8k35

Structure of the bacteriophage lambda tail tip complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 221.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tip attachment protein J

物种未注明

UniProt P03749

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 24 PDB 声明:24-meric(24) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–1132 链 B; UniProt 1–1132 链 I; UniProt 1–1132 未记录 Tail tip protein L × 3 (P03738) Tail tip protein M × 6 (P03737) Tail tip assembly protein I × 3 (P03730) Tail tube protein × 6 (P03733) Tape measure protein × 3 (P03736) SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.44 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TIPJ_LAMBD
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–1132; UniProt 1–1132 作者链 B; PDB构建体 1–1132; UniProt 1–1132 作者链 I; PDB构建体 1–1132; UniProt 1–1132

Tail tip protein L

物种未注明

UniProt P03738

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 24 PDB 声明:24-meric(24) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–232 链 J; UniProt 1–232 链 N; UniProt 1–232 未记录 Tip attachment protein J × 3 (P03749) Tail tip protein M × 6 (P03737) Tail tip assembly protein I × 3 (P03730) Tail tube protein × 6 (P03733) Tape measure protein × 3 (P03736) SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.44 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TIPL_LAMBD
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–232; UniProt 1–232 作者链 J; PDB构建体 1–232; UniProt 1–232 作者链 N; PDB构建体 1–232; UniProt 1–232

Tail tip protein M

物种未注明

UniProt P03737

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 24 PDB 声明:24-meric(24) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–109 链 D; UniProt 1–109 链 E; UniProt 1–109 链 F; UniProt 1–109 链 H; UniProt 1–109 链 O; UniProt 1–109 未记录 Tip attachment protein J × 3 (P03749) Tail tip protein L × 3 (P03738) Tail tip assembly protein I × 3 (P03730) Tail tube protein × 6 (P03733) Tape measure protein × 3 (P03736) SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.44 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TIPM_LAMBD
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–109; UniProt 1–109 作者链 D; PDB构建体 1–109; UniProt 1–109 作者链 E; PDB构建体 1–109; UniProt 1–109 作者链 F; PDB构建体 1–109; UniProt 1–109 作者链 H; PDB构建体 1–109; UniProt 1–109 作者链 O; PDB构建体 1–109; UniProt 1–109

Tail tip assembly protein I

物种未注明

UniProt P03730

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 24 PDB 声明:24-meric(24) 与蛋白拷贝数一致 链 K; UniProt 1–223 链 Q; UniProt 1–223 链 x; UniProt 1–223 未记录 Tip attachment protein J × 3 (P03749) Tail tip protein L × 3 (P03738) Tail tip protein M × 6 (P03737) Tail tube protein × 6 (P03733) Tape measure protein × 3 (P03736) SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.44 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TIPI_LAMBD
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 K; PDB构建体 1–223; UniProt 1–223 作者链 Q; PDB构建体 1–223; UniProt 1–223 作者链 x; PDB构建体 1–223; UniProt 1–223

Tail tube protein

物种未注明

UniProt P03733

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 24 PDB 声明:24-meric(24) 与蛋白拷贝数一致 链 L; UniProt 1–246 链 R; UniProt 1–246 链 T; UniProt 1–246 链 U; UniProt 1–246 链 V; UniProt 1–246 链 W; UniProt 1–246 未记录 Tip attachment protein J × 3 (P03749) Tail tip protein L × 3 (P03738) Tail tip protein M × 6 (P03737) Tail tip assembly protein I × 3 (P03730) Tape measure protein × 3 (P03736) SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.44 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TUBE_LAMBD
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 1–246; UniProt 1–246 作者链 R; PDB构建体 1–246; UniProt 1–246 作者链 T; PDB构建体 1–246; UniProt 1–246 作者链 U; PDB构建体 1–246; UniProt 1–246 作者链 V; PDB构建体 1–246; UniProt 1–246 作者链 W; PDB构建体 1–246; UniProt 1–246

Tape measure protein

物种未注明

UniProt P03736

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 24 PDB 声明:24-meric(24) 与蛋白拷贝数一致 链 M; UniProt 1–853 链 P; UniProt 1–853 链 S; UniProt 1–853 未记录 Tip attachment protein J × 3 (P03749) Tail tip protein L × 3 (P03738) Tail tip protein M × 6 (P03737) Tail tip assembly protein I × 3 (P03730) Tail tube protein × 6 (P03733) SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.44 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TMP_LAMBD
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 M; PDB构建体 1–853; UniProt 1–853 作者链 P; PDB构建体 1–853; UniProt 1–853 作者链 S; PDB构建体 1–853; UniProt 1–853

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8k35

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8k35
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8k35
沉积日期 deposition_date2023-07-14
结构标题 titleStructure of the bacteriophage lambda tail tip complex
关键词 keywordsComplex, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier67.55
回转半径 Rg (电子) rg_electron68.83
零角强度 I(0) i04852930000.00
分子量 molecular_weight573680.0 kDa
排除体积 excluded_volume712260 ų
包络体积 envelope_volume1092600 ų
水化壳体积 shell_volume141350 ų
包络直径 envelope_diameter290.6
壳层 Rg shell_rg62.37
包络 Rg envelope_rg69.66
形状 Rg shape_rg68.90
总 Rg total_rg68.44
总原子数 total_atoms40353
残基数 n_residues5184
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax221.2
Rg (实空间) rg_real66.12
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.49
I(0) (实空间) i0_real4.8100e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.8280e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal65.60
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4831000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7995
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary67.3
偏度 Skewness skewness0.677
峰度 Kurtosis kurtosis0.067
角度范围 angular_range— – 0.1150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0194
最高正则化参数 α highest_alpha796600000.0000
实空间数据点数 n_real_points24
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.679; Stabil: 0.996; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.337

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)