine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；0.15 M cesium chloride, 15% PEG3350
分辨率 1.85 Å R-free 0.234
9NSO Crystal structure of the ternary complex of DCAF1 and WDR5 with PROTAC, OICR-41060 提交 2025-03-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1080–1390（311 aa） 片段：residues 1080-1390
未记录 A1B0Y (4P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-5-[(34E)-1-{(1P)-6-fluoro-3'-[4-fluoro-2-(trifluoromethyl)benzamido]-4'-[(3R,5S)-3,4,5-trimethylpiperazin-1-yl][1,1'-biphenyl]-3-yl}-1,33-dioxo-5,8,11,14,17,20,23,26,29-nonaoxa-2,32-diazapentatriacont-34-en-35-yl]-1H-pyrrole-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 4.2, 0.4 M potassium phosphate dibasic, 1.6 M sodium phosphate monobasic monohydrate
分辨率 1.85 Å R-free 0.218
9PLY Crystal structure of the human DCAF1 WDR domain in complex with OICR-40156 提交 2025-07-16 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1077–1390（314 aa）
链 B 1077–1390（314 aa）
未记录 A1CI0 (4P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-5-{(1E)-3-[(3-methoxypropyl)amino]-3-oxoprop-1-en-1-yl}-1H-pyrrole-3-carboxamide × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG 3350, 0.2 M Magnesium formate
分辨率 1.40 Å R-free 0.174
9Y4Q Crystal structure of the human DCAF1 WDR domain in complex with OICR-40102 提交 2025-09-03 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1077–1390（314 aa）
链 B 1077–1390（314 aa）
未记录 A1CR9 (4P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-5-(pyrimidin-5-yl)-1H-pyrrole-3-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；3.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.0
分辨率 1.48 Å R-free 0.193
9Y76 Crystal structure of the human DCAF1 WDR domain in complex with OICR-40120 提交 2025-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1077–1390（314 aa）
未记录 A1CSX (4P,5M)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-5-{1-[2-(morpholin-4-yl)ethyl]-1H-pyrazol-4-yl}-1H-pyrrole-3-carboxamide × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2 M magnesium formate
分辨率 1.56 Å R-free 0.208
9Y76 Crystal structure of the human DCAF1 WDR domain in complex with OICR-40120 提交 2025-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1077–1390（314 aa）
未记录 A1CSX (4P,5M)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-5-{1-[2-(morpholin-4-yl)ethyl]-1H-pyrazol-4-yl}-1H-pyrrole-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2 M magnesium formate
分辨率 1.56 Å R-free 0.208
9YDG Crystal structure of the human DCAF1 WDR domain in complex with OICR-41074 提交 2025-09-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1080–1390（311 aa）
未记录 A1CU7 (4P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-5-[(1E)-3-(morpholin-4-yl)-3-oxoprop-1-en-1-yl]-1H-pyrrole-3-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% w/v PEG 3350, 0.2 M Potassium Fluoride
分辨率 1.54 Å R-free 0.218
9YDG Crystal structure of the human DCAF1 WDR domain in complex with OICR-41074 提交 2025-09-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1080–1390（311 aa）
未记录 A1CU7 (4P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-5-[(1E)-3-(morpholin-4-yl)-3-oxoprop-1-en-1-yl]-1H-pyrrole-3-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% w/v PEG 3350, 0.2 M Potassium Fluoride
分辨率 1.54 Å R-free 0.218
9YE4 Crystal structure of the human DCAF1 WDR domain in complex with OICR-41110 提交 2025-09-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1080–1390（311 aa）
未记录 A1CVQ (4P)-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-N-[(1S)-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-2-cyanoethyl]-5-[(1E)-3-oxo-3-(piperidin-1-yl)prop-1-en-1-yl]-1H-pyrrole-3-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25% w/v PEG 3350, 0.1 M Ammonium Sulphate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5
分辨率 1.74 Å R-free 0.224
9YE4 Crystal structure of the human DCAF1 WDR domain in complex with OICR-41110 提交 2025-09-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1080–1390（311 aa）
未记录 A1CVQ (4P)-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-N-[(1S)-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-2-cyanoethyl]-5-[(1E)-3-oxo-3-(piperidin-1-yl)prop-1-en-1-yl]-1H-pyrrole-3-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；25% w/v PEG 3350, 0.1 M Ammonium Sulphate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5
分辨率 1.74 Å R-free 0.224
9YV4 Crystal structure of the human DCAF1 WDR domain in complex with OICR-41109 提交 2025-10-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1080–1390（311 aa）
未记录 A1CY9 (4P)-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-N-[(1S)-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-2-cyanoethyl]-5-[(1E)-3-oxo-3-(pyrrolidin-1-yl)prop-1-en-1-yl]-1H-pyrrole-3-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；25% w/v PEG 3350, 0.2 M Magnesium Chloride, 0.1 M Tris pH 8.5
分辨率 1.60 Å R-free 0.194
9YV4 Crystal structure of the human DCAF1 WDR domain in complex with OICR-41109 提交 2025-10-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1080–1390（311 aa）
未记录 A1CY9 (4P)-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-N-[(1S)-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-2-cyanoethyl]-5-[(1E)-3-oxo-3-(pyrrolidin-1-yl)prop-1-en-1-yl]-1H-pyrrole-3-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；25% w/v PEG 3350, 0.2 M Magnesium Chloride, 0.1 M Tris pH 8.5
分辨率 1.60 Å R-free 0.194
9ZL9 Crystal structure of DCAF1 in complex with SDIPTAC C7 提交 2025-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1077–1390（314 aa）
链 B 1077–1390（314 aa）
链 C 1077–1390（314 aa）
链 D 1077–1390（314 aa）
链 E 1077–1390（314 aa）
链 F 1077–1390（314 aa）
突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A A1C24 (4P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-1H-pyrrole-3-carboxamide × 4 A1C23 (4P,4'P)-5,5'-[(1E,30E)-3,29-dioxo-7,10,13,16,19,22,25-heptaoxa-4,28-diazahentriaconta-1,30-diene-1,31-diyl]bis{N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-1H-pyrrole-3-carboxamide} × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；294.15 K；0.2 M sodium fluoride, 20% w/v PEG 3350, pH 7.3
分辨率 2.60 Å R-free 0.317
9ZLE Crystal structure of DCAF1 in complex with SDIPTAC C8 提交 2025-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1077–1390（314 aa）
链 B 1077–1390（314 aa）
链 C 1077–1390（314 aa）
链 D 1077–1390（314 aa）
链 E 1077–1390（314 aa）
链 F 1077–1390（314 aa）
突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A A1C24 (4P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-1H-pyrrole-3-carboxamide × 4 A1C25 (4P,4'P)-5,5'-[(1E,33E)-3,32-dioxo-7,10,13,16,19,22,25,28-octaoxa-4,31-diazatetratriaconta-1,33-diene-1,34-diyl]bis{N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-1H-pyrrole-3-carboxamide} × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；294.15 K；1.0 M ammonium tartrate dibasic, 0.1 M sodium acetate trihydrate, pH 4.6
分辨率 2.55 Å R-free 0.305
9ZLG Crystal structure of DCAF1 in complex with SDIPTAC C9 提交 2025-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1077–1390（314 aa）
链 B 1077–1390（314 aa）
链 C 1077–1390（314 aa）
链 D 1077–1390（314 aa）
链 E 1077–1390（314 aa）
链 F 1077–1390（314 aa）
链 G 1077–1390（314 aa）
链 H 1077–1390（314 aa）
突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A A1C24 (4P)-N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-1H-pyrrole-3-carboxamide × 4 A1C26 (4P,4'P)-5,5'-[(1E,36E)-3,35-dioxo-7,10,13,16,19,22,25,28,31-nonaoxa-4,34-diazaheptatriaconta-1,36-diene-1,37-diyl]bis{N-[(1S)-3-amino-1-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-oxopropyl]-4-(4-chloro-2-fluorophenyl)-1H-pyrrole-3-carboxamide} × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294.15 K；5% w/v 1-ethyl-3-methylimidazolium acetate, 15% w/v PEG 20,000, pH 6.5
分辨率 2.30 Å R-free 0.289
9ZLI Crystal structure of DCAF1 in complex with SDIPTAC C11 提交 2025-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1077–1390（314 aa）
链 B 1077–1390（314 aa）
链 C 1077–1390（314 aa）
链 D 1077–1390（314 aa）
链 E 1077–1390（314 aa）
链 F 1077–1390（314 aa）
突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A 突变：F1077A, R1079A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.07 Å R-free 0.278

共 46 个其他 PDB 条目、60 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DCAF1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–315； UniProt 1077–1390 作者链 B； PDB构建体 2–315； UniProt 1077–1390

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7sse

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7sse
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7sse
沉积日期 deposition_date2021-11-10
结构标题 titleCrystal structure of the WDR domain of human DCAF1 in complex with CYCA-117-70
关键词 keywordsWD-repeat, WDR, DCAF1, SGC, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.53 Å
零角强度 I(0) i072608600.00
分子量 molecular_weight65812.0 kDa
排除体积 excluded_volume81823 ų
包络体积 envelope_volume99725 ų
水化壳体积 shell_volume31441 ų
包络直径 envelope_diameter92.7 Å
壳层 Rg shell_rg33.68 Å
包络 Rg envelope_rg26.35 Å
形状 Rg shape_rg26.53 Å
总 Rg total_rg27.30 Å
总原子数 total_atoms4634
残基数 n_residues592
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax87.8 Å
Rg (实空间) rg_real27.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.63 Å
I(0) (实空间) i0_real7.2610e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0230e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal72610000.0000
解质量估计 total_estimate0.9025
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.3 Å
偏度 Skewness skewness0.306
峰度 Kurtosis kurtosis-0.531
角度范围 angular_range— – 0.2900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha14680000.0000
实空间数据点数 n_real_points59
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.917; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.983
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id7sseA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id7sseB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)