SAXSdb — 8dh3

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8dh3
沉积日期 deposition_date	2022-06-24
结构标题 title	T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dPa
关键词 keywords	T7 RNA polymerase, elongation complex, unnatural base, Ds-Pa, synthetic DNA, transcription, Transferase-DNA-RNA complex; Transferase/DNA/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	65.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	65.94 Å
零角强度 I(0) i0	2614100000.00
分子量 molecular_weight	404200.0 kDa
排除体积 excluded_volume	495020 Å³
包络体积 envelope_volume	825540 Å³
水化壳体积 shell_volume	109690 Å³
包络直径 envelope_diameter	212.8 Å
壳层 Rg shell_rg	60.83 Å
包络 Rg envelope_rg	64.27 Å
形状 Rg shape_rg	65.94 Å
总 Rg total_rg	65.84 Å
总原子数 total_atoms	28298
残基数 n_residues	3412
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	196.3 Å
Rg (实空间) rg_real	65.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6140e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.6640e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	65.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2610000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8404
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	65.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.335
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.686
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	115800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.981; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	T7 RNA polymerase
分子量 formula_weight	98984.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,I,M
原子数 atom_count	28298

MNTINIAKNDFSDIELAAIPFNTLADHYGERLAREQLALEHESYEMGEARFRKMFERQLKAGEVADNAAAKPLITTLLPKMIARINDWFEEVKAKRGKRPTAFQFLQEIKPEAVAYITIKTTLACLTSADNTTVQAVASAIGRAIEDEARFGRIRDLEAKHFKKNVEEQLNKRVGHVYKKAFMQVVEADMLSKGLLGGEAWSSWHKEDSIHVGVRCIEMLIESTGMVSLHRQNAGVVGQDSETIELAPEYAEAIATRAGALAGISPMFQPCVVPPKPWTGITGGGYWANGRRPLALVRTHSKKALMRYEDVYMPEVYKAINIAQNTAWKINKKVLAVANVITKWKHCPVEDIPAIEREELPMKPEDIDMNPEALTAWKRAAAAVYRKDKARKSRRISLEFMLEQANKFANHKAIWFPYNMDWRGRVYAVSMFNPQGNDMTKGLLTLAKGKPIGKEGYYWLKIHGANCAGVDKVPFPERIKFIEENHENIMACAKSPLENTWWAEQDSPFCFLAFCFEYAGVQHHGLSYNCSLPLAFDGSCSGIQHFSAMLRDEVGGRAVNLLPSETVQDIYGIVAKKVNEILQADAINGTDNEVVTVTDENTGEISEKVKLGTKALAGQWLAYGVTRSVTKRSVMTLAYGSKEFGFRQQVLEDTIQPAIDSGKGLMFTQPNQAAGYMAKLIWESVSVTVVAAVEAMNWLKSAAKLLAAEVKDKKTGEILRKRCAVHWVTPDGFPVWQEYKKPIQTRLNLMFLGQFRLQPTINTNKDSEIDAHKQESGIAPNFVHSQDGSHLRKTVVWAHEKYGIESFALIHDSFGTIPADAANLFKAVRETMVDTYESCDVLADFYDQFADQLHESQLDKMPALPAKGNLNLRDILESDFAFA

Entity 2 polymer

描述 description	Template strand DNA
分子量 formula_weight	5510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A,F,J,N

GGGAATCGAXATCGCCGC

Entity 3 polymer

描述 description	RNA
分子量 formula_weight	3851.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C,G,K,O

AACUGCGGCGAU

Entity 4 polymer

描述 description	Non-template strand DNA
分子量 formula_weight	2666.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,H,L,P

TCGATTCCC

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8dh3B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1320 — T7 RNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA-directed RNA polymerase, N-terminal domain

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	79.067 Å
晶胞边长 b length_b	86.271 Å
晶胞边长 c length_c	201.967 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	89.70 °
晶胞夹角 β angle_beta	86.01 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	69.45 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	47.980 Å
R 因子 r_factor	0.2477
R_work r_work	0.2471
R_free r_free	0.2755

fit	/app/data/saxs_computation/dh/8dh3/8dh3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dh/8dh3/8dh3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dh/8dh3/8dh3.dat

T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dPa

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)