8fa2

Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 Omicron HR1-42G complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 110.8 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8fa2
沉积日期 deposition_date	2022-11-25
结构标题 title	Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 Omicron HR1-42G complex
关键词 keywords	spike, HR1HR2, fusion, scaffold, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.05 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.52 Å
零角强度 I(0) i0	23219700.00
分子量 molecular_weight	36626.0 kDa
排除体积 excluded_volume	45671 Å³
包络体积 envelope_volume	58046 Å³
水化壳体积 shell_volume	18860 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.6 Å
壳层 Rg shell_rg	31.38 Å
包络 Rg envelope_rg	31.75 Å
形状 Rg shape_rg	30.55 Å
总 Rg total_rg	30.54 Å
总原子数 total_atoms	2577
残基数 n_residues	342
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	110.8 Å
Rg (实空间) rg_real	30.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3220e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6860e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	23210000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5885
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.711
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.274
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	19180000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.193; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.069; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	;Scaffolded Spike protein S2' HR1 ;
分子量 formula_weight	28818.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	2577

MSHHHHHHGSQTLLRNFGNVYDNPVLLDRSVTAPVTEGFNVVLASFQALYLQYQKHHFVVEGSEFYSLHEFFNESYNQVQDHIHEIGERLDGLGGVPVATFSKLAELTCFEQESEGVYSSRQMVENDLAAEQAIIGVIRRQAAQAESLGDRGTRYLYEKILLKTEERAYHLSHFLAKDSLTLGFAYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNHNAQALNTLVKQLSSKFGAISSVLNDIFSRLDKVE

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
通用名 common_name	2019-nCoV, SARS-CoV-2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	;Spike protein S2' 42G ;
分子量 formula_weight	4992.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

KNHTSPDVDLGGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQ

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
通用名 common_name	2019-nCoV, SARS-CoV-2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.82 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	547178

fit	/app/data/saxs_computation/fa/8fa2/8fa2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fa/8fa2/8fa2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fa/8fa2/8fa2.dat

Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 Omicron HR1-42G complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)