SAXSdb — 8asc

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

X-ray repair cross-complementing protein 6

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 8	X-ray repair cross-complementing protein 5 × 4 （P13010） ;DNA (5'-D(PCPGPGPAPTPCPGPAPGPGPGPCPCPCPGPAPTPAPT)-3') ; × 4 ;DNA (5'-D(PGPGPGPCPCPCPTPCPGPAPTPCPCP*G)-3') ; × 4 Protein PAXX × 2 （Q9BUH6） SULFATE ION × 4 water × 7	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	XRCC6_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–544； UniProt 1–544 作者链 E； PDB构建体 1–544； UniProt 1–544 作者链 K； PDB构建体 1–544； UniProt 1–544 作者链 O； PDB构建体 1–544； UniProt 1–544

X-ray repair cross-complementing protein 5

Homo sapiens

UniProt P13010

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 8	X-ray repair cross-complementing protein 6 × 4 （P12956） ;DNA (5'-D(PCPGPGPAPTPCPGPAPGPGPGPCPCPCPGPAPTPAPT)-3') ; × 4 ;DNA (5'-D(PGPGPGPCPCPCPTPCPGPAPTPCPCP*G)-3') ; × 4 Protein PAXX × 2 （Q9BUH6） SULFATE ION × 4 water × 7	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	XRCC5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 19–572； UniProt 2–555 作者链 F； PDB构建体 19–572； UniProt 2–555 作者链 L； PDB构建体 19–572； UniProt 2–555 作者链 P； PDB构建体 19–572； UniProt 2–555

Protein PAXX

物种未注明

UniProt Q9BUH6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 10 DNA 8	X-ray repair cross-complementing protein 6 × 4 （P12956） X-ray repair cross-complementing protein 5 × 4 （P13010） ;DNA (5'-D(PCPGPGPAPTPCPGPAPGPGPGPCPCPCPGPAPTPAPT)-3') ; × 4 ;DNA (5'-D(PGPGPGPCPCPCPTPCPGPAPTPCPCP*G)-3') ; × 4 SULFATE ION × 4 water × 7	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PAXX_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–28； UniProt 177–204 作者链 T； PDB构建体 1–28； UniProt 177–204

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8asc
沉积日期 deposition_date	2022-08-19
结构标题 title	Ku70/80 binds to the Ku-binding motif of PAXX
关键词 keywords	NHEJ, DNA repair, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8asc__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8asc__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8asc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	76.99 Å
Rg（电子密度）	78.19 Å
总 Rg	77.90 Å
原子数	36363
残基数	4317
排除体积	643570 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8asc__assembly_1__model_1`	octadecameric （18）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	X-ray repair cross-complementing protein 6
分子量 formula_weight	62629.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.-,4.2.99.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,K,O
原子数 atom_count	36383

MSGWESYYKTEGDEEAEEEQEENLEASGDYKYSGRDSLIFLVDASKAMFESQSEDELTPFDMSIQCIQSVYISKIISSDRDLLAVVFYGTEKDKNSVNFKNIYVLQELDNPGAKRILELDQFKGQQGQKRFQDMMGHGSDYSLSEVLWVCANLFSDVQFKMSHKRIMLFTNEDNPHGNDSAKASRARTKAGDLRDTGIFLDLMHLKKPGGFDISLFYRDIISIAEDEDLRVHFEESSKLEDLLRKVRAKETRKRALSRLKLKLNKDIVISVGIYNLVQKALKPPPIKLYRETNEPVKTKTRTFNTSTGGLLLPSDTKRSQIYGSRQIILEKEETEELKRFDDPGLMLMGFKPLVLLKKHHYLRPSLFVYPEESLVIGSSTLFSALLIKCLEKEVAALCRYTPRRNIPPYFVALVPQEEELDDQKIQVTPPGFQLVFLPFADDKRKMPFTEKIMATPEQVGKMKAIVEKLRFTYRSDSFENPVLQQHFRNLEALALDLMEPEQAVDLTLPKVEAMNKRLGSLVDEFKELVYPPDYNPEGKVTKRK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	X-ray repair cross-complementing protein 5
分子量 formula_weight	65356.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,L,P

MHHHHHHHHHHENLYFQGVRSGNKAAVVLCMDVGFTMSNSIPGIESPFEQAKKVITMFVQRQVFAENKDEIALVLFGTDGTDNPLSGGDQYQNITVHRHLMLPDFDLLEDIESKIQPGSQQADFLDALIVSMDVIQHETIGKKFEKRHIEIFTDLSSRFSKSQLDIIIHSLKKCDISLQFFLPFSLGKEDGSGDRGDGPFRLGGHGPSFPLKGITEQQKEGLEIVKMVMISLEGEDGLDEIYSFSESLRKLCVFKKIERHSIHWPCRLTIGSNLSIRIAAYKSILQERVKKTWTVVDAKTLKKEDIQKETVYCLNDDDETEVLKEDIIQGFRYGSDIVPFSKVDEEQMKYKSEGKCFSVLGFCKSSQVQRRFFMGNQVLKVFAARDDEAAAVALSSLIHALDDLDMVAIVRYAYDKRANPQVGVAFPHIKHNYECLVYVQLPFMEDLRQYMFSSLKNSKKYAPTEAQLNAVDALIDSMSLAKKDEKTDTLEDLFPTTKIPNPRFQRLFQCLLHRALHPREPLPPIQQHIWNMLNPPAEVTTKSQIPLSKIKTLFPLIEAKKKDQVTAQEIFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPGPGPAPTPCPGPAPGPGPGPCPCPCPGPAPTPAP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	9314.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,G,M,Q

CGGATCGAGGGCCCGATATCTAGAGGGATC

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PGPGPGPCPCPCPTPCPGPAPTPCPCPG)-3') ;
分子量 formula_weight	4546.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,H,N,R

CGGGCCCTCGATCCG

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Protein PAXX
分子量 formula_weight	3068.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,T

RRRCPGESLINPGFKSKKPAGGVDFDET

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	20

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	8ascB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — von Willebrand factor, type A domain

结构域编号 domain_id	8ascF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	410 — von Willebrand factor, type A domain

▶

晶胞边长 a length_a	85.024 Å
晶胞边长 b length_b	428.570 Å
晶胞边长 c length_c	96.065 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.01 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.950 Å
最低分辨率 resolution_low	45.320 Å
R 因子 r_factor	0.2547
R_work r_work	0.2520
R_free r_free	0.2981

Ku70/80 binds to the Ku-binding motif of PAXX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

X-ray repair cross-complementing protein 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

X-ray repair cross-complementing protein 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein PAXX

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8asc__assembly_1__model_1

8asc__assembly_1__model_1 | I(q)

8asc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Ku70/80 binds to the Ku-binding motif of PAXX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

X-ray repair cross-complementing protein 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

X-ray repair cross-complementing protein 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein PAXX

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8asc__assembly_1__model_1

8asc__assembly_1__model_1 | I(q)

8asc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)