9oik

Structure of S. Typhimurium 14028 Gifsy-1 prophage HepS bound to bacteriophage lambda J Tail Tip

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 97.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9oik
沉积日期 deposition_date	2025-05-06
结构标题 title	Structure of S. Typhimurium 14028 Gifsy-1 prophage HepS bound to bacteriophage lambda J Tail Tip
关键词 keywords	tail tip protein, HepS, HEPN, tRNase, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.86 Å
零角强度 I(0) i0	43707900.00
分子量 molecular_weight	52921.0 kDa
排除体积 excluded_volume	66979 Å³
包络体积 envelope_volume	83650 Å³
水化壳体积 shell_volume	26139 Å³
包络直径 envelope_diameter	101.9 Å
壳层 Rg shell_rg	33.46 Å
包络 Rg envelope_rg	28.64 Å
形状 Rg shape_rg	27.86 Å
总 Rg total_rg	28.49 Å
总原子数 total_atoms	3715
残基数 n_residues	472
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	97.8 Å
Rg (实空间) rg_real	28.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.93 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.3710e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.9720e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	43710000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8430
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.447
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.469
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12280000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.746; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.763; Smooth: 0.961

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	HepS-H105A
分子量 formula_weight	25496.3 kDa
突变 mutation	H105A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4239

MGSMKYSRVEQSTGTSIDHNLGYFLDPQKYVPITEFVDESAALIKLNLIHENFLSIVIENLRREGTEKFVDVDKYFMPKIKTAVALGLPVSLAKCLTEMNNIRNKYAAKIEYIITDEDAERIDSLIMSVPVDDINHASLIDSTLITSITNLGASSIAFMNDIPKDFPDNRRRICKLVAMAFCISNLGAFWLLNELHRQGKLKMGSTKMAFKPSAAASAAGDYKDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. ATCC 14028
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1299114
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	J tail tip
分子量 formula_weight	17916.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MGHHHHHHHHHHSSGHIEGRHMASMSDSEVNQEAKPEVKPEVKPETHINLKVSDGSSEIFFKIKKTTPLRRLMEAFAKRQGKEMDSLRFLYDGIRIQADQTPEDLDMEDNDIIEAHREQIGGSMIAFIDPANGNETPMFVAQGNQIFMNDVFLKRL

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage Lambda
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2681611
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	524

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	78.190 Å
晶胞边长 b length_b	93.878 Å
晶胞边长 c length_c	92.456 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.81 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.857 Å
最低分辨率 resolution_low	43.210 Å
R 因子 r_factor	0.1842
R_work r_work	0.1830
R_free r_free	0.2093

fit	/app/data/saxs_computation/oi/9oik/9oik.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oi/9oik/9oik.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oi/9oik/9oik.dat

Structure of S. Typhimurium 14028 Gifsy-1 prophage HepS bound to bacteriophage lambda J Tail Tip

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)