SAXSdb — 8dul

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike glycoprotein E2

Western equine encephalitis virus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 8 其他聚合物 1 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 738–1226 链 B； UniProt 330–737 链 F； UniProt 738–1226 链 G； UniProt 330–737 链 J； UniProt 738–1226 链 K； UniProt 330–737	未记录	Antibody Fab SKT05 heavy chain × 1 Antibody Fab SKT05 light chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.17 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8DUL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8DEC Cryo-EM Structure of Western Equine Encephalitis Virus 提交 2022-06-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 720 PDB 声明：720-meric	链 A 798–1236（439 aa）链 B 320–737（418 aa）链 E 1–259（259 aa）链 F 798–1236（439 aa）链 G 320–737（418 aa）链 I 1–259（259 aa）链 J 798–1236（439 aa）链 K 320–737（418 aa）链 M 1–259（259 aa）链 N 798–1236（439 aa）链 O 320–737（418 aa）链 R 1–259（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.70 Å
8DEC Cryo-EM Structure of Western Equine Encephalitis Virus 提交 2022-06-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 798–1236（439 aa）链 B 320–737（418 aa）链 E 1–259（259 aa）链 F 798–1236（439 aa）链 G 320–737（418 aa）链 I 1–259（259 aa）链 J 798–1236（439 aa）链 K 320–737（418 aa）链 M 1–259（259 aa）链 N 798–1236（439 aa）链 O 320–737（418 aa）链 R 1–259（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.70 Å
8DEC Cryo-EM Structure of Western Equine Encephalitis Virus 提交 2022-06-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 798–1236（439 aa）链 B 320–737（418 aa）链 E 1–259（259 aa）链 F 798–1236（439 aa）链 G 320–737（418 aa）链 I 1–259（259 aa）链 J 798–1236（439 aa）链 K 320–737（418 aa）链 M 1–259（259 aa）链 N 798–1236（439 aa）链 O 320–737（418 aa）链 R 1–259（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.70 Å
8DEC Cryo-EM Structure of Western Equine Encephalitis Virus 提交 2022-06-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric	链 A 798–1236（439 aa）链 B 320–737（418 aa）链 E 1–259（259 aa）链 F 798–1236（439 aa）链 G 320–737（418 aa）链 I 1–259（259 aa）链 J 798–1236（439 aa）链 K 320–737（418 aa）链 M 1–259（259 aa）链 N 798–1236（439 aa）链 O 320–737（418 aa）链 R 1–259（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.70 Å
8DEC Cryo-EM Structure of Western Equine Encephalitis Virus 提交 2022-06-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 798–1236（439 aa）链 B 320–737（418 aa）链 E 1–259（259 aa）链 F 798–1236（439 aa）链 G 320–737（418 aa）链 I 1–259（259 aa）链 J 798–1236（439 aa）链 K 320–737（418 aa）链 M 1–259（259 aa）链 N 798–1236（439 aa）链 O 320–737（418 aa）链 R 1–259（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.70 Å
8DED Cryo-EM Structure of Western Equine Encephalitis Virus VLP in complex with SKW19 fab 提交 2022-06-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 798–1236（439 aa）链 B 320–737（418 aa）链 F 798–1236（439 aa）链 G 320–737（418 aa）链 J 798–1236（439 aa）链 K 320–737（418 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
8DEE Asymmetric Unit of Western Equine Encephalitis Virus 提交 2022-06-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 798–1236（439 aa）链 B 320–737（418 aa）链 E 1–259（259 aa）链 F 798–1236（439 aa）链 G 320–737（418 aa）链 I 1–259（259 aa）链 J 798–1236（439 aa）链 K 320–737（418 aa）链 M 1–259（259 aa）链 N 798–1236（439 aa）链 O 320–737（418 aa）链 R 1–259（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8DEF Cryo-EM Structure of Western Equine Encephalitis Virus VLP in complex with SKW24 fab 提交 2022-06-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 798–1236（439 aa）链 B 320–737（418 aa）链 F 798–1236（439 aa）链 G 320–737（418 aa）链 J 798–1236（439 aa）链 K 320–737（418 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8DUN Cryo-EM Structure of Antibody SKW11 in complex with Western Equine Encephalitis Virus spike (local refinement from VLP particles) 提交 2022-07-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 738–1226（489 aa）链 B 330–737（408 aa）链 F 738–1226（489 aa）链 G 330–737（408 aa）链 J 738–1226（489 aa）链 K 330–737（408 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.84 Å
9DQV Structure of western equine encephalitis virus CBA87 VLP in complex with human PCDH10 EC1 提交 2024-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric	链 C 97–259（163 aa）链 F 97–259（163 aa）链 I 97–259（163 aa）链 L 97–259（163 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9DQX Structure of western equine encephalitis virus CBA87 VLP 提交 2024-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 C 97–259（163 aa）链 F 97–259（163 aa）链 I 97–259（163 aa）链 L 97–259（163 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9DQY Structure of western equine encephalitis virus Imperial 181 VLP in complex with house sparrow PCDH10 EC1 提交 2024-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 798–1231（434 aa）链 C 798–1231（434 aa）链 E 798–1231（434 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9DQZ Structure of western equine encephalitis virus McMillan VLP in complex with human VLDLR 提交 2024-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric	链 C 102–259（158 aa）链 F 102–259（158 aa）链 I 102–259（158 aa）链 L 102–259（158 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 CA CALCIUM ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
9E96 WEEV CBA87 VLP in complex with human PCDH10-EC1 提交 2024-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric	链 E 107–259（153 aa）链 I 107–259（153 aa）链 M 107–259（153 aa）链 R 107–259（153 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.05 Å
9E9Y WEEV McMillan VLP in complex with VLDLR LA(1-2) 提交 2024-11-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric	链 A 798–1236（439 aa）链 C 798–1236（439 aa）链 E 107–259（153 aa）链 F 107–259（153 aa）链 G 798–1236（439 aa）链 I 107–259（153 aa）链 J 798–1236（439 aa）链 L 107–259（153 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.96 Å
9E9Z SINV-WEEV Fleming in complex with VLDLR LA(1-2) 提交 2024-11-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric	链 E 107–259（153 aa）链 F 107–259（153 aa）链 I 107–259（153 aa）链 L 107–259（153 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.95 Å
9L99 Structure of Western equine encephalitis virus McMillan strain in complex with VLDLR LA1-2 提交 2024-12-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 798–1208（411 aa）链 B 321–689（369 aa）链 G 798–1208（411 aa）链 H 321–689（369 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9L9A Structure of Western equine encephalitis virus McMillan strain in complex with VLDLR LA2-3 提交 2024-12-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 798–1208（411 aa）链 B 321–689（369 aa）链 G 798–1208（411 aa）链 H 321–689（369 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
9UIH CryoEM structure of Western equine encephalitis virus California VLP 提交 2025-04-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 798–1236（439 aa）链 B 320–737（418 aa）链 C 798–1236（439 aa）链 D 320–737（418 aa）链 E 798–1236（439 aa）链 F 320–737（418 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.05 Å
9UIO CryoEM structure of Western equine encephalitis virus California VLP in complex with VLDLR-LA1-3 提交 2025-04-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 798–1236（439 aa）链 B 320–737（418 aa）链 C 798–1236（439 aa）链 D 320–737（418 aa）链 E 798–1236（439 aa）链 F 320–737（418 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.03 Å
9WSL CryoEM structure of Western equine encephalitis virus California VLP in complex with VLDLR-LBD 提交 2025-09-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 798–1236（439 aa）链 B 320–737（418 aa）链 C 798–1236（439 aa）链 D 320–737（418 aa）链 E 798–1236（439 aa）链 F 320–737（418 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.27 Å

共 17 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLS_WEEV
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–408； UniProt 330–737 作者链 G； PDB构建体 1–408； UniProt 330–737 作者链 K； PDB构建体 1–408； UniProt 330–737 作者链 A； PDB构建体 1–489； UniProt 738–1226 作者链 F； PDB构建体 1–489； UniProt 738–1226 作者链 J； PDB构建体 1–489； UniProt 738–1226

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8dul
沉积日期 deposition_date	2022-07-27
结构标题 title	Cryo-EM Structure of Antibody SKT05 in complex with Western Equine Encephalitis Virus spike (local refinement from VLP particles)
关键词 keywords	Antibody, SKT05, Western Equine Encephalitis Virus, broadly neutralizing, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.13 Å
零角强度 I(0) i0	623394000.00
分子量 molecular_weight	202070.0 kDa
排除体积 excluded_volume	251660 Å³
包络体积 envelope_volume	362210 Å³
水化壳体积 shell_volume	71085 Å³
包络直径 envelope_diameter	150.1 Å
壳层 Rg shell_rg	48.01 Å
包络 Rg envelope_rg	41.44 Å
形状 Rg shape_rg	42.09 Å
总 Rg total_rg	42.55 Å
总原子数 total_atoms	14203
残基数 n_residues	1787
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	141.6 Å
Rg (实空间) rg_real	42.56 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.99 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.2340e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1010e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	623500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8835
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	53.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.259
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.343
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	75090000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.855; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.924

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Spike glycoprotein E2
分子量 formula_weight	45293.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,G,K
原子数 atom_count	14203

PYLGFCPYCRHSAPCFSPIKIENVWDESDDGSIRIQVSAQFGYNQAGTADVTKFRYMSFDHDHDIKEDSMDKIAISTSGPCRRLGHKGYFLLAQCPPGDSVTVSITSGASENSCTVEKKIRRKFVGREEYLFPPVHGKLVKCHVYDHLKETSAGYITMHRPGPHAYKSYLEEASGEVYIKPPSGKNVTYECKCGDYSTGIVSTRTKMNGCTKAKQCIAYKSDQTKWVFNSPDLIRHTDHSVQGKLHIPFRLTPTVCPVPLAHTPTVTKWFKGITLHLTATRPTLLTTRKLGLRADATAEWITGTTSRNFSVGREGLEYVWGNHEPVRVWAQESAPGDPHGWPHEIIIHYYHRHPVYTVIVLCGVALAILVGTASSAACIAKARRDCLTPYALAPNATVPTALAVLCCI

来源 Source

来源生物 organism	Western equine encephalitis virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11039
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Spike glycoprotein E1
分子量 formula_weight	52905.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,J,F

RPTNAETFGETLNHLWFNNQPFLWAQLCIPLAALVILFRCFSCCMPFLLVAGVCLGKVDAFEHATTVPNVPGIPYKALVERAGYAPLNLEITVVSSELTPSTNKEYVTCRFHTVIPSPQVKCCGSLECKASSKADYTCRVFGGVYPFMWGGAQCFCDSENTQLSEAYVEFAPDCTIDHAVALKVHTAALKVGLRIVYGNTTAHLDTFVNGVTPGSSRDLKVIAGPISAAFSPFDHKVVIRKGLVYNYDFPEYGAMKPGAFGDIQASSLDATDIVARTDIRLLKPSVKNIHVPYTQAVSGYEMWKNNSGRPLQETAPFGCKIEVEPLRASNCAYGHIPISIDIPDAAFVRSSESPTILEVSCTVADCIYSADFGGSLTLQYKADREGHCPVHSHSTTAVLKEATTHVTAVGSITLHFSTSSPQANFIVSLCGKKTTCNAECKPPADHIIGEPHKVDQEFQAAVSKTSWNWLLALFGGASSLIVVGLIVLV

来源 Source

来源生物 organism	Western equine encephalitis virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11039
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Antibody Fab SKT05 heavy chain
分子量 formula_weight	25517.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EVQLVESGAGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDSWMSWVRQSPGKGLEWVGRIKGKPDGETAAYAASVKGRFSISRDDSKNTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTRDDRTSCRRGVCYAAFHSWGQGVLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGSLTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYVCNVNHKPSNTKVDKRVEIKTCGGLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Macaca fascicularis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9541
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Antibody Fab SKT05 light chain
分子量 formula_weight	23238.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DIQMTQSPSSLSASAGDRVTLTCRASQAISFYLAWYQQKPGKAPKRLIYDASELQGGVPSRFSGSGSGTDFTLSINSLQPEDSATYFCLQYDSPPFTFGPGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSEDQVKSGTVSVVCLLNNFYPREASVKWKVDGALKTGNSQESVTEQDSKDNTYSLSSTLTLSSTEYQSHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Macaca fascicularis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9541
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.17 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	4109460

fit	/app/data/saxs_computation/du/8dul/8dul.fit
pddf	/app/data/pr_computation/du/8dul/8dul.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/du/8dul/8dul.dat

Cryo-EM Structure of Antibody SKT05 in complex with Western Equine Encephalitis Virus spike (local refinement from VLP particles)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike glycoprotein E2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)