7yi2

Cryo-EM structure of Rpd3S in loose-state Rpd3S-NCP complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 128.5 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcriptional regulatory protein SIN3

Saccharomyces cerevisiae S288C

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 5 DNA 2 PDB 声明：heptameric（7）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–1536	未记录	Wisdom 601 DNA (167-MER) × 1 Wisdom 601 DNA (167-MER) × 1 Histone deacetylase RPD3 × 1 （P32561） Chromatin modification-related protein EAF3 × 1 （Q12432） Transcriptional regulatory protein RCO1 × 2 （Q04779） ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7YI2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6XAW Crystal Structure Analysis of SIN3-UME6 提交 2020-06-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 402–473（72 aa）	未记录	BR BROMIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.8；293 K；100mM Tris, pH 8.8, 1.36M sodium citrate	分辨率 1.84 Å R-free 0.212
6XDJ Crystal Structure Analysis of MBP-SIN3 提交 2020-06-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 402–473（72 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris, pH 6.0, 1.6M Ammonium sulfate	分辨率 2.20 Å R-free 0.240
6XDJ Crystal Structure Analysis of MBP-SIN3 提交 2020-06-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 402–473（72 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris, pH 6.0, 1.6M Ammonium sulfate	分辨率 2.20 Å R-free 0.240
6XDJ Crystal Structure Analysis of MBP-SIN3 提交 2020-06-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 402–473（72 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris, pH 6.0, 1.6M Ammonium sulfate	分辨率 2.20 Å R-free 0.240
6XDJ Crystal Structure Analysis of MBP-SIN3 提交 2020-06-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 402–473（72 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris, pH 6.0, 1.6M Ammonium sulfate	分辨率 2.20 Å R-free 0.240
7YI0 Cryo-EM structure of Rpd3S complex 提交 2022-07-14	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–1536（1536 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
7YI3 Cryo-EM structure of Rpd3S in close-state Rpd3S-NCP complex 提交 2022-07-14	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1536（1536 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7YI4 Cryo-EM structure of Rpd3S complex bound to H3K36me3 nucleosome in close state 提交 2022-07-14	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–1536（1536 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.96 Å
7YI5 Cryo-EM structure of Rpd3S complex bound to H3K36me3 nucleosome in loose state 提交 2022-07-14	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–1536（1536 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.96 Å
8GA8 Structure of the yeast (HDAC) Rpd3L complex 提交 2023-02-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 1–1536（1536 aa）链 D 1–1536（1536 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8HPO Cryo-EM structure of a SIN3/HDAC complex from budding yeast 提交 2022-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 A 1–1536（1536 aa）链 B 1–1536（1536 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 K POTASSIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
8HXX Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S 提交 2023-01-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 K 1–1536（1536 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8HXY Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with nucleosome 提交 2023-01-05	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric	链 K 1–1536（1536 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8HY0 Composite cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with nucleosome 提交 2023-01-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 K 1–1536（1536 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8IHN Cryo-EM structure of the Rpd3S core complex 提交 2023-02-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 K 1–1536（1536 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
8IHT Rpd3S bound to the nucleosome 提交 2023-02-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 K 1–1536（1536 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.72 Å
8JHO Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with di-nucleosome 提交 2023-05-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric	链 K 1–1536（1536 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.60 Å
8KC7 Rpd3S histone deacetylase complex 提交 2023-08-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 215–1536（1322 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.46 Å
8KD2 Rpd3S in complex with 187bp nucleosome 提交 2023-08-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 B 2–1536（1535 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.02 Å
8KD3 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification, H3K9Q mutation and 187bp DNA 提交 2023-08-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 B 2–1536（1535 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8KD4 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class1 提交 2023-08-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 B 215–1536（1322 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.93 Å
8KD5 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class2 提交 2023-08-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric	链 B 2–1536（1535 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8KD6 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class3 提交 2023-08-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 B 215–1536（1322 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.07 Å
8KD7 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 167bp DNA 提交 2023-08-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 B 215–1536（1322 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å
8TOF Rpd3S bound to an H3K36Cme3 modified nucleosome 提交 2023-08-03	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric	链 A 1–1536（1536 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
8W9C Cryo-EM structure of the Rpd3S complex from budding yeast 提交 2023-09-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–1536（1536 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 K POTASSIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8W9D Cryo-EM structure of the Rpd3S-nucleosome complex from budding yeast in State 1 提交 2023-09-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric	链 A 1–1536（1536 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 K POTASSIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
8W9E Cryo-EM structure of the Rpd3S-nucleosome complex from budding yeast in State 2 提交 2023-09-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：17-meric	链 A 1–1536（1536 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 K POTASSIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
8W9F Cryo-EM structure of the Rpd3S-nucleosome complex from budding yeast in State 3 提交 2023-09-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：17-meric	链 A 1–1536（1536 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
9V2V Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3L in complex with mono-nucleosome 提交 2025-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric	链 A 662–1344（683 aa）链 B 662–1344（683 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9V2W Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3L in complex with di-nucleosome 提交 2025-05-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric	链 A 225–1320（1096 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

共 28 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SIN3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1536； UniProt 1–1536

Histone deacetylase RPD3

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P32561

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 5 DNA 2 PDB 声明：heptameric（7）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 1–433	未记录	Wisdom 601 DNA (167-MER) × 1 Wisdom 601 DNA (167-MER) × 1 Transcriptional regulatory protein SIN3 × 1 （P22579） Chromatin modification-related protein EAF3 × 1 （Q12432） Transcriptional regulatory protein RCO1 × 2 （Q04779） ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7YI2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7YI0 Cryo-EM structure of Rpd3S complex 提交 2022-07-14	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 1–433（433 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
7YI3 Cryo-EM structure of Rpd3S in close-state Rpd3S-NCP complex 提交 2022-07-14	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–433（433 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7YI4 Cryo-EM structure of Rpd3S complex bound to H3K36me3 nucleosome in close state 提交 2022-07-14	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 B 1–433（433 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.96 Å
7YI5 Cryo-EM structure of Rpd3S complex bound to H3K36me3 nucleosome in loose state 提交 2022-07-14	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 B 1–433（433 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.96 Å
8GA8 Structure of the yeast (HDAC) Rpd3L complex 提交 2023-02-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 B 1–433（433 aa）链 E 1–433（433 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8HPO Cryo-EM structure of a SIN3/HDAC complex from budding yeast 提交 2022-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 F 1–433（433 aa）链 G 1–433（433 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2 K POTASSIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
8HXX Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S 提交 2023-01-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 L 1–433（433 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8HXY Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with nucleosome 提交 2023-01-05	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric	链 L 1–433（433 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8HY0 Composite cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with nucleosome 提交 2023-01-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 L 1–433（433 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8IHN Cryo-EM structure of the Rpd3S core complex 提交 2023-02-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 L 1–433（433 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
8IHT Rpd3S bound to the nucleosome 提交 2023-02-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 L 1–433（433 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.72 Å
8JHO Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with di-nucleosome 提交 2023-05-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric	链 L 1–433（433 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.60 Å
8KC7 Rpd3S histone deacetylase complex 提交 2023-08-06	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–433（433 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.46 Å
8KD2 Rpd3S in complex with 187bp nucleosome 提交 2023-08-09	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–433（433 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.02 Å
8KD3 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification, H3K9Q mutation and 187bp DNA 提交 2023-08-09	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–433（433 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8KD4 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class1 提交 2023-08-09	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–433（433 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.93 Å
8KD5 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class2 提交 2023-08-09	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric	链 A 1–433（433 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8KD6 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class3 提交 2023-08-09	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–433（433 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.07 Å
8KD7 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 167bp DNA 提交 2023-08-09	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–433（433 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å
8TOF Rpd3S bound to an H3K36Cme3 modified nucleosome 提交 2023-08-03	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric	链 B 1–433（433 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
8W9C Cryo-EM structure of the Rpd3S complex from budding yeast 提交 2023-09-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 1–433（433 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 K POTASSIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8W9D Cryo-EM structure of the Rpd3S-nucleosome complex from budding yeast in State 1 提交 2023-09-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric	链 B 1–433（433 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 K POTASSIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
8W9E Cryo-EM structure of the Rpd3S-nucleosome complex from budding yeast in State 2 提交 2023-09-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：17-meric	链 B 1–433（433 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 K POTASSIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
8W9F Cryo-EM structure of the Rpd3S-nucleosome complex from budding yeast in State 3 提交 2023-09-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：17-meric	链 B 1–433（433 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
9V2V Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3L in complex with mono-nucleosome 提交 2025-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric	链 C 9–393（385 aa）链 D 9–393（385 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9V2W Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3L in complex with di-nucleosome 提交 2025-05-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric	链 C 9–386（378 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

共 26 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPD3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–433； UniProt 1–433

Chromatin modification-related protein EAF3

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt Q12432

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 5 DNA 2 PDB 声明：heptameric（7）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 1–401	未记录	Wisdom 601 DNA (167-MER) × 1 Wisdom 601 DNA (167-MER) × 1 Transcriptional regulatory protein SIN3 × 1 （P22579） Histone deacetylase RPD3 × 1 （P32561） Transcriptional regulatory protein RCO1 × 2 （Q04779） ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7YI2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2K3X Solution structure of EAF3 chromo barrel domain 提交 2008-05-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–113（113 aa）片段：UNP residues 1 to 113	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；300 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient NMR样品组成 0.4-1.5 mM [U-100% 15N] Eaf3, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 2 mM DTT, 800 mM urea, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 0.4-1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Eaf3, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 2 mM DTT, 800 mM urea, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供
2K3Y Solution structure of EAF3 chromo barrel domain bound to histone h3 with a dimethyllysine analog H3K36ME2 提交 2008-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–115（115 aa）片段：UNP residues 1 to 115	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；300 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient NMR样品组成 0.4-1.5 mM [U-100% 15N] entity, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 2 mM DTT, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 0.4-1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 2 mM DTT, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供
3E9F Crystal structure short-form (residue1-113) of Eaf3 chromo domain 提交 2008-08-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–113（113 aa）片段：Eaf3, UNP residues 1-113	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；30% polyethylene glycol 6000, 0.1M MES, pH 6.0, hanging drop, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.80 Å R-free 0.217
3E9G Crystal structure long-form (residue1-124) of Eaf3 chromo domain 提交 2008-08-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–124（124 aa）片段：Eaf3, UNP residues 1-124	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；2.4M ammonium sulfate, 4% acetone, 0.1 MBicine, pH 9.0, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.267
3E9G Crystal structure long-form (residue1-124) of Eaf3 chromo domain 提交 2008-08-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–124（124 aa）片段：Eaf3, UNP residues 1-124	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；2.4M ammonium sulfate, 4% acetone, 0.1 MBicine, pH 9.0, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.267
6K5W Solution structure of the chromodomain of yeast Eaf3 提交 2019-05-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–120（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）30；压力 1 NMR样品组成 1.47 mM [U-13C,15N] Eaf3, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.47 mM [U-13C,15N] Eaf3, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1.47 mM [U-15N] Eaf3, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
7YI0 Cryo-EM structure of Rpd3S complex 提交 2022-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–401（401 aa）链 E 1–401（401 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
7YI1 Cryo-EM structure of Eaf3 CHD bound to H3K36me3 nucleosome 提交 2022-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 K 1–401（401 aa）链 L 1–401（401 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
7YI3 Cryo-EM structure of Rpd3S in close-state Rpd3S-NCP complex 提交 2022-07-14	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–401（401 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7YI4 Cryo-EM structure of Rpd3S complex bound to H3K36me3 nucleosome in close state 提交 2022-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 C 1–401（401 aa）链 E 1–401（401 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.96 Å
7YI5 Cryo-EM structure of Rpd3S complex bound to H3K36me3 nucleosome in loose state 提交 2022-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 C 1–401（401 aa）链 E 1–401（401 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.96 Å
8KC7 Rpd3S histone deacetylase complex 提交 2023-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 1–401（401 aa）链 F 1–401（401 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.46 Å
8KD2 Rpd3S in complex with 187bp nucleosome 提交 2023-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 D 1–401（401 aa）链 F 1–401（401 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.02 Å
8KD3 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification, H3K9Q mutation and 187bp DNA 提交 2023-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 D 1–401（401 aa）链 F 1–401（401 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8KD4 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class1 提交 2023-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 D 1–401（401 aa）链 F 1–401（401 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.93 Å
8KD5 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class2 提交 2023-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric	链 D 1–401（401 aa）链 F 1–401（401 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8KD6 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class3 提交 2023-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 D 1–401（401 aa）链 F 1–401（401 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.07 Å
8KD7 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 167bp DNA 提交 2023-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 D 1–401（401 aa）链 F 1–401（401 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å
8TOF Rpd3S bound to an H3K36Cme3 modified nucleosome 提交 2023-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric	链 D 1–401（401 aa）链 E 1–401（401 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
8W9C Cryo-EM structure of the Rpd3S complex from budding yeast 提交 2023-09-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–401（401 aa）链 D 1–401（401 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 K POTASSIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8W9D Cryo-EM structure of the Rpd3S-nucleosome complex from budding yeast in State 1 提交 2023-09-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric	链 C 1–401（401 aa）链 D 1–401（401 aa）链 G 1–401（401 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 K POTASSIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
8W9E Cryo-EM structure of the Rpd3S-nucleosome complex from budding yeast in State 2 提交 2023-09-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：17-meric	链 C 1–401（401 aa）链 D 1–401（401 aa）链 G 1–401（401 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 K POTASSIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
8W9F Cryo-EM structure of the Rpd3S-nucleosome complex from budding yeast in State 3 提交 2023-09-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：17-meric	链 C 1–401（401 aa）链 D 1–401（401 aa）链 G 1–401（401 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å

共 22 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EAF3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–401； UniProt 1–401

Transcriptional regulatory protein RCO1

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt Q04779

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 5 DNA 2 PDB 声明：heptameric（7）与全部聚合物数一致	链 D； UniProt 1–684 链 E； UniProt 1–684	未记录	Wisdom 601 DNA (167-MER) × 1 Wisdom 601 DNA (167-MER) × 1 Transcriptional regulatory protein SIN3 × 1 （P22579） Histone deacetylase RPD3 × 1 （P32561） Chromatin modification-related protein EAF3 × 1 （Q12432） ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 7YI2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7YI0 Cryo-EM structure of Rpd3S complex 提交 2022-07-14	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 1–684（684 aa）链 F 1–684（684 aa）	突变：F567A	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
7YI3 Cryo-EM structure of Rpd3S in close-state Rpd3S-NCP complex 提交 2022-07-14	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–684（684 aa）链 E 1–684（684 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7YI4 Cryo-EM structure of Rpd3S complex bound to H3K36me3 nucleosome in close state 提交 2022-07-14	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 D 1–684（684 aa）链 F 1–684（684 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.96 Å
7YI5 Cryo-EM structure of Rpd3S complex bound to H3K36me3 nucleosome in loose state 提交 2022-07-14	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 D 1–684（684 aa）链 F 1–684（684 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.96 Å
8KC7 Rpd3S histone deacetylase complex 提交 2023-08-06	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 1–684（684 aa）链 G 1–684（684 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.46 Å
8KD2 Rpd3S in complex with 187bp nucleosome 提交 2023-08-09	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 E 1–684（684 aa）链 G 1–684（684 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.02 Å
8KD3 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification, H3K9Q mutation and 187bp DNA 提交 2023-08-09	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 E 1–684（684 aa）链 G 1–684（684 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8KD4 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class1 提交 2023-08-09	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 E 1–684（684 aa）链 G 1–684（684 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.93 Å
8KD5 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class2 提交 2023-08-09	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric	链 E 1–684（684 aa）链 G 1–684（684 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8KD6 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class3 提交 2023-08-09	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 E 1–684（684 aa）链 G 1–684（684 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.07 Å
8KD7 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 167bp DNA 提交 2023-08-09	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 E 1–684（684 aa）链 G 1–684（684 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å
8TOF Rpd3S bound to an H3K36Cme3 modified nucleosome 提交 2023-08-03	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric	链 F 1–684（684 aa）链 G 1–684（684 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
8W9C Cryo-EM structure of the Rpd3S complex from budding yeast 提交 2023-09-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 1–684（684 aa）链 F 1–684（684 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 K POTASSIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8W9D Cryo-EM structure of the Rpd3S-nucleosome complex from budding yeast in State 1 提交 2023-09-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric	链 E 1–684（684 aa）链 F 1–684（684 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 K POTASSIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
8W9E Cryo-EM structure of the Rpd3S-nucleosome complex from budding yeast in State 2 提交 2023-09-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：17-meric	链 E 1–684（684 aa）链 F 1–684（684 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 K POTASSIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
8W9F Cryo-EM structure of the Rpd3S-nucleosome complex from budding yeast in State 3 提交 2023-09-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：17-meric	链 E 1–684（684 aa）链 F 1–684（684 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å

共 16 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RCO1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–684； UniProt 1–684 作者链 E； PDB构建体 1–684； UniProt 1–684

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7yi2
沉积日期 deposition_date	2022-07-14
结构标题 title	Cryo-EM structure of Rpd3S in loose-state Rpd3S-NCP complex
关键词 keywords	Dynamic Histone Modifications, Gene Regulation, Histone Deacetylase Complex; GENE REGULATION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.17 Å
零角强度 I(0) i0	479446000.00
分子量 molecular_weight	173290.0 kDa
排除体积 excluded_volume	214380 Å³
包络体积 envelope_volume	296240 Å³
水化壳体积 shell_volume	62111 Å³
包络直径 envelope_diameter	130.1 Å
壳层 Rg shell_rg	45.76 Å
包络 Rg envelope_rg	38.75 Å
形状 Rg shape_rg	39.15 Å
总 Rg total_rg	39.63 Å
总原子数 total_atoms	12140
残基数 n_residues	1430
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	128.5 Å
Rg (实空间) rg_real	39.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.97 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.7940e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.7660e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	479500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8937
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	51.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.186
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.466
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	69700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.900; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.916

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Wisdom 601 DNA (167-MER)
分子量 formula_weight	51308.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G
原子数 atom_count	12140

CTGGAGAATCCCGGTCTGCAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGTGCATGTATTGAACAGCGACC

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	synthetic construct

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Wisdom 601 DNA (167-MER)
分子量 formula_weight	51798.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H

GGTCGCTGTTCAATACATGCACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTGCAGACCGGGATTCTCCAG

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	synthetic construct

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Transcriptional regulatory protein SIN3
分子量 formula_weight	175047.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MSQVWHNSNSQSNDVATSNDATGSNERNEKEPSLQGNKPGFVQQQQRITLPSLSALSTKEEDRRDSNGQQALTSHAAHILGYPPPHSNAMPSIATDSALKQPHEYHPRPKSSSSSPSINASLMNAGPAPLPTVGAASFSLSRFDNPLPIKAPVHTEEPKSYNGLQEEEKATQRPQDCKEVPAGVQPADAPDPSSNHADANDDNNNNENSHDEDADYRPLNVKDALSYLEQVKFQFSSRPDIYNLFLDIMKDFKSQAIDTPGVIERVSTLFRGYPILIQGFNTFLPQGYRIECSSNPDDPIRVTTPMGTTTVNNNISPSGRGTTDAQELGSFPESDGNGVQQPSNVPMVPSSVYQSEQNQDQQQSLPLLATSSGLPSIQQPEMPAHRQIPQSQSLVPQEDAKKNVDVEFSQAISYVNKIKTRFADQPDIYKHFLEILQTYQREQKPINEVYAQVTHLFQNAPDLLEDFKKFLPDSSASANQQVQHAQQHAQQQHEAQMHAQAQAQAQAQAQVEQQKQQQQFLYPASGYYGHPSNRGIPQQNLPPIGSFSPPTNGSTVHEAYQDQQHMQPPHFMPLPSIVQHGPNMVHQGIANENPPLSDLRTSLTEQYAPSSIQHQQQHPQSISPIANTQYGDIPVRPEIDLDPSIVPVVPEPTEPIENNISLNEEVTFFEKAKRYIGNKHLYTEFLKILNLYSQDILDLDDLVEKVDFYLGSNKELFTWFKNFVGYQEKTKCIENIVHEKHRLDLDLCEAFGPSYKRLPKSDTFMPCSGRDDMCWEVLNDEWVGHPVWASEDSGFIAHRKNQYEETLFKIEEERHEYDFYIESNLRTIQCLETIVNKIENMTENEKANFKLPPGLGHTSMTIYKKVIRKVYDKERGFEIIDALHEHPAVTAPVVLKRLKQKDEEWRRAQREWNKVWRELEQKVFFKSLDHLGLTFKQADKKLLTTKQLISEISSIKVDQTNKKIHWLTPKPKSQLDFDFPDKNIFYDILCLADTFITHTTAYSNPDKERLKDLLKYFISLFFSISFEKIEESLYSHKQNVSESSGSDDGSSIASRKRPYQQEMSLLDILHRSRYQKLKRSNDEDGKVPQLSEPPEEEPNTIEEEELIDEEAKNPWLTGNLVEEANSQGIIQNRSIFNLFANTNIYIFFRHWTTIYERLLEIKQMNERVTKEINTRSTVTFAKDLDLLSSQLSEMGLDFVGEDAYKQVLRLSRRLINGDLEHQWFEESLRQAYNNKAFKLYTIDKVTQSLVKHAHTLMTDAKTAEIMALFVKDRNASTTSAKDQIIYRLQVRSHMSNTENMFRIEFDKRTLHVSIQYIALDDLTLKEPKADEDKWKYYVTSYALPHPTEGIPHEKLKIPFLERLIEFGQDIDGTEVDEEFSPEGISVSTLKIKIQPITYQLHIENGSYDVFTRKATNKYPTIANDNTQKGMVSQKKELISKFLDCAVGLRNNLDEAQKLSMQKKWENLKDSIAKTSAGNQGIESETEKGKITKQEQSDNLDSSTASVLPASITTVPQDDNIETTGNTESSDKGAKIQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone deacetylase RPD3
分子量 formula_weight	48962.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MVYEATPFDPITVKPSDKRRVAYFYDADVGNYAYGAGHPMKPHRIRMAHSLIMNYGLYKKMEIYRAKPATKQEMCQFHTDEYIDFLSRVTPDNLEMFKRESVKFNVGDDCPVFDGLYEYCSISGGGSMEGAARLNRGKCDVAVNYAGGLHHAKKSEASGFCYLNDIVLGIIELLRYHPRVLYIDIDVHHGDGVEEAFYTTDRVMTCSFHKYGEFFPGTGELRDIGVGAGKNYAVNVPLRDGIDDATYRSVFEPVIKKIMEWYQPSAVVLQCGGDSLSGDRLGCFNLSMEGHANCVNYVKSFGIPMMVVGGGGYTMRNVARTWCFETGLLNNVVLDKDLPYNEYYEYYGPDYKLSVRPSNMFNVNTPEYLDKVMTNIFANLENTKYAPSVQLNHTPRDAEDLGDVEEDSAEAKDTKGGSQYARDLHVEHDNEFY

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Chromatin modification-related protein EAF3
分子量 formula_weight	45266.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MVDLEQEFALGGRCLAFHGPLMYEAKILKIWDPSSKMYTSIPNDKPGGSSQATKEIKPQKLGEDESIPEEIINGKCFFIHYQGWKSSWDEWVGYDRIRAYNEENIAMKKRLANEAKEAKKSLLEQQKKKKLSTSLGGPSNGGKRKGDSRSNASISKSTSQSFLTSSVSGRKSGRSSANSLHPGSSLRSSSDQNGNDDRRRSSSLSPNMLHHIAGYPTPKISLQIPIKLKSVLVDDWEYVTKDKKICRLPADVTVEMVLNKYEHEVSQELESPGSQSQLSEYCAGLKLYFDKCLGNMLLYRLERLQYDELLKKSSKDQKPLVPIRIYGAIHLLRLISVLPELISSTTMDLQSCQLLIKQTEDFLVWLLMHVDEYFNDKDPNRSDDALYVNTSSQYEGVALGM

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Transcriptional regulatory protein RCO1
分子量 formula_weight	78951.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E

MDTSKKDTTRSPSHSNSSSPSSSSLSSSSSKEKKRPKRLSSQNVNYDLKRRKIITSEGIERSFKNEHSNLAVEDNIPEEEPKELLEKDSKGNIIKLNEPSTISEDSKVSVTGLPLNKGPSEKIKRESLWNYRKNLGGQSNNSEMTLVPSKRFTQVPKNFQDLNRNDLKTFLTENMTEESNIRSTIGWNGDIINRTRDREPESDRDNKKLSNIRTKIILSTNATYDSKSKLFGQNSIKSTSNASEKIFRDKNNSTIDFENEDFCSACNQSGSFLCCDTCPKSFHFLCLDPPIDPNNLPKGDWHCNECKFKIFINNSMATLKKIESNFIKQNNNVKIFAKLLFNIDSHNPKQFQLPNYIKETFPAVKTGSRGQYSDENDKIPLTDRQLFNTSYGQSITKLDSYNPDTHIDSNSGKFLICYKCNQTRLGSWSHPENSRLIMTCDYCQTPWHLDCVPRASFKNLGSKWKCPLHSPTKVYKKIHHCQEDNSVNYKVWKKQRLINKKNQLYYEPLQKIGYQNNGNIQIIPTTSHTDYDFNQDFKITQIDENSIKYDFFDKIYKSKMVQKRKLFQFQESLIDKLVSNGSQNGNSEDNMVKDIASLIYFQVSNNDKSSNNKSASKSNNLRKLWDLKELTNVVVPNELDSIQFNDFSSDEIKHLLYLKKIIESKPKEELLKFLNIENPENQSE

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	7yi2B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	800 — Arginase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Histone deacetylase domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	89653

fit	/app/data/saxs_computation/yi/7yi2/7yi2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yi/7yi2/7yi2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yi/7yi2/7yi2.dat

Cryo-EM structure of Rpd3S in loose-state Rpd3S-NCP complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcriptional regulatory protein SIN3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone deacetylase RPD3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Chromatin modification-related protein EAF3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Transcriptional regulatory protein RCO1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)