SAXSdb — 7vpg

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

mRNA export factor

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Isoform 3 of Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96 × 1 （P52948） ORF6 protein × 1 （P59634） water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Isoform 3 of Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96 × 1 （P52948） ORF6 protein × 1 （P59634） water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Isoform 3 of Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96 × 1 （P52948） ORF6 protein × 1 （P59634） water × 3	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Isoform 3 of Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96 × 1 （P52948） ORF6 protein × 1 （P59634） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAE1L_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–368； UniProt 1–368 作者链 C； PDB构建体 1–368； UniProt 1–368 作者链 E； PDB构建体 1–368； UniProt 1–368 作者链 G； PDB构建体 1–368； UniProt 1–368

Isoform 3 of Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96

Homo sapiens

UniProt P52948

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	mRNA export factor × 1 （P78406） ORF6 protein × 1 （P59634） water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	mRNA export factor × 1 （P78406） ORF6 protein × 1 （P59634） water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	mRNA export factor × 1 （P78406） ORF6 protein × 1 （P59634） water × 3	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	mRNA export factor × 1 （P78406） ORF6 protein × 1 （P59634） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NUP98_HUMAN
Isoform	P52948-3
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 12–67； UniProt 158–213 作者链 D； PDB构建体 12–67； UniProt 158–213 作者链 F； PDB构建体 12–67； UniProt 158–213 作者链 H； PDB构建体 12–67； UniProt 158–213

ORF6 protein

物种未注明

UniProt P59634

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	mRNA export factor × 1 （P78406） Isoform 3 of Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96 × 1 （P52948） water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	mRNA export factor × 1 （P78406） Isoform 3 of Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96 × 1 （P52948） water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	mRNA export factor × 1 （P78406） Isoform 3 of Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96 × 1 （P52948） water × 3	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	mRNA export factor × 1 （P78406） Isoform 3 of Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96 × 1 （P52948） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NS6_SARS
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–22； UniProt 42–63 作者链 J； PDB构建体 1–22； UniProt 42–63 作者链 K； PDB构建体 1–22； UniProt 42–63 作者链 X； PDB构建体 1–22； UniProt 42–63

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7vpg
沉积日期 deposition_date	2021-10-17
结构标题 title	Crystal structure of the C-terminal tail of SARS-CoV-1 Orf6 complex with human nucleoporin pair Rae1-Nup98
关键词 keywords	Complex, Coronavirus, RNA nuclear export, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7vpg__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7vpg__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7vpg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.41 Å
Rg（电子密度）	20.20 Å
总 Rg	21.15 Å
原子数	3217
残基数	406
排除体积	56620 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7vpg__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7vpg__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`7vpg__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`7vpg__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	mRNA export factor
分子量 formula_weight	42398.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	13136

MSLFGTTSGFGTSGTSMFGSATTDNHNPMKDIEVTSSPDDSIGCLSFSPPTLPGNFLIAGSWANDVRCWEVQDSGQTIPKAQQMHTGPVLDVCWSDDGSKVFTASCDKTAKMWDLSSNQAIQIAQHDAPVKTIHWIKAPNYSCVMTGSWDKTLKFWDTRSSNPMMVLQLPERCYCADVIYPMAVVATAERGLIVYQLENQPSEFRRIESPLKHQHRCVAIFKDKQNKPTGFALGSIEGRVAIHYINPPNPAKDNFTFKCHRSNGTNTSAPQDIYAVNGIAFHPVHGTLATVGSDGRFSFWDKDARTKLKTSEQLDQPISACCFNHNGNIFAYASSYDWSKGHEFYNPQKKNYIFLRNAAEELKPRNKKHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Isoform 3 of Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96
分子量 formula_weight	7785.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

MHHHHHHHHHHTGTTIKFNPPTGTDTMVKAGVSTNISTKHQCITAMKEYESKSLEELRLEDYQANRK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ORF6 protein
分子量 formula_weight	2657.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X,I,J,K

KPLTKKNYSELDDEEPMELDYP

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	407

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	7vpgA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	7vpgC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	7vpgE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	7vpgG01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

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晶胞边长 a length_a	149.614 Å
晶胞边长 b length_b	103.299 Å
晶胞边长 c length_c	134.936 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.96 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.490 Å
最低分辨率 resolution_low	47.440 Å
R 因子 r_factor	0.1867
R_work r_work	0.1855
R_free r_free	0.2305

Crystal structure of the C-terminal tail of SARS-CoV-1 Orf6 complex with human nucleoporin pair Rae1-Nup98

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

mRNA export factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Isoform 3 of Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ORF6 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7vpg__assembly_1__model_1

7vpg__assembly_1__model_1 | I(q)

7vpg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the C-terminal tail of SARS-CoV-1 Orf6 complex with human nucleoporin pair Rae1-Nup98

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

mRNA export factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Isoform 3 of Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ORF6 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7vpg__assembly_1__model_1

7vpg__assembly_1__model_1 | I(q)

7vpg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)