7vvu

NuA4 HAT module bound to the nucleosome

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromatin modification-related protein EAF6

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 13 DNA 2	Chromatin modification-related protein YNG2 × 1 （P38806） Enhancer of polycomb-like protein 1 × 2 （P43572） Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） H4 × 2 Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） Histone acetyltransferase ESA1 × 1 （A0A6A5Q414） DNA (207-mer) × 1 DNA (207-mer) × 1 CARBOXYMETHYL COENZYME *A × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A6A5PYU5_YEASX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 Y； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113

Chromatin modification-related protein YNG2

物种未注明

UniProt P38806

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 13 DNA 2	Chromatin modification-related protein EAF6 × 1 （A0A6A5PYU5） Enhancer of polycomb-like protein 1 × 2 （P43572） Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） H4 × 2 Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） Histone acetyltransferase ESA1 × 1 （A0A6A5Q414） DNA (207-mer) × 1 DNA (207-mer) × 1 CARBOXYMETHYL COENZYME *A × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YNG2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 V； PDB构建体 1–282； UniProt 1–282

Enhancer of polycomb-like protein 1

物种未注明

UniProt P43572

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 13 DNA 2	Chromatin modification-related protein EAF6 × 1 （A0A6A5PYU5） Chromatin modification-related protein YNG2 × 1 （P38806） Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） H4 × 2 Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） Histone acetyltransferase ESA1 × 1 （A0A6A5Q414） DNA (207-mer) × 1 DNA (207-mer) × 1 CARBOXYMETHYL COENZYME *A × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EPL1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 T； PDB构建体 1–832； UniProt 1–832 作者链 X； PDB构建体 1–832； UniProt 1–832

Histone H3

Xenopus laevis

UniProt A0A310TTQ1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 13 DNA 2	Chromatin modification-related protein EAF6 × 1 （A0A6A5PYU5） Chromatin modification-related protein YNG2 × 1 （P38806） Enhancer of polycomb-like protein 1 × 2 （P43572） H4 × 2 Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） Histone acetyltransferase ESA1 × 1 （A0A6A5Q414） DNA (207-mer) × 1 DNA (207-mer) × 1 CARBOXYMETHYL COENZYME *A × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	A0A310TTQ1_XENLA
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 O； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136

Histone H2A

Xenopus laevis

UniProt Q6AZJ8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 13 DNA 2	Chromatin modification-related protein EAF6 × 1 （A0A6A5PYU5） Chromatin modification-related protein YNG2 × 1 （P38806） Enhancer of polycomb-like protein 1 × 2 （P43572） Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） H4 × 2 Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） Histone acetyltransferase ESA1 × 1 （A0A6A5Q414） DNA (207-mer) × 1 DNA (207-mer) × 1 CARBOXYMETHYL COENZYME *A × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6AZJ8_XENLA
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130 作者链 S； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130

Histone H2B 1.1

Xenopus laevis

UniProt P02281

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 13 DNA 2	Chromatin modification-related protein EAF6 × 1 （A0A6A5PYU5） Chromatin modification-related protein YNG2 × 1 （P38806） Enhancer of polycomb-like protein 1 × 2 （P43572） Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） H4 × 2 Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Histone acetyltransferase ESA1 × 1 （A0A6A5Q414） DNA (207-mer) × 1 DNA (207-mer) × 1 CARBOXYMETHYL COENZYME *A × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2B11_XENLA
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126 作者链 U； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126

Histone acetyltransferase ESA1

物种未注明

UniProt A0A6A5Q414

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 13 DNA 2	Chromatin modification-related protein EAF6 × 1 （A0A6A5PYU5） Chromatin modification-related protein YNG2 × 1 （P38806） Enhancer of polycomb-like protein 1 × 2 （P43572） Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） H4 × 2 Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） DNA (207-mer) × 1 DNA (207-mer) × 1 CARBOXYMETHYL COENZYME *A × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A6A5Q414_YEASX
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–445； UniProt 1–445

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7vvu
沉积日期 deposition_date	2021-11-09
结构标题 title	NuA4 HAT module bound to the nucleosome
关键词 keywords	NuA4 nucleosome, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7vvu__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7vvu__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7vvu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	54.56 Å
Rg（电子密度）	52.93 Å
总 Rg	53.28 Å
原子数	19374
残基数	1825
排除体积	321440 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7vvu__assembly_1__model_1`	pentadecameric （15）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Chromatin modification-related protein EAF6
分子量 formula_weight	12915.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y
原子数 atom_count	19374

MTDELKSYEALKAELKKSLQDRREQEDTFDNLQQEIYDKETEYFSHNSNNNHSGHGGAHGSKSHYSGNIIKGFDTFSKSHHSHADSAFNNNDRIFSLSSATYVKQQHGQSQND

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Chromatin modification-related protein YNG2
分子量 formula_weight	32139.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V

MDPSLVLEQTIQDVSNLPSEFRYLLEEIGSNDLKLIEEKKKYEQKESQIHKFIRQQGSIPKHPQEDGLDKEIKESLLKCQSLQREKCVLANTALFLIARHLNKLEKNIALLEEDGVLAPVEEDGDMDSAAEASRESSVVSNSSVKKRRAASSSGSVPPTLKKKKTSRTSKLQNEIDVSSREKSVTPVSPSIEKKIARTKEFKNSRNGKGQNGSPENEEEDKTLYCFCQRVSFGEMVACDGPNCKYEWFHYDCVNLKEPPKGTWYCPECKIEMEKNKLKRKRN

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Enhancer of polycomb-like protein 1
分子量 formula_weight	96889.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T,X

MPTPSNAIEINDGSHKSGRSTRRSGSRSAHDDGLDSFSKGDSGAGASAGSSNSRFRHRKISVKQHLKIYLPNDLKHLDKDELQQREVVEIETGVEKNEEKEVHLHRILQMGSGHTKHKDYIPTPDASMTWNEYDKFYTGSFQETTSYIKFSATVEDCCGTNYNMDERDETFLNEQVNKGSSDILTEDEFEILCSSFEHAIHERQPFLSMDPESILSFEELKPTLIKSDMADFNLRNQLNHEINSHKTHFITQFDPVSQMNTRPLIQLIEKFGSKIYDYWRERKIEVNGYEIFPQLKFERPGEKEEIDPYVCFRRREVRHPRKTRRIDILNSQRLRALHQELKNAKDLALLVAKRENVSLNWINDELKIFDQRVKIKNLKRSLNISGEDDDLINHKRKRPTIVTVEQREAELRKAELKRAAAAAAAAKAKNNKRNNQLEDKSSRLTKQQQQQLLQQQQQQQQNALKTENGKQLANASSSSTSQPITSHVYVKLPSSKIPDIVLEDVDALLNSKEKNARKFVQEKMEKRKIEDADVFFNLTDDPFNPVFDMSLPKNFSTSNVPFASIASSKFQIDRSFYSSHLPEYLKGISDDIRIYDSNGRSRNKDNYNLDTKRIKKTELYDPFQENLEIHSREYPIKFRKRVGRSNIKYVDRMPNFTTSSTKSACSLMDFVDFDSIEKEQYSREGSNDTDSINVYDSKYDEFVRLYDKWKYDSPQNEYGIKFSDEPARLNQISNDTQVIRFGTMLGTKSYEQLREATIKYRRDYITRLKQKHIQHLQQQQQQQQQQQQQAQQQKQKSQNNNSNSSNSLKKLNDSLINSEAKQNSSITQKNSS

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone H3
分子量 formula_weight	15435.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O,A

MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	H4
分子量 formula_weight	11394.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q,B

MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Histone H2A
分子量 formula_weight	14109.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,N

MSGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSAKSK

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Histone H2B 1.1
分子量 formula_weight	13965.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U,D

MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKSRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Histone acetyltransferase ESA1
分子量 formula_weight	52692.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.48
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MSHDGKEEPGIAKKINSVDDIIIKCQCWVQKNDEERLAEILSINTRKAPPKFYVHYVNYNKRLDEWITTDRINLDKEVLYPKLKATDEDNKKQKKKKATNTSETPQDSLQDGVDGFSRENTDVMDLDNLNVQGIKDENISHEDEIKKLRTSGSMTQNPHEVARVRNLNRIIMGKYEIEPWYFSPYPIELTDEDFIYIDDFTLQYFGSKKQYERYRKKCTLRHPPGNEIYRDDYVSFFEIDGRKQRTWCRNLCLLSKLFLDHKTLYYDVDPFLFYCMTRRDELGHHLVGYFSKEKESADGYNVACILTLPQYQRMGYGKLLIEFSYELSKKENKVGSPEKPLSDLGLLSYRAYWSDTLITLLVEHQKEITIDEISSMTSMTTTDILHTAKTLNILRYYKGQHIIFLNEDILDRYNRLKAKKRRTIDPNRLIWKPPVFTASQLRFAW

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	DNA (207-mer)
分子量 formula_weight	63679.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	W

TCCGGAGGACTGTCCTCCGGGGACCCTATACGCGGCCGCCATCGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCGATAGCTTGTCGAGAAGTACTAG

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	DNA (207-mer)
分子量 formula_weight	64150.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I

CTAGTACTTCTCGACAAGCTATCGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCGATGGCGGCCGCGTATAGGGTCCCCGGAGGACAGTCCTCCGGA

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	CARBOXYMETHYL COENZYME *A
分子量 formula_weight	825.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	393016

NuA4 HAT module bound to the nucleosome

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromatin modification-related protein EAF6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Chromatin modification-related protein YNG2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Enhancer of polycomb-like protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2B 1.1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone acetyltransferase ESA1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7vvu__assembly_1__model_1

7vvu__assembly_1__model_1 | I(q)

7vvu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source