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7wot

Cryo-EM structure of the inner ring monomer of the Saccharomyces cerevisiae nuclear pore complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 274.2 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoporin NIC96

物种未注明

UniProt P34077

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–839 链 M； UniProt 1–839 链 N； UniProt 1–839 链 Z； UniProt 1–839 未记录 Nucleoporin NUP157 × 2 （P40064） Nucleoporin NUP170 × 2 （P38181） Nucleoporin NUP188 × 2 （P52593） Nucleoporin NUP192 × 2 （P47054） Nucleoporin NUP49/NSP49 × 4 （Q02199） Nucleoporin NUP57 × 4 （P48837） Nucleoporin NSP1 × 4 （P14907） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.73 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7WOT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2QX5 Structure of nucleoporin Nic96 提交 2007-08-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 186–839（654 aa） 片段：residues 186-839
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；289 K；18% PEG 3350, 0.1M Bis Tris propane, 0.2M Potassium Thiocyanate, 1mM Cetyltrimethylammonium bromide, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.50 Å R-free 0.285
2QX5 Structure of nucleoporin Nic96 提交 2007-08-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 186–839（654 aa） 片段：residues 186-839
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；289 K；18% PEG 3350, 0.1M Bis Tris propane, 0.2M Potassium Thiocyanate, 1mM Cetyltrimethylammonium bromide, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.50 Å R-free 0.285
2RFO Crystral Structure of the nucleoporin Nic96 提交 2007-10-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 189–839（651 aa） 片段：UNP residues 189-839
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；3-10% PEG3350, 0.1M BisTris pH6.5, 0.05M lithium sulfate, 3% 1,6-hexandiole, 0.01mM DTE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.60 Å R-free 0.285
2RFO Crystral Structure of the nucleoporin Nic96 提交 2007-10-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 189–839（651 aa） 片段：UNP residues 189-839
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；3-10% PEG3350, 0.1M BisTris pH6.5, 0.05M lithium sulfate, 3% 1,6-hexandiole, 0.01mM DTE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.60 Å R-free 0.285
6X07 Nic96 from S. cerevisiae bound by VHH-SAN12 提交 2020-05-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 186–839（654 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；8% PEG 8,000 and 0.1M tri-sodium citrate pH 5
分辨率 2.10 Å R-free 0.245
7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric
链 Q 1–839（839 aa）
链 R 1–839（839 aa）
链 S 1–839（839 aa）
链 T 1–839（839 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric
链 Q 1–839（839 aa）
链 R 1–839（839 aa）
链 S 1–839（839 aa）
链 T 1–839（839 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric
链 Q 1–839（839 aa）
链 R 1–839（839 aa）
链 S 1–839（839 aa）
链 T 1–839（839 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 448 PDB 声明：448-meric
链 Q 1–839（839 aa）
链 R 1–839（839 aa）
链 S 1–839（839 aa）
链 T 1–839（839 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric
链 Q 1–839（839 aa）
链 R 1–839（839 aa）
链 S 1–839（839 aa）
链 T 1–839（839 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric
链 Q 1–839（839 aa）
链 R 1–839（839 aa）
链 S 1–839（839 aa）
链 T 1–839（839 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
分辨率 37.00 Å
7WOO Cryo-EM structure of the inner ring protomer of the Saccharomyces cerevisiae nuclear pore complex 提交 2022-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–839（839 aa）
链 Z 1–839（839 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.71 Å
8TJ5 Inner spoke ring of the yeast NPC 提交 2023-07-20 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：46-meric
链 Q 1–839（839 aa）
链 R 1–839（839 aa）
链 S 1–839（839 aa）
链 T 1–839（839 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM HEPES,50mM Potassium acetate,20mM NaCl,2mM MgCl2,1mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å

共 7 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NIC96_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–839； UniProt 1–839 作者链 M； PDB构建体 1–839； UniProt 1–839 作者链 N； PDB构建体 1–839； UniProt 1–839 作者链 Z； PDB构建体 1–839； UniProt 1–839

Nucleoporin NUP157

物种未注明

UniProt P40064

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–1391 链 O； UniProt 1–1391 未记录 Nucleoporin NIC96 × 4 （P34077） Nucleoporin NUP170 × 2 （P38181） Nucleoporin NUP188 × 2 （P52593） Nucleoporin NUP192 × 2 （P47054） Nucleoporin NUP49/NSP49 × 4 （Q02199） Nucleoporin NUP57 × 4 （P48837） Nucleoporin NSP1 × 4 （P14907） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.73 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7WOT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4MHC Crystal Structure of a Nucleoporin 提交 2013-08-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 70–893（824 aa） 片段：N-terminal domain (UNP residues 70-893)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；5% PEG 4,000, 0.1 M MES, pH 6.0, 0.05 M Magnesium chloride, 3% (v/v) 1,4-dioxane, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.231
7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric
链 1 1–1391（1391 aa）
链 Z 1–1391（1391 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric
链 1 1–1391（1391 aa）
链 Z 1–1391（1391 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric
链 1 1–1391（1391 aa）
链 Z 1–1391（1391 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 448 PDB 声明：448-meric
链 1 1–1391（1391 aa）
链 Z 1–1391（1391 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric
链 1 1–1391（1391 aa）
链 Z 1–1391（1391 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric
链 1 1–1391（1391 aa）
链 Z 1–1391（1391 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
分辨率 37.00 Å
7WOO Cryo-EM structure of the inner ring protomer of the Saccharomyces cerevisiae nuclear pore complex 提交 2022-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 C 1–1391（1391 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.71 Å
8TJ5 Inner spoke ring of the yeast NPC 提交 2023-07-20 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：46-meric
链 1 1–1391（1391 aa）
链 Z 1–1391（1391 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM HEPES,50mM Potassium acetate,20mM NaCl,2mM MgCl2,1mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å

共 5 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NU157_YEAST
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–1391； UniProt 1–1391 作者链 O； PDB构建体 1–1391； UniProt 1–1391

Nucleoporin NUP170

物种未注明

UniProt P38181

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 1–1502 链 P； UniProt 1–1502 未记录 Nucleoporin NIC96 × 4 （P34077） Nucleoporin NUP157 × 2 （P40064） Nucleoporin NUP188 × 2 （P52593） Nucleoporin NUP192 × 2 （P47054） Nucleoporin NUP49/NSP49 × 4 （Q02199） Nucleoporin NUP57 × 4 （P48837） Nucleoporin NSP1 × 4 （P14907） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.73 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7WOT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3I5P Nup170(aa979-1502), S.cerevisiae 提交 2009-07-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 980–1502（523 aa） 片段：HELICAL DOMAIN (UNP residues 980-1502)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；289 K；0.2M AMMONIUM ACETATE, 0.1M TRIS-HCL, 8% PEG 3350, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 3.20 Å R-free 0.324
3I5Q Nup170(aa1253-1502) at 2.2 A, S.cerevisiae 提交 2009-07-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1253–1502（250 aa） 片段：C-terminal fragment (UNP residues 1253-1502)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；0.2M LITHIUM SULFATE, 0.1M TRIS-HCL, 50 mM NACL, 22% PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.20 Å R-free 0.272
3I5Q Nup170(aa1253-1502) at 2.2 A, S.cerevisiae 提交 2009-07-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1253–1502（250 aa） 片段：C-terminal fragment (UNP residues 1253-1502)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；0.2M LITHIUM SULFATE, 0.1M TRIS-HCL, 50 mM NACL, 22% PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.20 Å R-free 0.272
3I5Q Nup170(aa1253-1502) at 2.2 A, S.cerevisiae 提交 2009-07-06 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1253–1502（250 aa） 片段：C-terminal fragment (UNP residues 1253-1502)
链 B 1253–1502（250 aa） 片段：C-terminal fragment (UNP residues 1253-1502)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；0.2M LITHIUM SULFATE, 0.1M TRIS-HCL, 50 mM NACL, 22% PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.20 Å R-free 0.272
3I5Q Nup170(aa1253-1502) at 2.2 A, S.cerevisiae 提交 2009-07-06 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1253–1502（250 aa） 片段：C-terminal fragment (UNP residues 1253-1502)
链 B 1253–1502（250 aa） 片段：C-terminal fragment (UNP residues 1253-1502)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；0.2M LITHIUM SULFATE, 0.1M TRIS-HCL, 50 mM NACL, 22% PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.20 Å R-free 0.272
7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric
链 0 1–1502（1502 aa）
链 Y 1–1502（1502 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric
链 0 1–1502（1502 aa）
链 Y 1–1502（1502 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric
链 0 1–1502（1502 aa）
链 Y 1–1502（1502 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 448 PDB 声明：448-meric
链 0 1–1502（1502 aa）
链 Y 1–1502（1502 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric
链 0 1–1502（1502 aa）
链 Y 1–1502（1502 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric
链 0 1–1502（1502 aa）
链 Y 1–1502（1502 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
分辨率 37.00 Å
7WOO Cryo-EM structure of the inner ring protomer of the Saccharomyces cerevisiae nuclear pore complex 提交 2022-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 D 1–1502（1502 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.71 Å
8TJ5 Inner spoke ring of the yeast NPC 提交 2023-07-20 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：46-meric
链 0 1–1502（1502 aa）
链 Y 1–1502（1502 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM HEPES,50mM Potassium acetate,20mM NaCl,2mM MgCl2,1mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å

共 6 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NU170_YEAST
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 D； PDB构建体 1–1502； UniProt 1–1502 作者链 P； PDB构建体 1–1502； UniProt 1–1502

Nucleoporin NUP188

物种未注明

UniProt P52593

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 1–1655 链 Q； UniProt 1–1655 未记录 Nucleoporin NIC96 × 4 （P34077） Nucleoporin NUP157 × 2 （P40064） Nucleoporin NUP170 × 2 （P38181） Nucleoporin NUP192 × 2 （P47054） Nucleoporin NUP49/NSP49 × 4 （Q02199） Nucleoporin NUP57 × 4 （P48837） Nucleoporin NSP1 × 4 （P14907） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.73 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7WOT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 136 PDB 声明：136-meric
链 X 1–1655（1655 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 11.60 Å
7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric
链 X 1–1655（1655 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 11.60 Å
7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric
链 X 1–1655（1655 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 11.60 Å
7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric
链 N 1–1655（1655 aa）
链 P 1–1655（1655 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric
链 N 1–1655（1655 aa）
链 P 1–1655（1655 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric
链 N 1–1655（1655 aa）
链 P 1–1655（1655 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 448 PDB 声明：448-meric
链 N 1–1655（1655 aa）
链 P 1–1655（1655 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric
链 N 1–1655（1655 aa）
链 P 1–1655（1655 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric
链 N 1–1655（1655 aa）
链 P 1–1655（1655 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
分辨率 37.00 Å
7WO9 Cryo-EM structure of full-length Nup188 提交 2022-01-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1655（1655 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.81 Å
7WOO Cryo-EM structure of the inner ring protomer of the Saccharomyces cerevisiae nuclear pore complex 提交 2022-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 E 1–1655（1655 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.71 Å
8TJ5 Inner spoke ring of the yeast NPC 提交 2023-07-20 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：46-meric
链 N 1–1655（1655 aa）
链 P 1–1655（1655 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM HEPES,50mM Potassium acetate,20mM NaCl,2mM MgCl2,1mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å

共 6 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NU188_YEAST
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 E； PDB构建体 1–1655； UniProt 1–1655 作者链 Q； PDB构建体 1–1655； UniProt 1–1655

Nucleoporin NUP192

物种未注明

UniProt P47054

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白拷贝数一致 链 F； UniProt 1–1683 链 R； UniProt 1–1683 未记录 Nucleoporin NIC96 × 4 （P34077） Nucleoporin NUP157 × 2 （P40064） Nucleoporin NUP170 × 2 （P38181） Nucleoporin NUP188 × 2 （P52593） Nucleoporin NUP49/NSP49 × 4 （Q02199） Nucleoporin NUP57 × 4 （P48837） Nucleoporin NSP1 × 4 （P14907） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.73 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7WOT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4IFQ Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae NUP192, residues 2 to 960 [ScNup192(2-960)] 提交 2012-12-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–960（959 aa） 片段：UNP residues 2-960
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 7 IOD IODIDE ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；Protein (20 mM Hepes, pH 8.0, 500 mM NaCl, 10% glycerol, 5mM DTT; Reservoir (10% PEG3350, 100mM pottasium iodide); Cryoprotection (30% PEG400 and 25% saturated ammonium sulfate), Vapor Diffusion, Sitting Drop, temperature 298K
分辨率 3.25 Å R-free 0.243
4IFQ Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae NUP192, residues 2 to 960 [ScNup192(2-960)] 提交 2012-12-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–960（959 aa） 片段：UNP residues 2-960
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 14 IOD IODIDE ION × 14 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；Protein (20 mM Hepes, pH 8.0, 500 mM NaCl, 10% glycerol, 5mM DTT; Reservoir (10% PEG3350, 100mM pottasium iodide); Cryoprotection (30% PEG400 and 25% saturated ammonium sulfate), Vapor Diffusion, Sitting Drop, temperature 298K
分辨率 3.25 Å R-free 0.243
7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric
链 M 1–1683（1683 aa）
链 O 1–1683（1683 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric
链 M 1–1683（1683 aa）
链 O 1–1683（1683 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric
链 M 1–1683（1683 aa）
链 O 1–1683（1683 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 448 PDB 声明：448-meric
链 M 1–1683（1683 aa）
链 O 1–1683（1683 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric
链 M 1–1683（1683 aa）
链 O 1–1683（1683 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric
链 M 1–1683（1683 aa）
链 O 1–1683（1683 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
分辨率 37.00 Å
7WOO Cryo-EM structure of the inner ring protomer of the Saccharomyces cerevisiae nuclear pore complex 提交 2022-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 F 1–1683（1683 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.71 Å
8TJ5 Inner spoke ring of the yeast NPC 提交 2023-07-20 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：46-meric
链 M 1–1683（1683 aa）
链 O 1–1683（1683 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM HEPES,50mM Potassium acetate,20mM NaCl,2mM MgCl2,1mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å

共 5 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NU192_YEAST
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 F； PDB构建体 1–1683； UniProt 1–1683 作者链 R； PDB构建体 1–1683； UniProt 1–1683

Nucleoporin NUP49/NSP49

物种未注明

UniProt Q02199

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白拷贝数一致 链 G； UniProt 1–472 链 J； UniProt 1–472 链 S； UniProt 1–472 链 V； UniProt 1–472 未记录 Nucleoporin NIC96 × 4 （P34077） Nucleoporin NUP157 × 2 （P40064） Nucleoporin NUP170 × 2 （P38181） Nucleoporin NUP188 × 2 （P52593） Nucleoporin NUP192 × 2 （P47054） Nucleoporin NUP57 × 4 （P48837） Nucleoporin NSP1 × 4 （P14907） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.73 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7WOT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric
链 C 1–472（472 aa）
链 F 1–472（472 aa）
链 I 1–472（472 aa）
链 L 1–472（472 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric
链 C 1–472（472 aa）
链 F 1–472（472 aa）
链 I 1–472（472 aa）
链 L 1–472（472 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric
链 C 1–472（472 aa）
链 F 1–472（472 aa）
链 I 1–472（472 aa）
链 L 1–472（472 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 448 PDB 声明：448-meric
链 C 1–472（472 aa）
链 F 1–472（472 aa）
链 I 1–472（472 aa）
链 L 1–472（472 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric
链 C 1–472（472 aa）
链 F 1–472（472 aa）
链 I 1–472（472 aa）
链 L 1–472（472 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric
链 C 1–472（472 aa）
链 F 1–472（472 aa）
链 I 1–472（472 aa）
链 L 1–472（472 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
分辨率 37.00 Å
7WOO Cryo-EM structure of the inner ring protomer of the Saccharomyces cerevisiae nuclear pore complex 提交 2022-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 G 1–472（472 aa）
链 J 1–472（472 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.71 Å
8TJ5 Inner spoke ring of the yeast NPC 提交 2023-07-20 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：46-meric
链 C 1–472（472 aa）
链 F 1–472（472 aa）
链 I 1–472（472 aa）
链 L 1–472（472 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM HEPES,50mM Potassium acetate,20mM NaCl,2mM MgCl2,1mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å

共 4 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NUP49_YEAST
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 G； PDB构建体 1–472； UniProt 1–472 作者链 J； PDB构建体 1–472； UniProt 1–472 作者链 S； PDB构建体 1–472； UniProt 1–472 作者链 V； PDB构建体 1–472； UniProt 1–472

Nucleoporin NUP57

物种未注明

UniProt P48837

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白拷贝数一致 链 H； UniProt 1–541 链 K； UniProt 1–541 链 T； UniProt 1–541 链 W； UniProt 1–541 未记录 Nucleoporin NIC96 × 4 （P34077） Nucleoporin NUP157 × 2 （P40064） Nucleoporin NUP170 × 2 （P38181） Nucleoporin NUP188 × 2 （P52593） Nucleoporin NUP192 × 2 （P47054） Nucleoporin NUP49/NSP49 × 4 （Q02199） Nucleoporin NSP1 × 4 （P14907） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.73 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7WOT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric
链 B 1–541（541 aa）
链 E 1–541（541 aa）
链 H 1–541（541 aa）
链 K 1–541（541 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric
链 B 1–541（541 aa）
链 E 1–541（541 aa）
链 H 1–541（541 aa）
链 K 1–541（541 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric
链 B 1–541（541 aa）
链 E 1–541（541 aa）
链 H 1–541（541 aa）
链 K 1–541（541 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 448 PDB 声明：448-meric
链 B 1–541（541 aa）
链 E 1–541（541 aa）
链 H 1–541（541 aa）
链 K 1–541（541 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric
链 B 1–541（541 aa）
链 E 1–541（541 aa）
链 H 1–541（541 aa）
链 K 1–541（541 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric
链 B 1–541（541 aa）
链 E 1–541（541 aa）
链 H 1–541（541 aa）
链 K 1–541（541 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
分辨率 37.00 Å
7WOO Cryo-EM structure of the inner ring protomer of the Saccharomyces cerevisiae nuclear pore complex 提交 2022-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 H 1–541（541 aa）
链 K 1–541（541 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.71 Å
8TJ5 Inner spoke ring of the yeast NPC 提交 2023-07-20 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：46-meric
链 B 1–541（541 aa）
链 E 1–541（541 aa）
链 H 1–541（541 aa）
链 K 1–541（541 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM HEPES,50mM Potassium acetate,20mM NaCl,2mM MgCl2,1mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å

共 4 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NUP57_YEAST
Isoform —
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 H； PDB构建体 1–541； UniProt 1–541 作者链 K； PDB构建体 1–541； UniProt 1–541 作者链 T； PDB构建体 1–541； UniProt 1–541 作者链 W； PDB构建体 1–541； UniProt 1–541

Nucleoporin NSP1

物种未注明

UniProt P14907

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白拷贝数一致 链 I； UniProt 1–823 链 L； UniProt 1–823 链 U； UniProt 1–823 链 X； UniProt 1–823 未记录 Nucleoporin NIC96 × 4 （P34077） Nucleoporin NUP157 × 2 （P40064） Nucleoporin NUP170 × 2 （P38181） Nucleoporin NUP188 × 2 （P52593） Nucleoporin NUP192 × 2 （P47054） Nucleoporin NUP49/NSP49 × 4 （Q02199） Nucleoporin NUP57 × 4 （P48837） ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.73 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7WOT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1O6O Importin Beta aa1-442 bound to five FxFG repeats from yeast Nsp1p. Second crystal form 提交 2002-10-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 497–608（112 aa） 片段：RESIDUES 497-608
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.9；1.2-1.28M AMMONIUM SULPHATE, 100MM AMMONIUM ACETATE, PH 5.9, 30MM DTT
分辨率 2.80 Å R-free 0.273
1O6O Importin Beta aa1-442 bound to five FxFG repeats from yeast Nsp1p. Second crystal form 提交 2002-10-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 497–608（112 aa） 片段：RESIDUES 497-608
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.9；1.2-1.28M AMMONIUM SULPHATE, 100MM AMMONIUM ACETATE, PH 5.9, 30MM DTT
分辨率 2.80 Å R-free 0.273
1O6O Importin Beta aa1-442 bound to five FxFG repeats from yeast Nsp1p. Second crystal form 提交 2002-10-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 497–608（112 aa） 片段：RESIDUES 497-608
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.9；1.2-1.28M AMMONIUM SULPHATE, 100MM AMMONIUM ACETATE, PH 5.9, 30MM DTT
分辨率 2.80 Å R-free 0.273
7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric
链 A 1–823（823 aa）
链 D 1–823（823 aa）
链 G 1–823（823 aa）
链 J 1–823（823 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric
链 A 1–823（823 aa）
链 D 1–823（823 aa）
链 G 1–823（823 aa）
链 J 1–823（823 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric
链 A 1–823（823 aa）
链 D 1–823（823 aa）
链 G 1–823（823 aa）
链 J 1–823（823 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 448 PDB 声明：448-meric
链 A 1–823（823 aa）
链 D 1–823（823 aa）
链 G 1–823（823 aa）
链 J 1–823（823 aa）
链 y 1–823（823 aa）
链 z 1–823（823 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric
链 A 1–823（823 aa）
链 D 1–823（823 aa）
链 G 1–823（823 aa）
链 J 1–823（823 aa）
链 y 1–823（823 aa）
链 z 1–823（823 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric
链 A 1–823（823 aa）
链 D 1–823（823 aa）
链 G 1–823（823 aa）
链 J 1–823（823 aa）
链 y 1–823（823 aa）
链 z 1–823（823 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)
分辨率 37.00 Å
7WOO Cryo-EM structure of the inner ring protomer of the Saccharomyces cerevisiae nuclear pore complex 提交 2022-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 I 1–823（823 aa）
链 L 1–823（823 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.71 Å
8TJ5 Inner spoke ring of the yeast NPC 提交 2023-07-20 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：46-meric
链 A 1–823（823 aa）
链 D 1–823（823 aa）
链 G 1–823（823 aa）
链 J 1–823（823 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM HEPES,50mM Potassium acetate,20mM NaCl,2mM MgCl2,1mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å

共 5 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NSP1_YEAST
Isoform —
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 I； PDB构建体 1–823； UniProt 1–823 作者链 L； PDB构建体 1–823； UniProt 1–823 作者链 U； PDB构建体 1–823； UniProt 1–823 作者链 X； PDB构建体 1–823； UniProt 1–823

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7wot

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7wot
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7wot
沉积日期 deposition_date2022-01-22
结构标题 titleCryo-EM structure of the inner ring monomer of the Saccharomyces cerevisiae nuclear pore complex
关键词 keywordsnuclear pore complex, inner ring, monomer, Saccharomyces cerevisiae, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier— Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron105.30 Å
零角强度 I(0) i047132400000.00
分子量 molecular_weight1896100.0 kDa
排除体积 excluded_volume2388000 ų
包络体积 envelope_volume4895400 ų
水化壳体积 shell_volume387940 ų
包络直径 envelope_diameter407.1 Å
壳层 Rg shell_rg105.70 Å
包络 Rg envelope_rg100.00 Å
形状 Rg shape_rg105.30 Å
总 Rg total_rg105.40 Å
总原子数 total_atoms133827
残基数 n_residues17285
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax274.2 Å
Rg (实空间) rg_real100.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real4.4830e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.5150e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal106.90 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal47390000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9075
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary127.9 Å
偏度 Skewness skewness0.075
峰度 Kurtosis kurtosis-0.505
角度范围 angular_range— – 0.0750 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.8603
最高正则化参数 α highest_alpha3535000000.0000
实空间数据点数 n_real_points16
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.002; Oscil: 0.996; Stabil: 0.964; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.919; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)