8j09

Crystal structure of the Sld3 Cdc45-binding-domain, in complex with Cdc45

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 103.0 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA replication regulator SLD3

Saccharomyces cerevisiae S288C

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 154–420	未记录	Cell division control protein 45 × 1 （Q08032）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.2M sodium acetate, 0.1M Bis-Tris propane (pH6.5: pH8.5 = 3:7), 20%(w/v) PEG33500	分辨率 2.61 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8J09	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3WI3 Crystal Structure of the Sld3/Treslin domain from yeast Sld3 提交 2013-09-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 148–430（283 aa）片段：UNP RESIDUES 148-430	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；293 K；PEG 4000, LiSO4, pH 8.4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.262
3WI3 Crystal Structure of the Sld3/Treslin domain from yeast Sld3 提交 2013-09-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 148–430（283 aa）片段：UNP RESIDUES 148-430	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；293 K；PEG 4000, LiSO4, pH 8.4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.262
3WI3 Crystal Structure of the Sld3/Treslin domain from yeast Sld3 提交 2013-09-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 148–430（283 aa）片段：UNP RESIDUES 148-430	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；293 K；PEG 4000, LiSO4, pH 8.4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.262
9RHI pre-Initiation Complex on ARS1 DNA (monomer) 提交 2025-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：19-meric	链 Q 1–668（668 aa）链 T 1–668（668 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9RHJ Pre-Initiation Complex on ARS1 DNA (dimer) 提交 2025-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric	链 Q 1–668（668 aa）链 T 1–668（668 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9RHL Phospho-DH bound by Sld3-MBD on ARS1 DNA 提交 2025-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric	链 H 1–668（668 aa）链 I 1–668（668 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9RHM Phospho-MCM double hexamer bound to Sld3-Sld7-Cdc45 on ARS1 DNA 提交 2025-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：19-meric	链 H 1–668（668 aa）链 I 1–668（668 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	SLD3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–267； UniProt 154–420

Cell division control protein 45

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt Q08032

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–650	未记录	DNA replication regulator SLD3 × 1 （P53135）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.2M sodium acetate, 0.1M Bis-Tris propane (pH6.5: pH8.5 = 3:7), 20%(w/v) PEG33500	分辨率 2.61 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 8J09	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
28VY sCMGE assembled on ARS1 DNA with Sld2 and RPA 提交 2026-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric	链 E 1–197（197 aa）链 E 204–650（447 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
3JC5 Structure of the eukaryotic replicative CMG helicase and pumpjack motion 提交 2015-11-24	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 c 1–650（650 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20 mM Tris acetate, pH 7.5, 40 mM potassium glutamate, 2 mM DTT, 0.1 mM EDTA；pH 7.5；20 mM Tris acetate, pH 7.5, 40 mM potassium glutamate, 2 mM DTT, 0.1 mM EDTA cryo-EM玻璃化条件 Blot for 3 seconds before plunging；冷冻剂 ETHANE；Blot for 3 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).	分辨率 4.70 Å
3JC6 Structure of the eukaryotic replicative CMG helicase and pumpjack motion 提交 2015-11-24	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 E 1–650（650 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20 mM Tris acetate, pH 7.5, 40 mM potassium glutamate, 2 mM DTT, 0.1 mM EDTA；pH 7.5；20 mM Tris acetate, pH 7.5, 40 mM potassium glutamate, 2 mM DTT, 0.1 mM EDTA cryo-EM玻璃化条件 Blot for 3 seconds before plunging；冷冻剂 ETHANE；Blot for 3 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).	分辨率 3.70 Å R-free 0.331
3JC7 Structure of the eukaryotic replicative CMG helicase and pumpjack motion 提交 2015-11-24	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 c 1–650（650 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20 mM Tris acetate, pH 7.5, 40 mM potassium glutamate, 2 mM DTT, 0.1 mM EDTA；pH 7.5；20 mM Tris acetate, pH 7.5, 40 mM potassium glutamate, 2 mM DTT, 0.1 mM EDTA cryo-EM玻璃化条件 Blot for 3 seconds before plunging；冷冻剂 ETHANE；Blot for 3 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).	分辨率 4.80 Å
5U8S Structure of eukaryotic CMG helicase at a replication fork 提交 2016-12-14	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric	链 E 1–650（650 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.10 Å R-free 0.391
5U8T Structure of Eukaryotic CMG Helicase at a Replication Fork and Implications 提交 2016-12-15	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：dodecameric	链 E 1–650（650 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.90 Å R-free 0.394
6HV9 S. cerevisiae CMG-Pol epsilon-DNA 提交 2018-10-10	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric	链 G 1–650（650 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.98 Å
6PTJ Structure of Ctf4 trimer in complex with one CMG helicase 提交 2019-07-15	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 c 1–650（650 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6PTN Structure of Ctf4 trimer in complex with two CMG helicases 提交 2019-07-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：25-meric	链 H 1–650（650 aa）链 h 1–650（650 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.80 Å
6PTO Structure of Ctf4 trimer in complex with three CMG helicases 提交 2019-07-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 E 1–650（650 aa）链 e 1–650（650 aa）链 r 1–650（650 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.00 Å
6SKL Cryo-EM structure of the CMG Fork Protection Complex at a replication fork - Conformation 1 提交 2019-08-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric	链 E 1–650（650 aa）片段：Mcm4	未记录	ZN ZINC ION × 5 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Three microlitres of sample was applied on a grid and incubated for 15-30 s at 4 degC before manually blotting with filter paper for 10 s and plunge-freezing in liquid ethane.	分辨率 3.70 Å
6U0M Structure of the S. cerevisiae replicative helicase CMG in complex with a forked DNA 提交 2019-08-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric	链 E 5–650（646 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
7PMK S. cerevisiae replisome-SCF(Dia2) complex bound to double-stranded DNA (conformation I) 提交 2021-09-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric	链 E 1–197（197 aa）链 E 203–650（448 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Manual plunger	分辨率 3.20 Å
7PMN S. cerevisiae replisome-SCF(Dia2) complex bound to double-stranded DNA (conformation II) 提交 2021-09-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric	链 E 1–197（197 aa）链 E 203–650（448 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Manual plunger	分辨率 3.20 Å
7QHS S. cerevisiae CMGE nucleating origin DNA melting 提交 2021-12-14	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric	链 E 1–650（650 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ZN ZINC ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7Z13 S. cerevisiae CMGE dimer nucleating origin DNA melting 提交 2022-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric	链 E 1–198（198 aa）链 E 203–650（448 aa）链 L 1–198（198 aa）链 L 203–650（448 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 8 ZN ZINC ION × 14 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8B9A S. cerevisiae replisome + Ctf4, bound by pol alpha primase. Complex engaged with a fork DNA substrate containing a 60 nucleotide lagging strand. 提交 2022-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：23-meric	链 G 1–198（198 aa）链 G 203–650（448 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8B9B S. cerevisiae replisome + Ctf4, bound by pol alpha. Complex engaged with a fork DNA substrate containing a 60 nucleotide lagging strand. 提交 2022-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：23-meric	链 G 1–198（198 aa）链 G 203–650（448 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8B9C S. cerevisiae pol alpha - replisome complex 提交 2022-10-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric	链 G 1–198（198 aa）链 G 203–650（448 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
8KG6 Yeast replisome in state I 提交 2023-08-17	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric	链 E 1–650（650 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 5 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot with filter paper for 3-4 seconds before plunging.	分辨率 3.07 Å
8KG8 Yeast replisome in state II 提交 2023-08-17	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric	链 E 1–650（650 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 5 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot with filter paper for 3-4 seconds before plunging.	分辨率 4.23 Å
8KG9 Yeast replisome in state III 提交 2023-08-17	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric	链 E 1–650（650 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot with filter paper for 3-4 seconds before plunging.	分辨率 4.52 Å
8P5E S. cerevisiae nexus-sCMGE after DNA replication initiation 提交 2023-05-24	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric	链 E 1–650（650 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ZN ZINC ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
8P62 S. cerevisiae ssDNA-sCMGE after DNA replication initiation 提交 2023-05-25	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：14-meric	链 E 1–650（650 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ZN ZINC ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
8P63 S. cerevisiae consensus-sCMGE on ssDNA after DNA replication initiation 提交 2023-05-25	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：14-meric	链 E 1–650（650 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ZN ZINC ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8W7M Yeast replisome in state V 提交 2023-08-30	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：hexadecameric	链 E 1–650（650 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 5 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot with filter paper for 3-4 seconds before plunging.	分辨率 4.12 Å
8W7S Yeast replisome in state IV 提交 2023-08-31	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：hexadecameric	链 E 1–650（650 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot with filter paper for 3-4 seconds before plunging.	分辨率 7.39 Å
8XGC Structure of yeast replisome associated with FACT and histone hexamer, Composite map 提交 2023-12-15	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：29-meric	链 E 1–650（650 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9E2W Cryo-EM structure of yeast CMG helicase stalled at G4-containing DNA template, state 1 提交 2024-10-23	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric	链 E 1–650（650 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Wait time 30 seconds after sample application; blot time 30 seconds with blot force 0	分辨率 3.30 Å
9E2X Cryo-EM structure of yeast CMG helicase stalled at G4-containing DNA template, state 2 提交 2024-10-23	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric	链 E 1–650（650 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 5 ZN ZINC ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Wait time 30 seconds after sample application; blot time 30 seconds with blot force 0	分辨率 3.50 Å
9E2Y Cryo-EM structure of yeast CMG helicase stalled at G4-containing DNA template, state 3 提交 2024-10-23	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric	链 E 1–650（650 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Wait time 30 seconds after sample application; blot time 30 seconds with blot force 0	分辨率 3.20 Å
9RHI pre-Initiation Complex on ARS1 DNA (monomer) 提交 2025-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：19-meric	链 E 1–197（197 aa）链 E 204–650（447 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9RHJ Pre-Initiation Complex on ARS1 DNA (dimer) 提交 2025-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：32-meric	链 E 1–197（197 aa）链 E 204–650（447 aa）链 L 1–197（197 aa）链 L 204–650（447 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9RHM Phospho-MCM double hexamer bound to Sld3-Sld7-Cdc45 on ARS1 DNA 提交 2025-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：19-meric	链 E 1–197（197 aa）链 E 204–650（447 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 10 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

共 34 个其他 PDB 条目、34 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CDC45_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–650； UniProt 1–650

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8j09
沉积日期 deposition_date	2023-04-10
结构标题 title	Crystal structure of the Sld3 Cdc45-binding-domain, in complex with Cdc45
关键词 keywords	REPLICATION, DNA replication, CMG formation, Cdc45 recruitment, Sld3; REPLICATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.64 Å
零角强度 I(0) i0	123782000.00
分子量 molecular_weight	91782.0 kDa
排除体积 excluded_volume	116420 Å³
包络体积 envelope_volume	144610 Å³
水化壳体积 shell_volume	39801 Å³
包络直径 envelope_diameter	107.0 Å
壳层 Rg shell_rg	37.38 Å
包络 Rg envelope_rg	30.72 Å
形状 Rg shape_rg	30.64 Å
总 Rg total_rg	31.25 Å
总原子数 total_atoms	6476
残基数 n_residues	796
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.0 Å
Rg (实空间) rg_real	31.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2380e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0070e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	123800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8925
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	35.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.359
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.397
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	40750000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.885; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.948

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA replication regulator SLD3
分子量 formula_weight	31118.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6516

YSDPKEYIESKYYDALFSIHTPLAYFVKSNLVRLKNTCRTKYGSDSYKIAYQAMLQKFLLSIVQFKDRHDNRLLLEPFSSPIADEKRKNCLTKFVIQDENKNSSTIADLCVVLKSREIKLQILLLLEIIGLNDLDWNFRDFEKKYKLKLKKRSLNLTKKGLVRRRSKKKTSEKDKGIERITTSLDYCEQLDLYLDRACILDILLSSETPNPDAIEASNGTIQEHKKNILDKSKEASLVGFINYVLIPYFNKKVPHAVEFIIQKLKGP

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cell division control protein 45
分子量 formula_weight	74324.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MYYGISQFSEAYNKILRNSSSHSSCQLVIFVSCLNIDALCATKMLSLLFKKQLVQSQIVPIFGYSELRRHYSQLDDNINSLLLVGFGGVIDLEAFLEIDPQEYVIDTDEKSGEQSFRRDIYVLDAHRPWNLDNIFGSQIIQCFDDGTVDDTLGEQKEAYYKLLELDEESGDDELSGDENDNNGGDDEATDADEVTDEDEEDEDETISNKRGNSSIGPNDLSKRKQRKKQIHEYEGVLEEYYSQGTTVVNSISAQIYSLLSAIGETNLSNLWLNILGTTSLDIAYAQVYNRLYPLLQDEVKRLTPSSRNSVKTPDTLTLNIQPDYYLFLLRHSSLYDSFYYSNYVNAKLSLWNENGKKRLHKMFARMGIPLSTAQETWLYMDHSIKRELGIIFDKNLDRYGLQDIIRDGFVRTLGYRGSISASEFVEALTALLEVGNSTDKDSVKINNDNNDDTDGEEEEDNSAQKLTNLRKRWVSNFWLSWDALDDRKVELLNRGIQLAQDLQRAIFNTGVAILEKKLIKHLRIYRLCVLQDGPDLDLYRNPLTLLRLGNWLIECCAESEDKQLLPMVLASIDENTDTYLVAGLTPRYPRGLDTIHTKKPILNNFSMAFQQITAETDAKVRIDNFESSIIEIRREDLSPFLEKLTLSGLL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	40

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	70.771 Å
晶胞边长 b length_b	107.569 Å
晶胞边长 c length_c	128.283 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.610 Å
最低分辨率 resolution_low	43.470 Å
R 因子 r_factor	0.2212
R_work r_work	0.2189
R_free r_free	0.2624

fit	/app/data/saxs_computation/j0/8j09/8j09.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j0/8j09/8j09.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j0/8j09/8j09.dat

Crystal structure of the Sld3 Cdc45-binding-domain, in complex with Cdc45

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA replication regulator SLD3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cell division control protein 45

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)