8kde

Cryo-EM structure of an intermediate-state complex during the process of photosystem II repair

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Photosystem II CP47 reaction center protein

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	Photosystem II D2 protein × 1 （P06007） Cytochrome b559 subunit alpha × 1 （P48268） Cytochrome b559 subunit beta × 1 （Q08363） Photosystem II reaction center protein H × 1 （P22666） Photosystem II reaction center protein I × 1 （P59763） Photosystem II reaction center protein K × 1 （P18263） Photosystem II reaction center protein L × 1 （P32974） Photosystem II reaction center protein M × 1 （P92277） Photosystem II reaction center protein T × 1 （P37256） Photosystem II reaction center protein Ycf12 × 1 （P50370） Uncharacterized protein × 1 （A8I846） Photosystem II reaction center protein Z × 1 （P92276） Thylakoid enriched factor 14 (TEF14) × 1 （A8HY43） Photosystem II repair factor 1 (PRF1) × 1 （A0A2K3DWM2） Photosystem II CP43 reaction center protein × 1 （P10898） Photosystem II protein D1 × 1 （P07753） Photosystem II repair factor 2 (PRF2) × 1 （A8HNG8） CHLOROPHYLL A × 35 BETA-CAROTENE × 10 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 6 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 10 ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; × 1 PHEOPHYTIN A × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 RRR-ALPHA-TOCOPHERYLQUINONE × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 1 BICARBONATE ION × 1 FE (II) ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A218N8S0_CHLRE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–508； UniProt 1–508

Photosystem II D2 protein

物种未注明

UniProt P06007

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	Photosystem II CP47 reaction center protein × 1 （A0A218N8S0） Cytochrome b559 subunit alpha × 1 （P48268） Cytochrome b559 subunit beta × 1 （Q08363） Photosystem II reaction center protein H × 1 （P22666） Photosystem II reaction center protein I × 1 （P59763） Photosystem II reaction center protein K × 1 （P18263） Photosystem II reaction center protein L × 1 （P32974） Photosystem II reaction center protein M × 1 （P92277） Photosystem II reaction center protein T × 1 （P37256） Photosystem II reaction center protein Ycf12 × 1 （P50370） Uncharacterized protein × 1 （A8I846） Photosystem II reaction center protein Z × 1 （P92276） Thylakoid enriched factor 14 (TEF14) × 1 （A8HY43） Photosystem II repair factor 1 (PRF1) × 1 （A0A2K3DWM2） Photosystem II CP43 reaction center protein × 1 （P10898） Photosystem II protein D1 × 1 （P07753） Photosystem II repair factor 2 (PRF2) × 1 （A8HNG8） CHLOROPHYLL A × 35 BETA-CAROTENE × 10 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 6 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 10 ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; × 1 PHEOPHYTIN A × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 RRR-ALPHA-TOCOPHERYLQUINONE × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 1 BICARBONATE ION × 1 FE (II) ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSBD_CHLRE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–352； UniProt 1–352

Cytochrome b559 subunit alpha

物种未注明

UniProt P48268

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	Photosystem II CP47 reaction center protein × 1 （A0A218N8S0） Photosystem II D2 protein × 1 （P06007） Cytochrome b559 subunit beta × 1 （Q08363） Photosystem II reaction center protein H × 1 （P22666） Photosystem II reaction center protein I × 1 （P59763） Photosystem II reaction center protein K × 1 （P18263） Photosystem II reaction center protein L × 1 （P32974） Photosystem II reaction center protein M × 1 （P92277） Photosystem II reaction center protein T × 1 （P37256） Photosystem II reaction center protein Ycf12 × 1 （P50370） Uncharacterized protein × 1 （A8I846） Photosystem II reaction center protein Z × 1 （P92276） Thylakoid enriched factor 14 (TEF14) × 1 （A8HY43） Photosystem II repair factor 1 (PRF1) × 1 （A0A2K3DWM2） Photosystem II CP43 reaction center protein × 1 （P10898） Photosystem II protein D1 × 1 （P07753） Photosystem II repair factor 2 (PRF2) × 1 （A8HNG8） CHLOROPHYLL A × 35 BETA-CAROTENE × 10 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 6 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 10 ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; × 1 PHEOPHYTIN A × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 RRR-ALPHA-TOCOPHERYLQUINONE × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 1 BICARBONATE ION × 1 FE (II) ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSBE_CHLRE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–82； UniProt 1–82

Cytochrome b559 subunit beta

物种未注明

UniProt Q08363

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	Photosystem II CP47 reaction center protein × 1 （A0A218N8S0） Photosystem II D2 protein × 1 （P06007） Cytochrome b559 subunit alpha × 1 （P48268） Photosystem II reaction center protein H × 1 （P22666） Photosystem II reaction center protein I × 1 （P59763） Photosystem II reaction center protein K × 1 （P18263） Photosystem II reaction center protein L × 1 （P32974） Photosystem II reaction center protein M × 1 （P92277） Photosystem II reaction center protein T × 1 （P37256） Photosystem II reaction center protein Ycf12 × 1 （P50370） Uncharacterized protein × 1 （A8I846） Photosystem II reaction center protein Z × 1 （P92276） Thylakoid enriched factor 14 (TEF14) × 1 （A8HY43） Photosystem II repair factor 1 (PRF1) × 1 （A0A2K3DWM2） Photosystem II CP43 reaction center protein × 1 （P10898） Photosystem II protein D1 × 1 （P07753） Photosystem II repair factor 2 (PRF2) × 1 （A8HNG8） CHLOROPHYLL A × 35 BETA-CAROTENE × 10 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 6 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 10 ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; × 1 PHEOPHYTIN A × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 RRR-ALPHA-TOCOPHERYLQUINONE × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 1 BICARBONATE ION × 1 FE (II) ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSBF_CHLRE
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–44； UniProt 1–44

Photosystem II reaction center protein H

物种未注明

UniProt P22666

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	Photosystem II CP47 reaction center protein × 1 （A0A218N8S0） Photosystem II D2 protein × 1 （P06007） Cytochrome b559 subunit alpha × 1 （P48268） Cytochrome b559 subunit beta × 1 （Q08363） Photosystem II reaction center protein I × 1 （P59763） Photosystem II reaction center protein K × 1 （P18263） Photosystem II reaction center protein L × 1 （P32974） Photosystem II reaction center protein M × 1 （P92277） Photosystem II reaction center protein T × 1 （P37256） Photosystem II reaction center protein Ycf12 × 1 （P50370） Uncharacterized protein × 1 （A8I846） Photosystem II reaction center protein Z × 1 （P92276） Thylakoid enriched factor 14 (TEF14) × 1 （A8HY43） Photosystem II repair factor 1 (PRF1) × 1 （A0A2K3DWM2） Photosystem II CP43 reaction center protein × 1 （P10898） Photosystem II protein D1 × 1 （P07753） Photosystem II repair factor 2 (PRF2) × 1 （A8HNG8） CHLOROPHYLL A × 35 BETA-CAROTENE × 10 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 6 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 10 ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; × 1 PHEOPHYTIN A × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 RRR-ALPHA-TOCOPHERYLQUINONE × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 1 BICARBONATE ION × 1 FE (II) ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSBH_CHLRE
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–88； UniProt 1–88

Photosystem II reaction center protein I

物种未注明

UniProt P59763

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	Photosystem II CP47 reaction center protein × 1 （A0A218N8S0） Photosystem II D2 protein × 1 （P06007） Cytochrome b559 subunit alpha × 1 （P48268） Cytochrome b559 subunit beta × 1 （Q08363） Photosystem II reaction center protein H × 1 （P22666） Photosystem II reaction center protein K × 1 （P18263） Photosystem II reaction center protein L × 1 （P32974） Photosystem II reaction center protein M × 1 （P92277） Photosystem II reaction center protein T × 1 （P37256） Photosystem II reaction center protein Ycf12 × 1 （P50370） Uncharacterized protein × 1 （A8I846） Photosystem II reaction center protein Z × 1 （P92276） Thylakoid enriched factor 14 (TEF14) × 1 （A8HY43） Photosystem II repair factor 1 (PRF1) × 1 （A0A2K3DWM2） Photosystem II CP43 reaction center protein × 1 （P10898） Photosystem II protein D1 × 1 （P07753） Photosystem II repair factor 2 (PRF2) × 1 （A8HNG8） CHLOROPHYLL A × 35 BETA-CAROTENE × 10 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 6 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 10 ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; × 1 PHEOPHYTIN A × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 RRR-ALPHA-TOCOPHERYLQUINONE × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 1 BICARBONATE ION × 1 FE (II) ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSBI_CHLRE
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–37； UniProt 1–37

Photosystem II reaction center protein K

物种未注明

UniProt P18263

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	Photosystem II CP47 reaction center protein × 1 （A0A218N8S0） Photosystem II D2 protein × 1 （P06007） Cytochrome b559 subunit alpha × 1 （P48268） Cytochrome b559 subunit beta × 1 （Q08363） Photosystem II reaction center protein H × 1 （P22666） Photosystem II reaction center protein I × 1 （P59763） Photosystem II reaction center protein L × 1 （P32974） Photosystem II reaction center protein M × 1 （P92277） Photosystem II reaction center protein T × 1 （P37256） Photosystem II reaction center protein Ycf12 × 1 （P50370） Uncharacterized protein × 1 （A8I846） Photosystem II reaction center protein Z × 1 （P92276） Thylakoid enriched factor 14 (TEF14) × 1 （A8HY43） Photosystem II repair factor 1 (PRF1) × 1 （A0A2K3DWM2） Photosystem II CP43 reaction center protein × 1 （P10898） Photosystem II protein D1 × 1 （P07753） Photosystem II repair factor 2 (PRF2) × 1 （A8HNG8） CHLOROPHYLL A × 35 BETA-CAROTENE × 10 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 6 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 10 ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; × 1 PHEOPHYTIN A × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 RRR-ALPHA-TOCOPHERYLQUINONE × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 1 BICARBONATE ION × 1 FE (II) ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSBK_CHLRE
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–46； UniProt 1–46

Photosystem II reaction center protein L

物种未注明

UniProt P32974

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	Photosystem II CP47 reaction center protein × 1 （A0A218N8S0） Photosystem II D2 protein × 1 （P06007） Cytochrome b559 subunit alpha × 1 （P48268） Cytochrome b559 subunit beta × 1 （Q08363） Photosystem II reaction center protein H × 1 （P22666） Photosystem II reaction center protein I × 1 （P59763） Photosystem II reaction center protein K × 1 （P18263） Photosystem II reaction center protein M × 1 （P92277） Photosystem II reaction center protein T × 1 （P37256） Photosystem II reaction center protein Ycf12 × 1 （P50370） Uncharacterized protein × 1 （A8I846） Photosystem II reaction center protein Z × 1 （P92276） Thylakoid enriched factor 14 (TEF14) × 1 （A8HY43） Photosystem II repair factor 1 (PRF1) × 1 （A0A2K3DWM2） Photosystem II CP43 reaction center protein × 1 （P10898） Photosystem II protein D1 × 1 （P07753） Photosystem II repair factor 2 (PRF2) × 1 （A8HNG8） CHLOROPHYLL A × 35 BETA-CAROTENE × 10 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 6 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 10 ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; × 1 PHEOPHYTIN A × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 RRR-ALPHA-TOCOPHERYLQUINONE × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 1 BICARBONATE ION × 1 FE (II) ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSBL_CHLRE
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38

Photosystem II reaction center protein M

物种未注明

UniProt P92277

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	Photosystem II CP47 reaction center protein × 1 （A0A218N8S0） Photosystem II D2 protein × 1 （P06007） Cytochrome b559 subunit alpha × 1 （P48268） Cytochrome b559 subunit beta × 1 （Q08363） Photosystem II reaction center protein H × 1 （P22666） Photosystem II reaction center protein I × 1 （P59763） Photosystem II reaction center protein K × 1 （P18263） Photosystem II reaction center protein L × 1 （P32974） Photosystem II reaction center protein T × 1 （P37256） Photosystem II reaction center protein Ycf12 × 1 （P50370） Uncharacterized protein × 1 （A8I846） Photosystem II reaction center protein Z × 1 （P92276） Thylakoid enriched factor 14 (TEF14) × 1 （A8HY43） Photosystem II repair factor 1 (PRF1) × 1 （A0A2K3DWM2） Photosystem II CP43 reaction center protein × 1 （P10898） Photosystem II protein D1 × 1 （P07753） Photosystem II repair factor 2 (PRF2) × 1 （A8HNG8） CHLOROPHYLL A × 35 BETA-CAROTENE × 10 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 6 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 10 ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; × 1 PHEOPHYTIN A × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 RRR-ALPHA-TOCOPHERYLQUINONE × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 1 BICARBONATE ION × 1 FE (II) ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSBM_CHLRE
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–34； UniProt 1–34

Photosystem II reaction center protein T

物种未注明

UniProt P37256

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	Photosystem II CP47 reaction center protein × 1 （A0A218N8S0） Photosystem II D2 protein × 1 （P06007） Cytochrome b559 subunit alpha × 1 （P48268） Cytochrome b559 subunit beta × 1 （Q08363） Photosystem II reaction center protein H × 1 （P22666） Photosystem II reaction center protein I × 1 （P59763） Photosystem II reaction center protein K × 1 （P18263） Photosystem II reaction center protein L × 1 （P32974） Photosystem II reaction center protein M × 1 （P92277） Photosystem II reaction center protein Ycf12 × 1 （P50370） Uncharacterized protein × 1 （A8I846） Photosystem II reaction center protein Z × 1 （P92276） Thylakoid enriched factor 14 (TEF14) × 1 （A8HY43） Photosystem II repair factor 1 (PRF1) × 1 （A0A2K3DWM2） Photosystem II CP43 reaction center protein × 1 （P10898） Photosystem II protein D1 × 1 （P07753） Photosystem II repair factor 2 (PRF2) × 1 （A8HNG8） CHLOROPHYLL A × 35 BETA-CAROTENE × 10 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 6 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 10 ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; × 1 PHEOPHYTIN A × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 RRR-ALPHA-TOCOPHERYLQUINONE × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 1 BICARBONATE ION × 1 FE (II) ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSBT_CHLRE
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 T； PDB构建体 1–31； UniProt 1–31

Photosystem II reaction center protein Ycf12

物种未注明

UniProt P50370

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	Photosystem II CP47 reaction center protein × 1 （A0A218N8S0） Photosystem II D2 protein × 1 （P06007） Cytochrome b559 subunit alpha × 1 （P48268） Cytochrome b559 subunit beta × 1 （Q08363） Photosystem II reaction center protein H × 1 （P22666） Photosystem II reaction center protein I × 1 （P59763） Photosystem II reaction center protein K × 1 （P18263） Photosystem II reaction center protein L × 1 （P32974） Photosystem II reaction center protein M × 1 （P92277） Photosystem II reaction center protein T × 1 （P37256） Uncharacterized protein × 1 （A8I846） Photosystem II reaction center protein Z × 1 （P92276） Thylakoid enriched factor 14 (TEF14) × 1 （A8HY43） Photosystem II repair factor 1 (PRF1) × 1 （A0A2K3DWM2） Photosystem II CP43 reaction center protein × 1 （P10898） Photosystem II protein D1 × 1 （P07753） Photosystem II repair factor 2 (PRF2) × 1 （A8HNG8） CHLOROPHYLL A × 35 BETA-CAROTENE × 10 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 6 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 10 ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; × 1 PHEOPHYTIN A × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 RRR-ALPHA-TOCOPHERYLQUINONE × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 1 BICARBONATE ION × 1 FE (II) ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YCF12_CHLRE
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 V； PDB构建体 1–33； UniProt 1–33

Uncharacterized protein

物种未注明

UniProt A8I846

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	Photosystem II CP47 reaction center protein × 1 （A0A218N8S0） Photosystem II D2 protein × 1 （P06007） Cytochrome b559 subunit alpha × 1 （P48268） Cytochrome b559 subunit beta × 1 （Q08363） Photosystem II reaction center protein H × 1 （P22666） Photosystem II reaction center protein I × 1 （P59763） Photosystem II reaction center protein K × 1 （P18263） Photosystem II reaction center protein L × 1 （P32974） Photosystem II reaction center protein M × 1 （P92277） Photosystem II reaction center protein T × 1 （P37256） Photosystem II reaction center protein Ycf12 × 1 （P50370） Photosystem II reaction center protein Z × 1 （P92276） Thylakoid enriched factor 14 (TEF14) × 1 （A8HY43） Photosystem II repair factor 1 (PRF1) × 1 （A0A2K3DWM2） Photosystem II CP43 reaction center protein × 1 （P10898） Photosystem II protein D1 × 1 （P07753） Photosystem II repair factor 2 (PRF2) × 1 （A8HNG8） CHLOROPHYLL A × 35 BETA-CAROTENE × 10 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 6 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 10 ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; × 1 PHEOPHYTIN A × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 RRR-ALPHA-TOCOPHERYLQUINONE × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 1 BICARBONATE ION × 1 FE (II) ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A8I846_CHLRE
Isoform	—
PDB实体	12
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 1–101； UniProt 1–101

Photosystem II reaction center protein Z

物种未注明

UniProt P92276

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	Photosystem II CP47 reaction center protein × 1 （A0A218N8S0） Photosystem II D2 protein × 1 （P06007） Cytochrome b559 subunit alpha × 1 （P48268） Cytochrome b559 subunit beta × 1 （Q08363） Photosystem II reaction center protein H × 1 （P22666） Photosystem II reaction center protein I × 1 （P59763） Photosystem II reaction center protein K × 1 （P18263） Photosystem II reaction center protein L × 1 （P32974） Photosystem II reaction center protein M × 1 （P92277） Photosystem II reaction center protein T × 1 （P37256） Photosystem II reaction center protein Ycf12 × 1 （P50370） Uncharacterized protein × 1 （A8I846） Thylakoid enriched factor 14 (TEF14) × 1 （A8HY43） Photosystem II repair factor 1 (PRF1) × 1 （A0A2K3DWM2） Photosystem II CP43 reaction center protein × 1 （P10898） Photosystem II protein D1 × 1 （P07753） Photosystem II repair factor 2 (PRF2) × 1 （A8HNG8） CHLOROPHYLL A × 35 BETA-CAROTENE × 10 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 6 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 10 ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; × 1 PHEOPHYTIN A × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 RRR-ALPHA-TOCOPHERYLQUINONE × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 1 BICARBONATE ION × 1 FE (II) ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSBZ_CHLRE
Isoform	—
PDB实体	13
链与序列区间	作者链 Z； PDB构建体 1–62； UniProt 1–62

Thylakoid enriched factor 14 (TEF14)

物种未注明

UniProt A8HY43

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	Photosystem II CP47 reaction center protein × 1 （A0A218N8S0） Photosystem II D2 protein × 1 （P06007） Cytochrome b559 subunit alpha × 1 （P48268） Cytochrome b559 subunit beta × 1 （Q08363） Photosystem II reaction center protein H × 1 （P22666） Photosystem II reaction center protein I × 1 （P59763） Photosystem II reaction center protein K × 1 （P18263） Photosystem II reaction center protein L × 1 （P32974） Photosystem II reaction center protein M × 1 （P92277） Photosystem II reaction center protein T × 1 （P37256） Photosystem II reaction center protein Ycf12 × 1 （P50370） Uncharacterized protein × 1 （A8I846） Photosystem II reaction center protein Z × 1 （P92276） Photosystem II repair factor 1 (PRF1) × 1 （A0A2K3DWM2） Photosystem II CP43 reaction center protein × 1 （P10898） Photosystem II protein D1 × 1 （P07753） Photosystem II repair factor 2 (PRF2) × 1 （A8HNG8） CHLOROPHYLL A × 35 BETA-CAROTENE × 10 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 6 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 10 ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; × 1 PHEOPHYTIN A × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 RRR-ALPHA-TOCOPHERYLQUINONE × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 1 BICARBONATE ION × 1 FE (II) ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A8HY43_CHLRE
Isoform	—
PDB实体	14
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–196； UniProt 1–196

Photosystem II repair factor 1 (PRF1)

物种未注明

UniProt A0A2K3DWM2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	Photosystem II CP47 reaction center protein × 1 （A0A218N8S0） Photosystem II D2 protein × 1 （P06007） Cytochrome b559 subunit alpha × 1 （P48268） Cytochrome b559 subunit beta × 1 （Q08363） Photosystem II reaction center protein H × 1 （P22666） Photosystem II reaction center protein I × 1 （P59763） Photosystem II reaction center protein K × 1 （P18263） Photosystem II reaction center protein L × 1 （P32974） Photosystem II reaction center protein M × 1 （P92277） Photosystem II reaction center protein T × 1 （P37256） Photosystem II reaction center protein Ycf12 × 1 （P50370） Uncharacterized protein × 1 （A8I846） Photosystem II reaction center protein Z × 1 （P92276） Thylakoid enriched factor 14 (TEF14) × 1 （A8HY43） Photosystem II CP43 reaction center protein × 1 （P10898） Photosystem II protein D1 × 1 （P07753） Photosystem II repair factor 2 (PRF2) × 1 （A8HNG8） CHLOROPHYLL A × 35 BETA-CAROTENE × 10 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 6 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 10 ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; × 1 PHEOPHYTIN A × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 RRR-ALPHA-TOCOPHERYLQUINONE × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 1 BICARBONATE ION × 1 FE (II) ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A2K3DWM2_CHLRE
Isoform	—
PDB实体	15
链与序列区间	作者链 3； PDB构建体 1–131； UniProt 1–131

Photosystem II CP43 reaction center protein

物种未注明

UniProt P10898

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	Photosystem II CP47 reaction center protein × 1 （A0A218N8S0） Photosystem II D2 protein × 1 （P06007） Cytochrome b559 subunit alpha × 1 （P48268） Cytochrome b559 subunit beta × 1 （Q08363） Photosystem II reaction center protein H × 1 （P22666） Photosystem II reaction center protein I × 1 （P59763） Photosystem II reaction center protein K × 1 （P18263） Photosystem II reaction center protein L × 1 （P32974） Photosystem II reaction center protein M × 1 （P92277） Photosystem II reaction center protein T × 1 （P37256） Photosystem II reaction center protein Ycf12 × 1 （P50370） Uncharacterized protein × 1 （A8I846） Photosystem II reaction center protein Z × 1 （P92276） Thylakoid enriched factor 14 (TEF14) × 1 （A8HY43） Photosystem II repair factor 1 (PRF1) × 1 （A0A2K3DWM2） Photosystem II protein D1 × 1 （P07753） Photosystem II repair factor 2 (PRF2) × 1 （A8HNG8） CHLOROPHYLL A × 35 BETA-CAROTENE × 10 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 6 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 10 ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; × 1 PHEOPHYTIN A × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 RRR-ALPHA-TOCOPHERYLQUINONE × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 1 BICARBONATE ION × 1 FE (II) ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSBC_CHLRE
Isoform	—
PDB实体	16
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–461； UniProt 1–461

Photosystem II protein D1

物种未注明

UniProt P07753

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	Photosystem II CP47 reaction center protein × 1 （A0A218N8S0） Photosystem II D2 protein × 1 （P06007） Cytochrome b559 subunit alpha × 1 （P48268） Cytochrome b559 subunit beta × 1 （Q08363） Photosystem II reaction center protein H × 1 （P22666） Photosystem II reaction center protein I × 1 （P59763） Photosystem II reaction center protein K × 1 （P18263） Photosystem II reaction center protein L × 1 （P32974） Photosystem II reaction center protein M × 1 （P92277） Photosystem II reaction center protein T × 1 （P37256） Photosystem II reaction center protein Ycf12 × 1 （P50370） Uncharacterized protein × 1 （A8I846） Photosystem II reaction center protein Z × 1 （P92276） Thylakoid enriched factor 14 (TEF14) × 1 （A8HY43） Photosystem II repair factor 1 (PRF1) × 1 （A0A2K3DWM2） Photosystem II CP43 reaction center protein × 1 （P10898） Photosystem II repair factor 2 (PRF2) × 1 （A8HNG8） CHLOROPHYLL A × 35 BETA-CAROTENE × 10 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 6 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 10 ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; × 1 PHEOPHYTIN A × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 RRR-ALPHA-TOCOPHERYLQUINONE × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 1 BICARBONATE ION × 1 FE (II) ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSBA_CHLRE
Isoform	—
PDB实体	17
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–352； UniProt 1–352

Photosystem II repair factor 2 (PRF2)

物种未注明

UniProt A8HNG8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 18	Photosystem II CP47 reaction center protein × 1 （A0A218N8S0） Photosystem II D2 protein × 1 （P06007） Cytochrome b559 subunit alpha × 1 （P48268） Cytochrome b559 subunit beta × 1 （Q08363） Photosystem II reaction center protein H × 1 （P22666） Photosystem II reaction center protein I × 1 （P59763） Photosystem II reaction center protein K × 1 （P18263） Photosystem II reaction center protein L × 1 （P32974） Photosystem II reaction center protein M × 1 （P92277） Photosystem II reaction center protein T × 1 （P37256） Photosystem II reaction center protein Ycf12 × 1 （P50370） Uncharacterized protein × 1 （A8I846） Photosystem II reaction center protein Z × 1 （P92276） Thylakoid enriched factor 14 (TEF14) × 1 （A8HY43） Photosystem II repair factor 1 (PRF1) × 1 （A0A2K3DWM2） Photosystem II CP43 reaction center protein × 1 （P10898） Photosystem II protein D1 × 1 （P07753） CHLOROPHYLL A × 35 BETA-CAROTENE × 10 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 6 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 10 ;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ; × 1 PHEOPHYTIN A × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 RRR-ALPHA-TOCOPHERYLQUINONE × 1 DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) × 3 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 1 BICARBONATE ION × 1 FE (II) ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A8HNG8_CHLRE
Isoform	—
PDB实体	18
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–117； UniProt 1–117

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8kde
沉积日期 deposition_date	2023-08-09
结构标题 title	Cryo-EM structure of an intermediate-state complex during the process of photosystem II repair
关键词 keywords	monomeric Photosystem II, PSII repair, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8kde__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8kde__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8kde__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	44.00 Å
Rg（电子密度）	42.83 Å
总 Rg	43.32 Å
原子数	22087
残基数	2344
排除体积	410540 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8kde__assembly_1__model_1`	octadecameric （18）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (30)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Photosystem II CP47 reaction center protein
分子量 formula_weight	56089.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	22087

MGLPWYRVHTVVINDPGRLISVHLMHTALVSGWAGSMALFEISVFDPSDPVLNPMWRQGMFVLPFMTRLGITQSWGGWTISGETATNPGIWSYEGVAAAHIILSGALFLASVWHWTYWDLELFRDPRTGKTALDLPKIFGIHLFLSGLLCFGFGAFHVTGVFGPGIWVSDPYGLTGSVQPVAPSWGADGFDPYNPGGIASHHIAAGILGVLAGLFHLCVRPSIRLYFGLSMGSIETVLSSSIAAVFWAAFVVAGTMWYGSAATPIELFGPTRYQWDQGFFQQEIQKRVQASLAEGASLSDAWSRIPEKLAFYDYIGNNPAKGGLFRTGAMNSGDGIAVGWLGHASFKDQEGRELFVRRMPTFFETFPVLLLDKDGIVRADVPFRKAESKYSIEQVGVSVTFYGGELDGLTFTDPATVKKYARKAQLGEIFEFDRSTLQSDGVFRSSPRGWFTFGHVCFALLFFFGHIWHGARTIFRDVFAGIDDDINDQVEFGKYKKLGDTSSLREAF

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Photosystem II D2 protein
分子量 formula_weight	39474.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.3.9
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MTIAIGTYQEKRTWFDDADDWLRQDRFVFVGWSGLLLFPCAYFALGGWLTGTTFVTSWYTHGLATSYLEGCNFLTAAVSTPANSMAHSLLFVWGPEAQGDFTRWCQLGGLWAFVALHGAFGLIGFMLRQFEIARSVNLRPYNAIAFSAPIAVFVSVFLIYPLGQSGWFFAPSFGVAAIFRFILFFQGFHNWTLNPFHMMGVAGVLGAALLCAIHGATVENTLFEDGDGANTFRAFNPTQAEETYSMVTANRFWSQIFGVAFSNKRWLHFFMLLVPVTGLWMSAIGVVGLALNLRAYDFVSQEIRAAEDPEFETFYTKNILLNEGIRAWMAAQDQPHERLVFPEEVLPRGNAL

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Cytochrome b559 subunit alpha
分子量 formula_weight	9312.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MAGKPVERPFSDILTSIRYWVIHSITVPALFIAGWLFVSTGLAYDVFGTPRPNEYFTEDRQEAPLITDRFNALEQVKKLSGN

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Cytochrome b559 subunit beta
分子量 formula_weight	4986.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MTTKKSAEVLVYPIFTVRWLAIHGIAVPTIFFLGAITAMQFIQR

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein H
分子量 formula_weight	9445.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MATGTSKAKPSKVNSDFQEPGLVTPLGTLLRPLNSEAGKVLPGWGTTVLMAVFILLFAAFLLIILEIYNSSLILDDVSMSWETLAKVS

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein I
分子量 formula_weight	4245.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MLTLKIFVYTVVTFFVCLFIFGFLSNDPARNPGKNLD

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein K
分子量 formula_weight	5062.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MTTLALVLAKLPEAYAPFAPIVDVLPVIPVFFILLAFVWQAAVSFR

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein L
分子量 formula_weight	4431.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MARPNPNKQVVELNRTSLYWGLLLIFVLAVLFSSYIFN

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein M
分子量 formula_weight	3762.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MEVNIYGLTATALFIIIPTSFLLILYVKTASTQD

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein T
分子量 formula_weight	3639.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T

MEALVYTFLLVGTLGIIFFSIFFRDPPRMIK

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein Ycf12
分子量 formula_weight	3333.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V

MNIELALTLVSLVLVVSAGPLVVVLLSARGGNL

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	Uncharacterized protein
分子量 formula_weight	9894.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

MAAVCVSSKAVAVRPATRVASRPAARMVVRASAKPAQISEKAIAAGVSAAAAASLALAPIAEAAVTPSLKNFLGSLIAGATVLGGIALAITAVSKFDKTIR

实体 13 Entity 13 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein Z
分子量 formula_weight	6565.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z

MTSILQVALLALIFVSFALVVGVPVVFATPNGWTDNKGAVFSGLSLWLLLVFVVGILNSFVV

实体 14 Entity 14 polymer

描述 description	Thylakoid enriched factor 14 (TEF14)
分子量 formula_weight	20601.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MALMMQKVAAPVSRRGMKVVAQATPNTASRRAILGVALLPALMYAPKALALIPDEEDEDLVEKAKANRRARLAQQRGVTRDFMASENLTDRRLEQELVPVQKAVYKLAKSGSQLESGDLKGAASTLSESWVGDFSTVASTVSGSTTAGKLVEAIKSVQAAAAKGDAAGSKRAYVSLVSDLQSWADASGLATSLKGL

实体 15 Entity 15 polymer

描述 description	Photosystem II repair factor 1 (PRF1)
分子量 formula_weight	13341.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

MLSNARAAVSKVHTSSAAVAPARPARVSHIVRASDKKLDERGVIAKDNSGRQNIFPTSSKAYYSSPTSSAVASSGLGGQQGLGVLAAAFAIVALATAGVVLKQGDETLAQVNNAYQGDSLTVISSRIAESL

实体 16 Entity 16 polymer

描述 description	Photosystem II CP43 reaction center protein
分子量 formula_weight	50680.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

METLFNGTLTVGGRDQETTGFAWWSGNARLINLSGKLLGAHVAHAGLIVFWAGAMNLFEVSHFVPEKPMYEQGLILLPHIATLGYGVGPGGEIIDTFPYFVSGVLHLISSAVLGFGGVYHSLIGPETLEESYPFFGYVWKDKNKMTNILGYHLIMLGLGAWLLVWKAMYFGGVYDTWAPGGGDVRVITNPTTNAAVIFGYLVKSPFGGDGWICSVDNMEDIIGGHIWIGTLEILGGIWHIYTTPWPWARRAFVWSGEAYLSYSLGAIGVMGFIACCMSWFNNTAYPSEFYGPTGPEASQSQAFTFLVRDQRLGANVASAQGPTGLGKYLMRSPTGEIIFGGETMRFWDFRGPWLEPLRGPNGLDLNKLKNDIQPWQERRAAEYMTHAPLGSLNSVGGVATEINAVNFVSPRSWLACSHFCLGFFFFIGHLWHAGRARAAAAGFEKGIDRFDEPVLSMRPLD

实体 17 Entity 17 polymer

描述 description	Photosystem II protein D1
分子量 formula_weight	39066.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.3.9
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MTAILERRENSSLWARFCEWITSTENRLYIGWFGVIMIPCLLTATSVFIIAFIAAPPVDIDGIREPVSGSLLYGNNIITGAVIPTSNAIGLHFYPIWEAASLDEWLYNGGPYQLIVCHFLLGVYCYMGREWELSFRLGMRPWIAVAYSAPVAAASAVFLVYPIGQGSFSDGMPLGISGTFNFMIVFQAEHNILMHPFHMLGVAGVFGGSLFSAMHGSLVTSSLIRETTENESANEGYRFGQEEETYNIVAAHGYFGRLIFQYASFNNSRSLHFFLAAWPVIGIWFTALGLSTMAFNLNGFNFNQSVVDSQGRVLNTWADIINRANLGMEVMHERNAHNFPLDLASTNSSSNN

实体 18 Entity 18 polymer

描述 description	Photosystem II repair factor 2 (PRF2)
分子量 formula_weight	12002.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1

MAALRCSVATRAAVPARRSSVVVRASTEQTTKRAMLGLLAGAVAGALLVAPAEAIRIPSHEFTGGMVKGGGSSPKSPTAASMESYTLEGTKKQGVSLKTKKKLLAKVRENAQKSASS

实体 19 Entity 19 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	35

实体 20 Entity 20 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 21 Entity 21 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 22 Entity 22 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 23 Entity 23 non-polymer

描述 description	;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ;
分子量 formula_weight	749.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 24 Entity 24 non-polymer

描述 description	PHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	871.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 25 Entity 25 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 26 Entity 26 non-polymer

描述 description	RRR-ALPHA-TOCOPHERYLQUINONE
分子量 formula_weight	446.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 27 Entity 27 non-polymer

描述 description	DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
分子量 formula_weight	949.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 28 Entity 28 non-polymer

描述 description	1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
分子量 formula_weight	795.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 29 Entity 29 non-polymer

描述 description	BICARBONATE ION
分子量 formula_weight	61.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 30 Entity 30 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	510932

Cryo-EM structure of an intermediate-state complex during the process of photosystem II repair

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Photosystem II CP47 reaction center protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem II D2 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome b559 subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome b559 subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem II reaction center protein H

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem II reaction center protein I

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem II reaction center protein K

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem II reaction center protein L

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem II reaction center protein M

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem II reaction center protein T

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体