SAXSdb — 8dpu

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8dpu
沉积日期 deposition_date	2022-07-17
结构标题 title	The crystal structure of the IL-11 signalling complex
关键词 keywords	Complex, GP130, glycoprotein 130, signalling, cancer, CYTOKINE, CYTOKINE-RECEPTOR complex; CYTOKINE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	69.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	69.39 Å
零角强度 I(0) i0	3497510000.00
分子量 molecular_weight	504430.0 kDa
排除体积 excluded_volume	632730 Å³
包络体积 envelope_volume	1086900 Å³
水化壳体积 shell_volume	130070 Å³
包络直径 envelope_diameter	231.9 Å
壳层 Rg shell_rg	72.80 Å
包络 Rg envelope_rg	67.05 Å
形状 Rg shape_rg	69.34 Å
总 Rg total_rg	69.63 Å
总原子数 total_atoms	35568
残基数 n_residues	4470
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	253.3 Å
Rg (实空间) rg_real	73.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.5240e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.3330e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	69.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3496000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8868
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	69.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.499
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.075
角度范围 angular_range	— – 0.1100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.0380
最高正则化参数 α highest_alpha	678100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	23
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.814; Stabil: 0.848; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.593

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Interleukin-6 receptor subunit beta
分子量 formula_weight	34564.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J,M,P
原子数 atom_count	35568

GELLDPCGYISPESPVVQLHSNFTAVCVLKEKCMDYFHVNANYIVWKTNHFTIPKEQYTIINRTASSVTFTDIASLNIQLTCNILTFGQLEQNVYGITIISGLPPEKPKNLSCIVNEGKKMRCEWDGGRETHLETNFTLKSEWATHKFADCKAKRDTPTSCTVDYSTVYFVNIEVWVEAENALGKVTSDHINFDPVYKVKPNPPHNLSVINSEELSSILKLTWTNPSIKSVIILKYNIQYRTKDASTWSQIPPEDTASTRSSFTVQDLKPFTEYVFRIRCMKEDGKGYWSDWSEEASGITYED

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	Interleukin-11
分子量 formula_weight	19226.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H,K,N,Q

GPGPPPGPPRVSPDPRAELDSTVLLTRSLLADTRQLAAQLRDKFPADGDHNLDSLPTLAMSAGALGALQLPGVLTRLRADLLSYLRHVQWLRRAGGSSLKTLEPELGTLQARLDRLLRRLQLLMSRLALPQPPPDPPAPPLAPPSSAWGGIRAAHAILGGLHLTLDWAVRGLLLLKTRL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	Interleukin-11 receptor subunit alpha
分子量 formula_weight	38073.5 kDa
突变 mutation	C226S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I,L,O,R

SSPCPQAWGPPGVQYGQPGRSVKLCCPGVTAGDPVSWFRDGEPKLLQGPDSGLGHELVLAQADSTDEGTYICQTLDGALGGTVTLQLGYPPARPVVSCQAADYENFSCTWSPSQISGLPTRYLTSYRKKTVLGADSQRRSPSTGPWPCPQDPLGAARCVVHGAEFWSQYRINVTEVNPLGASTRLLDVSLQSILRPDPPQGLRVESVPGYPRRLRASWTYPASWPSQPHFLLKFRLQYRPAQHPAWSTVEPAGLEEVITDAVAGLPHAVRVSARDFLDAGTWSTWSPEAWGTPSTGTIPKEIPAWGQLHTQPEVEPQVDSPAPPRPSLQPHPRLLDHRDSVHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

Entity 5 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	18

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	163.411 Å
晶胞边长 b length_b	163.411 Å
晶胞边长 c length_c	506.623 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	P 31 1 2
空间群编号 int_tables_number	151
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	3.780 Å
最低分辨率 resolution_low	40.860 Å
R 因子 r_factor	0.2765
R_work r_work	0.2756
R_free r_free	0.2951

fit	/app/data/saxs_computation/dp/8dpu/8dpu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dp/8dpu/8dpu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dp/8dpu/8dpu.dat

The crystal structure of the IL-11 signalling complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 branched

Entity 5 branched

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)