7taw

Cryo-EM structure of the Csy-AcrIF24-promoter DNA dimer

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR-associated protein Csy1

Pseudomonas

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 20 DNA 2 RNA 2	CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy2 × 2 （B3G161） CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4 × 2 （Q02MM2） CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3 × 12 （A0A444M080） AcrIF24 × 2 RNA (61-MER) × 2 ;DNA (5'-D(PAPTPAPGPCPTPCPGPAPTPTPCPGPAPGPCPTPAPA)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PTPTPAPGPCPTPCPGPAPAPTPCPGPAPGPCPTPAPT)-3') ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	CSY1_PSEAB
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–434； UniProt 1–434 作者链 a； PDB构建体 1–434； UniProt 1–434

CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy2

Pseudomonas

UniProt B3G161

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 20 DNA 2 RNA 2	CRISPR-associated protein Csy1 × 2 （Q02ML9） CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4 × 2 （Q02MM2） CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3 × 12 （A0A444M080） AcrIF24 × 2 RNA (61-MER) × 2 ;DNA (5'-D(PAPTPAPGPCPTPCPGPAPTPTPCPGPAPGPCPTPAPA)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PTPTPAPGPCPTPCPGPAPAPTPCPGPAPGPCPTPAPT)-3') ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B3G161_PSEAI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–327； UniProt 1–327 作者链 b； PDB构建体 1–327； UniProt 1–327

CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4

Pseudomonas

UniProt Q02MM2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 20 DNA 2 RNA 2	CRISPR-associated protein Csy1 × 2 （Q02ML9） CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy2 × 2 （B3G161） CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3 × 12 （A0A444M080） AcrIF24 × 2 RNA (61-MER) × 2 ;DNA (5'-D(PAPTPAPGPCPTPCPGPAPTPTPCPGPAPGPCPTPAPA)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PTPTPAPGPCPTPCPGPAPAPTPCPGPAPGPCPTPAPT)-3') ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	CAS6_PSEAB
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–187； UniProt 1–187 作者链 c； PDB构建体 1–187； UniProt 1–187

CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3

Pseudomonas

UniProt A0A444M080

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 20 DNA 2 RNA 2	CRISPR-associated protein Csy1 × 2 （Q02ML9） CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy2 × 2 （B3G161） CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4 × 2 （Q02MM2） AcrIF24 × 2 RNA (61-MER) × 2 ;DNA (5'-D(PAPTPAPGPCPTPCPGPAPTPTPCPGPAPGPCPTPAPA)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PTPTPAPGPCPTPCPGPAPAPTPCPGPAPGPCPTPAPT)-3') ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0A444M080_PSEAI
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 20–360； UniProt 2–342 作者链 E； PDB构建体 20–360； UniProt 2–342 作者链 F； PDB构建体 20–360； UniProt 2–342 作者链 G； PDB构建体 20–360； UniProt 2–342 作者链 H； PDB构建体 20–360； UniProt 2–342 作者链 I； PDB构建体 20–360； UniProt 2–342 作者链 d； PDB构建体 20–360； UniProt 2–342 作者链 e； PDB构建体 20–360； UniProt 2–342 作者链 f； PDB构建体 20–360； UniProt 2–342 作者链 g； PDB构建体 20–360； UniProt 2–342 作者链 h； PDB构建体 20–360； UniProt 2–342 作者链 i； PDB构建体 20–360； UniProt 2–342

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7taw
沉积日期 deposition_date	2021-12-21
结构标题 title	Cryo-EM structure of the Csy-AcrIF24-promoter DNA dimer
关键词 keywords	Csy, Cascade, CRISPR, anti-CRISPR, AcrIF24, HYDROLASE-RNA-DNA complex; HYDROLASE/RNA/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7taw__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7taw__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7taw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	70.76 Å
Rg（电子密度）	70.38 Å
总 Rg	70.40 Å
原子数	51393
残基数	6402
排除体积	895830 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7taw__assembly_1__model_1`	24-meric （24）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CRISPR-associated protein Csy1
分子量 formula_weight	49194.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,a
原子数 atom_count	51399

MTSPLPTPTWQELRQFIESFIQERLQGKLDKLQPDEDDKRQTLLATHRREAWLADAARRVGQLQLVTHTLKPIHPDARGSNLHSLPQAPGQPGLAGSHELGDRLVSDVVGNAAALDVFKFLSLQYQGKNLLNWLTEDSAEALQALSDNAEQAREWRQAFIGITTVKGAPASHSLAKQLYFPLPGSGYHLLAPLFPTSLVHHVHALLREARFGDAAKAAREARSRQESWPHGFSEYPNLAIQKFGGTKPQNISQLNNERRGENWLLPSLPPNWQRQNVNAPMRHSSVFEHDFGRTPEVSRLTRTLQRFLAKTVHNNLAIRQRRAQLVAQICDEALQYAARLRELEPGWSATPGCQLHDAEQLWLDPLRAQTDETFLQRRLRGDWPAEVGNRFANWLNRAVSSDSQILGSPEAAQWSQELSKELTMFKEILEDERD

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	286
宿主生物 host_organism	Escherichia

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy2
分子量 formula_weight	36244.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,b

MSVTDPEALLLLPRLSIQNANAISSPLTWGFPSPGAFTGFVHALQRRVGISLDIELDGVGIVCHRFEAQISQPAGKRTKVFNLTRNPLNRDGSTAAIVEEGRAHLEVSLLLGVHGDGLDDHPAQEIARQVQEQAGAMRLAGGSILPWCNERFPAPNAELLMLGGSDEQRRKNQRRLTRRLLPGFALVSREALLQQHLETLRTTLPEATTLDALLDLCRINFEPPATSSEEEASPPDAAWQVRDKPGWLVPIPAGYNALSPLYLPGEVRNARDRETPLRFVENLFGLGEWLSPHRVAALSDLLWYHHAEPDKGLYRWSTPRFVEHAIA

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	286
宿主生物 host_organism	Escherichia

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4
分子量 formula_weight	21427.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,c

MDHYLDIRLRPDPEFPPAQLMSVLFGKLHQALVAQGGDRIGVSFPDLDESRSRLGERLRIHASADDLRALLARPWLEGLRDHLQFGEPAVVPHPTPYRQVSRVQAKSNPERLRRRLMRRHDLSEEEARKRIPDTVARALDLPFVTLRSQSTGQHFRLFIRHGPLQVTAEEGGFTCYGLSKGGFVPWF

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	286
宿主生物 host_organism	Escherichia

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3
分子量 formula_weight	39778.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F,G,H,I,d,e,f,g,h,i

MKSSHHHHHHENLYFQSNASKPILSTASVLAFERKLDPSDALMSAGAWAQRDASQEWPAVTVREKSVRGTISNRLKTKDRDPAKLDASIQSPNLQTVDVANLPSDADTLKVRFTLRVLGGAGTPSACNDAAYRDKLLQTVATYVNDQGFAELARRYAHNLANARFLWRNRVGAEAVEVRINHIRQGEVARAWRFDALAIGLRDFKADAELDALAELIASGLSGSGHVLLEVVAFARIGDGQEVFPSQELILDKGDKKGQKSKTLYSVRDAAAIHSQKIGNALRTIDTWYPDEDGLGPIAVEPYGSVTSQGKAYRQPKQKLDFYTLLDNWVLRDEAPAVEQQHYVIANLIRGGVFGEAEEK

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	286
宿主生物 host_organism	Escherichia

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	AcrIF24
分子量 formula_weight	24995.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,K

MNAIHIGPFSITPAARGLHYGGLPHHQWTLYYGPREMAIKTLPDSYTSSEVRDEFSDIIAEFVIDARHRYAPDVLELVNSDGDAVLARVAVSRLPEALSGCIPDDRFPYWLLTASRPRLGLPVTLNEYTALAVELSAPPLAWITGLLPGEVLTHDAEEWRPPTSWELRHVVGEGSFTGVSGAAAAALLGMSATNFRKYTAGDSAANRQKISFAAWHYLLDRLGVKRAS

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	286
宿主生物 host_organism	Escherichia

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	RNA (61-MER)
分子量 formula_weight	19538.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	M,m

CUAAGAAAUUCACGGCGGGCUUGAUGUCCGCGUCUACCUGAUUCACUGCCGUAUAGGCAGC

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	286
宿主生物 host_organism	Escherichia

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PAPTPAPGPCPTPCPGPAPTPTPCPGPAPGPCPTPAP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	5828.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Y

ATAGCTCGATTCGAGCTAA

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PTPTPAPGPCPTPCPGPAPAPTPCPGPAPGPCPTPAP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	5819.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	X

TTAGCTCGAATCGAGCTAT

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	7tawC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2540 — CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4

结构域编号 domain_id	7tawc01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2540 — CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	406243

Cryo-EM structure of the Csy-AcrIF24-promoter DNA dimer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR-associated protein Csy1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7taw__assembly_1__model_1

7taw__assembly_1__model_1 | I(q)

7taw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)