8fvi

Human APOBEC3H bound to HIV-1 Vif in complex with CBF-beta, ELOB, ELOC, and CUL5

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Core-binding factor subunit beta

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 6 RNA 2	Virion infectivity factor × 1 （P12504） DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3H × 1 （Q6NTF7） RNA(5'-R(APUPUPUPUPUPUPUPUPU)-3') × 1 RNA(5'-R(APAPAPAPAPAPAPAPA)-3') × 1 Cullin 5 × 1 （A0A2K5ZN28） Elongin-B × 1 （Q15370） Elongin-C × 1 （Q15369） ZINC ION × 2 water × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PEBB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 0； PDB构建体 1–157； UniProt 1–157

Virion infectivity factor

Human immunodeficiency virus 1

UniProt P12504

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 6 RNA 2	Core-binding factor subunit beta × 1 （Q13951） DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3H × 1 （Q6NTF7） RNA(5'-R(APUPUPUPUPUPUPUPUPU)-3') × 1 RNA(5'-R(APAPAPAPAPAPAPAPA)-3') × 1 Cullin 5 × 1 （A0A2K5ZN28） Elongin-B × 1 （Q15370） Elongin-C × 1 （Q15369） ZINC ION × 2 water × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VIF_HV1N5
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 3–178； UniProt 1–176

DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3H

Homo sapiens

UniProt Q6NTF7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 6 RNA 2	Core-binding factor subunit beta × 1 （Q13951） Virion infectivity factor × 1 （P12504） RNA(5'-R(APUPUPUPUPUPUPUPUPU)-3') × 1 RNA(5'-R(APAPAPAPAPAPAPAPA)-3') × 1 Cullin 5 × 1 （A0A2K5ZN28） Elongin-B × 1 （Q15370） Elongin-C × 1 （Q15369） ZINC ION × 2 water × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	ABC3H_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 8–188； UniProt 1–181

Cullin 5

Homo sapiens

UniProt A0A2K5ZN28

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 6 RNA 2	Core-binding factor subunit beta × 1 （Q13951） Virion infectivity factor × 1 （P12504） DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3H × 1 （Q6NTF7） RNA(5'-R(APUPUPUPUPUPUPUPUPU)-3') × 1 RNA(5'-R(APAPAPAPAPAPAPAPA)-3') × 1 Elongin-B × 1 （Q15370） Elongin-C × 1 （Q15369） ZINC ION × 2 water × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A2K5ZN28_MANLE
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 x； PDB构建体 5–314； UniProt 9–318

Elongin-B

Homo sapiens

UniProt Q15370

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 6 RNA 2	Core-binding factor subunit beta × 1 （Q13951） Virion infectivity factor × 1 （P12504） DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3H × 1 （Q6NTF7） RNA(5'-R(APUPUPUPUPUPUPUPUPU)-3') × 1 RNA(5'-R(APAPAPAPAPAPAPAPA)-3') × 1 Cullin 5 × 1 （A0A2K5ZN28） Elongin-C × 1 （Q15369） ZINC ION × 2 water × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	ELOB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 y； PDB构建体 1–102； UniProt 1–102

Elongin-C

Homo sapiens

UniProt Q15369

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 6 RNA 2	Core-binding factor subunit beta × 1 （Q13951） Virion infectivity factor × 1 （P12504） DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3H × 1 （Q6NTF7） RNA(5'-R(APUPUPUPUPUPUPUPUPU)-3') × 1 RNA(5'-R(APAPAPAPAPAPAPAPA)-3') × 1 Cullin 5 × 1 （A0A2K5ZN28） Elongin-B × 1 （Q15370） ZINC ION × 2 water × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ELOC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 z； PDB构建体 1–96； UniProt 17–112

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8fvi
沉积日期 deposition_date	2023-01-19
结构标题 title	Human APOBEC3H bound to HIV-1 Vif in complex with CBF-beta, ELOB, ELOC, and CUL5
关键词 keywords	virus-host protein complex, ANTIVIRAL PROTEIN; ANTIVIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8fvi__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8fvi__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8fvi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.78 Å
Rg（电子密度）	36.08 Å
总 Rg	36.44 Å
原子数	6773
残基数	796
排除体积	119310 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8fvi__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Core-binding factor subunit beta
分子量 formula_weight	18643.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	0
原子数 atom_count	6774

MPRVVPDQRSKFENEEFFRKLSRECEIKYTGFRDRPHEERQARFQNACRDGRSEIAFVATGTNLSLQFFPASWQGEQRQTPSREYVDLEREAGKVYLKAPMILNGVCVIWKGWIDLQRLDGMGCLEFDEERAQQEDALAQQAFEEARRRTREFEDRD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Virion infectivity factor
分子量 formula_weight	21160.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1

GPMENRWQVMIVWQVDRMRINTWKRLVKHHMYISRKAKDWFYRHHYESTHPKISSEVHIPLGDAKLVITTYWGLHTGERDWHLGQGVSIEWRKKRYSTQVDPDLADQLIHLHYFDCFSESAIRNTILGRIVSPRCEYQAGHNKVGSLQYLALAALIKPKQIKPPLPSVRKLTEDRWNK

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3H
分子量 formula_weight	22103.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.4.38
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

GPGGSGGMALLTAETFRLQFNNKRRLRRPYYPRKALLCYQLTPQNGSTPTRGYFENKKKCHAEICFINEIKSMGLDETQCYQVTCYLTWSPCSSCAWELVDFIQAHDHLNLRIFASRLYYHWCKPQQDGLRLLCGSQVPVEVMGFPEFADCWENFVDHEKPLSFNPYKMLEELDKNSRAIKRRLDRIKS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	RNA(5'-R(APUPUPUPUPUPUPUPUP*U)-3')
分子量 formula_weight	3039.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B

AUUUUUUUUU

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	RNA(5'-R(APAPAPAPAPAPAPAP*A)-3')
分子量 formula_weight	2917.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C

AAAAAAAAA

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Cullin 5
分子量 formula_weight	36614.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	x

GPAGSSLQFEDKWDFMRPIVLKLLRQESVTKQQWFDLFSDVHAVCLWDDKGPAKIHQALKEDILEFIKQAQARVLSHQDDTALLKAYIVEWRKFFTQCDILPKPFCQLEITLMGKQGSNKKSNVEDSIVRKLMLDTWNESIFSNIKNRLQDSAMKLVHAERLGEAFDSQLVIGVRESYVNLCSNPEDKLQIYRDNFEKAYLDSTERFYRTQAPSYLQQNGVQNYMKYADAKLKEEEKRALRYLETRRECNSVEALMECCVNALVTSFKETILAECQGMIKRNETEKLHLMFSLMDKVPNGIEPMLKDLEEHIIS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Elongin-B
分子量 formula_weight	11488.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	y

MDVFLMIRRHKTTIFTDAKESSTVFELKRIVEGILKRPPDEQRLYKDDQLLDDGKTLGECGFTSQTARPQAPATVGLAFRADDTFEALCIEPFSSPPELPDV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Elongin-C
分子量 formula_weight	10843.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	z

MYVKLISSDGHEFIVKREHALTSGTIKAMLSGPGQFAENETNEVNFREIPSHVLSKVCMYFTYKVRYTNSSTEIPEFPIAPEIALELLMAANFLDC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	8fvix01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1310 — 5 helical Cullin repeat like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cullin Repeats

结构域编号 domain_id	8fviz01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.24 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	89986

Human APOBEC3H bound to HIV-1 Vif in complex with CBF-beta, ELOB, ELOC, and CUL5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Core-binding factor subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Virion infectivity factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3H

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cullin 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Elongin-B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Elongin-C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8fvi__assembly_1__model_1

8fvi__assembly_1__model_1 | I(q)

8fvi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 polymer