SAXSdb — 8b3k

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Plexin-B1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 20–535 链 B； UniProt 20–535	未记录	CD CADMIUM ION × 14 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；1.0 M sodium acetate, 0.2 M cadmium sulphate, 0.1 M HEPES, pH 7.5	分辨率 2.69 Å R-free 0.245

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8B3K	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2JPH NMR solution structure of the Rho GTPase binding domain of human plexin-b1 提交 2007-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1743–1862（120 aa）片段：Sequence database residues 1743-1862	突变：W1830F	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成 1.75 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 90%H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.25 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; 80% 2H] protein, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2OS6 Solution structure of LARG PDZ domain in complex with C-terminal octa-peptide of Plexin B1 提交 2007-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2128–2135（8 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；293 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM phosphate buffer, 50mM NaCl；压力 1 NMR样品组成 0.8mM 15N, 13C-labeled LARG PDZ domain, 5mM EDTA, 1mM DTT, 7.6mM synthetic peptide, 50mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O \| 50mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O NMR样品组成 0.8mM 15N, 13C-labeled LARG PDZ domain, 5mM EDTA, 1mM DTT, 7.6mM synthetic peptide, 50mM phosphate buffer, 99.9% D2O \| 50mM phosphate buffer, 99.9% D2O	分辨率未提供
2R2O Crystal structure of the effector domain of human Plexin B1 提交 2007-08-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1743–1862（120 aa）片段：Effector domain: Residues 1743-1862 链 B 1743–1862（120 aa）片段：Effector domain: Residues 1743-1862	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UNX UNKNOWN LIGAND × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；291 K；2.6M Sodium chloride, 18% Ethylene glycol, 0.1M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.269
2REX Crystal structure of the effector domain of PLXNB1 bound with Rnd1 GTPase 提交 2007-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1743–1862（120 aa）片段：Residues 1743-1862	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 15 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 3350, 0.2M Calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.248
2REX Crystal structure of the effector domain of PLXNB1 bound with Rnd1 GTPase 提交 2007-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1743–1862（120 aa）片段：Residues 1743-1862	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 15 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 3350, 0.2M Calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.248
2REX Crystal structure of the effector domain of PLXNB1 bound with Rnd1 GTPase 提交 2007-09-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1743–1862（120 aa）片段：Residues 1743-1862 链 C 1743–1862（120 aa）片段：Residues 1743-1862	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 30 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 3350, 0.2M Calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.248
2REX Crystal structure of the effector domain of PLXNB1 bound with Rnd1 GTPase 提交 2007-09-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1743–1862（120 aa）片段：Residues 1743-1862 链 C 1743–1862（120 aa）片段：Residues 1743-1862	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 60 MG MAGNESIUM ION × 4 CA CALCIUM ION × 4 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 3350, 0.2M Calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.248
2REX Crystal structure of the effector domain of PLXNB1 bound with Rnd1 GTPase 提交 2007-09-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1743–1862（120 aa）片段：Residues 1743-1862 链 C 1743–1862（120 aa）片段：Residues 1743-1862	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 30 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 3350, 0.2M Calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.248
3HM6 Crystal structure of the cytoplasmic domain of human plexin B1 提交 2009-05-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 1511–2135（625 aa）片段：Cytoplasmic domain (UNP residues 1511-2135)	突变：S1625T	UNX UNKNOWN LIGAND × 19	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；16% peg-2000 mme, 0.1M TRIS, 0.2M TMAO, pH 8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 2.40 Å R-free 0.262
3OL2 Receptor-ligand structure of Human Semaphorin 4D with Plexin B1. 提交 2010-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 20–535（516 aa）片段：Extracellular domainsl (1-2)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；294 K；0.1 M Tris,0.2 M calcium acetate, 6% v/v glycerol, 20% PEG3000, pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K	分辨率 2.99 Å R-free 0.237
3SU8 Crystal structure of a truncated intracellular domain of Plexin-B1 in complex with Rac1 提交 2011-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 1533–2135（603 aa）片段：UNP residues 1533-2135	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.20 Å R-free 0.238
3SUA Crystal structure of the intracellular domain of Plexin-B1 in complex with Rac1 提交 2011-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1511–2135（625 aa）片段：UNP residues 1533-2135	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 4.39 Å R-free 0.264
3SUA Crystal structure of the intracellular domain of Plexin-B1 in complex with Rac1 提交 2011-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1511–2135（625 aa）片段：UNP residues 1533-2135	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 4.39 Å R-free 0.264
3SUA Crystal structure of the intracellular domain of Plexin-B1 in complex with Rac1 提交 2011-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1511–2135（625 aa）片段：UNP residues 1533-2135	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 4.39 Å R-free 0.264
3SUA Crystal structure of the intracellular domain of Plexin-B1 in complex with Rac1 提交 2011-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 1511–2135（625 aa）片段：UNP residues 1533-2135 链 E 1511–2135（625 aa）片段：UNP residues 1533-2135 链 F 1511–2135（625 aa）片段：UNP residues 1533-2135	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 4.39 Å R-free 0.264
5B4W Crystal structure of Plexin inhibitor complex 提交 2016-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–535（516 aa）片段：UNP residues 20-535	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；0.1M tri-sodium citrate, 13% PEG 8000	分辨率 2.60 Å R-free 0.265
5B4W Crystal structure of Plexin inhibitor complex 提交 2016-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 20–535（516 aa）片段：UNP residues 20-535	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；0.1M tri-sodium citrate, 13% PEG 8000	分辨率 2.60 Å R-free 0.265
5B4W Crystal structure of Plexin inhibitor complex 提交 2016-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 20–535（516 aa）片段：UNP residues 20-535	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；0.1M tri-sodium citrate, 13% PEG 8000	分辨率 2.60 Å R-free 0.265
5B4W Crystal structure of Plexin inhibitor complex 提交 2016-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 20–535（516 aa）片段：UNP residues 20-535	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；0.1M tri-sodium citrate, 13% PEG 8000	分辨率 2.60 Å R-free 0.265
5B4W Crystal structure of Plexin inhibitor complex 提交 2016-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 20–535（516 aa）片段：UNP residues 20-535	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；0.1M tri-sodium citrate, 13% PEG 8000	分辨率 2.60 Å R-free 0.265
5B4W Crystal structure of Plexin inhibitor complex 提交 2016-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 20–535（516 aa）片段：UNP residues 20-535	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；0.1M tri-sodium citrate, 13% PEG 8000	分辨率 2.60 Å R-free 0.265
7VF3 Plexin B1 extracellular fragment in complex with lasso-grafted PB1m7 peptide 提交 2021-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 19–535（517 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；0.1M sodium acetate buffer, 20% PEG 400, 0.2M Calcium acetate	分辨率 2.29 Å R-free 0.226
7VF3 Plexin B1 extracellular fragment in complex with lasso-grafted PB1m7 peptide 提交 2021-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 19–535（517 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；0.1M sodium acetate buffer, 20% PEG 400, 0.2M Calcium acetate	分辨率 2.29 Å R-free 0.226
7VG7 Plexin B1 extracellular fragment in complex with lasso-grafted PB1m6A9 peptide 提交 2021-09-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 19–535（517 aa）	突变：T19S	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M MES or HEPES, 14-16% PEG 3350	分辨率 2.50 Å R-free 0.243

共 11 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PLXB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–516； UniProt 20–535 作者链 B； PDB构建体 1–516； UniProt 20–535

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8b3k
沉积日期 deposition_date	2022-09-16
结构标题 title	Crystal structure of human Plexin-B1 (20-535) in the unbound state
关键词 keywords	receptor, unbound, guidance, adherence, neurodevelopment, axonogenesis, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.15 Å
零角强度 I(0) i0	197227000.00
分子量 molecular_weight	108020.0 kDa
排除体积 excluded_volume	132450 Å³
包络体积 envelope_volume	174080 Å³
水化壳体积 shell_volume	41332 Å³
包络直径 envelope_diameter	124.4 Å
壳层 Rg shell_rg	40.94 Å
包络 Rg envelope_rg	35.91 Å
形状 Rg shape_rg	36.12 Å
总 Rg total_rg	36.56 Å
总原子数 total_atoms	7503
残基数 n_residues	984
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	122.2 Å
Rg (实空间) rg_real	36.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.95 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9720e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5020e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	197200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8705
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	36.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.397
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.474
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	19130000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.882; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.899; Smooth: 0.767

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Plexin-B1
分子量 formula_weight	56479.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	7722

LQPLPPTAFTPNGTYLQHLARDPTSGTLYLGATNFLFQLSPGLQLEATVSTGPVLDSRDCLPPVMPDECPQAQPTNNPNQLLLVSPGALVVCGSVHQGVCEQRRLGQLEQLLLRPERPGDTQYVAANDPAVSTVGLVAQGLAGEPLLFVGRGYTSRGVGGGIPPITTRALWPPDPQAAFSYEETAKLAVGRLSEYSHHFVSAFARGASAYFLFLRRDLQAQSRAFRAYVSRVCLRDQHYYSYVELPLACEGGRYGLIQAAAVATSREVAHGEVLFAAFSSAAPPTVGRPPSAAAGASGASALCAFPLDEVDRLANRTRDACYTREGRAEDGTEVAYIEYDVNSDCAQLPVDTLDAYPCGSDHTPSPMASRVPLEATPILEWPGIQLTAVAVTMEDGHTIAFLGDSQGQLHRVYLGPGSDGHPYSTQSIQQGSAVSRDLTFDGTFEHLYVMTQSTLLKVPVASCAQHLDCASCLAHRDPYCGWCVLLGRCSRRSECSRGQGPEQWLWSFQPELGCLQKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CADMIUM ION
分子量 formula_weight	112.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	210

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	266.692 Å
晶胞边长 b length_b	266.692 Å
晶胞边长 c length_c	108.728 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	I 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	98
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.685 Å
最低分辨率 resolution_low	66.670 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1993
R_free r_free	0.2451

fit	/app/data/saxs_computation/b3/8b3k/8b3k.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b3/8b3k/8b3k.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b3/8b3k/8b3k.dat

Crystal structure of human Plexin-B1 (20-535) in the unbound state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Plexin-B1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction