8dh4

T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dPa-DsTP pair

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 197.4 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T7 RNA polymerase

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合单体蛋白 × 1 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 1–883	未记录	Template strand DNA × 1 RNA × 1 Non-template strand DNA × 1 S96 (7P)-3-{5-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-D-ribofuranosyl}-7-(thiophen-2-yl)-3H-imidazo[4,5-b]pyridine × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 2.80 Å R-free 0.275
2	其他组合单体蛋白 × 1 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 E； UniProt 1–883	未记录	Template strand DNA × 1 RNA × 1 Non-template strand DNA × 1 S96 (7P)-3-{5-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-D-ribofuranosyl}-7-(thiophen-2-yl)-3H-imidazo[4,5-b]pyridine × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 2.80 Å R-free 0.275
3	其他组合单体蛋白 × 1 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 I； UniProt 1–883	未记录	Template strand DNA × 1 RNA × 1 Non-template strand DNA × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 2.80 Å R-free 0.275
4	其他组合单体蛋白 × 1 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 M； UniProt 1–883	未记录	Template strand DNA × 1 RNA × 1 Non-template strand DNA × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 2.80 Å R-free 0.275

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8DH4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ARO T7 RNA POLYMERASE COMPLEXED WITH T7 LYSOZYME 提交 1997-08-08	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 1–883（883 aa）	突变：C347S, C723S, C839S	HG MERCURY (II) ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.309
1CEZ CRYSTAL STRUCTURE OF A T7 RNA POLYMERASE-T7 PROMOTER COMPLEX 提交 1999-03-11	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–883（883 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.7；pH 8.7	分辨率 2.40 Å R-free 0.270
1H38 Structure of a T7 RNA polymerase elongation complex at 2.9A resolution 提交 2002-08-24	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–883（883 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.1；10% PEG 8000, 8% GLYCEROL, 5MM BETA-MERCAPTOETHANOL,100 MM TRIS BUFFER, PH8.1, pH 8.10	分辨率 2.90 Å R-free 0.284
1H38 Structure of a T7 RNA polymerase elongation complex at 2.9A resolution 提交 2002-08-24	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–883（883 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.1；10% PEG 8000, 8% GLYCEROL, 5MM BETA-MERCAPTOETHANOL,100 MM TRIS BUFFER, PH8.1, pH 8.10	分辨率 2.90 Å R-free 0.284
1H38 Structure of a T7 RNA polymerase elongation complex at 2.9A resolution 提交 2002-08-24	实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–883（883 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.1；10% PEG 8000, 8% GLYCEROL, 5MM BETA-MERCAPTOETHANOL,100 MM TRIS BUFFER, PH8.1, pH 8.10	分辨率 2.90 Å R-free 0.284
1H38 Structure of a T7 RNA polymerase elongation complex at 2.9A resolution 提交 2002-08-24	实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–883（883 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.1；10% PEG 8000, 8% GLYCEROL, 5MM BETA-MERCAPTOETHANOL,100 MM TRIS BUFFER, PH8.1, pH 8.10	分辨率 2.90 Å R-free 0.284
1MSW Structural basis for the transition from initiation to elongation transcription in T7 RNA polymerase 提交 2002-09-19	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–883（883 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；PEG 8000, LiSO4, Mg(OAc)2, Tris-HCL, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 294K	分辨率 2.10 Å R-free 0.275
1S0V Structural basis for substrate selection by T7 RNA polymerase 提交 2004-01-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–882（882 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 APC DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.20 Å R-free 0.307
1S0V Structural basis for substrate selection by T7 RNA polymerase 提交 2004-01-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–882（882 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 APC DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.20 Å R-free 0.307
1S0V Structural basis for substrate selection by T7 RNA polymerase 提交 2004-01-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–882（882 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 APC DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.20 Å R-free 0.307
1S0V Structural basis for substrate selection by T7 RNA polymerase 提交 2004-01-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–882（882 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 APC DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.20 Å R-free 0.307
1S76 T7 RNA polymerase alpha beta methylene ATP elongation complex 提交 2004-01-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–883（883 aa）	未记录	APC DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；T7 RNAP, DNA, RNA, alpha-beta methylene ATP, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.88 Å R-free 0.290
1S77 T7 RNAP product pyrophosphate elongation complex 提交 2004-01-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–883（883 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；298 K；T7RNAP, DNA,RNA, 3'deoxyATP, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.69 Å R-free 0.285
2PI4 T7RNAP complexed with a phi10 protein and initiating GTPs. 提交 2007-04-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 6–883（878 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 GH3 3'-DEOXY-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；300 K；50 mM Tris-HCl, 200 mM Li2SO4, 20% PEG 8000, 5% Glycerol, 15 mM magnesium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.50 Å R-free 0.297
2PI5 T7 RNA polymerase complexed with a phi10 promoter 提交 2007-04-12	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 6–883（878 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；300 K；50 mM Tris-HCl, 200 mM Li2SO4, 20% PEG 8000, 5% Glycerol, 15 mM magnesium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.90 Å R-free 0.268
3E2E Crystal Structure of an Intermediate Complex of T7 RNAP and 7nt of RNA 提交 2008-08-05	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–883（883 aa）	突变：P266L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；285 K；PEG 6000, MgCl2, Tris ph8.0 at 285K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 3.00 Å R-free 0.292
3E3J Crystal Structure of an Intermediate Complex of T7 RNAP and 8nt of RNA 提交 2008-08-07	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–883（883 aa）	突变：P266L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；285 K；PEG 6000, MgCl2, Tris ph8.5 at 285K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 6.70 Å R-free 0.454
3E3J Crystal Structure of an Intermediate Complex of T7 RNAP and 8nt of RNA 提交 2008-08-07	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–883（883 aa）	突变：P266L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；285 K；PEG 6000, MgCl2, Tris ph8.5 at 285K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 6.70 Å R-free 0.454
4RNP BACTERIOPHAGE T7 RNA POLYMERASE, HIGH SALT CRYSTAL FORM, LOW TEMPERATURE DATA, ALPHA-CARBONS ONLY 提交 1997-09-11	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–883（883 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
4RNP BACTERIOPHAGE T7 RNA POLYMERASE, HIGH SALT CRYSTAL FORM, LOW TEMPERATURE DATA, ALPHA-CARBONS ONLY 提交 1997-09-11	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–883（883 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
4RNP BACTERIOPHAGE T7 RNA POLYMERASE, HIGH SALT CRYSTAL FORM, LOW TEMPERATURE DATA, ALPHA-CARBONS ONLY 提交 1997-09-11	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–883（883 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
8DH0 T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dDs 提交 2022-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetradecameric	链 B 1–883（883 aa）链 F 1–883（883 aa）链 J 1–883（883 aa）链 N 1–883（883 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 2.90 Å R-free 0.261
8DH1 T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dDs-PaTP pair 提交 2022-06-24	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–883（883 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 S8L 1-{5-O-[(S)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-D-ribofuranosyl}-1H-pyrrole-2-carbaldehyde × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 2.65 Å R-free 0.272
8DH1 T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dDs-PaTP pair 提交 2022-06-24	结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–883（883 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 2.65 Å R-free 0.272
8DH1 T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dDs-PaTP pair 提交 2022-06-24	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 I 1–883（883 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 2.65 Å R-free 0.272
8DH1 T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dDs-PaTP pair 提交 2022-06-24	结构质量不同	Assembly 4 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 L 1–883（883 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 2.65 Å R-free 0.272
8DH2 T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dDs-ATP mismatch 提交 2022-06-24	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–883（883 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 3PO TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 2.90 Å R-free 0.307
8DH2 T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dDs-ATP mismatch 提交 2022-06-24	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–883（883 aa）	未记录	3PO TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 2.90 Å R-free 0.307
8DH2 T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dDs-ATP mismatch 提交 2022-06-24	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 I 1–883（883 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 3PO TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 2.90 Å R-free 0.307
8DH2 T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dDs-ATP mismatch 提交 2022-06-24	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 L 1–883（883 aa）	未记录	3PO TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 2.90 Å R-free 0.307
8DH3 T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dPa 提交 2022-06-24	结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–883（883 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 3.00 Å R-free 0.276
8DH3 T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dPa 提交 2022-06-24	结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–883（883 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 3.00 Å R-free 0.276
8DH3 T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dPa 提交 2022-06-24	结构质量不同	Assembly 3 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 I 1–883（883 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 3.00 Å R-free 0.276
8DH3 T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dPa 提交 2022-06-24	结构质量不同	Assembly 4 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 M 1–883（883 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 3.00 Å R-free 0.276
8DH5 T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dPa-ATP mismatch 提交 2022-06-24	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–883（883 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 2.85 Å R-free 0.267
8DH5 T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dPa-ATP mismatch 提交 2022-06-24	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–883（883 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 2.85 Å R-free 0.267
8DH5 T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dPa-ATP mismatch 提交 2022-06-24	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 I 1–883（883 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 2.85 Å R-free 0.267
8DH5 T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dPa-ATP mismatch 提交 2022-06-24	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 M 1–883（883 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10% PEG 8000, 8% glycerol, 5 mM B-mercaptoethanol, 100 mM Tris pH 8.1	分辨率 2.85 Å R-free 0.267
9YXM 10-23 DNAzyme in complex with T7 RNA Polymerase 提交 2025-10-27	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–883（883 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 4.62 Å

共 18 个其他 PDB 条目、39 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOL_BPT7
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–883； UniProt 1–883 作者链 E； PDB构建体 1–883； UniProt 1–883 作者链 I； PDB构建体 1–883； UniProt 1–883 作者链 M； PDB构建体 1–883； UniProt 1–883

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8dh4
沉积日期 deposition_date	2022-06-24
结构标题 title	T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dPa-DsTP pair
关键词 keywords	T7 RNA polymerase, elongation complex, unnatural base, Ds-Pa, synthetic DNA, transcription, Transferase-DNA-RNA complex; Transferase/DNA/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	65.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	66.57 Å
零角强度 I(0) i0	2593960000.00
分子量 molecular_weight	406230.0 kDa
排除体积 excluded_volume	499000 Å³
包络体积 envelope_volume	837320 Å³
水化壳体积 shell_volume	109870 Å³
包络直径 envelope_diameter	220.0 Å
壳层 Rg shell_rg	61.47 Å
包络 Rg envelope_rg	65.03 Å
形状 Rg shape_rg	66.57 Å
总 Rg total_rg	66.44 Å
总原子数 total_atoms	28446
残基数 n_residues	3428
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	197.4 Å
Rg (实空间) rg_real	66.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5940e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.8380e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	65.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2590000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6118
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	65.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.338
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.690
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	113600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.979; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.013; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	T7 RNA polymerase
分子量 formula_weight	98984.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,I,M
原子数 atom_count	28446

MNTINIAKNDFSDIELAAIPFNTLADHYGERLAREQLALEHESYEMGEARFRKMFERQLKAGEVADNAAAKPLITTLLPKMIARINDWFEEVKAKRGKRPTAFQFLQEIKPEAVAYITIKTTLACLTSADNTTVQAVASAIGRAIEDEARFGRIRDLEAKHFKKNVEEQLNKRVGHVYKKAFMQVVEADMLSKGLLGGEAWSSWHKEDSIHVGVRCIEMLIESTGMVSLHRQNAGVVGQDSETIELAPEYAEAIATRAGALAGISPMFQPCVVPPKPWTGITGGGYWANGRRPLALVRTHSKKALMRYEDVYMPEVYKAINIAQNTAWKINKKVLAVANVITKWKHCPVEDIPAIEREELPMKPEDIDMNPEALTAWKRAAAAVYRKDKARKSRRISLEFMLEQANKFANHKAIWFPYNMDWRGRVYAVSMFNPQGNDMTKGLLTLAKGKPIGKEGYYWLKIHGANCAGVDKVPFPERIKFIEENHENIMACAKSPLENTWWAEQDSPFCFLAFCFEYAGVQHHGLSYNCSLPLAFDGSCSGIQHFSAMLRDEVGGRAVNLLPSETVQDIYGIVAKKVNEILQADAINGTDNEVVTVTDENTGEISEKVKLGTKALAGQWLAYGVTRSVTKRSVMTLAYGSKEFGFRQQVLEDTIQPAIDSGKGLMFTQPNQAAGYMAKLIWESVSVTVVAAVEAMNWLKSAAKLLAAEVKDKKTGEILRKRCAVHWVTPDGFPVWQEYKKPIQTRLNLMFLGQFRLQPTINTNKDSEIDAHKQESGIAPNFVHSQDGSHLRKTVVWAHEKYGIESFALIHDSFGTIPADAANLFKAVRETMVDTYESCDVLADFYDQFADQLHESQLDKMPALPAKGNLNLRDILESDFAFA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Template strand DNA
分子量 formula_weight	5510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A,F,J,N

GGGAATCGAXATCGCCGC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	RNA
分子量 formula_weight	3851.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C,G,K,O

AACUGCGGCGAU

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Non-template strand DNA
分子量 formula_weight	2666.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,H,L,P

TCGATTCCC

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	;(7P)-3-{5-O-[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-beta-D-ribofuranosyl}-7-(thiophen-2-yl)-3H-imidazo[4,5-b]pyridine ;
分子量 formula_weight	573.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	8dh4M01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1320 — T7 RNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA-directed RNA polymerase, N-terminal domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	78.779 Å
晶胞边长 b length_b	86.230 Å
晶胞边长 c length_c	201.463 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	89.85 °
晶胞夹角 β angle_beta	85.39 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	69.59 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	43.200 Å
R 因子 r_factor	0.2334
R_work r_work	0.2328
R_free r_free	0.2745

fit	/app/data/saxs_computation/dh/8dh4/8dh4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dh/8dh4/8dh4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dh/8dh4/8dh4.dat

T7 RNA polymerase elongation complex with unnatural base dPa-DsTP pair

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T7 RNA polymerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)