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8e35

E. coli 50S ribosome bound to compound SAB002

Method: ELECTRON MICROSCOPY
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

50S ribosomal protein L2

Escherichia coli

UniProt P60422

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 8 RNA 2 23S ribosomal RNA × 1 5S ribosomal RNA × 1 50S ribosomal protein L15 × 1 （A0A037Y8L6） 50S ribosomal protein L4 × 1 （A0A7U9FY55） 50S ribosomal protein L3 × 1 （P60438） 50S ribosomal protein L13 × 1 （S1EW51） 50S ribosomal protein L22 × 1 （P61175） 50S ribosomal protein L32 × 1 （A0A828UBL8） 50S ribosomal protein L34 × 1 （B7MGC4） ;N-{(4R,6R,9S,10R,13S,15aS,17R,20R,22S,24aS)-22-benzyl-6-[3-(4-{[(3R,4R,5E,10E,12E,14S,16R,23R,26aR)-16-fluoro-14-hydroxy-12-methyl-1,7,22-trioxo-3-(propan-2-yl)-4,7,8,9,14,15,16,17,24,25,26,26a-dodecahydro-1H,3H,22H-21,18-(azeno)pyrrolo[2,1-c][1,8,4,19]dioxadiazacyclotetracosin-4-yl]methyl}-1H-1,2,3-triazol-1-yl)propyl]-17-hydroxy-10,23-dimethyl-5,8,12,15,21,24-hexaoxo-13-phenyldocosahydro-12H-pyrido[2,1-f]pyrrolo[2,1-l][1,4,7,10,13,16]oxapentaazacyclononadecin-9-yl}-3-hydroxypyridine-2-carboxamide ; × 1 water × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
10qm 11bq 11dg 11el 11fv 11gg 28uh 28ui 28uj 28uk 28ul 28um

共 670 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL2_ECOLI
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 K； PDB构建体 1–271； UniProt 2–272

50S ribosomal protein L15

Escherichia coli

UniProt A0A037Y8L6

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 8 RNA 2 23S ribosomal RNA × 1 5S ribosomal RNA × 1 50S ribosomal protein L2 × 1 （P60422） 50S ribosomal protein L4 × 1 （A0A7U9FY55） 50S ribosomal protein L3 × 1 （P60438） 50S ribosomal protein L13 × 1 （S1EW51） 50S ribosomal protein L22 × 1 （P61175） 50S ribosomal protein L32 × 1 （A0A828UBL8） 50S ribosomal protein L34 × 1 （B7MGC4） ;N-{(4R,6R,9S,10R,13S,15aS,17R,20R,22S,24aS)-22-benzyl-6-[3-(4-{[(3R,4R,5E,10E,12E,14S,16R,23R,26aR)-16-fluoro-14-hydroxy-12-methyl-1,7,22-trioxo-3-(propan-2-yl)-4,7,8,9,14,15,16,17,24,25,26,26a-dodecahydro-1H,3H,22H-21,18-(azeno)pyrrolo[2,1-c][1,8,4,19]dioxadiazacyclotetracosin-4-yl]methyl}-1H-1,2,3-triazol-1-yl)propyl]-17-hydroxy-10,23-dimethyl-5,8,12,15,21,24-hexaoxo-13-phenyldocosahydro-12H-pyrido[2,1-f]pyrrolo[2,1-l][1,4,7,10,13,16]oxapentaazacyclononadecin-9-yl}-3-hydroxypyridine-2-carboxamide ; × 1 water × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
6lkq 6o9j 6o9k 6ogf 6ogg 6ogi 6om6 6ore 6orl 6osk 6osq 6ost

共 147 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A037Y8L6_ECOLX
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 L； PDB构建体 1–144； UniProt 1–144

50S ribosomal protein L4

Escherichia coli

UniProt A0A7U9FY55

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 8 RNA 2 23S ribosomal RNA × 1 5S ribosomal RNA × 1 50S ribosomal protein L2 × 1 （P60422） 50S ribosomal protein L15 × 1 （A0A037Y8L6） 50S ribosomal protein L3 × 1 （P60438） 50S ribosomal protein L13 × 1 （S1EW51） 50S ribosomal protein L22 × 1 （P61175） 50S ribosomal protein L32 × 1 （A0A828UBL8） 50S ribosomal protein L34 × 1 （B7MGC4） ;N-{(4R,6R,9S,10R,13S,15aS,17R,20R,22S,24aS)-22-benzyl-6-[3-(4-{[(3R,4R,5E,10E,12E,14S,16R,23R,26aR)-16-fluoro-14-hydroxy-12-methyl-1,7,22-trioxo-3-(propan-2-yl)-4,7,8,9,14,15,16,17,24,25,26,26a-dodecahydro-1H,3H,22H-21,18-(azeno)pyrrolo[2,1-c][1,8,4,19]dioxadiazacyclotetracosin-4-yl]methyl}-1H-1,2,3-triazol-1-yl)propyl]-17-hydroxy-10,23-dimethyl-5,8,12,15,21,24-hexaoxo-13-phenyldocosahydro-12H-pyrido[2,1-f]pyrrolo[2,1-l][1,4,7,10,13,16]oxapentaazacyclononadecin-9-yl}-3-hydroxypyridine-2-carboxamide ; × 1 water × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
7uph 8e30 8e32 8e33 8e35 8e36 8e3l 8e3m 8e3o 8e41 8e42 8e43

共 25 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A7U9FY55_ECOLX
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 M； PDB构建体 1–201； UniProt 1–201

50S ribosomal protein L3

Escherichia coli

UniProt P60438

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 8 RNA 2 23S ribosomal RNA × 1 5S ribosomal RNA × 1 50S ribosomal protein L2 × 1 （P60422） 50S ribosomal protein L15 × 1 （A0A037Y8L6） 50S ribosomal protein L4 × 1 （A0A7U9FY55） 50S ribosomal protein L13 × 1 （S1EW51） 50S ribosomal protein L22 × 1 （P61175） 50S ribosomal protein L32 × 1 （A0A828UBL8） 50S ribosomal protein L34 × 1 （B7MGC4） ;N-{(4R,6R,9S,10R,13S,15aS,17R,20R,22S,24aS)-22-benzyl-6-[3-(4-{[(3R,4R,5E,10E,12E,14S,16R,23R,26aR)-16-fluoro-14-hydroxy-12-methyl-1,7,22-trioxo-3-(propan-2-yl)-4,7,8,9,14,15,16,17,24,25,26,26a-dodecahydro-1H,3H,22H-21,18-(azeno)pyrrolo[2,1-c][1,8,4,19]dioxadiazacyclotetracosin-4-yl]methyl}-1H-1,2,3-triazol-1-yl)propyl]-17-hydroxy-10,23-dimethyl-5,8,12,15,21,24-hexaoxo-13-phenyldocosahydro-12H-pyrido[2,1-f]pyrrolo[2,1-l][1,4,7,10,13,16]oxapentaazacyclononadecin-9-yl}-3-hydroxypyridine-2-carboxamide ; × 1 water × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
10qm 11fv 11gg 28uh 28ui 28uj 28uk 28ul 28um 28un 2j28 2rdo

共 675 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL3_ECOLI
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 N； PDB构建体 1–209； UniProt 1–209

50S ribosomal protein L13

Escherichia coli

UniProt S1EW51

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 8 RNA 2 23S ribosomal RNA × 1 5S ribosomal RNA × 1 50S ribosomal protein L2 × 1 （P60422） 50S ribosomal protein L15 × 1 （A0A037Y8L6） 50S ribosomal protein L4 × 1 （A0A7U9FY55） 50S ribosomal protein L3 × 1 （P60438） 50S ribosomal protein L22 × 1 （P61175） 50S ribosomal protein L32 × 1 （A0A828UBL8） 50S ribosomal protein L34 × 1 （B7MGC4） ;N-{(4R,6R,9S,10R,13S,15aS,17R,20R,22S,24aS)-22-benzyl-6-[3-(4-{[(3R,4R,5E,10E,12E,14S,16R,23R,26aR)-16-fluoro-14-hydroxy-12-methyl-1,7,22-trioxo-3-(propan-2-yl)-4,7,8,9,14,15,16,17,24,25,26,26a-dodecahydro-1H,3H,22H-21,18-(azeno)pyrrolo[2,1-c][1,8,4,19]dioxadiazacyclotetracosin-4-yl]methyl}-1H-1,2,3-triazol-1-yl)propyl]-17-hydroxy-10,23-dimethyl-5,8,12,15,21,24-hexaoxo-13-phenyldocosahydro-12H-pyrido[2,1-f]pyrrolo[2,1-l][1,4,7,10,13,16]oxapentaazacyclononadecin-9-yl}-3-hydroxypyridine-2-carboxamide ; × 1 water × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
6lkq 7cpj 7s1i 7s1j 7s1k 7tos 7ug7 7uph 8e30 8e32 8e33 8e35

共 79 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 S1EW51_ECOLX
Isoform —
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 O； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142

50S ribosomal protein L22

Escherichia coli

UniProt P61175

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 8 RNA 2 23S ribosomal RNA × 1 5S ribosomal RNA × 1 50S ribosomal protein L2 × 1 （P60422） 50S ribosomal protein L15 × 1 （A0A037Y8L6） 50S ribosomal protein L4 × 1 （A0A7U9FY55） 50S ribosomal protein L3 × 1 （P60438） 50S ribosomal protein L13 × 1 （S1EW51） 50S ribosomal protein L32 × 1 （A0A828UBL8） 50S ribosomal protein L34 × 1 （B7MGC4） ;N-{(4R,6R,9S,10R,13S,15aS,17R,20R,22S,24aS)-22-benzyl-6-[3-(4-{[(3R,4R,5E,10E,12E,14S,16R,23R,26aR)-16-fluoro-14-hydroxy-12-methyl-1,7,22-trioxo-3-(propan-2-yl)-4,7,8,9,14,15,16,17,24,25,26,26a-dodecahydro-1H,3H,22H-21,18-(azeno)pyrrolo[2,1-c][1,8,4,19]dioxadiazacyclotetracosin-4-yl]methyl}-1H-1,2,3-triazol-1-yl)propyl]-17-hydroxy-10,23-dimethyl-5,8,12,15,21,24-hexaoxo-13-phenyldocosahydro-12H-pyrido[2,1-f]pyrrolo[2,1-l][1,4,7,10,13,16]oxapentaazacyclononadecin-9-yl}-3-hydroxypyridine-2-carboxamide ; × 1 water × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
10qm 11bq 11dg 11el 11fv 11gg 28uh 28ui 28uj 28uk 28ul 28um

共 617 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL22_ECOLI
Isoform —
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 P； PDB构建体 1–110； UniProt 1–110

50S ribosomal protein L32

Escherichia coli

UniProt A0A828UBL8

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 8 RNA 2 23S ribosomal RNA × 1 5S ribosomal RNA × 1 50S ribosomal protein L2 × 1 （P60422） 50S ribosomal protein L15 × 1 （A0A037Y8L6） 50S ribosomal protein L4 × 1 （A0A7U9FY55） 50S ribosomal protein L3 × 1 （P60438） 50S ribosomal protein L13 × 1 （S1EW51） 50S ribosomal protein L22 × 1 （P61175） 50S ribosomal protein L34 × 1 （B7MGC4） ;N-{(4R,6R,9S,10R,13S,15aS,17R,20R,22S,24aS)-22-benzyl-6-[3-(4-{[(3R,4R,5E,10E,12E,14S,16R,23R,26aR)-16-fluoro-14-hydroxy-12-methyl-1,7,22-trioxo-3-(propan-2-yl)-4,7,8,9,14,15,16,17,24,25,26,26a-dodecahydro-1H,3H,22H-21,18-(azeno)pyrrolo[2,1-c][1,8,4,19]dioxadiazacyclotetracosin-4-yl]methyl}-1H-1,2,3-triazol-1-yl)propyl]-17-hydroxy-10,23-dimethyl-5,8,12,15,21,24-hexaoxo-13-phenyldocosahydro-12H-pyrido[2,1-f]pyrrolo[2,1-l][1,4,7,10,13,16]oxapentaazacyclononadecin-9-yl}-3-hydroxypyridine-2-carboxamide ; × 1 water × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
10qm 7uph 8e30 8e32 8e33 8e35 8e36 8e3l 8e3m 8e3o 8e41 8e42

共 41 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A828UBL8_ECOLX
Isoform —
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 Q； PDB构建体 1–56； UniProt 2–57

50S ribosomal protein L34

Escherichia coli

UniProt B7MGC4

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 8 RNA 2 23S ribosomal RNA × 1 5S ribosomal RNA × 1 50S ribosomal protein L2 × 1 （P60422） 50S ribosomal protein L15 × 1 （A0A037Y8L6） 50S ribosomal protein L4 × 1 （A0A7U9FY55） 50S ribosomal protein L3 × 1 （P60438） 50S ribosomal protein L13 × 1 （S1EW51） 50S ribosomal protein L22 × 1 （P61175） 50S ribosomal protein L32 × 1 （A0A828UBL8） ;N-{(4R,6R,9S,10R,13S,15aS,17R,20R,22S,24aS)-22-benzyl-6-[3-(4-{[(3R,4R,5E,10E,12E,14S,16R,23R,26aR)-16-fluoro-14-hydroxy-12-methyl-1,7,22-trioxo-3-(propan-2-yl)-4,7,8,9,14,15,16,17,24,25,26,26a-dodecahydro-1H,3H,22H-21,18-(azeno)pyrrolo[2,1-c][1,8,4,19]dioxadiazacyclotetracosin-4-yl]methyl}-1H-1,2,3-triazol-1-yl)propyl]-17-hydroxy-10,23-dimethyl-5,8,12,15,21,24-hexaoxo-13-phenyldocosahydro-12H-pyrido[2,1-f]pyrrolo[2,1-l][1,4,7,10,13,16]oxapentaazacyclononadecin-9-yl}-3-hydroxypyridine-2-carboxamide ; × 1 water × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
10qm 11gg 5u9f 5u9g 5wf0 5wfs 6dnc 6o9j 6o9k 6ogf 6ogg 6ogi

共 172 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL34_ECO45
Isoform —
PDB实体 10
链与序列区间 作者链 R； PDB构建体 1–46； UniProt 1–46

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8e35
沉积日期 deposition_date2022-08-16
结构标题 titleE. coli 50S ribosome bound to compound SAB002
关键词 keywordsE. coli ribosome, streptogramin A, streptogramin B, antibiotics, RIBOSOME-ANTIBIOTIC complex; RIBOSOME/ANTIBIOTIC
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8e35__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8e35__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 107 108 109 1010 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8e35__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）70.59 Å
Rg（电子密度）70.23 Å
总 Rg70.38 Å
原子数116063
残基数4174
排除体积1076500 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 8e35__assembly_1__model_1 decameric （10） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

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7. 引用文献 (1)