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8bk7

Cryo-EM structure of beta-galactosidase at 3.3 A resolution plunged 5 ms after mixing with apoferritin

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 175.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-galactosidase

Escherichia coli K-12

UniProt P00722

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–1024 链 B； UniProt 1–1024 链 C； UniProt 1–1024 链 D； UniProt 1–1024 未记录 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8；contains Amaranth dye (acid red 27) 32 mM cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8BK7 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1DP0 E. COLI BETA-GALACTOSIDASE AT 1.7 ANGSTROM 提交 1999-12-22 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 9–1023（1015 aa）
链 B 9–1023（1015 aa）
链 C 9–1023（1015 aa）
链 D 9–1023（1015 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 16 NA SODIUM ION × 20 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 112 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；10 % PEG 8000 100 MM BIS-TRIS 200 MM MGCL(2) 100 MM NACL 10 MM DTT, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 1.70 Å R-free 0.211
1F4A E. COLI (LACZ) BETA-GALACTOSIDASE (NCS CONSTRAINED MONOMER-ORTHORHOMBIC) 提交 2000-06-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 3–1023（1021 aa）
链 B 3–1023（1021 aa）
链 C 3–1023（1021 aa）
链 D 3–1023（1021 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；10% PEG 2KMME, 100 mM Bis-Tris, 200 mM MgCl(2), 1 mM DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.198
1F4H E. COLI (LACZ) BETA-GALACTOSIDASE (ORTHORHOMBIC) 提交 2000-06-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 3–1023（1021 aa）
链 B 3–1023（1021 aa）
链 C 3–1023（1021 aa）
链 D 3–1023（1021 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；10 % PEG 2KMME, 100 mM Bis-Tris, 200 mM MgCl(2), 1 mM DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.279
1HN1 E. COLI (LAC Z) BETA-GALACTOSIDASE (ORTHORHOMBIC) 提交 2000-12-05 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 9–1023（1015 aa）
链 B 9–1023（1015 aa）
链 C 9–1023（1015 aa）
链 D 9–1023（1015 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；10% PEG 8000, 100 mM BIS TRIS, 200 mM MGCL(2), 100 mM NACL, 10 mM DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 3.00 Å R-free 0.299
1JYN E. COLI (lacZ) BETA-GALACTOSIDASE (E537Q) IN COMPLEX WITH LACTOSE 提交 2001-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1023（1023 aa）
链 B 1–1023（1023 aa）
链 C 1–1023（1023 aa）
链 D 1–1023（1023 aa）
突变：E537Q 突变：E537Q 突变：E537Q 突变：E537Q MG MAGNESIUM ION × 14 NA SODIUM ION × 15 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 96 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；PEG 8000, NaCl, MgCl2, DTT, Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 288K, pH 6.50
分辨率 1.80 Å R-free 0.219
1JYV E. COLI (lacZ) BETA-GALACTOSIDASE (E537Q) IN COMPLEX WITH ONPG 提交 2001-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1023（1023 aa）
链 B 1–1023（1023 aa）
链 C 1–1023（1023 aa）
链 D 1–1023（1023 aa）
突变：E537Q 突变：E537Q 突变：E537Q 突变：E537Q MG MAGNESIUM ION × 17 NA SODIUM ION × 16 145 2-nitrophenyl beta-D-galactopyranoside × 8 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 107 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；BIS-TRIS, PEG 8000, MGCL(2), NACL, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 288K, pH 6.50
分辨率 1.75 Å R-free 0.240
1JYW E. COLI (lacZ) BETA-GALACTOSIDASE (E537Q) IN COMPLEX WITH PNPG 提交 2001-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1023（1023 aa）
链 B 1–1023（1023 aa）
链 C 1–1023（1023 aa）
链 D 1–1023（1023 aa）
突变：E537Q 突变：E537Q 突变：E537Q 突变：E537Q 147 4-nitrophenyl beta-D-galactopyranoside × 4 MG MAGNESIUM ION × 15 NA SODIUM ION × 16 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 109 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；Bis-Tris, PEG 8000, MgCl2, NaCl, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 288K, pH 6.50
分辨率 1.55 Å R-free 0.229
1JYX E. COLI (lacZ) BETA-GALACTOSIDASE IN COMPLEX WITH IPTG 提交 2001-09-13 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1023（1023 aa）
链 B 1–1023（1023 aa）
链 C 1–1023（1023 aa）
链 D 1–1023（1023 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 9 NA SODIUM ION × 14 IPT 1-methylethyl 1-thio-beta-D-galactopyranoside × 6 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 74 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；Bis-Tris, PEG 8000, MgCl2, NaCl, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 288K, pH 6.50
分辨率 1.75 Å R-free 0.244
1JZ2 E. COLI (lacZ) BETA-GALACTOSIDASE-TRAPPED 2-F-GALACTOSYL-ENZYME INTERMEDIATE (ORTHORHOMBIC) 提交 2001-09-13 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1023（1023 aa）
链 B 1–1023（1023 aa）
链 C 1–1023（1023 aa）
链 D 1–1023（1023 aa）
未记录 2FG 2-deoxy-2-fluoro-beta-D-galactopyranose × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 12 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 69 BTB 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；Bis-Tris, PEG 8000, MgCl2, NaCl, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 288K, pH 6.50
分辨率 2.10 Å R-free 0.270
1JZ3 E. COLI (lacZ) BETA-GALACTOSIDASE-TRAPPED 2-DEOXY-GALACTOSYL ENZYME INTERMEDIATE 提交 2001-09-13 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1023（1023 aa）
链 B 1–1023（1023 aa）
链 C 1–1023（1023 aa）
链 D 1–1023（1023 aa）
未记录 2DG 2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 4 MG MAGNESIUM ION × 17 NA SODIUM ION × 16 BTB 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 110 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；Bis-Tris, PEG 8000, MgCl2, NaCl, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 288K, pH 6.50
分辨率 1.75 Å R-free 0.222
1JZ4 E. COLI (lacZ) BETA-GALACTOSIDASE-TRAPPED 2-DEOXY-GALACTOSYL-ENZYME INTERMEDIATE (Low Bis-Tris) 提交 2001-09-13 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1023（1023 aa）
链 B 1–1023（1023 aa）
链 C 1–1023（1023 aa）
链 D 1–1023（1023 aa）
未记录 2DG 2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 4 MG MAGNESIUM ION × 10 NA SODIUM ION × 15 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 103 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；Bis-Tris, PEG 8000, MgCl2, NaCl, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 288K, pH 6.50
分辨率 2.10 Å R-free 0.267
1JZ5 E. COLI (lacZ) BETA-GALACTOSIDASE IN COMPLEX WITH D-GALCTOPYRANOSYL-1-ON 提交 2001-09-13 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1023（1023 aa）
链 B 1–1023（1023 aa）
链 C 1–1023（1023 aa）
链 D 1–1023（1023 aa）
未记录 149 D-galactonolactone × 4 MG MAGNESIUM ION × 11 NA SODIUM ION × 16 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 87 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；Bis-Tris, PEG 8000, MgCl2, NaCl, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 288K, pH 6.50
分辨率 1.80 Å R-free 0.231
1JZ6 E. COLI (lacZ) BETA-GALACTOSIDASE IN COMPLEX WITH GALACTO-TETRAZOLE 提交 2001-09-13 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1023（1023 aa）
链 B 1–1023（1023 aa）
链 C 1–1023（1023 aa）
链 D 1–1023（1023 aa）
未记录 GTZ (5R, 6S, 7S, 8S)-5-HYDROXYMETHYL-6,7,8-TRIHYDROXY-TETRAZOLO[1,5-A]PIPERIDINE × 4 MG MAGNESIUM ION × 13 NA SODIUM ION × 11 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 74 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；Bis-Tris, PEG 8000, MgCl2, NaCl, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 288K, pH 6.50
分辨率 2.10 Å R-free 0.270
1JZ7 E. COLI (lacZ) BETA-GALACTOSIDASE IN COMPLEX WITH GALACTOSE 提交 2001-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1023（1023 aa）
链 B 1–1023（1023 aa）
链 C 1–1023（1023 aa）
链 D 1–1023（1023 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GAL beta-D-galactopyranose × 8 MG MAGNESIUM ION × 15 NA SODIUM ION × 16 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 91 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；Bis-Tris, PEG 8000, MgCl2, NaCl, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 288K, pH 6.50
分辨率 1.50 Å R-free 0.219
1JZ8 E. COLI (lacZ) BETA-GALACTOSIDASE (E537Q) IN COMPLEX WITH ALLOLACTOSE 提交 2001-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1023（1023 aa）
链 B 1–1023（1023 aa）
链 C 1–1023（1023 aa）
链 D 1–1023（1023 aa）
突变：E537Q 突变：E537Q 突变：E537Q 突变：E537Q MG MAGNESIUM ION × 16 NA SODIUM ION × 16 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 127 BGC beta-D-glucopyranose × 1 TAR D(-)-TARTARIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；Bis-Tris, PEG 8000, MgCl2, NaCl, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 288K, pH 6.50
分辨率 1.50 Å R-free 0.208
1PX3 E. COLI (LACZ) BETA-GALACTOSIDASE (G794A) 提交 2003-07-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 9–1023（1015 aa）
链 B 9–1023（1015 aa）
链 C 9–1023（1015 aa）
链 D 9–1023（1015 aa）
突变：G794A 突变：G794A 突变：G794A 突变：G794A MG MAGNESIUM ION × 12 NA SODIUM ION × 16 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 85 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；PEG 8000, NACL, MGCL2, DTT, BIS-TRIS, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 1.60 Å R-free 0.243
1PX4 E. COLI (LACZ) BETA-GALACTOSIDASE (G794A) WITH IPTG BOUND 提交 2003-07-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 9–1023（1015 aa）
链 B 9–1023（1015 aa）
链 C 9–1023（1015 aa）
链 D 9–1023（1015 aa）
突变：G794A 突变：G794A 突变：G794A 突变：G794A MG MAGNESIUM ION × 16 NA SODIUM ION × 16 IPT 1-methylethyl 1-thio-beta-D-galactopyranoside × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 94 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；PEG 8000, NACL, MGCL2, DTT, BIS-TRIS, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 1.60 Å R-free 0.239
28YO Beta-galactosidase from E.Coli 提交 2026-03-02 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1024（1024 aa）
链 B 1–1024（1024 aa）
链 C 1–1024（1024 aa）
链 D 1–1024（1024 aa）
突变：F1008L 突变：F1008L 突变：F1008L 突变：F1008L 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.48 Å
3CZJ E. COLI (lacZ) BETA-GALACTOSIDASE (N460T) IN COMPLEX WITH D-GALCTOPYRANOSYL-1-ONE 提交 2008-04-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 10–1024（1015 aa）
链 B 10–1024（1015 aa）
链 D 10–1024（1015 aa）
突变：N461T 突变：N461T 突变：N461T 149 D-galactonolactone × 3 MG MAGNESIUM ION × 7 NA SODIUM ION × 12 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 69 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；PEG 8000, NaCl, MgCl2, DTT, Bis-Tris, pH 6.5, HANGING DROP at 288K, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.05 Å R-free 0.231
3CZJ E. COLI (lacZ) BETA-GALACTOSIDASE (N460T) IN COMPLEX WITH D-GALCTOPYRANOSYL-1-ONE 提交 2008-04-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 10–1024（1015 aa）
链 B 10–1024（1015 aa）
链 C 10–1024（1015 aa）
链 D 10–1024（1015 aa）
突变：N461T 突变：N461T 突变：N461T 突变：N461T 149 D-galactonolactone × 4 MG MAGNESIUM ION × 9 NA SODIUM ION × 16 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 94 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；PEG 8000, NaCl, MgCl2, DTT, Bis-Tris, pH 6.5, HANGING DROP at 288K, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.05 Å R-free 0.231
3DYM E. coli (lacZ) beta-galactosidase (H418E) 提交 2008-07-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 10–1024（1015 aa）
链 B 10–1024（1015 aa）
链 C 10–1024（1015 aa）
链 D 10–1024（1015 aa）
突变：H418E 突变：H418E 突变：H418E 突变：H418E MG MAGNESIUM ION × 10 NA SODIUM ION × 16 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 82 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 2.05 Å R-free 0.251
3DYO E. coli (lacZ) beta-galactosidase (H418N) in complex with IPTG 提交 2008-07-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 10–1024（1015 aa）
链 B 10–1024（1015 aa）
链 C 10–1024（1015 aa）
链 D 10–1024（1015 aa）
突变：H418N 突变：H418N 突变：H418N 突变：H418N MG MAGNESIUM ION × 14 NA SODIUM ION × 18 IPT 1-methylethyl 1-thio-beta-D-galactopyranoside × 12 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 97 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 1.80 Å R-free 0.241
3DYP E. coli (lacZ) beta-galactosidase (H418N) 提交 2008-07-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 10–1024（1015 aa）
链 B 10–1024（1015 aa）
链 C 10–1024（1015 aa）
链 D 10–1024（1015 aa）
突变：H418N 突变：H418N 突变：H418N 突变：H418N MG MAGNESIUM ION × 16 NA SODIUM ION × 16 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 107 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 1.75 Å R-free 0.217
3E1F E.Coli (lacZ) beta-galactosidase (H418E) in complex with galactose 提交 2008-08-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 1 10–1024（1015 aa） 片段：BETA-GALACTOSIDASE
链 2 10–1024（1015 aa） 片段：BETA-GALACTOSIDASE
链 3 10–1024（1015 aa） 片段：BETA-GALACTOSIDASE
链 4 10–1024（1015 aa） 片段：BETA-GALACTOSIDASE
突变：H418E 突变：H418E 突变：H418E 突变：H418E MG MAGNESIUM ION × 10 NA SODIUM ION × 13 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 73 GAL beta-D-galactopyranose × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；Bis-Tris, PEG 8000, MgCl2, NaCl, DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 288K, pH 6.50
分辨率 3.00 Å R-free 0.249
3J7H Structure of beta-galactosidase at 3.2-A resolution obtained by cryo-electron microscopy 提交 2014-06-30 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1024（1024 aa）
链 B 1–1024（1024 aa）
链 C 1–1024（1024 aa）
链 D 1–1024（1024 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 mM Tris, pH 8.0, 50 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 0.5 mM TCEP；pH 8；25 mM Tris, pH 8.0, 50 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 0.5 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 2 seconds before plunging.；90.15 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 2 seconds before plunging into liquid ethane (LEICA EM GP).
分辨率 3.20 Å
3SEP E. coli (lacZ) beta-galactosidase (S796A) 提交 2011-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 10–1024（1015 aa） 片段：Unp residues 10-1024
链 B 10–1024（1015 aa） 片段：Unp residues 10-1024
链 C 10–1024（1015 aa） 片段：Unp residues 10-1024
链 D 10–1024（1015 aa） 片段：Unp residues 10-1024
突变：S796A 突变：S796A 突变：S796A 突变：S796A MG MAGNESIUM ION × 9 NA SODIUM ION × 14 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 78 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；8-10% PEG 8000, 100 MM BIS-TRIS, 200 MM MGCL2, 100 MM NACL, 10 MM DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288.0K
分辨率 2.05 Å R-free 0.221
3T08 E. coli (LacZ) beta-galactosidase (S796A) IPTG complex 提交 2011-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 10–1024（1015 aa） 片段：Unp residues 10-1024
链 B 10–1024（1015 aa） 片段：Unp residues 10-1024
链 C 10–1024（1015 aa） 片段：Unp residues 10-1024
链 D 10–1024（1015 aa） 片段：Unp residues 10-1024
突变：S796A 突变：S796A 突变：S796A 突变：S796A MG MAGNESIUM ION × 9 NA SODIUM ION × 13 IPT 1-methylethyl 1-thio-beta-D-galactopyranoside × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 71 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；8-10% PEG 8000, 100 MM BIS-TRIS, 200 MM MGCL2, 100 MM NACL, 10 MM DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288.0K
分辨率 2.00 Å R-free 0.223
3T09 E. coli (LacZ) beta-galactosidase (S796A) galactonolactone complex 提交 2011-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 10–1024（1015 aa） 片段：Unp residues 10-1024
链 B 10–1024（1015 aa） 片段：Unp residues 10-1024
链 C 10–1024（1015 aa） 片段：Unp residues 10-1024
链 D 10–1024（1015 aa） 片段：Unp residues 10-1024
突变：S796A 突变：S796A 突变：S796A 突变：S796A 149 D-galactonolactone × 4 MG MAGNESIUM ION × 11 NA SODIUM ION × 16 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 107 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；8-10% PEG 8000, 100 MM BIS-TRIS, 200 MM MGCL2, 100 MM NACL, 10 MM DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288.0K
分辨率 1.75 Å R-free 0.254
3T0A E. coli (LacZ) beta-galactosidase (S796T) 提交 2011-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 10–1024（1015 aa） 片段：Unp residues 10-1024
链 B 10–1024（1015 aa） 片段：Unp residues 10-1024
链 C 10–1024（1015 aa） 片段：Unp residues 10-1024
链 D 10–1024（1015 aa） 片段：Unp residues 10-1024
突变：S796T 突变：S796T 突变：S796T 突变：S796T MG MAGNESIUM ION × 12 NA SODIUM ION × 17 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 110 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；8-10% PEG 8000, 100 MM BIS-TRIS, 200 MM MGCL2, 100 MM NACL, 10 MM DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288.0K
分辨率 1.90 Å R-free 0.214
3T0B E. coli (LacZ) beta-galactosidase (S796T) IPTG complex 提交 2011-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 10–1024（1015 aa） 片段：Unp residues 10-1024
链 B 10–1024（1015 aa） 片段：Unp residues 10-1024
链 C 10–1024（1015 aa） 片段：Unp residues 10-1024
链 D 10–1024（1015 aa） 片段：Unp residues 10-1024
突变：S796T 突变：S796T 突变：S796T 突变：S796T MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 14 IPT 1-methylethyl 1-thio-beta-D-galactopyranoside × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 69 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；8-10% PEG 8000, 100 MM BIS-TRIS, 200 MM MGCL2, 100 MM NACL, 10 MM DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288.0K
分辨率 2.40 Å R-free 0.233
3T0D E.coli (lacZ) beta-galactosidase (S796T) in complex with galactonolactone 提交 2011-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 10–1024（1015 aa） 片段：Unp residues 10-1024
链 B 10–1024（1015 aa） 片段：Unp residues 10-1024
链 C 10–1024（1015 aa） 片段：Unp residues 10-1024
链 D 10–1024（1015 aa） 片段：Unp residues 10-1024
突变：S796T 突变：S796T 突变：S796T 突变：S796T 149 D-galactonolactone × 4 MG MAGNESIUM ION × 9 NA SODIUM ION × 16 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 104 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；8-10% PEG 8000, 100 mM Bis-tris, 200 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288.0K
分辨率 1.93 Å R-free 0.209
3T2O E. coli (lacZ) beta-galactosidase (S796D) 提交 2011-07-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 10–1024（1015 aa） 片段：Unp residues 10-1024
链 B 10–1024（1015 aa） 片段：Unp residues 10-1024
链 C 10–1024（1015 aa） 片段：Unp residues 10-1024
链 D 10–1024（1015 aa） 片段：Unp residues 10-1024
突变：S796D 突变：S796D 突变：S796D 突变：S796D MG MAGNESIUM ION × 16 NA SODIUM ION × 16 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 112 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；8-10% PEG 8000, 100 MM BIS-TRIS, 200 MM MGCL2, 100 MM NACL, 10 MM DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288.0K
分辨率 1.85 Å R-free 0.182
3T2P E. coli (lacZ) beta-galactosidase (S796D) in complex with IPTG 提交 2011-07-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 10–1024（1015 aa） 片段：Unp residues 10-1024
链 B 10–1024（1015 aa） 片段：Unp residues 10-1024
链 C 10–1024（1015 aa） 片段：Unp residues 10-1024
链 D 10–1024（1015 aa） 片段：Unp residues 10-1024
突变：S796D 突变：S796D 突变：S796D 突变：S796D IPT 1-methylethyl 1-thio-beta-D-galactopyranoside × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 10 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 63 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；8-10% PEG 8000, 100 MM BIS-TRIS, 200 MM MGCL2, 100 MM NACL, 10 MM DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288.0K
分辨率 2.60 Å R-free 0.242
3T2Q E. coli (lacZ) beta-galactosidase (S796D) in complex with galactonolactone 提交 2011-07-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 10–1024（1015 aa） 片段：Unp residues 10-1024
链 B 10–1024（1015 aa） 片段：Unp residues 10-1024
链 C 10–1024（1015 aa） 片段：Unp residues 10-1024
链 D 10–1024（1015 aa） 片段：Unp residues 10-1024
突变：S796D 突变：S796D 突变：S796D 突变：S796D 149 D-galactonolactone × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 11 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 49 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；8-10% PEG 8000, 100 MM BIS-TRIS, 200 MM MGCL2, 100 MM NACL, 10 MM DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288.0K
分辨率 2.40 Å R-free 0.239
3VD3 E. coli (lacZ) beta-galactosidase (N460D) 提交 2012-01-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 10–1024（1015 aa）
链 B 10–1024（1015 aa）
链 C 10–1024（1015 aa）
链 D 10–1024（1015 aa）
突变：N460D 突变：N460D 突变：N460D 突变：N460D MG MAGNESIUM ION × 7 NA SODIUM ION × 12 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 45 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；10% PEG8000, 100 mM Bis-Tris, pH 6.5, 200 mM magnesium chloride, 100 mM sodium chloride, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 2.80 Å R-free 0.282
3VD4 E. coli (lacZ) beta-galactosidase (N460D) in complex with IPTG 提交 2012-01-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 10–1024（1015 aa）
链 B 10–1024（1015 aa）
链 C 10–1024（1015 aa）
链 D 10–1024（1015 aa）
突变：N460D 突变：N460D 突变：N460D 突变：N460D MG MAGNESIUM ION × 9 NA SODIUM ION × 14 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 68 IPT 1-methylethyl 1-thio-beta-D-galactopyranoside × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；10% PEG8000, 100 mM Bis-Tris, pH 6.5, 200 mM magnesium chloride, 100 mM sodium chloride, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 2.00 Å R-free 0.212
3VD5 E. coli (lacZ) beta-galactosidase (N460S) 提交 2012-01-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 10–1024（1015 aa）
链 B 10–1024（1015 aa）
链 C 10–1024（1015 aa）
链 D 10–1024（1015 aa）
突变：N460S 突变：N460S 突变：N460S 突变：N460S MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 11 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 24 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；10% PEG8000, 100 mM Bis-Tris, pH 6.5, 200 mM magnesium chloride, 100 mM sodium chloride, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 2.70 Å R-free 0.276
3VD7 E. coli (lacZ) beta-galactosidase (N460S) in complex with galactotetrazole 提交 2012-01-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 10–1024（1015 aa）
链 B 10–1024（1015 aa）
链 C 10–1024（1015 aa）
链 D 10–1024（1015 aa）
突变：N460S 突变：N460S 突变：N460S 突变：N460S GTZ (5R, 6S, 7S, 8S)-5-HYDROXYMETHYL-6,7,8-TRIHYDROXY-TETRAZOLO[1,5-A]PIPERIDINE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 NA SODIUM ION × 8 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 29 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；10% PEG8000, 100 mM Bis-Tris, pH 6.5, 200 mM magnesium chloride, 100 mM sodium chloride, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 2.87 Å R-free 0.250
3VD9 E. coli (lacZ) beta-galactosidase (N460S) in complex with IPTG 提交 2012-01-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 10–1024（1015 aa）
链 B 10–1024（1015 aa）
链 C 10–1024（1015 aa）
链 D 10–1024（1015 aa）
突变：N460S 突变：N460S 突变：N460S 突变：N460S MG MAGNESIUM ION × 9 NA SODIUM ION × 16 IPT 1-methylethyl 1-thio-beta-D-galactopyranoside × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 64 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；10% PEG8000, 100 mM Bis-Tris, pH 6.5, 200 mM magnesium chloride, 100 mM sodium chloride, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 2.05 Å R-free 0.223
3VDA E. coli (lacZ) beta-galactosidase (N460T) 提交 2012-01-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 10–1024（1015 aa）
链 B 10–1024（1015 aa）
链 C 10–1024（1015 aa）
链 D 10–1024（1015 aa）
突变：N460T 突变：N460T 突变：N460T 突变：N460T MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 10 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 32 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；10% PEG8000, 100 mM Bis-Tris, pH 6.5, 200 mM magnesium chloride, 100 mM sodium chloride, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 2.50 Å R-free 0.237
3VDB E. coli (lacZ) beta-galactosidase (N460T) in complex with galactonolactone 提交 2012-01-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 10–1024（1015 aa）
链 B 10–1024（1015 aa）
链 C 10–1024（1015 aa）
链 D 10–1024（1015 aa）
突变：N460T 突变：N460T 突变：N460T 突变：N460T 149 D-galactonolactone × 4 MG MAGNESIUM ION × 9 NA SODIUM ION × 14 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 77 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；10% PEG8000, 100 mM Bis-Tris, pH 6.5, 200 mM magnesium chloride, 100 mM sodium chloride, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 2.05 Å R-free 0.205
3VDC E. coli (lacZ) beta-galactosidase (N460T) in complex with IPTG 提交 2012-01-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 10–1024（1015 aa）
链 B 10–1024（1015 aa）
链 C 10–1024（1015 aa）
链 D 10–1024（1015 aa）
突变：N460T 突变：N460T 突变：N460T 突变：N460T IPT 1-methylethyl 1-thio-beta-D-galactopyranoside × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 10 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 46 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；10% PEG8000, 100 mM Bis-Tris, pH 6.5, 200 mM magnesium chloride, 100 mM sodium chloride, 10 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 2.55 Å R-free 0.236
4CKD Model of complex between the E.coli enzyme beta-galactosidase and four single chain Fv antibody domains scFv13R4. 提交 2014-01-03 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–1024（1024 aa）
链 B 1–1024（1024 aa）
链 C 1–1024（1024 aa）
链 D 1–1024（1024 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 20% PHOSPHATE BUFFERED SALINE (PBS)；pH 7.4；20% PHOSPHATE BUFFERED SALINE (PBS)
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 100, INSTRUMENT- OTHER, METHOD- BLOT FOR 10-20 SECONDS UNTIL DIAMETER OF BLOTTED MENISCUS CEASES TO EXPAND, BEFORE PLUNGING.
分辨率 13.00 Å
4DUV E. coli (lacZ) beta-galactosidase (G974A) 2-deoxy-galactosyl-enzyme and bis-Tris complex 提交 2012-02-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 10–1024（1015 aa） 片段：unp residues 10-1024
链 B 10–1024（1015 aa） 片段：unp residues 10-1024
链 C 10–1024（1015 aa） 片段：unp residues 10-1024
链 D 10–1024（1015 aa） 片段：unp residues 10-1024
突变：G794A 突变：G794A 突变：G794A 突变：G794A 2DG 2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 4 BTB 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 4 MG MAGNESIUM ION × 9 NA SODIUM ION × 16 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 90 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；10% PEG 8000, 100 MM BIS-TRIS, 200 MM MGCL2, 100 MM NACL, 10 MM DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 2.10 Å R-free 0.206
4DUW E. coli (lacZ) beta-galactosidase (G974A) in complex with allolactose 提交 2012-02-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 10–1024（1015 aa） 片段：unp residues 10-1024
链 B 10–1024（1015 aa） 片段：unp residues 10-1024
链 C 10–1024（1015 aa） 片段：unp residues 10-1024
链 D 10–1024（1015 aa） 片段：unp residues 10-1024
突变：G794A 突变：G794A 突变：G794A 突变：G794A MG MAGNESIUM ION × 10 NA SODIUM ION × 16 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 77 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；10% PEG 8000, 100 MM BIS-TRIS, 200 MM MGCL2, 100 MM NACL, 10 MM DTT , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 2.20 Å R-free 0.213
4DUX E. coli (lacZ) beta-galactosidase (N460S) in complex with L-ribose 提交 2012-02-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 10–1024（1015 aa） 片段：unp residues 10-1024
链 B 10–1024（1015 aa） 片段：unp residues 10-1024
链 C 10–1024（1015 aa） 片段：unp residues 10-1024
链 D 10–1024（1015 aa） 片段：unp residues 10-1024
突变：N460S 突变：N460S 突变：N460S 突变：N460S 0MK beta-L-ribopyranose × 9 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 14 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 65 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；10% PEG 8000, 100 MM BIS-TRIS, 200 MM MGCL2, 100 MM NACL, 10 MM DTT , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 2.30 Å R-free 0.221
4V40 BETA-GALACTOSIDASE 提交 1994-07-18 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1023（1023 aa）
链 B 1–1023（1023 aa）
链 C 1–1023（1023 aa）
链 D 1–1023（1023 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å
4V40 BETA-GALACTOSIDASE 提交 1994-07-18 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 1–1023（1023 aa）
链 F 1–1023（1023 aa）
链 G 1–1023（1023 aa）
链 H 1–1023（1023 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å
4V40 BETA-GALACTOSIDASE 提交 1994-07-18 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 I 1–1023（1023 aa）
链 J 1–1023（1023 aa）
链 K 1–1023（1023 aa）
链 L 1–1023（1023 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å
4V40 BETA-GALACTOSIDASE 提交 1994-07-18 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 M 1–1023（1023 aa）
链 N 1–1023（1023 aa）
链 O 1–1023（1023 aa）
链 P 1–1023（1023 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 7 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å
4V41 E. COLI (LAC Z) BETA-GALACTOSIDASE (NCS CONSTRAINED MONOMER-MONOCLINIC) 提交 2000-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1023（1023 aa）
链 B 1–1023（1023 aa）
链 C 1–1023（1023 aa）
链 D 1–1023（1023 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；293 K；PEG 8000, Cacodylate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K
分辨率 2.50 Å R-free 0.207
4V41 E. COLI (LAC Z) BETA-GALACTOSIDASE (NCS CONSTRAINED MONOMER-MONOCLINIC) 提交 2000-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 1–1023（1023 aa）
链 F 1–1023（1023 aa）
链 G 1–1023（1023 aa）
链 H 1–1023（1023 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；293 K；PEG 8000, Cacodylate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K
分辨率 2.50 Å R-free 0.207
4V41 E. COLI (LAC Z) BETA-GALACTOSIDASE (NCS CONSTRAINED MONOMER-MONOCLINIC) 提交 2000-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 I 1–1023（1023 aa）
链 J 1–1023（1023 aa）
链 K 1–1023（1023 aa）
链 L 1–1023（1023 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；293 K；PEG 8000, Cacodylate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K
分辨率 2.50 Å R-free 0.207
4V41 E. COLI (LAC Z) BETA-GALACTOSIDASE (NCS CONSTRAINED MONOMER-MONOCLINIC) 提交 2000-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 M 1–1023（1023 aa）
链 N 1–1023（1023 aa）
链 O 1–1023（1023 aa）
链 P 1–1023（1023 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；293 K；PEG 8000, Cacodylate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K
分辨率 2.50 Å R-free 0.207
4V44 E. COLI (lacZ) BETA-GALACTOSIDASE IN COMPLEX WITH 2-F-LACTOSE 提交 2001-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1023（1023 aa）
链 B 1–1023（1023 aa）
链 C 1–1023（1023 aa）
链 D 1–1023（1023 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；295 K；Cacodylate, PEG 8000, MgSO4, NaCl, BME, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 295K, pH 5.90
分辨率 2.70 Å
4V44 E. COLI (lacZ) BETA-GALACTOSIDASE IN COMPLEX WITH 2-F-LACTOSE 提交 2001-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 1–1023（1023 aa）
链 F 1–1023（1023 aa）
链 G 1–1023（1023 aa）
链 H 1–1023（1023 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；295 K；Cacodylate, PEG 8000, MgSO4, NaCl, BME, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 295K, pH 5.90
分辨率 2.70 Å
4V44 E. COLI (lacZ) BETA-GALACTOSIDASE IN COMPLEX WITH 2-F-LACTOSE 提交 2001-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 I 1–1023（1023 aa）
链 J 1–1023（1023 aa）
链 K 1–1023（1023 aa）
链 L 1–1023（1023 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；295 K；Cacodylate, PEG 8000, MgSO4, NaCl, BME, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 295K, pH 5.90
分辨率 2.70 Å
4V44 E. COLI (lacZ) BETA-GALACTOSIDASE IN COMPLEX WITH 2-F-LACTOSE 提交 2001-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 M 1–1023（1023 aa）
链 N 1–1023（1023 aa）
链 O 1–1023（1023 aa）
链 P 1–1023（1023 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；295 K；Cacodylate, PEG 8000, MgSO4, NaCl, BME, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 295K, pH 5.90
分辨率 2.70 Å
4V45 E. COLI (lacZ) BETA-GALACTOSIDASE-TRAPPED 2-F-GALACTOSYL-ENZYME INTERMEDIATE 提交 2001-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1023（1023 aa）
链 B 1–1023（1023 aa）
链 C 1–1023（1023 aa）
链 D 1–1023（1023 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 2FG 2-deoxy-2-fluoro-beta-D-galactopyranose × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；295 K；Cacodylate, PEG 8000, MgSO4, NaCl, BME, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 295K, pH 5.90
分辨率 2.60 Å
4V45 E. COLI (lacZ) BETA-GALACTOSIDASE-TRAPPED 2-F-GALACTOSYL-ENZYME INTERMEDIATE 提交 2001-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 1–1023（1023 aa）
链 F 1–1023（1023 aa）
链 G 1–1023（1023 aa）
链 H 1–1023（1023 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 2FG 2-deoxy-2-fluoro-beta-D-galactopyranose × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；295 K；Cacodylate, PEG 8000, MgSO4, NaCl, BME, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 295K, pH 5.90
分辨率 2.60 Å
4V45 E. COLI (lacZ) BETA-GALACTOSIDASE-TRAPPED 2-F-GALACTOSYL-ENZYME INTERMEDIATE 提交 2001-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 I 1–1023（1023 aa）
链 J 1–1023（1023 aa）
链 K 1–1023（1023 aa）
链 L 1–1023（1023 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 2FG 2-deoxy-2-fluoro-beta-D-galactopyranose × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；295 K；Cacodylate, PEG 8000, MgSO4, NaCl, BME, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 295K, pH 5.90
分辨率 2.60 Å
4V45 E. COLI (lacZ) BETA-GALACTOSIDASE-TRAPPED 2-F-GALACTOSYL-ENZYME INTERMEDIATE 提交 2001-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 M 1–1023（1023 aa）
链 N 1–1023（1023 aa）
链 O 1–1023（1023 aa）
链 P 1–1023（1023 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 2FG 2-deoxy-2-fluoro-beta-D-galactopyranose × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；295 K；Cacodylate, PEG 8000, MgSO4, NaCl, BME, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 295K, pH 5.90
分辨率 2.60 Å
5A1A 2.2 A resolution cryo-EM structure of beta-galactosidase in complex with a cell-permeant inhibitor 提交 2015-04-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 3–1024（1022 aa）
链 B 3–1024（1022 aa）
链 C 3–1024（1022 aa）
链 D 3–1024（1022 aa）
未记录 PTQ 2-phenylethyl 1-thio-beta-D-galactopyranoside × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM TRIS, PH 8.0, 50 MM NACL, 2 MM MGCL2, 0.5 MM TCEP；pH 8；25 MM TRIS, PH 8.0, 50 MM NACL, 2 MM MGCL2, 0.5 MM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；BLOT FOR 2 SECONDS BEFORE PLUNGING INTO LIQUID ETHANE (LEICA EM GP).
分辨率 2.20 Å
6CVM Atomic resolution cryo-EM structure of beta-galactosidase 提交 2018-03-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 3–1023（1021 aa）
链 B 3–1023（1021 aa）
链 C 3–1023（1021 aa）
链 D 3–1023（1021 aa）
未记录 PTQ 2-phenylethyl 1-thio-beta-D-galactopyranoside × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；25 mM Tris, pH 8.0, 50 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 1.0 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot for 2 seconds before plunging.
分辨率 1.90 Å
6DRV Beta-galactosidase 提交 2018-06-13 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1024（1024 aa）
链 B 1–1024（1024 aa）
链 C 1–1024（1024 aa）
链 D 1–1024（1024 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.20 Å
6KUZ E.coli beta-galactosidase (E537Q) in complex with fluorescent probe KSL01 提交 2019-09-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1024（1024 aa）
链 B 1–1024（1024 aa）
突变：E537Q 突变：E537Q DVL 3-(1,3-benzothiazol-2-yl)-2-[[4-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxyphenyl]methoxy]-5-methyl-benzaldehyde × 4 NA SODIUM ION × 12 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 42 MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；291 K；10% PEG8000, 100mM Bis-Tris ph5,9, 200mM Nacl, 10mM DTT, 0.1M Guanidine Hydrochloride 10% glycerol
分辨率 2.83 Å R-free 0.224
6KUZ E.coli beta-galactosidase (E537Q) in complex with fluorescent probe KSL01 提交 2019-09-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–1024（1024 aa）
链 D 1–1024（1024 aa）
突变：E537Q 突变：E537Q DVL 3-(1,3-benzothiazol-2-yl)-2-[[4-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxyphenyl]methoxy]-5-methyl-benzaldehyde × 4 NA SODIUM ION × 12 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 28 MG MAGNESIUM ION × 8 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.9；291 K；10% PEG8000, 100mM Bis-Tris ph5,9, 200mM Nacl, 10mM DTT, 0.1M Guanidine Hydrochloride 10% glycerol
分辨率 2.83 Å R-free 0.224
6X1Q 1.8 Angstrom resolution structure of b-galactosidase with a 200 kV cryoARM electron microscope 提交 2020-05-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 3–1023（1021 aa）
链 B 3–1023（1021 aa）
链 C 3–1023（1021 aa）
链 D 3–1023（1021 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；25mM Tris pH 8.0, 50mM NaCl, 0.5mM TCEP, 2mM MgCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 1.80 Å
7BRS E.coli beta-galactosidase (E537Q) in complex with fluorescent probe KSA02 提交 2020-03-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1024（1024 aa）
链 C 1–1024（1024 aa）
突变：E537Q 突变：E537Q F4X 8-[2-[(E)-2-[4-[(2S,3R,4S,5R,6R)-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxyphenyl]ethenyl]-3,3-dimethyl-indol-1-ium-1-yl]octanoic acid × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 6 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 54 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；100mM Bis-Tris, pH=5.9, 200mM NaCl, 200mM MgCl2, 10% PEG8000, 10% glycerol, 0.1M guanidine hydrochloride, 10mM DTT
分辨率 2.67 Å R-free 0.244
7BRS E.coli beta-galactosidase (E537Q) in complex with fluorescent probe KSA02 提交 2020-03-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1024（1024 aa）
链 D 1–1024（1024 aa）
突变：E537Q 突变：E537Q F4X 8-[2-[(E)-2-[4-[(2S,3R,4S,5R,6R)-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxyphenyl]ethenyl]-3,3-dimethyl-indol-1-ium-1-yl]octanoic acid × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 8 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 38 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；100mM Bis-Tris, pH=5.9, 200mM NaCl, 200mM MgCl2, 10% PEG8000, 10% glycerol, 0.1M guanidine hydrochloride, 10mM DTT
分辨率 2.67 Å R-free 0.244
7BTK E.coli beta-galactosidase (E537Q) in complex with fluorescent probe KSA01 提交 2020-04-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1024（1024 aa）
链 C 1–1024（1024 aa）
突变：E537Q 突变：E537Q F6L 4-[[2-[(E)-2-[4-[(2S,3R,4S,5R,6R)-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxyphenyl]ethenyl]-3,3-dimethyl-2H-indol-1-yl]methyl]benzoic acid × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 8 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 40 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；100 mM Bis-Tris, pH = 5.9, 200 mM NaCl, 200 mM MgCl2, 10% PEG8000, 10% glycerol, 0.1 M guanidine hydrochloride and 10 mM DTT
分辨率 2.70 Å R-free 0.233
7BTK E.coli beta-galactosidase (E537Q) in complex with fluorescent probe KSA01 提交 2020-04-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1024（1024 aa）
链 D 1–1024（1024 aa）
突变：E537Q 突变：E537Q F6L 4-[[2-[(E)-2-[4-[(2S,3R,4S,5R,6R)-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxyphenyl]ethenyl]-3,3-dimethyl-2H-indol-1-yl]methyl]benzoic acid × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 NA SODIUM ION × 6 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 36 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；100 mM Bis-Tris, pH = 5.9, 200 mM NaCl, 200 mM MgCl2, 10% PEG8000, 10% glycerol, 0.1 M guanidine hydrochloride and 10 mM DTT
分辨率 2.70 Å R-free 0.233
8BK8 Cryo-EM structure of beta-galactosidase at 2.9 A resolution plunged 205 ms after mixing with apoferritin 提交 2022-11-08 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1024（1024 aa）
链 B 1–1024（1024 aa）
链 C 1–1024（1024 aa）
链 D 1–1024（1024 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；contains Amaranth dye (acid red 27) 32 mM
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8BKG Cryo-EM structure of beta-galactosidase at 3.2 A resolution plunged 35 ms after mixing with apoferritin 提交 2022-11-09 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1024（1024 aa）
链 B 1–1024（1024 aa）
链 C 1–1024（1024 aa）
链 D 1–1024（1024 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；contains Amaranth dye (acid red 27) 32 mM
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8Q7Y ESIBD structure of beta-galactosidase 提交 2023-08-17 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1024（1024 aa）
链 B 1–1024（1024 aa）
链 C 1–1024（1024 aa）
链 D 1–1024（1024 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.9；Soft-landed sample
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER；Soft-landed as described in manuscript
分辨率 2.60 Å
8RI6 Beta-galactosidase (LacZ) purified from E. coli. 提交 2023-12-18 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1024（1024 aa）
链 B 1–1024（1024 aa）
链 C 1–1024（1024 aa）
链 D 1–1024（1024 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；25 mM Tris, 50 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 2 mM EDTA, 1 mM TCEP, pH 8.0
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.06 Å
8RI7 Beta-galactosidase (LacZ) in complex with glycosyrin from Pseudomonas syringae. 提交 2023-12-18 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1024（1024 aa）
链 B 1–1024（1024 aa）
链 C 1–1024（1024 aa）
链 D 1–1024（1024 aa）
未记录 A1H05 (2S,3R,4S)-2-[bis(oxidanyl)methyl]pyrrolidine-3,4-diol × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；25 mM Tris, 50 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 2 mM EDTA, 1 mM TCEP, pH 8.0
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 1.93 Å
8RI8 Beta-galactosidase (LacZ) in complex with synthetic glycosyrin. 提交 2023-12-18 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1024（1024 aa）
链 B 1–1024（1024 aa）
链 C 1–1024（1024 aa）
链 D 1–1024（1024 aa）
未记录 A1H05 (2S,3R,4S)-2-[bis(oxidanyl)methyl]pyrrolidine-3,4-diol × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；25 mM Tris, 50 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 2 mM EDTA, 1 mM TCEP, pH 8.0
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 1.42 Å
9HKI Plunge-frozen beta-galactosidase 提交 2024-12-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 3–1023（1021 aa）
链 B 3–1023（1021 aa）
链 C 3–1023（1021 aa）
链 D 3–1023（1021 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；25 mM Tris (pH 7.9), 50 mM NaCl, 10 mM EDTA, and 2 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 1.90 Å
9HLM Soft-landed and rehydrated beta-galactosidase (best particles) 提交 2024-12-05 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 3–1023（1021 aa）
链 B 3–1023（1021 aa）
链 C 3–1023（1021 aa）
链 D 3–1023（1021 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
分辨率 3.70 Å
9HPL E. coli beta-galactosidase labeled with Chromeo P503 dye purified using MISO 提交 2024-12-13 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1024（1024 aa）
链 B 1–1024（1024 aa）
链 C 1–1024（1024 aa）
链 D 1–1024（1024 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；25 mM HEPES pH 8.0, 100 mM NaCl, 500 mM imidazole and 1mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.30 Å
9HPM E. coli beta-galactosidase labeled with Chromeo P503 dye purified using MISO from 1ug 提交 2024-12-13 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1024（1024 aa）
链 B 1–1024（1024 aa）
链 C 1–1024（1024 aa）
链 D 1–1024（1024 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；25 mM HEPES pH 8.0, 100 mM NaCl, 500 mM imidazole and 1mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.20 Å
9Y45 His-tagged beta galactosidase (LacZ) on a Ni-NTA lipid monolayer grid 提交 2025-09-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1024（1024 aa）
链 B 1–1024（1024 aa）
链 C 1–1024（1024 aa）
链 D 1–1024（1024 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 2.41 Å

共 67 个其他 PDB 条目、83 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BGAL_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–1024； UniProt 1–1024 作者链 B； PDB构建体 1–1024； UniProt 1–1024 作者链 C； PDB构建体 1–1024； UniProt 1–1024 作者链 D； PDB构建体 1–1024； UniProt 1–1024

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8bk7

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8bk7
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8bk7
沉积日期 deposition_date2022-11-08
结构标题 titleCryo-EM structure of beta-galactosidase at 3.3 A resolution plunged 5 ms after mixing with apoferritin
关键词 keywordsGlycosyl hydrolase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier52.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron52.00 Å
零角强度 I(0) i03157260000.00
分子量 molecular_weight460090.0 kDa
排除体积 excluded_volume569840 ų
包络体积 envelope_volume760170 ų
水化壳体积 shell_volume116980 ų
包络直径 envelope_diameter187.0 Å
壳层 Rg shell_rg59.19 Å
包络 Rg envelope_rg51.30 Å
形状 Rg shape_rg51.97 Å
总 Rg total_rg52.26 Å
总原子数 total_atoms32500
残基数 n_residues4044
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax175.4 Å
Rg (实空间) rg_real52.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.42 Å
I(0) (实空间) i0_real3.1570e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.3360e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal52.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3158000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8690
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary64.3 Å
偏度 Skewness skewness0.308
峰度 Kurtosis kurtosis-0.186
角度范围 angular_range— – 0.1500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha565400000.0000
实空间数据点数 n_real_points31
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.833; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 0.820
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)