SAXSdb — 8ixf

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ixf
沉积日期 deposition_date	2023-03-31
结构标题 title	GMPCPP-Alpha4A/Beta2A-microtubule decorated with kinesin non-seam region
关键词 keywords	microtubule, tubulin isotype, cryo-EM structure, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	87.16 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	87.42 Å
零角强度 I(0) i0	21115300000.00
分子量 molecular_weight	1199600.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1484300 Å³
包络体积 envelope_volume	2232500 Å³
水化壳体积 shell_volume	213550 Å³
包络直径 envelope_diameter	318.6 Å
壳层 Rg shell_rg	80.46 Å
包络 Rg envelope_rg	85.45 Å
形状 Rg shape_rg	87.42 Å
总 Rg total_rg	87.36 Å
总原子数 total_atoms	84087
残基数 n_residues	10602
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	230.9 Å
Rg (实空间) rg_real	83.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.59 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0170e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5740e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	85.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21040000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9115
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	89.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.252
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.643
角度范围 angular_range	— – 0.0900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.0580
最高正则化参数 α highest_alpha	750900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	19
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.999; Stabil: 0.966; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.953; Smooth: 0.001

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Tubulin alpha-4A chain
分子量 formula_weight	50806.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.5.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	84087

MRECISVHVGQAGVQMGNACWELYCLEHGIQPDGQMPSDKTIHHHHHHGGGDDSFTTFFCETGAGKHVPRAVFVDLEPTVIDEIRNGPYRQLFHPEQLITGKEDAANNYARGHYTIGKEIIDPVLDRIRKLSDQCTGLQGFLVFHSFGGGTGSGFTSLLMERLSVDYGKKSKLEFSIYPAPQVSTAVVEPYNSILTTHTTLEHSDCAFMVDNEAIYDICRRNLDIERPTYTNLNRLISQIVSSITASLRFDGALNVDLTEFQTNLVPYPRIHFPLATYAPVISAEKAYHEQLSVAEITNACFEPANQMVKCDPRHGKYMACCLLYRGDVVPKDVNAAIAAIKTKRSIQFVDWCPTGFKVGINYQPPTVVPGGDLAKVQRAVCMLSNTTAIAEAWARLDHKFDLMYAKRAFVHWYVGEGMEEGEFSEAREDMAALEKDYEEVGIDSYEDEDEGEE

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Insecta environmental sample

Entity 2 polymer

描述 description	Tubulin beta-2A chain
分子量 formula_weight	51151.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q,J,K,L,M,N,O,P,R

MREIVHIQAGQCGNQIGAKFWEVISDEHGIDPTGSYHGDSDLQLERINVYYNEAAGNKYVPRAILVDLEPGTMDSVRSGPFGQIFRPDNFVFGQSGAGNNWAKGHYTEGAELVDSVLDVVRKESESCDCLQGFQLTHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRIMNTFSVMPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENTDETYSIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSATMSGVTTCLRFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTSRGSQQYRALTVPELTQQMFDSKNMMAACDPRHGRYLTVAAIFRGRMSMKEVDEQMLNVQNKNSSYFVEWIPNNVKTAVCDIPPRGLKMSATFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATADEQGEFEEEEGEDEAGGSGGDYKDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Insecta environmental sample

Entity 3 polymer

描述 description	Kinesin-1 heavy chain
分子量 formula_weight	41721.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y,S,T,U,V,W,X,Z,a

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMASMADLAECNIKVMCRFRPLNESEVNRGDKYIAKFQGEDTVVIASKPYAFDRVFQSSTSQEQVYNDCAKKIVKDVLEGYNGTIFAYGQTSSGKTHTMEGKLHDPEGMGIIPRIVQDIFNYIYSMDENLEFHIKVSYFEIYLDKIRDLLDVSKTNLSVHEDKNRVPYVKGCTERFVCSPDEVMDTIDEGKSNRHVAVTNMNEHSSRSHSIFLINVKQENTQTEQKLSGKLYLVDLAGSAKVSKTGAEGAVLDEAKNINKSLSALGNVISALAEGSTYVPYRDSKMTRILQDSLGGNCRTTIVICCSPSSYNESETKSTLLFGQRAKTIKNTVCVNVELTAEQWKKKYEKEKE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER
分子量 formula_weight	521.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 6 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	4.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	24668

fit	/app/data/saxs_computation/ix/8ixf/8ixf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ix/8ixf/8ixf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ix/8ixf/8ixf.dat

GMPCPP-Alpha4A/Beta2A-microtubule decorated with kinesin non-seam region

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)