8cx2

Cryo-EM structure of human APOBEC3G/HIV-1 Vif/CBFbeta/ELOB/ELOC dimeric complex in State 2

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 10 RNA 2	Virion infectivity factor × 2 （Q77YG0） Core-binding factor subunit beta × 2 （Q13951） Elongin-B × 2 （Q15370） Elongin-C × 2 （Q15369） ;RNA (5'-R(PAPAPUPAPAPAPAPAPU)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(PUPUPUPAPAPAPAPAPU)-3') ; × 1 ZINC ION × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ABC3G_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–384； UniProt 1–384 作者链 F； PDB构建体 1–384； UniProt 1–384

Virion infectivity factor

Human immunodeficiency virus 1

UniProt Q77YG0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 10 RNA 2	DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G × 2 （Q9HC16） Core-binding factor subunit beta × 2 （Q13951） Elongin-B × 2 （Q15370） Elongin-C × 2 （Q15369） ;RNA (5'-R(PAPAPUPAPAPAPAPAPU)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(PUPUPUPAPAPAPAPAPU)-3') ; × 1 ZINC ION × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q77YG0_9HIV1
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–192； UniProt 1–192 作者链 G； PDB构建体 1–192； UniProt 1–192

Core-binding factor subunit beta

Homo sapiens

UniProt Q13951

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 10 RNA 2	DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G × 2 （Q9HC16） Virion infectivity factor × 2 （Q77YG0） Elongin-B × 2 （Q15370） Elongin-C × 2 （Q15369） ;RNA (5'-R(PAPAPUPAPAPAPAPAPU)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(PUPUPUPAPAPAPAPAPU)-3') ; × 1 ZINC ION × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PEBB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–182； UniProt 1–182 作者链 H； PDB构建体 1–182； UniProt 1–182

Elongin-B

Homo sapiens

UniProt Q15370

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 10 RNA 2	DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G × 2 （Q9HC16） Virion infectivity factor × 2 （Q77YG0） Core-binding factor subunit beta × 2 （Q13951） Elongin-C × 2 （Q15369） ;RNA (5'-R(PAPAPUPAPAPAPAPAPU)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(PUPUPUPAPAPAPAPAPU)-3') ; × 1 ZINC ION × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ELOB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118 作者链 I； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118

Elongin-C

Homo sapiens

UniProt Q15369

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 10 RNA 2	DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G × 2 （Q9HC16） Virion infectivity factor × 2 （Q77YG0） Core-binding factor subunit beta × 2 （Q13951） Elongin-B × 2 （Q15370） ;RNA (5'-R(PAPAPUPAPAPAPAPAPU)-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(PUPUPUPAPAPAPAPAPU)-3') ; × 1 ZINC ION × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ELOC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–112； UniProt 1–112 作者链 J； PDB构建体 1–112； UniProt 1–112

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8cx2
沉积日期 deposition_date	2022-05-19
结构标题 title	Cryo-EM structure of human APOBEC3G/HIV-1 Vif/CBFbeta/ELOB/ELOC dimeric complex in State 2
关键词 keywords	Viral protein, RNA binding protein, Complex, Ubiquitin E3 ligase, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM-RNA complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8cx2__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8cx2__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8cx2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	45.05 Å
Rg（电子密度）	44.61 Å
总 Rg	44.89 Å
原子数	15041
残基数	1774
排除体积	265070 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8cx2__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
分子量 formula_weight	50034.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.4.38
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F
原子数 atom_count	15041

MKPHFRNTVERMYRDTFSYNFYNRPILSRRNTVWLCYEVKTKGPSRPPLDAKIFRGQVYSELKYHPEMRFFHWFSKWRKLHRDQEYEVTWYISWSPCTKCTRDMATFLAEDPKVTLTIFVARLYYFWDPDYQEALRSLCQKRDGPRATMKIMNYDEFQHCWSKFVYSQRELFEPWNNLPKYYILLHIMLGEILRHSMDPPTFTFNFNNEPWVRGRHETYLCYEVERMHNDTWVLLNQRRGFLCNQAPHKHGFLEGRHAELCFLDVIPFWKLDLDQDYRVTCFTSWSPCFSCAQEMAKFISKNKHVSLCIFTARIYDDQGRCQEGLRTLAEAGAKISIMTYSEFKHCWDTFVDHQGCPFQPWDGLDEHSQDLSGRLRAILQNQENGSSLEGGGGWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Virion infectivity factor
分子量 formula_weight	22556.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,G

MENRWQVMIVWQVDRMRIRTWKSLVKHHMYVSGKARGWFYRHHYESPHPRISSEVHIPLGDARLVITTYWGLHTGERDWHLGQGVSIEWRKKRYSTQVDPELADQLIHLYYFDCFSDSAIRKALLGHIVSPRCEYQAGHNKVGSLQYLALAALITPKKIKPPLPSVTKLTEDRWNKPQKTKGHRGSHTMNGH

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Core-binding factor subunit beta
分子量 formula_weight	21542.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,H

MPRVVPDQRSKFENEEFFRKLSRECEIKYTGFRDRPHEERQARFQNACRDGRSEIAFVATGTNLSLQFFPASWQGEQRQTPSREYVDLEREAGKVYLKAPMILNGVCVIWKGWIDLQRLDGMGCLEFDEERAQQEDALAQQAFEEARRRTREFEDRDRSHREEMEVRVSQLLAVTGKKTTRP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Elongin-B
分子量 formula_weight	13147.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,I

MDVFLMIRRHKTTIFTDAKESSTVFELKRIVEGILKRPPDEQRLYKDDQLLDDGKTLGECGFTSQTARPQAPATVGLAFRADDTFEALCIEPFSSPPELPDVMKPQDSGSSANEQAVQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Elongin-C
分子量 formula_weight	12485.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,J

MDGEEKTYGGCEGPDAMYVKLISSDGHEFIVKREHALTSGTIKAMLSGPGQFAENETNEVNFREIPSHVLSKVCMYFTYKVRYTNSSTEIPEFPIAPEIALELLMAANFLDC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PAPAPUPAPAPAPAPAP*U)-3') ;
分子量 formula_weight	2871.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	K

AAUAAAAAU

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PUPUPUPAPAPAPAPAP*U)-3') ;
分子量 formula_weight	2825.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	L

UUUAAAAAU

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	8cx2A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	140 — Cytidine Deaminase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytidine Deaminase, domain 2

结构域编号 domain_id	8cx2A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	140 — Cytidine Deaminase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytidine Deaminase, domain 2

结构域编号 domain_id	8cx2F01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	140 — Cytidine Deaminase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytidine Deaminase, domain 2

结构域编号 domain_id	8cx2F02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	140 — Cytidine Deaminase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytidine Deaminase, domain 2

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	46083

Cryo-EM structure of human APOBEC3G/HIV-1 Vif/CBFbeta/ELOB/ELOC dimeric complex in State 2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Virion infectivity factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Core-binding factor subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Elongin-B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Elongin-C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8cx2__assembly_1__model_1

8cx2__assembly_1__model_1 | I(q)

8cx2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)