8br0

ExoY Nucleotidyl Cyclase domain from Vibrio nigripulchritudo MARTX toxin (residue Q3455 to L3863) in complex with 3'deoxyCTP and two manganese cations bound to Latrunculin-B-ADP-Mn-actin

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Actin, alpha skeletal muscle, intermediate form

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 2	Putative Adenylate cyclase,Profilin-1 × 1 （A0A6N3LUE9,P07737） LATRUNCULIN B × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MANGANESE (II) ION × 3 3'-DEOXY-CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 2	Putative Adenylate cyclase,Profilin-1 × 1 （A0A6N3LUE9,P07737） LATRUNCULIN B × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MANGANESE (II) ION × 3 3'-DEOXY-CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ACTS_RABIT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–375； UniProt 3–377 作者链 C； PDB构建体 1–375； UniProt 3–377

Putative Adenylate cyclase,Profilin-1

Vibrio nigripulchritudo SFn135

UniProt A0A6N3LUE9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 2	Actin, alpha skeletal muscle, intermediate form × 1 （P68135） LATRUNCULIN B × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MANGANESE (II) ION × 3 3'-DEOXY-CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 2	Actin, alpha skeletal muscle, intermediate form × 1 （P68135） LATRUNCULIN B × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MANGANESE (II) ION × 3 3'-DEOXY-CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A6N3LUE9_9VIBR
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 5–446； UniProt 3455–3896 作者链 D； PDB构建体 5–446； UniProt 3455–3896

Putative Adenylate cyclase,Profilin-1

Vibrio nigripulchritudo SFn135

UniProt P07737

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 2	Actin, alpha skeletal muscle, intermediate form × 1 （P68135） LATRUNCULIN B × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MANGANESE (II) ION × 3 3'-DEOXY-CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 2	Actin, alpha skeletal muscle, intermediate form × 1 （P68135） LATRUNCULIN B × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MANGANESE (II) ION × 3 3'-DEOXY-CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PROF1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 453–591； UniProt 2–140 作者链 D； PDB构建体 453–591； UniProt 2–140

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8br0
沉积日期 deposition_date	2022-11-22
结构标题 title	ExoY Nucleotidyl Cyclase domain from Vibrio nigripulchritudo MARTX toxin (residue Q3455 to L3863) in complex with 3'deoxyCTP and two manganese cations bound to Latrunculin-B-ADP-Mn-actin
关键词 keywords	bacterial nucleotidyl cyclase toxin, activated complex, Toxin; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8br0__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8br0__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8br0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.96 Å
Rg（电子密度）	29.59 Å
总 Rg	30.14 Å
原子数	5992
残基数	752
排除体积	106420 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8br0__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`8br0__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Actin, alpha skeletal muscle, intermediate form
分子量 formula_weight	41862.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	12638

DEDETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Putative Adenylate cyclase,Profilin-1
分子量 formula_weight	65232.9 kDa
EC 编号 ec_number	4.6.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GPGSQEATPNQDGSHKTYQSRDLVLEPIQHPKSIELGMPEVDQSVLAEVAERENVIIGVRPVDEKSKSLIASKMYSSKGLFVKAKSSDWGPMSGFIPVDQSFAKASARRDLEKFNEYAEQSILSGNAVSANLYLNQVRIEELVSKYESLTPLELDVDSGMYKTTATNGDQTIPFFLNKVTVDDKELWQVHYLREGELAPFKVIGDPVSKQPMTADYDLLTVMYTYGDLGPQDKVKQPLTWEQWKESVTYEDLSPKYKARYDNQALYEKQDGASLGMVSDRLKELKDVINTSLGRTDGLEMVHHGADDANPYAVMADNFPATFFVPKHFFDDDGLGEGKGSIQTYFNVNEQGAVVIQNPQEFSNFQQVAINASYRASLNDKWNSGLDSPLFTTKRKLSHDYLDARDEVAKKLGLTESSKLNGLGERQTMSPAQNSDVNTWARVDVSPPPPPGGAGWNAYIDNLMADGTCQDAAIVGYKDSPSVWAAVPGKTFVNITPAEVGVLVGKDRSSFYVNGLTLGGQKCSVIRDSLLQDGEFSMDLRTKSTGGAPTFNVTVTKTDKTLVLLMGKEGVHGGLINKKCYEMASHLRRSQY

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio nigripulchritudo SFn135
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1238448
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	LATRUNCULIN B
分子量 formula_weight	395.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	3'-DEOXY-CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	467.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	541

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晶胞边长 a length_a	74.469 Å
晶胞边长 b length_b	132.503 Å
晶胞边长 c length_c	96.217 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.40 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.218 Å
最低分辨率 resolution_low	48.050 Å
R 因子 r_factor	0.2102
R_work r_work	0.2085
R_free r_free	0.2428

ExoY Nucleotidyl Cyclase domain from Vibrio nigripulchritudo MARTX toxin (residue Q3455 to L3863) in complex with 3'deoxyCTP and two manganese cations bound to Latrunculin-B-ADP-Mn-actin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Actin, alpha skeletal muscle, intermediate form

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Putative Adenylate cyclase,Profilin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Putative Adenylate cyclase,Profilin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8br0__assembly_1__model_1

8br0__assembly_1__model_1 | I(q)

8br0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

ExoY Nucleotidyl Cyclase domain from Vibrio nigripulchritudo MARTX toxin (residue Q3455 to L3863) in complex with 3'deoxyCTP and two manganese cations bound to Latrunculin-B-ADP-Mn-actin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Actin, alpha skeletal muscle, intermediate form

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Putative Adenylate cyclase,Profilin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Putative Adenylate cyclase,Profilin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8br0__assembly_1__model_1

8br0__assembly_1__model_1 | I(q)

8br0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)