SAXSdb — 8d7r

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cardiotrophin-like cytokine factor 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 4 其他聚合物 5 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 28–225	未记录	Ciliary neurotrophic factor receptor subunit alpha × 1 （P26992） Leukemia inhibitory factor receptor × 1 （P42702） Interleukin-6 receptor subunit beta × 1 （P40189） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8D7R	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8D7H Cryo-EM structure of human CLCF1 in complex with CRLF1 and CNTFR alpha 提交 2022-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 28–225（198 aa）链 H 28–225（198 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CLCF1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–198； UniProt 28–225

Ciliary neurotrophic factor receptor subunit alpha

Homo sapiens

UniProt P26992

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 4 其他聚合物 5 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 23–346	未记录	Cardiotrophin-like cytokine factor 1 × 1 （Q9UBD9） Leukemia inhibitory factor receptor × 1 （P42702） Interleukin-6 receptor subunit beta × 1 （P40189） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8D7R	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1UC6 Solution Structure of the Carboxyl Terminal Domain of the Ciliary Neurotrophic Factor Receptor 提交 2003-04-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 202–305（104 aa）片段：Carboxyl Terminal Domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl, 10mM sodium phosphate, 0.1mM EDTA；压力 ambient NMR样品组成 2mM CNTFR-BC U-15N; 100mM NaCl, 10mM sodium phosphate, 0.1mM EDTA \| 90% H2O, 10% D2O, pH 6.5 NMR样品组成 1.3mM CNTFR-BC U-15N,13C; 100mM NaCl, 10mM sodium phosphate, 0.1mM EDTA \| 90% H2O, 10% D2O, pH 6.5	分辨率未提供
8D74 Cryo-EM structure of human CNTF signaling complex: model containing the interaction core region 提交 2022-06-07	构建体不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 23–342（320 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.03 Å
8D7E Cryo-EM structure of human CNTFR alpha in complex with the Fab fragments of two antibodies 提交 2022-06-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 23–342（320 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.93 Å
8D7H Cryo-EM structure of human CLCF1 in complex with CRLF1 and CNTFR alpha 提交 2022-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 23–342（320 aa）链 G 23–342（320 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CNTFR_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–324； UniProt 23–346

Leukemia inhibitory factor receptor

Homo sapiens

UniProt P42702

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 4 其他聚合物 5 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 45–833	未记录	Cardiotrophin-like cytokine factor 1 × 1 （Q9UBD9） Ciliary neurotrophic factor receptor subunit alpha × 1 （P26992） Interleukin-6 receptor subunit beta × 1 （P40189） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8D7R	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3E0G Structure of the Leukemia Inhibitory Factor Receptor (LIF-R) domains D1-D5 提交 2008-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 52–534（483 aa）片段：UNP residues 52 to 534	突变：N19Q/N40Q/N95Q/N143Q/N195Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；295 K；0.1 M Sodium Citrate pH 5.0, 0.1 M Lithium Sulfate, 8% PEG-3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 3.10 Å R-free 0.309
8D6A Cryo-EM structure of human LIF signaling complex: model containing the interaction core region 提交 2022-06-06	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 45–833（789 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.54 Å
8D74 Cryo-EM structure of human CNTF signaling complex: model containing the interaction core region 提交 2022-06-07	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 45–833（789 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.03 Å
8V29 Cryo-EM structure of human type I OSM receptor complex: model for full extracellular assembly 提交 2023-11-22	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 45–833（789 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.99 Å
8V2A Cryo-EM structure of human type I OSM receptor complex: model for assembly core region 提交 2023-11-22	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 45–833（789 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.59 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LIFR_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–789； UniProt 45–833

Interleukin-6 receptor subunit beta

Homo sapiens

UniProt P40189

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 4 其他聚合物 5 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 23–619	未记录	Cardiotrophin-like cytokine factor 1 × 1 （Q9UBD9） Ciliary neurotrophic factor receptor subunit alpha × 1 （P26992） Leukemia inhibitory factor receptor × 1 （P42702） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8D7R	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BJ8 THIRD N-TERMINAL DOMAIN OF GP130, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1998-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 219–325（107 aa）片段：THIRD N-TERMINAL DOMAIN	突变：V1M, Y2D	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）200 mM NACL；压力 1 NMR样品组成 WATER	分辨率未提供
1BQU CYTOKYNE-BINDING REGION OF GP130 提交 1998-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 119–333（215 aa）片段：CYTOKINE-BINDING REGION DOMAINS 链 B 119–333（215 aa）片段：CYTOKINE-BINDING REGION DOMAINS	未记录	SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；1.8-2.1M AMMONIUM SULFATE, 0.1M TRIS PH 8.0	分辨率 2.00 Å R-free 0.255
1I1R CRYSTAL STRUCTURE OF A CYTOKINE/RECEPTOR COMPLEX 提交 2001-02-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 23–325（303 aa）片段：DOMAINS 1, 2, 3 OF THE GP130 EXTRACELLULAR DOMAIN (RESIDUES 1-303)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；MPEG 2000, sodium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.256
1P9M Crystal structure of the hexameric human IL-6/IL-6 alpha receptor/gp130 complex 提交 2003-05-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 23–321（299 aa）片段：extracellular domains D1 - D3	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；Sodium formate, Sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.65 Å R-free 0.334
1PVH Crystal structure of leukemia inhibitory factor in complex with gp130 提交 2003-06-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 123–323（201 aa）片段：domains D2 and D3	未记录	IOD IODIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；PEG 3350, Sodium iodide, Imidazole, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.289
1PVH Crystal structure of leukemia inhibitory factor in complex with gp130 提交 2003-06-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 123–323（201 aa）片段：domains D2 and D3	未记录	IOD IODIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；PEG 3350, Sodium iodide, Imidazole, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.289
3L5H Crystal structure of the full ectodomain of human gp130: New insights into the molecular assembly of receptor complexes 提交 2009-12-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–612（589 aa）片段：ecotodomain	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6；298 K；1.5-2.0M (NH4)2SO4, 0.1M imidazole-malonate buffer, pH 6.0, EVAPORATION, temperature 298K	分辨率 3.60 Å R-free 0.335
3L5I Crystal structure of FnIII domains of human GP130 (Domains 4-6) 提交 2009-12-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 323–612（290 aa）片段：UNP residues 323-612	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 17 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 8000, NaCl, Tris-HCl, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.222
3L5J Crystal structure of FnIII domains of human GP130 (Domains 4-6) 提交 2009-12-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 323–610（288 aa）片段：UNP residues 323-610	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 8000, NaCl, Tris-HCl, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 3.04 Å R-free 0.265
3L5J Crystal structure of FnIII domains of human GP130 (Domains 4-6) 提交 2009-12-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 323–610（288 aa）片段：UNP residues 323-610	未记录	CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 8000, NaCl, Tris-HCl, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 3.04 Å R-free 0.265
7U7N IL-27 quaternary receptor signaling complex 提交 2022-03-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 23–321（299 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；The grids were blotted for 3 seconds with an offset of 3.	分辨率 3.47 Å
8D6A Cryo-EM structure of human LIF signaling complex: model containing the interaction core region 提交 2022-06-06	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 23–619（597 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.54 Å
8D74 Cryo-EM structure of human CNTF signaling complex: model containing the interaction core region 提交 2022-06-07	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 23–619（597 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.03 Å
8D82 Cryo-EM structure of human IL-6 signaling complex in detergent: model containing full extracellular domains 提交 2022-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 23–700（678 aa）链 E 23–700（678 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.22 Å
8D85 Cryo-EM structure of human IL-27 signaling complex: model containing the interaction core region 提交 2022-06-07	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 23–619（597 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.81 Å
8DPS The structure of the interleukin 11 signalling complex, truncated gp130 提交 2022-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 22–324（303 aa）链 D 22–324（303 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.5；TBS pH 85 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.47 Å
8DPT The structure of the IL-11 signalling complex, with full-length extracellular gp130 提交 2022-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 22–612（591 aa）链 D 22–612（591 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
8DPU The crystal structure of the IL-11 signalling complex 提交 2022-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 22–324（303 aa）链 D 22–324（303 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.25；293 K；180 mM magnesium chloride, 15.3% PEG 3350, 100 mM potassium sodium tartrate, 90 mM sodium HEPES pH 7.25 and 1.8% tert-butanol	分辨率 3.78 Å R-free 0.295
8DPU The crystal structure of the IL-11 signalling complex 提交 2022-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 22–324（303 aa）链 J 22–324（303 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.25；293 K；180 mM magnesium chloride, 15.3% PEG 3350, 100 mM potassium sodium tartrate, 90 mM sodium HEPES pH 7.25 and 1.8% tert-butanol	分辨率 3.78 Å R-free 0.295
8DPU The crystal structure of the IL-11 signalling complex 提交 2022-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 M 22–324（303 aa）链 P 22–324（303 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.25；293 K；180 mM magnesium chloride, 15.3% PEG 3350, 100 mM potassium sodium tartrate, 90 mM sodium HEPES pH 7.25 and 1.8% tert-butanol	分辨率 3.78 Å R-free 0.295
8UPA Structure of gp130 in complex with a de novo designed IL-6 mimetic 提交 2023-10-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 124–321（198 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.04M Potassium phosphate monobasic, 16% Polyethylene glycol 8,000, 20% Glycerol	分辨率 3.30 Å R-free 0.236
8UPA Structure of gp130 in complex with a de novo designed IL-6 mimetic 提交 2023-10-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 124–321（198 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.04M Potassium phosphate monobasic, 16% Polyethylene glycol 8,000, 20% Glycerol	分辨率 3.30 Å R-free 0.236
8V29 Cryo-EM structure of human type I OSM receptor complex: model for full extracellular assembly 提交 2023-11-22	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 23–619（597 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.99 Å
8V2A Cryo-EM structure of human type I OSM receptor complex: model for assembly core region 提交 2023-11-22	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 23–619（597 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.59 Å

共 19 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IL6RB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–597； UniProt 23–619

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8d7r
沉积日期 deposition_date	2022-06-07
结构标题 title	Cryo-EM structure of human CLCF1 signaling complex: model containing the interaction core region
关键词 keywords	cytokine signaling, CLCF1, CNTFR alpha, gp130, LIFR, CYTOKINE; CYTOKINE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.28 Å
零角强度 I(0) i0	268885000.00
分子量 molecular_weight	136410.0 kDa
排除体积 excluded_volume	171660 Å³
包络体积 envelope_volume	285750 Å³
水化壳体积 shell_volume	52595 Å³
包络直径 envelope_diameter	171.9 Å
壳层 Rg shell_rg	48.33 Å
包络 Rg envelope_rg	47.26 Å
形状 Rg shape_rg	48.27 Å
总 Rg total_rg	48.32 Å
总原子数 total_atoms	9627
残基数 n_residues	1167
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	161.7 Å
Rg (实空间) rg_real	48.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.74 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6890e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.5530e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	268800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8681
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	53.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.368
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.306
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12550000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.878; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 0.675

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cardiotrophin-like cytokine factor 1
分子量 formula_weight	23122.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D
原子数 atom_count	9627

LNRTGDPGPGPSIQKTYDLTRYLEHQLRSLAGTYLNYLGPPFNEPDFNPPRLGAETLPRATVDLEVWRSLNDKLRLTQNYEAYSHLLCYLRGLNRQAATAELRRSLAHFCTSLQGLLGSIAGVMAALGYPLPQPLPGTEPTWTPGPAHSDFLQKMDDFWLLKELQTWLWRSAKDFNRLKKKMQPPAAAVTLHLGAHGFHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Mus musculus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ciliary neurotrophic factor receptor subunit alpha
分子量 formula_weight	36123.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

QRHSPQEAPHVQYERLGSDVTLPCGTANWDAAVTWRVNGTDLAPDLLNGSQLVLHGLELGHSGLYACFHRDSWHLRHQVLLHVGLPPREPVLSCRSNTYPKGFYCSWHLPTPTYIPNTFNVTVLHGSKIMVCEKDPALKNRCHIRYMHLFSTIKYKVSISVSNALGHNATAITFDEFTIVKPDPPENVVARPVPSNPRRLEVTWQTPSTWPDPESFPLKFFLRYRPLILDQWQHVELSDGTAHTITDAYAGKEYIIQVAAKDNEIGTWSDWSVAAHATPWTEEPRHLTTEAQAAETTTSTTSSLAPPPTTKICDPGELGSGGGP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Mus musculus

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Leukemia inhibitory factor receptor
分子量 formula_weight	92834.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

QKKGAPHDLKCVTNNLQVWNCSWKAPSGTGRGTDYEVCIENRSRSCYQLEKTSIKIPALSHGDYEITINSLHDFGSSTSKFTLNEQNVSLIPDTPEILNLSADFSTSTLYLKWNDRGSVFPHRSNVIWEIKVLRKESMELVKLVTHNTTLNGKDTLHHWSWASDMPLECAIHFVEIRCYIDNLHFSGLEEWSDWSPVKNISWIPDSQTKVFPQDKVILVGSDITFCCVSQEKVLSALIGHTNCPLIHLDGENVAIKIRNISVSASSGTNVVFTTEDNIFGTVIFAGYPPDTPQQLNCETHDLKEIICSWNPGRVTALVGPRATSYTLVESFSGKYVRLKRAEAPTNESYQLLFQMLPNQEIYNFTLNAHNPLGRSQSTILVNITEKVYPHTPTSFKVKDINSTAVKLSWHLPGNFAKINFLCEIEIKKSNSVQEQRNVTIKGVENSSYLVALDKLNPYTLYTFRIRCSTETFWKWSKWSNKKQHLTTEASPSKGPDTWREWSSDGKNLIIYWKPLPINEANGKILSYNVSCSSDEETQSLSEIPDPQHKAEIRLDKNDYIISVVAKNSVGSSPPSKIASMEIPNDDLKIEQVVGMGKGILLTWHYDPNMTCDYVIKWCNSSRSEPCLMDWRKVPSNSTETVIESDEFRPGIRYNFFLYGCRNQGYQLLRSMIGYIEELAPIVAPNFTVEDTSADSILVKWEDIPVEELRGFLRGYLFYFGKGERDTSKMRVLESGRSDIKVKNITDISQKTLRIADLQGKTSYHLVLRAYTDGGVGPEKSMYVVTKENSEQKLISEEDLGGEQKLISEEDLHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Interleukin-6 receptor subunit beta
分子量 formula_weight	71233.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

ELLDPCGYISPESPVVQLHSNFTAVCVLKEKCMDYFHVNANYIVWKTNHFTIPKEQYTIINRTASSVTFTDIASLNIQLTCNILTFGQLEQNVYGITIISGLPPEKPKNLSCIVNEGKKMRCEWDGGRETHLETNFTLKSEWATHKFADCKAKRDTPTSCTVDYSTVYFVNIEVWVEAENALGKVTSDHINFDPVYKVKPNPPHNLSVINSEELSSILKLTWTNPSIKSVIILKYNIQYRTKDASTWSQIPPEDTASTRSSFTVQDLKPFTEYVFRIRCMKEDGKGYWSDWSEEASGITYEDRPSKAPSFWYKIDPSHTQGYRTVQLVWKTLPPFEANGKILDYEVTLTRWKSHLQNYTVNATKLTVNLTNDRYLATLTVRNLVGKSDAAVLTIPACDFQATHPVMDLKAFPKDNMLWVEWTTPRESVKKYILEWCVLSDKAPCITDWQQEDGTVHRTYLRGNLAESKCYLITVTPVYADGPGSPESIKAYLKQAPPSKGPTVRTKKVGKNEAVLEWDQLPVDVQNGFIRNYTIFYRTIIGNETAVNVDSSHTEYTLSSLTSDTLYMVRMAAYTDEGGKDGPEFTFTTPKFAQGEIEEQKLISEEDLGGEQKLISEEDLHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8d7rD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	92463

fit	/app/data/saxs_computation/d7/8d7r/8d7r.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d7/8d7r/8d7r.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d7/8d7r/8d7r.dat

Cryo-EM structure of human CLCF1 signaling complex: model containing the interaction core region

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cardiotrophin-like cytokine factor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ciliary neurotrophic factor receptor subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Leukemia inhibitory factor receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Interleukin-6 receptor subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)